# TARGET T0374 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0374.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 772 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.157 0.215 0.079 0.019 0.395 0.005 0.005 0.012 0.018 0.049 0.046 2 Q 0.208 0.154 0.042 0.012 0.456 0.008 0.013 0.016 0.012 0.030 0.049 3 L 0.258 0.130 0.013 0.003 0.536 0.002 0.002 0.006 0.004 0.011 0.036 4 S 0.136 0.166 0.028 0.004 0.603 0.005 0.007 0.011 0.005 0.016 0.020 5 H 0.360 0.104 0.016 0.004 0.421 0.002 0.002 0.007 0.005 0.016 0.063 6 R 0.028 0.425 0.228 0.017 0.260 0.009 0.007 0.007 0.004 0.005 0.008 7 P 0.177 0.317 0.122 0.001 0.316 0.001 0.002 0.005 0.005 0.012 0.042 8 A 0.105 0.374 0.123 0.008 0.284 0.011 0.026 0.009 0.007 0.020 0.032 9 E 0.002 0.659 0.296 0.011 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 T 0.003 0.002 0.001 0.001 0.008 0.002 0.007 0.418 0.552 0.006 0.001 11 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.606 0.341 0.028 0.001 12 D 0.030 0.039 0.011 0.001 0.047 0.001 0.010 0.213 0.098 0.517 0.032 13 L 0.005 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.719 0.247 0.013 0.002 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.896 0.087 0.001 0.001 15 T 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.885 0.071 0.034 0.001 16 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.902 0.081 0.014 0.001 17 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.927 0.060 0.002 0.001 18 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.929 0.054 0.005 0.001 19 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.909 0.056 0.010 0.001 20 P 0.003 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.862 0.097 0.018 0.003 21 Q 0.001 0.006 0.002 0.002 0.002 0.005 0.019 0.811 0.123 0.028 0.002 22 D 0.006 0.018 0.009 0.003 0.017 0.005 0.045 0.787 0.077 0.029 0.005 23 R 0.011 0.019 0.007 0.003 0.019 0.010 0.054 0.669 0.149 0.052 0.008 24 D 0.026 0.032 0.010 0.004 0.040 0.006 0.039 0.585 0.157 0.078 0.021 25 E 0.015 0.043 0.014 0.008 0.031 0.014 0.052 0.595 0.162 0.055 0.010 26 L 0.026 0.075 0.040 0.017 0.060 0.022 0.077 0.406 0.153 0.106 0.017 27 F 0.060 0.131 0.049 0.015 0.119 0.015 0.047 0.293 0.138 0.097 0.037 28 Y 0.063 0.078 0.038 0.018 0.101 0.018 0.046 0.264 0.159 0.168 0.047 29 C 0.071 0.148 0.067 0.026 0.149 0.021 0.051 0.201 0.104 0.124 0.039 30 Y 0.068 0.197 0.092 0.024 0.164 0.018 0.042 0.183 0.092 0.087 0.032 31 P 0.053 0.157 0.098 0.034 0.116 0.026 0.056 0.202 0.120 0.106 0.035 32 K 0.051 0.177 0.123 0.036 0.117 0.023 0.042 0.187 0.113 0.095 0.035 33 A 0.058 0.172 0.094 0.020 0.132 0.017 0.037 0.207 0.126 0.101 0.035 34 I 0.061 0.181 0.094 0.015 0.128 0.016 0.034 0.204 0.120 0.111 0.036 35 W 0.059 0.242 0.100 0.016 0.143 0.014 0.024 0.213 0.085 0.070 0.033 36 P 0.042 0.243 0.081 0.012 0.105 0.012 0.020 0.301 0.095 0.064 0.024 37 F 0.036 0.101 0.042 0.007 0.070 0.006 0.011 0.526 0.127 0.056 0.019 38 S 0.012 0.025 0.010 0.004 0.020 0.005 0.008 0.745 0.131 0.031 0.009 39 V 0.006 0.022 0.008 0.003 0.014 