# TARGET T0374 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0374.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 772 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.652 0.209 0.088 0.039 0.009 0.002 0.001 2 Q 0.499 0.264 0.126 0.076 0.027 0.006 0.001 3 L 0.245 0.143 0.145 0.189 0.188 0.079 0.011 4 S 0.275 0.270 0.202 0.155 0.069 0.025 0.004 5 H 0.084 0.071 0.118 0.221 0.288 0.191 0.027 6 R 0.148 0.192 0.197 0.217 0.154 0.081 0.010 7 P 0.386 0.282 0.167 0.096 0.049 0.018 0.001 8 A 0.124 0.163 0.195 0.260 0.191 0.063 0.004 9 E 0.236 0.327 0.217 0.155 0.054 0.011 0.001 10 T 0.410 0.325 0.169 0.072 0.020 0.004 0.001 11 G 0.562 0.301 0.099 0.031 0.006 0.001 0.001 12 D 0.129 0.184 0.195 0.239 0.195 0.055 0.003 13 L 0.026 0.083 0.228 0.329 0.268 0.065 0.002 14 E 0.170 0.442 0.267 0.097 0.020 0.004 0.001 15 T 0.046 0.148 0.264 0.294 0.184 0.058 0.005 16 V 0.003 0.006 0.013 0.065 0.294 0.542 0.077 17 A 0.009 0.072 0.240 0.382 0.213 0.075 0.008 18 G 0.083 0.302 0.318 0.193 0.072 0.027 0.005 19 F 0.017 0.033 0.055 0.131 0.310 0.382 0.072 20 P 0.009 0.021 0.057 0.178 0.324 0.351 0.058 21 Q 0.074 0.252 0.277 0.212 0.117 0.056 0.012 22 D 0.103 0.208 0.240 0.246 0.142 0.052 0.009 23 R 0.033 0.062 0.107 0.205 0.287 0.261 0.045 24 D 0.077 0.117 0.147 0.220 0.245 0.161 0.032 25 E 0.202 0.259 0.198 0.166 0.105 0.056 0.014 26 L 0.220 0.224 0.180 0.171 0.120 0.068 0.017 27 F 0.218 0.178 0.161 0.165 0.145 0.107 0.026 28 Y 0.246 0.180 0.163 0.164 0.135 0.092 0.020 29 C 0.300 0.176 0.141 0.147 0.130 0.087 0.019 30 Y 0.295 0.182 0.149 0.154 0.122 0.080 0.018 31 P 0.309 0.191 0.148 0.146 0.116 0.073 0.017 32 K 0.320 0.208 0.154 0.137 0.103 0.062 0.016 33 A 0.331 0.201 0.152 0.141 0.100 0.059 0.016 34 I 0.322 0.206 0.149 0.136 0.103 0.066 0.018 35 W 0.309 0.205 0.152 0.138 0.105 0.071 0.020 36 P 0.237 0.198 0.162 0.162 0.131 0.086 0.024 37 F 0.216 0.198 0.171 0.167 0.133 0.090 0.025 38 S 0.269 0.217 0.160 0.150 0.111 0.072 0.021 39 V 0.255 0.236 0.176 0.146 0.103 0.066 0.018 40 A 0.132 0.138 0.153 0.196 0.197 0.147 0.036 41 Q 0.132 0.132 0.142 0.186 0.195 0.171 0.042 42 L 0.176 0.188 0.173 0.180 0.147 0.109 0.027 43 A 0.129 0.147 0.151 0.192 0.194 0.148 0.039 44 A 0.099 0.117 0.140 0.199 0.214 0.175 0.057 45 A 0.149 0.157 0.169 0.205 0.178 0.114 0.029 46 I 0.287 0.237 0.165 0.153 0.100 0.048 0.010 47 A 0.293 0.212 0.164 0.162 0.111 0.050 0.008 48 E 0.304 0.272 0.190 0.135 0.070 0.025 0.003 49 R 0.105 0.249 0.266 0.224 0.118 0.035 0.003 50 R 0.014 0.068 0.152 0.308 0.308 0.139 0.010 51 G 0.005 0.023 0.065 0.194 0.344 0.322 0.046 52 S 0.001 0.001 0.006 