# TARGET T0374 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0374.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 772 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.364 0.312 0.024 0.165 0.016 0.037 0.007 0.046 0.007 0.001 2 Q 0.029 0.195 0.617 0.016 0.013 0.091 0.009 0.001 0.023 0.001 0.005 3 L 0.018 0.659 0.248 0.008 0.037 0.019 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 4 S 0.020 0.771 0.094 0.026 0.048 0.023 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 5 H 0.011 0.599 0.275 0.009 0.056 0.026 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 6 R 0.003 0.446 0.170 0.001 0.038 0.017 0.009 0.001 0.316 0.001 0.001 7 P 0.035 0.005 0.823 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 8 A 0.083 0.182 0.443 0.089 0.132 0.044 0.008 0.007 0.009 0.003 0.001 9 E 0.011 0.359 0.374 0.008 0.128 0.044 0.004 0.001 0.064 0.007 0.001 10 T 0.774 0.023 0.086 0.092 0.010 0.006 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 11 G 0.624 0.006 0.049 0.099 0.040 0.002 0.013 0.112 0.001 0.054 0.001 12 D 0.287 0.027 0.230 0.096 0.017 0.226 0.006 0.001 0.104 0.002 0.003 13 L 0.986 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 E 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 T 0.975 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 V 0.949 0.004 0.006 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 A 0.906 0.005 0.018 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 G 0.467 0.002 0.012 0.263 0.003 0.003 0.064 0.178 0.002 0.005 0.001 19 F 0.190 0.099 0.566 0.021 0.003 0.041 0.011 0.001 0.067 0.001 0.001 20 P 0.494 0.009 0.437 0.028 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 21 Q 0.647 0.066 0.124 0.094 0.029 0.010 0.011 0.008 0.007 0.005 0.001 22 D 0.436 0.077 0.221 0.112 0.034 0.054 0.024 0.009 0.027 0.005 0.001 23 R 0.711 0.052 0.066 0.132 0.011 0.013 0.006 0.002 0.006 0.001 0.001 24 D 0.670 0.049 0.083 0.113 0.022 0.024 0.018 0.007 0.010 0.003 0.001 25 E 0.704 0.073 0.073 0.105 0.017 0.012 0.005 0.002 0.006 0.001 0.001 26 L 0.597 0.099 0.102 0.141 0.015 0.016 0.013 0.002 0.014 0.001 0.001 27 F 0.452 0.140 0.129 0.190 0.031 0.018 0.016 0.005 0.015 0.002 0.001 28 Y 0.380 0.124 0.154 0.155 0.052 0.026 0.067 0.018 0.016 0.009 0.001 29 C 0.223 0.235 0.245 0.173 0.046 0.034 0.013 0.005 0.020 0.005 0.001 30 Y 0.060 0.242 0.449 0.008 0.036 0.027 0.019 0.001 0.152 0.004 0.001 31 P 0.404 0.007 0.498 0.019 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.002 0.049 32 K 0.408 0.108 0.243 0.111 0.047 0.020 0.022 0.015 0.020 0.006 0.001 33 A 0.415 0.073 0.329 0.083 0.036 0.021 0.011 0.010 0.007 0.011 0.003 34 I 0.365 0.149 0.192 0.205 0.018 0.035 0.010 0.002 0.020 0.001 0.001 35 W 0.147 0.172 0.499 0.013 0.042 0.025 0.016 0.002 0.072 0.010 0.001 36 P 0.420 0.009 0.440 0.029 0.001 0.049 0.002 0.001 0.003 0.001 0.044 37 F 0.729 0.039 0.103 0.067 0.016 0.016 0.010 0.007 0.008 0.004 0.001 38 S 0.881 0.014 0.051 0.027 0.005 0.009 0.003 0.003 0.003 0.003 0.001 39 V 0.984 0.002 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 A 0.990 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 Q 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 L 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 A 0.985 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 A 0.966 0.001 0.004 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 A 0.914 0.004 0.013 0.060 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 46 I 0.861 0.012 0.042 0.067 0.002 0.005 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 47 A 0.798 0.015 0.095 0.054 0.006 0.010 0.009 0.004 0.006 0.003 0.001 48 E 0.764 0.017 0.096 0.085 0.009 0.010 0.010 0.003 0.003 0.003 0.001 49 R 0.509 0.053 0.082 0.258 0.021 0.020 0.032 0.012 0.010 0.002 0.001 50 R 0.210 0.171 0.202 0.302 0.048 0.013 0.029 0.005 0.017 0.003 0.001 51 G 0.079 0.079 0.167 0.079 0.258 0.007 