# TARGET T0374 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0374.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 772 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 Q 0.239 0.007 0.001 0.003 0.065 0.013 0.673 3 L 0.771 0.032 0.001 0.003 0.022 0.004 0.166 4 S 0.878 0.007 0.001 0.004 0.004 0.002 0.104 5 H 0.771 0.010 0.001 0.004 0.014 0.004 0.196 6 R 0.390 0.005 0.003 0.003 0.074 0.011 0.514 7 P 0.178 0.012 0.006 0.003 0.218 0.023 0.560 8 A 0.031 0.015 0.003 0.002 0.215 0.009 0.724 9 E 0.009 0.009 0.001 0.001 0.061 0.003 0.915 10 T 0.001 0.001 0.344 0.377 0.060 0.190 0.028 11 G 0.001 0.002 0.349 0.375 0.081 0.156 0.037 12 D 0.001 0.003 0.184 0.551 0.075 0.043 0.144 13 L 0.001 0.001 0.013 0.957 0.006 0.011 0.012 14 E 0.001 0.001 0.008 0.952 0.004 0.027 0.008 15 T 0.001 0.001 0.008 0.954 0.003 0.029 0.006 16 V 0.001 0.001 0.002 0.978 0.005 0.009 0.004 17 A 0.002 0.001 0.002 0.979 0.004 0.010 0.004 18 G 0.002 0.001 0.003 0.960 0.003 0.028 0.005 19 F 0.001 0.001 0.004 0.946 0.009 0.024 0.015 20 P 0.003 0.001 0.009 0.942 0.007 0.027 0.012 21 Q 0.003 0.001 0.014 0.884 0.012 0.075 0.012 22 D 0.003 0.001 0.015 0.823 0.018 0.113 0.027 23 R 0.007 0.004 0.026 0.731 0.042 0.103 0.087 24 D 0.024 0.011 0.044 0.627 0.063 0.109 0.121 25 E 0.031 0.007 0.060 0.562 0.079 0.132 0.129 26 L 0.027 0.006 0.057 0.533 0.082 0.172 0.124 27 F 0.042 0.008 0.053 0.404 0.107 0.201 0.184 28 Y 0.059 0.011 0.068 0.314 0.127 0.197 0.224 29 C 0.072 0.016 0.070 0.269 0.149 0.139 0.285 30 Y 0.063 0.017 0.057 0.240 0.164 0.137 0.321 31 P 0.044 0.013 0.051 0.219 0.159 0.153 0.361 32 K 0.032 0.011 0.061 0.199 0.151 0.152 0.394 33 A 0.025 0.009 0.069 0.210 0.142 0.160 0.386 34 I 0.023 0.010 0.074 0.258 0.146 0.142 0.347 35 W 0.019 0.010 0.065 0.304 0.143 0.115 0.344 36 P 0.012 0.009 0.050 0.361 0.097 0.095 0.377 37 F 0.006 0.004 0.041 0.572 0.062 0.072 0.242 38 S 0.006 0.003 0.032 0.744 0.039 0.057 0.120 39 V 0.005 0.003 0.023 0.821 0.028 0.041 0.079 40 A 0.006 0.002 0.016 0.856 0.026 0.032 0.061 41 Q 0.006 0.002 0.015 0.881 0.019 0.035 0.041 42 L 0.007 0.002 0.023 0.857 0.017 0.061 0.034 43 A 0.006 0.002 0.038 0.789 0.018 0.107 0.040 44 A 0.009 0.003 0.061 0.683 0.030 0.147 0.067 45 A 0.012 0.003 0.088 0.542 0.056 0.192 0.106 46 I 0.011 0.005 0.096 0.382 0.116 0.244 0.147 47 A 0.011 0.005 0.089 0.133 0.214 0.202 0.346 48 E 0.011 0.004 0.097 0.050 0.199 0.424 0.215 49 R 0.029 0.005 0.082 0.016 0.207 0.490 0.172 50 R 0.150 0.007 0.031 0.004 0.305 0.096 0.407 51 G 0.503 0.009 0.008 0.001 0.133 0.019 0.328 52 S 0.894 0.009 0.003 0.001 0.010 0.004 0.080 53 T 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 54 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 55 A 0.974 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 56 V 0.899 0.003 0.001 0.001 0.007 0.010 0.078 57 H 0.674 0.003 0.009 0.002 0.060 0.150 0.102 58 D 0.024 0.001 0.008 0.001 0.100 0.857 0.009 59 G 0.027 0.001 0.004 0.001 0.147 0.797 0.024 60 Q 0.734 0.010 0.001 0.001 0.048 0.008 0.199 61 V 0.912 0.021 0.001 0.001 0.003 0.001 0.064 62 L 0.973 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.021 63 G 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 64 F 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 65 A 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 66 N 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 67 F 0.923 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.065 68 Y 0.848 0.018 0.001 0.001 0.019 0.003 0.111 69 Q 0.642 0.040 0.006 0.003 0.054 0.019 0.236 70 W 0.292 0.016 0.022 0.006 0.168 0.153 0.343 71 Q 0.099 0.007 0.025 0.009 0.292 0.323 0.245 72 H 0.057 0.008 0.042 0.015 0.292 0.283 0.304 73 G 0.066 0.007 0.055 0.024 0.300 0.268 0.280 74 D 0.138 0.014 0.061 0.026 0.306 0.189 0.265 75 F 0.459 0.022 0.028 0.027 0.119 0.061 0.284 76 C 0.739 0.019 0.008 0.016 0.031 0.014 0.172 77 A 0.857 0.011 0.007 0.013 0.017 0.009 0.085 78 L 0.889 0.008 0.012 0.014 0.016 0.013 0.048 79 G 0.757 0.005 0.029 0.059 0.033 0.022 0.094 80 N 0.775 0.004 0.024 0.040 