0.029 0.128 0.504 0.331 53 T 0.001 0.001 0.002 0.010 0.051 0.338 0.598 54 V 0.001 0.001 0.003 0.012 0.052 0.353 0.579 55 A 0.001 0.004 0.014 0.060 0.200 0.472 0.249 56 V 0.006 0.043 0.124 0.255 0.331 0.200 0.042 57 H 0.048 0.157 0.237 0.292 0.188 0.069 0.009 58 D 0.280 0.387 0.193 0.093 0.035 0.010 0.001 59 G 0.157 0.323 0.249 0.178 0.075 0.018 0.001 60 Q 0.023 0.137 0.264 0.325 0.187 0.060 0.004 61 V 0.002 0.007 0.026 0.112 0.327 0.445 0.081 62 L 0.001 0.003 0.012 0.049 0.173 0.486 0.276 63 G 0.001 0.001 0.003 0.012 0.042 0.328 0.613 64 F 0.001 0.001 0.003 0.013 0.052 0.291 0.640 65 A 0.001 0.001 0.005 0.017 0.057 0.318 0.601 66 N 0.001 0.004 0.014 0.062 0.196 0.421 0.302 67 F 0.001 0.002 0.007 0.029 0.149 0.515 0.298 68 Y 0.002 0.027 0.092 0.241 0.386 0.225 0.027 69 Q 0.020 0.136 0.258 0.301 0.201 0.076 0.007 70 W 0.068 0.164 0.223 0.301 0.183 0.056 0.004 71 Q 0.291 0.329 0.193 0.120 0.051 0.014 0.001 72 H 0.469 0.283 0.146 0.069 0.024 0.007 0.001 73 G 0.536 0.264 0.115 0.059 0.020 0.005 0.001 74 D 0.283 0.341 0.216 0.109 0.040 0.009 0.001 75 F 0.077 0.174 0.240 0.288 0.172 0.044 0.004 76 C 0.033 0.050 0.081 0.172 0.296 0.302 0.066 77 A 0.024 0.080 0.162 0.267 0.253 0.178 0.036 78 L 0.012 0.013 0.026 0.074 0.197 0.453 0.226 79 G 0.015 0.049 0.083 0.178 0.256 0.289 0.131 80 N 0.013 0.034 0.074 0.131 0.212 0.320 0.216 81 M 0.007 0.010 0.019 0.048 0.116 0.381 0.419 82 M 0.007 0.016 0.033 0.087 0.184 0.376 0.297 83 V 0.018 0.029 0.050 0.095 0.190 0.359 0.259 84 A 0.060 0.102 0.139 0.238 0.246 0.159 0.056 85 P 0.240 0.250 0.175 0.154 0.098 0.055 0.028 86 A 0.335 0.265 0.176 0.119 0.062 0.033 0.010 87 A 0.187 0.167 0.163 0.200 0.173 0.097 0.013 88 R 0.150 0.190 0.192 0.208 0.160 0.084 0.017 89 G 0.182 0.189 0.159 0.181 0.154 0.109 0.027 90 L 0.059 0.204 0.263 0.242 0.168 0.055 0.009 91 G 0.084 0.199 0.257 0.266 0.143 0.044 0.007 92 V 0.016 0.041 0.066 0.157 0.276 0.351 0.093 93 A 0.006 0.012 0.019 0.071 0.241 0.527 0.124 94 R 0.005 0.067 0.233 0.413 0.227 0.052 0.004 95 Y 0.006 0.048 0.173 0.389 0.292 0.086 0.006 96 L 0.001 0.002 0.002 0.014 0.113 0.643 0.225 97 I 0.001 0.001 0.004 0.052 0.272 0.580 0.090 98 G 0.001 0.089 0.393 0.379 0.115 0.021 0.001 99 V 0.001 0.009 0.076 0.394 0.415 0.101 0.005 100 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.061 0.695 0.241 101 E 0.001 0.008 0.062 0.321 0.435 0.166 0.007 102 N 0.013 0.360 0.376 0.187 0.055 0.009 0.001 103 L 0.001 0.013 0.134 0.494 0.304 0.054 0.001 104 A 0.003 0.019 0.040 0.163 0.497 0.270 0.008 105 R 0.089 0.351 0.309 0.194 0.048 0.008 0.001 106 E 0.371 0.451 0.115 0.047 0.013 0.003 0.001 