0.004 0.008 0.815 0.092 0.023 0.005 40 A 0.005 0.010 0.004 0.002 0.009 0.002 0.006 0.832 0.097 0.029 0.004 41 Q 0.004 0.011 0.004 0.002 0.009 0.003 0.009 0.815 0.118 0.023 0.003 42 L 0.006 0.014 0.004 0.003 0.012 0.005 0.023 0.732 0.156 0.040 0.006 43 A 0.011 0.023 0.008 0.005 0.024 0.010 0.050 0.607 0.172 0.080 0.010 44 A 0.024 0.040 0.012 0.009 0.041 0.014 0.067 0.416 0.170 0.181 0.027 45 A 0.044 0.074 0.025 0.012 0.080 0.015 0.054 0.283 0.153 0.211 0.047 46 I 0.045 0.100 0.056 0.031 0.080 0.031 0.081 0.282 0.141 0.120 0.033 47 A 0.049 0.162 0.143 0.047 0.118 0.037 0.055 0.169 0.111 0.085 0.025 48 E 0.035 0.115 0.064 0.035 0.083 0.043 0.132 0.251 0.157 0.067 0.018 49 R 0.086 0.063 0.035 0.018 0.104 0.017 0.035 0.069 0.100 0.389 0.084 50 R 0.136 0.217 0.053 0.022 0.319 0.015 0.029 0.034 0.030 0.092 0.052 51 G 0.323 0.080 0.015 0.010 0.439 0.013 0.012 0.013 0.008 0.030 0.058 52 S 0.167 0.149 0.013 0.006 0.636 0.005 0.003 0.004 0.001 0.004 0.012 53 T 0.422 0.027 0.001 0.001 0.527 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 54 V 0.239 0.109 0.011 0.001 0.596 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.039 55 A 0.107 0.208 0.007 0.001 0.651 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 56 V 0.277 0.218 0.217 0.034 0.132 0.021 0.012 0.026 0.009 0.007 0.047 57 H 0.006 0.009 0.083 0.184 0.008 0.194 0.076 0.261 0.144 0.028 0.006 58 D 0.001 0.366 0.181 0.391 0.011 0.015 0.015 0.012 0.006 0.002 0.001 59 G 0.003 0.005 0.008 0.007 0.003 0.002 0.003 0.011 0.022 0.782 0.155 60 Q 0.003 0.769 0.095 0.001 0.125 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 61 V 0.691 0.007 0.001 0.001 0.259 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 62 L 0.038 0.059 0.015 0.125 0.094 0.423 0.218 0.009 0.002 0.005 0.012 63 G 0.170 0.211 0.036 0.010 0.532 0.003 0.003 0.005 0.003 0.006 0.020 64 F 0.436 0.039 0.008 0.003 0.414 0.004 0.004 0.005 0.004 0.008 0.074 65 A 0.265 0.143 0.018 0.014 0.432 0.028 0.019 0.008 0.005 0.012 0.055 66 N 0.288 0.098 0.020 0.002 0.484 0.002 0.004 0.008 0.006 0.016 0.071 67 F 0.323 0.089 0.028 0.017 0.293 0.012 0.013 0.016 0.022 0.063 0.124 68 Y 0.094 0.279 0.136 0.049 0.295 0.022 0.015 0.022 0.023 0.030 0.034 69 Q 0.160 0.188 0.071 0.020 0.267 0.018 0.038 0.078 0.056 0.055 0.048 70 W 0.118 0.163 0.095 0.037 0.191 0.035 0.075 0.109 0.068 0.070 0.040 71 Q 0.050 0.097 0.083 0.089 0.078 0.091 0.113 0.184 0.108 0.076 0.032 72 H 0.062 0.098 0.110 0.116 0.087 0.081 0.082 0.103 0.083 0.135 0.043 73 G 0.060 0.180 0.104 0.072 0.121 0.058 0.063 0.122 0.095 0.096 0.030 74 D 0.067 0.055 0.042 0.044 0.080 0.051 0.067 0.143 0.110 0.277 0.065 75 F 0.205 0.157 0.049 0.021 0.298 0.011 0.019 0.053 0.045 0.074 0.068 76 C 0.278 0.144 0.036 0.020 0.375 0.009 0.009 0.022 0.013 0.026 0.067 77 A 0.166 0.229 0.047 0.007 0.445 0.010 0.023 0.032 0.010 0.012 0.018 78 L 0.618 0.018 0.002 0.002 0.220 0.003 0.003 0.009 0.006 0.012 0.108 79 G 0.031 0.108 0.044 0.244 0.105 0.277 0.113 0.035 0.015 0.019 0.009 80 N 0.301 0.101 0.013 