0.067 0.170 0.007 0.087 0.001 52 S 0.014 0.581 0.246 0.014 0.120 0.014 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 53 T 0.005 0.821 0.106 0.003 0.046 0.011 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 54 V 0.002 0.908 0.029 0.002 0.042 0.006 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 55 A 0.002 0.841 0.085 0.001 0.047 0.017 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 56 V 0.013 0.763 0.131 0.011 0.039 0.021 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 57 H 0.067 0.663 0.077 0.026 0.054 0.029 0.006 0.001 0.072 0.003 0.001 58 D 0.006 0.009 0.023 0.057 0.005 0.012 0.863 0.002 0.018 0.006 0.001 59 G 0.001 0.001 0.005 0.003 0.020 0.001 0.060 0.874 0.001 0.036 0.001 60 Q 0.009 0.602 0.336 0.007 0.019 0.013 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 61 V 0.002 0.091 0.833 0.001 0.001 0.069 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 62 L 0.287 0.283 0.018 0.377 0.018 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 63 G 0.001 0.331 0.032 0.001 0.629 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 F 0.004 0.830 0.054 0.003 0.079 0.012 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 65 A 0.009 0.793 0.060 0.005 0.109 0.007 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 66 N 0.015 0.658 0.125 0.014 0.126 0.036 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 67 F 0.037 0.581 0.194 0.038 0.077 0.039 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 68 Y 0.042 0.530 0.140 0.024 0.177 0.026 0.021 0.002 0.032 0.007 0.001 69 Q 0.105 0.341 0.314 0.059 0.035 0.071 0.017 0.002 0.052 0.002 0.002 70 W 0.182 0.228 0.316 0.079 0.079 0.052 0.018 0.007 0.026 0.010 0.002 71 Q 0.281 0.221 0.165 0.136 0.045 0.057 0.042 0.009 0.033 0.008 0.002 72 H 0.152 0.114 0.175 0.303 0.032 0.032 0.114 0.011 0.058 0.008 0.002 73 G 0.047 0.007 0.058 0.012 0.062 0.002 0.047 0.349 0.001 0.415 0.001 74 D 0.292 0.079 0.147 0.296 0.033 0.059 0.060 0.009 0.016 0.004 0.005 75 F 0.148 0.389 0.145 0.147 0.105 0.025 0.018 0.006 0.013 0.003 0.001 76 C 0.075 0.611 0.126 0.024 0.127 0.013 0.004 0.001 0.017 0.002 0.001 77 A 0.051 0.681 0.131 0.012 0.079 0.024 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 78 L 0.098 0.476 0.202 0.058 0.030 0.067 0.006 0.001 0.061 0.001 0.001 79 G 0.174 0.187 0.137 0.053 0.250 0.009 0.045 0.040 0.009 0.095 0.001 80 N 0.116 0.196 0.123 0.096 0.110 0.058 0.264 0.007 0.026 0.002 0.003 81 M 0.035 0.715 0.160 0.024 0.045 0.010 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 82 M 0.026 0.771 0.145 0.003 0.025 0.017 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 83 V 0.032 0.681 0.185 0.010 0.010 0.038 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 84 A 0.026 0.267 0.416 0.001 0.019 0.035 0.005 0.001 0.228 0.002 0.001 85 P 0.700 0.003 0.246 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 86 A 0.839 0.012 0.052 0.075 0.004 0.009 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 87 A 0.651 0.054 0.055 0.172 0.022 0.013 0.016 0.005 0.009 0.003 0.001 88 R 0.269 0.036 0.120 0.441 0.012 0.009 0.101 0.004 0.006 0.002 0.001 89 G 0.040 0.003 0.009 0.025 0.016 0.003 0.182 0.567 0.002 0.153 0.001 90 L 0.466 0.096 0.193 0.175 0.025 0.021 0.015 0.001 0.004 0.003 0.001 91 G 0.407 0.018 0.102 0.022 0.078 0.015 0.024 0.150 0.003 0.181 0.001 92 V 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 M 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 N 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 A 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 R 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 E 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 Q 0.700 0.001 0.001 0.296 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 Y 0.429 0.004 0.015 0.118 0.004 0.005 0.232 0.175 0.011 0.008 0.001 109 K 0.750 0.032 0.066 0.080 0.008 0.021 0.032 0.002 0.003 0.005 0.001 110 