0.036 0.020 0.102 81 M 0.850 0.003 0.014 0.032 0.025 0.026 0.050 82 M 0.908 0.008 0.006 0.013 0.017 0.010 0.039 83 V 0.853 0.043 0.003 0.011 0.021 0.005 0.064 84 A 0.402 0.010 0.002 0.009 0.043 0.010 0.523 85 P 0.003 0.001 0.452 0.348 0.012 0.173 0.011 86 A 0.001 0.001 0.496 0.303 0.049 0.140 0.010 87 A 0.001 0.001 0.674 0.195 0.019 0.093 0.017 88 R 0.002 0.003 0.269 0.317 0.070 0.279 0.060 89 G 0.004 0.004 0.089 0.170 0.068 0.599 0.065 90 L 0.009 0.004 0.045 0.352 0.239 0.131 0.220 91 G 0.010 0.005 0.021 0.605 0.117 0.076 0.165 92 V 0.007 0.004 0.012 0.824 0.051 0.027 0.074 93 A 0.001 0.001 0.003 0.952 0.012 0.008 0.024 94 R 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.003 0.003 95 Y 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 96 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 97 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 98 G 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 99 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 100 M 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 101 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 102 N 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.011 0.003 104 A 0.001 0.001 0.001 0.981 0.004 0.008 0.006 105 R 0.001 0.001 0.005 0.947 0.005 0.034 0.008 106 E 0.001 0.001 0.010 0.797 0.013 0.164 0.014 107 Q 0.001 0.001 0.008 0.197 0.024 0.754 0.017 108 Y 0.002 0.001 0.006 0.027 0.075 0.816 0.074 109 K 0.046 0.010 0.016 0.015 0.095 0.055 0.765 110 A 0.266 0.019 0.037 0.015 0.156 0.050 0.457 111 R 0.569 0.008 0.028 0.014 0.132 0.044 0.205 112 L 0.858 0.005 0.006 0.006 0.028 0.013 0.083 113 M 0.933 0.002 0.001 0.003 0.007 0.002 0.051 114 K 0.961 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.028 115 I 0.941 0.003 0.002 0.006 0.006 0.002 0.040 116 S 0.904 0.004 0.003 0.007 0.012 0.004 0.066 117 C 0.697 0.017 0.009 0.017 0.045 0.012 0.203 118 F 0.436 0.011 0.020 0.031 0.122 0.047 0.334 119 N 0.167 0.013 0.048 0.061 0.200 0.199 0.313 120 A 0.041 0.011 0.024 0.087 0.318 0.140 0.378 121 N 0.015 0.004 0.008 0.138 0.179 0.037 0.618 122 A 0.002 0.001 0.018 0.900 0.021 0.032 0.026 123 A 0.001 0.001 0.011 0.944 0.006 0.026 0.011 124 G 0.001 0.001 0.004 0.984 0.002 0.007 0.003 125 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 126 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 127 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 128 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 129 T 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.001 130 Q 0.001 0.001 0.002 0.945 0.001 0.051 0.001 131 L 0.001 0.001 0.003 0.479 0.013 0.501 0.004 132 G 0.001 0.001 0.002 0.024 0.056 0.859 0.057 133 Y 0.049 0.013 0.003 0.011 0.062 0.016 0.847 134 Q 0.386 0.033 0.011 0.019 0.043 0.007 0.502 135 P 0.415 0.021 0.036 0.030 0.039 0.015 0.444 136 R 0.358 0.012 0.068 0.046 0.088 0.052 0.376 137 A 0.410 0.007 0.054 0.031 0.124 0.073 0.301 138 I 0.503 0.021 0.030 0.027 0.099 0.032 0.288 139 A 0.445 0.024 0.024 0.031 0.059 0.019 0.399 140 E 0.307 0.018 0.101 0.064 0.094 0.120 0.296 141 R 0.204 0.018 0.118 0.059 0.126 0.189 0.285 142 H 0.162 0.048 0.116 0.065 0.150 0.135 0.325 143 D 0.105 0.033 0.054 0.053 0.190 0.141 0.424 144 P 0.051 0.019 0.046 0.046 0.213 0.262 0.363 145 D 0.020 0.008 0.026 0.052 0.315 0.304 0.274 146 G 0.016 0.006 0.017 0.048 0.307 0.265 0.341 147 R 0.027 0.006 0.033 0.122 0.257 0.293 0.263 148 R 0.144 0.026 0.033 0.246 0.178 0.109 0.264 149 V 0.279 0.028 0.040 0.427 0.055 0.028 0.144 150 A 0.445 0.020 0.034 0.359 0.019 0.015 0.108 151 L 0.419 0.006 0.048 0.406 0.031 0.018 0.071 152 I 0.494 0.005 0.046 0.372 0.018 0.019 0.046 153 Q 0.420 0.005 0.038 0.432 0.020 0.035 0.051 154 M 0.386 0.005 0.035 0.383 0.035 0.074 0.083 155 D 0.278 0.011 0.018 0.288 0.083 0.063 0.259 156 K 0.148 0.014 0.018 0.098 0.174 0.051 0.498 157 P 0.078 0.013 0.024 0.056 0.248 0.124 0.457 158 L 0.036 0.034 0.021 0.046 0.248 0.146 0.469 159 E 0.012 0.014 0.005 0.015 0.025 0.034 0.896 160 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997