0.004 0.413 0.004 0.007 0.021 0.017 0.036 0.084 81 M 0.230 0.108 0.013 0.012 0.457 0.022 0.011 0.020 0.021 0.029 0.077 82 M 0.359 0.056 0.010 0.001 0.424 0.001 0.005 0.008 0.005 0.028 0.103 83 V 0.076 0.423 0.182 0.012 0.226 0.004 0.003 0.005 0.005 0.030 0.035 84 A 0.031 0.517 0.239 0.018 0.179 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.006 85 P 0.004 0.003 0.001 0.001 0.010 0.002 0.012 0.429 0.522 0.014 0.002 86 A 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.009 0.111 0.672 0.166 0.030 0.001 87 A 0.016 0.010 0.003 0.004 0.013 0.017 0.115 0.452 0.106 0.243 0.022 88 R 0.010 0.071 0.040 0.031 0.019 0.045 0.107 0.478 0.122 0.063 0.013 89 G 0.030 0.044 0.032 0.028 0.035 0.020 0.037 0.189 0.099 0.433 0.054 90 L 0.007 0.374 0.263 0.081 0.036 0.041 0.057 0.097 0.015 0.022 0.007 91 G 0.022 0.064 0.059 0.075 0.026 0.045 0.050 0.392 0.057 0.144 0.065 92 V 0.009 0.034 0.019 0.002 0.010 0.001 0.007 0.741 0.138 0.031 0.009 93 A 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.913 0.070 0.007 0.001 94 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.946 0.043 0.001 0.001 95 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.955 0.037 0.003 0.001 96 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.046 0.005 0.001 97 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.945 0.047 0.002 0.001 98 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.949 0.035 0.002 0.001 99 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.968 0.023 0.003 0.001 100 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.054 0.007 0.001 101 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.947 0.044 0.002 0.001 102 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.958 0.030 0.003 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.941 0.040 0.004 0.001 104 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.915 0.056 0.017 0.003 105 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.826 0.137 0.010 0.002 106 E 0.001 0.016 0.005 0.002 0.004 0.004 0.056 0.789 0.094 0.028 0.001 107 Q 0.001 0.703 0.229 0.005 0.023 0.004 0.009 0.014 0.004 0.006 0.001 108 Y 0.060 0.015 0.009 0.006 0.014 0.002 0.004 0.017 0.008 0.417 0.447 109 K 0.048 0.171 0.057 0.020 0.121 0.052 0.064 0.242 0.091 0.095 0.037 110 A 0.138 0.100 0.015 0.013 0.241 0.017 0.028 0.250 0.087 0.059 0.051 111 R 0.068 0.135 0.042 0.023 0.179 0.041 0.090 0.291 0.081 0.036 0.015 112 L 0.248 0.071 0.012 0.003 0.396 0.004 0.013 0.129 0.030 0.037 0.056 113 M 0.188 0.101 0.016 0.007 0.474 0.010 0.018 0.109 0.024 0.022 0.032 114 K 0.248 0.067 0.011 0.006 0.476 0.009 0.025 0.092 0.018 0.016 0.032 115 I 0.225 0.101 0.016 0.014 0.366 0.023 0.024 0.139 0.036 0.017 0.040 116 S 0.185 0.091 0.016 0.006 0.363 0.008 0.025 0.181 0.040 0.029 0.055 117 C 0.205 0.089 0.023 0.011 0.245 0.012 0.022 0.234 0.058 0.045 0.055 118 F 0.054 0.159 0.060 0.027 0.162 0.030 0.063 0.286 0.089 0.045 0.024 119 N 0.047 0.060 0.028 0.020 0.064 0.028 0.062 0.468 0.146 0.047 0.029 120 A 0.019 0.040 0.029 0.028 