107 Q 0.109 0.284 0.356 0.196 0.048 0.007 0.001 108 Y 0.347 0.327 0.170 0.102 0.044 0.010 0.001 109 K 0.134 0.161 0.200 0.270 0.182 0.050 0.003 110 A 0.196 0.251 0.212 0.188 0.113 0.037 0.003 111 R 0.121 0.229 0.223 0.214 0.144 0.062 0.007 112 L 0.053 0.140 0.240 0.279 0.192 0.087 0.010 113 M 0.011 0.023 0.045 0.152 0.349 0.361 0.059 114 K 0.015 0.065 0.152 0.268 0.292 0.177 0.030 115 I 0.015 0.017 0.031 0.083 0.206 0.478 0.169 116 S 0.027 0.089 0.164 0.288 0.252 0.152 0.028 117 C 0.019 0.039 0.063 0.143 0.283 0.371 0.082 118 F 0.044 0.115 0.157 0.240 0.258 0.161 0.024 119 N 0.103 0.238 0.218 0.209 0.137 0.075 0.019 120 A 0.057 0.152 0.202 0.247 0.202 0.116 0.024 121 N 0.032 0.117 0.188 0.242 0.260 0.140 0.019 122 A 0.173 0.353 0.252 0.145 0.054 0.019 0.003 123 A 0.043 0.143 0.250 0.283 0.186 0.079 0.015 124 G 0.010 0.019 0.035 0.110 0.323 0.433 0.071 125 L 0.034 0.161 0.260 0.297 0.182 0.061 0.005 126 L 0.087 0.268 0.291 0.218 0.098 0.036 0.003 127 L 0.017 0.037 0.060 0.162 0.331 0.350 0.043 128 Y 0.012 0.028 0.093 0.274 0.362 0.206 0.025 129 T 0.149 0.391 0.289 0.124 0.037 0.010 0.002 130 Q 0.149 0.316 0.281 0.173 0.066 0.014 0.001 131 L 0.033 0.087 0.164 0.290 0.265 0.145 0.015 132 G 0.120 0.249 0.238 0.197 0.131 0.059 0.006 133 Y 0.054 0.087 0.137 0.243 0.284 0.170 0.025 134 Q 0.130 0.294 0.284 0.193 0.076 0.020 0.002 135 P 0.201 0.254 0.200 0.185 0.116 0.039 0.004 136 R 0.214 0.237 0.208 0.199 0.104 0.035 0.003 137 A 0.279 0.272 0.197 0.152 0.073 0.025 0.002 138 I 0.294 0.286 0.198 0.132 0.066 0.022 0.002 139 A 0.183 0.170 0.190 0.224 0.161 0.066 0.006 140 E 0.362 0.241 0.165 0.129 0.074 0.027 0.002 141 R 0.387 0.307 0.163 0.091 0.038 0.012 0.001 142 H 0.221 0.190 0.200 0.216 0.130 0.041 0.003 143 D 0.293 0.243 0.198 0.158 0.084 0.023 0.001 144 P 0.469 0.238 0.143 0.100 0.040 0.008 0.001 145 D 0.650 0.227 0.078 0.034 0.009 0.002 0.001 146 G 0.610 0.227 0.099 0.047 0.014 0.003 0.001 147 R 0.609 0.234 0.084 0.049 0.019 0.005 0.001 148 R 0.392 0.290 0.178 0.094 0.036 0.009 0.001 149 V 0.202 0.200 0.193 0.206 0.142 0.051 0.006 150 A 0.137 0.137 0.158 0.212 0.205 0.125 0.025 151 L 0.128 0.139 0.157 0.210 0.198 0.142 0.027 152 I 0.100 0.076 0.116 0.186 0.235 0.237 0.050 153 Q 0.094 0.099 0.145 0.234 0.217 0.171 0.041 154 M 0.089 0.084 0.136 0.194 0.255 0.198 0.044 155 D 0.085 0.074 0.099 0.171 0.275 0.246 0.051 156 K 0.246 0.219 0.212 0.191 0.092 0.034 0.005 157 P 0.516 0.261 0.122 0.059 0.029 0.012 0.002 158 L 0.535 0.183 0.118 0.096 0.049 0.017 0.001 159 E 0.611 0.144 0.094 0.088 0.048 0.015 0.001 160 P 0.810 0.111 0.044 0.021 0.010 0.003 0.001