A 0.555 0.062 0.152 0.163 0.023 0.022 0.009 0.003 0.007 0.002 0.001 111 R 0.298 0.186 0.136 0.208 0.084 0.021 0.038 0.008 0.018 0.003 0.001 112 L 0.153 0.383 0.190 0.091 0.042 0.067 0.035 0.001 0.036 0.001 0.001 113 M 0.014 0.724 0.172 0.010 0.030 0.022 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 114 K 0.016 0.691 0.172 0.006 0.021 0.056 0.003 0.001 0.035 0.001 0.001 115 I 0.025 0.667 0.214 0.007 0.034 0.034 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 116 S 0.031 0.707 0.100 0.011 0.086 0.034 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 117 C 0.077 0.620 0.147 0.021 0.059 0.041 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 118 F 0.219 0.339 0.163 0.072 0.064 0.079 0.012 0.003 0.045 0.004 0.001 119 N 0.262 0.211 0.143 0.132 0.115 0.041 0.042 0.006 0.031 0.016 0.001 120 A 0.335 0.141 0.159 0.179 0.111 0.029 0.019 0.006 0.011 0.009 0.001 121 N 0.205 0.055 0.275 0.079 0.049 0.168 0.029 0.006 0.123 0.010 0.002 122 A 0.945 0.002 0.007 0.035 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 123 A 0.963 0.001 0.005 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 G 0.963 0.001 0.002 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 L 0.993 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 L 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 Y 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 T 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 Q 0.959 0.004 0.005 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 L 0.259 0.004 0.008 0.726 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 G 0.022 0.001 0.007 0.016 0.007 0.001 0.289 0.547 0.001 0.110 0.001 133 Y 0.066 0.149 0.521 0.090 0.074 0.028 0.021 0.011 0.006 0.031 0.001 134 Q 0.014 0.546 0.310 0.002 0.014 0.023 0.004 0.001 0.086 0.001 0.001 135 P 0.043 0.009 0.877 0.001 0.001 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 136 R 0.478 0.214 0.104 0.129 0.029 0.021 0.006 0.002 0.017 0.001 0.001 137 A 0.160 0.145 0.196 0.016 0.366 0.012 0.027 0.037 0.006 0.034 0.001 138 I 0.207 0.502 0.161 0.053 0.030 0.020 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 139 A 0.234 0.219 0.404 0.017 0.021 0.043 0.010 0.001 0.045 0.004 0.002 140 E 0.475 0.109 0.304 0.050 0.018 0.030 0.004 0.001 0.006 0.001 0.002 141 R 0.210 0.202 0.149 0.192 0.107 0.031 0.056 0.017 0.032 0.002 0.001 142 H 0.075 0.378 0.280 0.153 0.047 0.037 0.007 0.002 0.017 0.002 0.001 143 D 0.014 0.164 0.461 0.003 0.052 0.055 0.013 0.001 0.229 0.007 0.001 144 P 0.847 0.002 0.066 0.063 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 145 D 0.163 0.014 0.067 0.639 0.005 0.014 0.074 0.004 0.020 0.001 0.001 146 G 0.024 0.002 0.031 0.035 0.016 0.001 0.100 0.643 0.001 0.148 0.001 147 R 0.227 0.094 0.376 0.131 0.032 0.024 0.068 0.028 0.009 0.008 0.001 148 R 0.227 0.275 0.348 0.056 0.036 0.031 0.008 0.006 0.010 0.004 0.001 149 V 0.330 0.421 0.165 0.024 0.020 0.025 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 150 A 0.340 0.431 0.125 0.027 0.038 0.020 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 151 L 0.393 0.322 0.163 0.016 0.034 0.050 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 152 I 0.424 0.389 0.080 0.034 0.039 0.017 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 153 Q 0.379 0.396 0.118 0.033 0.031 0.016 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 154 M 0.406 0.195 0.126 0.189 0.028 0.020 0.019 0.003 0.012 0.002 0.001 155 D 0.124 0.107 0.162 0.179 0.027 0.084 0.240 0.012 0.060 0.004 0.001 156 K 0.030 0.344 0.443 0.002 0.013 0.016 0.009 0.001 0.142 0.001 0.001 157 P 0.118 0.003 0.809 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 158 L 0.307 0.055 0.348 0.173 0.008 0.072 0.013 0.006 0.012 0.001 0.005 159 E 0.044 0.309 0.393 0.005 0.033 0.023 0.018 0.001 0.171 0.002 0.001 160 P 0.219 0.007 0.719 0.014 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022