0.029 0.038 0.106 0.456 0.127 0.112 0.016 121 N 0.055 0.123 0.055 0.014 0.067 0.009 0.012 0.422 0.117 0.083 0.042 122 A 0.003 0.011 0.005 0.004 0.005 0.009 0.006 0.765 0.171 0.017 0.004 123 A 0.002 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.921 0.057 0.005 0.001 124 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.868 0.110 0.018 0.001 125 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.929 0.065 0.001 0.001 126 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.961 0.033 0.001 0.001 127 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.956 0.038 0.002 0.001 128 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.933 0.057 0.006 0.001 129 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.816 0.166 0.002 0.001 130 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.079 0.870 0.042 0.002 0.001 131 L 0.002 0.531 0.416 0.004 0.034 0.001 0.001 0.004 0.002 0.006 0.001 132 G 0.121 0.023 0.014 0.047 0.034 0.014 0.015 0.026 0.019 0.360 0.328 133 Y 0.153 0.315 0.056 0.004 0.331 0.002 0.003 0.021 0.019 0.046 0.048 134 Q 0.031 0.543 0.145 0.011 0.231 0.004 0.004 0.012 0.005 0.004 0.010 135 P 0.470 0.084 0.025 0.003 0.291 0.006 0.009 0.036 0.015 0.010 0.050 136 R 0.031 0.138 0.069 0.128 0.098 0.133 0.175 0.123 0.053 0.037 0.016 137 A 0.093 0.124 0.172 0.095 0.128 0.021 0.019 0.070 0.046 0.144 0.088 138 I 0.082 0.261 0.133 0.018 0.185 0.014 0.028 0.118 0.071 0.065 0.024 139 A 0.109 0.311 0.127 0.018 0.234 0.007 0.012 0.065 0.045 0.035 0.036 140 E 0.045 0.115 0.056 0.042 0.093 0.075 0.141 0.241 0.141 0.030 0.020 141 R 0.109 0.078 0.047 0.017 0.154 0.015 0.036 0.128 0.131 0.208 0.076 142 H 0.149 0.168 0.049 0.017 0.220 0.019 0.026 0.073 0.072 0.122 0.085 143 D 0.099 0.233 0.096 0.022 0.269 0.016 0.027 0.082 0.049 0.066 0.041 144 P 0.105 0.115 0.064 0.038 0.112 0.040 0.078 0.187 0.104 0.101 0.056 145 D 0.031 0.125 0.172 0.174 0.064 0.094 0.081 0.101 0.044 0.090 0.024 146 G 0.024 0.151 0.122 0.227 0.050 0.074 0.043 0.120 0.062 0.101 0.027 147 R 0.029 0.051 0.046 0.048 0.034 0.040 0.048 0.245 0.144 0.259 0.056 148 R 0.051 0.274 0.147 0.016 0.122 0.008 0.013 0.221 0.069 0.055 0.024 149 V 0.100 0.091 0.022 0.005 0.137 0.004 0.011 0.456 0.100 0.043 0.030 150 A 0.069 0.085 0.018 0.006 0.091 0.010 0.023 0.593 0.070 0.018 0.017 151 L 0.051 0.041 0.014 0.006 0.069 0.008 0.014 0.654 0.096 0.031 0.017 152 I 0.075 0.031 0.010 0.007 0.086 0.007 0.015 0.579 0.135 0.032 0.022 153 Q 0.048 0.067 0.019 0.020 0.091 0.026 0.047 0.512 0.127 0.031 0.012 154 M 0.062 0.081 0.030 0.013 0.111 0.010 0.035 0.300 0.103 0.210 0.046 155 D 0.087 0.179 0.079 0.026 0.136 0.014 0.027 0.124 0.079 0.186 0.062 156 K 0.044 0.342 0.293 0.034 0.127 0.006 0.011 0.059 0.034 0.033 0.018 157 P 0.031 0.313 0.327 0.025 0.102 0.014 0.029 0.106 0.035 0.010 0.008 158 L 0.060 0.186 0.153 0.033 0.123 0.043 0.102 0.160 0.074 0.040 0.027 159 E 0.053 0.285 0.259 0.035 0.140 0.023 0.028 0.079 0.042 0.029 0.026 160 P 0.068 0.205 0.114 0.025 0.172 0.027 0.044 0.148 0.083 0.079 0.036