# TARGET T0374 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0374.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8826 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.001 0.001 0.001 0.029 0.964 2 Q 0.222 0.003 0.001 0.003 0.047 0.725 3 L 0.618 0.007 0.002 0.002 0.039 0.332 4 S 0.868 0.010 0.002 0.002 0.020 0.099 5 H 0.870 0.004 0.003 0.002 0.031 0.091 6 R 0.731 0.004 0.003 0.002 0.064 0.196 7 P 0.369 0.013 0.005 0.005 0.158 0.450 8 A 0.134 0.023 0.009 0.003 0.216 0.614 9 E 0.078 0.018 0.014 0.004 0.314 0.572 10 T 0.013 0.008 0.505 0.070 0.281 0.124 11 G 0.009 0.005 0.385 0.197 0.267 0.138 12 D 0.006 0.005 0.469 0.252 0.205 0.063 13 L 0.002 0.002 0.240 0.638 0.091 0.027 14 E 0.003 0.001 0.194 0.679 0.102 0.020 15 T 0.007 0.002 0.240 0.612 0.119 0.020 16 V 0.033 0.009 0.126 0.599 0.164 0.068 17 A 0.047 0.007 0.086 0.530 0.211 0.118 18 G 0.058 0.019 0.062 0.389 0.209 0.265 19 F 0.059 0.018 0.022 0.097 0.283 0.521 20 P 0.040 0.011 0.050 0.157 0.320 0.422 21 Q 0.035 0.014 0.056 0.163 0.354 0.378 22 D 0.037 0.012 0.076 0.211 0.396 0.269 23 R 0.019 0.004 0.153 0.427 0.258 0.139 24 D 0.046 0.008 0.244 0.394 0.214 0.094 25 E 0.054 0.007 0.261 0.441 0.171 0.067 26 L 0.080 0.012 0.176 0.467 0.159 0.107 27 F 0.137 0.019 0.097 0.404 0.186 0.156 28 Y 0.129 0.022 0.044 0.305 0.207 0.293 29 C 0.083 0.024 0.025 0.193 0.228 0.447 30 Y 0.046 0.023 0.021 0.100 0.308 0.502 31 P 0.021 0.011 0.093 0.136 0.417 0.321 32 K 0.018 0.008 0.230 0.190 0.382 0.173 33 A 0.020 0.011 0.201 0.256 0.337 0.175 34 I 0.028 0.019 0.084 0.263 0.314 0.292 35 W 0.021 0.009 0.026 0.250 0.222 0.472 36 P 0.012 0.006 0.037 0.648 0.132 0.164 37 F 0.018 0.007 0.031 0.705 0.119 0.120 38 S 0.014 0.005 0.014 0.793 0.062 0.111 39 V 0.001 0.001 0.006 0.974 0.009 0.010 40 A 0.001 0.001 0.005 0.982 0.007 0.004 41 Q 0.001 0.001 0.005 0.983 0.008 0.003 42 L 0.002 0.001 0.003 0.980 0.008 0.006 43 A 0.002 0.001 0.004 0.983 0.006 0.005 44 A 0.004 0.001 0.007 0.958 0.017 0.014 45 A 0.006 0.001 0.010 0.903 0.031 0.049 46 I 0.012 0.005 0.015 0.825 0.064 0.079 47 A 0.021 0.005 0.041 0.539 0.217 0.177 48 E 0.015 0.002 0.089 0.326 0.294 0.273 49 R 0.028 0.006 0.055 0.075 0.377 0.459 50 R 0.061 0.004 0.012 0.008 0.352 0.562 51 G 0.234 0.002 0.002 0.001 0.156 0.604 52 S 0.882 0.003 0.001 0.001 0.017 0.097 53 T 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 54 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 55 A 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 56 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 57 H 0.780 0.004 0.001 0.001 0.210 0.004 58 D 0.058 0.001 0.001 0.001 0.926 0.013 59 G 0.042 0.001 0.001 0.001 0.939 0.016 60 Q 0.812 0.014 0.001 0.001 0.139 0.034 61 V 0.953 0.004 0.001 0.001 0.006 0.037 62 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 63 G 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 64 F 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 65 A 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 66 N 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 67 F 0.970 0.001 0.001 0.003 0.006 0.019 68 Y 0.931 0.002 0.002 0.004 0.016 0.044 69 Q 0.856 0.003 0.004 0.009 0.055 0.073 70 W 0.550 0.019 0.016 0.016 0.265 0.133 71 Q 0.200 0.011 0.027 0.020 0.554 0.188 72 H 0.090 0.014 0.033 0.013 0.637 0.212 73 G 0.075 0.004 0.013 0.003 0.630 0.274 74 D 0.214 0.005 0.016 0.005 0.378 0.380 75 F 0.818 0.017 0.005 0.004 0.063 0.092 76 C 0.952 0.003 0.001 0.002 0.011 0.030 77 A 0.973 0.003 0.001 0.001 0.006 0.016 78 L 0.922 0.006 0.002 0.003 0.036 0.030 79 G 0.672 0.002 0.005 0.006 0.207 0.108 80 N 0.597 0.002 0.012 0.008 0.248 0.133 81 M 0.912 0.005 0.006 0.003 0.046 0.028 82 M 0.919 0.016 0.004 0.008 0.019 0.035 83 V 0.753 0.062 0.005 0.016 0.039 0.125 84 A 0.216 0.013 0.014 0.031 0.468 0.258 85 P 0.002 0.001 0.691 0.103 0.192 0.011 86 A 0.001 0.001 0.663 0.100 0.229 0.007 87 A 0.004 0.006 0.646 0.108 0.234 0.002 88 R 0.013 0.016 0.150 0.177 0.558 0.087 89 G 0.013 0.009 0.047 0.141 0.594 0.196 90 L 0.027 0.023 0.016 0.241 0.332 0.362 91 G 0.040 0.020 0.008 0.624 0.087 0.221 92 V 0.005 0.002 0.004 0.958 0.012 0.018 93 A 0.002 0.001 0.003 0.986 0.005 0.004 94 R 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 95 Y 0.001 0.001 0.010 0.981 0.005 0.002 96 L 0.001 0.001 0.005 0.991 0.003 0.001 97 I 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 98 G 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 99 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.003 0.001 100 M 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 101 E 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 102 N 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 103 L 0.001 0.001 0.003 0.988 0.005 0.004 104 A 0.001 0.001 0.006 0.979 0.008 0.006 105 R 0.001 0.001 0.016 0.960 0.018 0.006 106 E 0.001 0.001 0.017 0.926 0.034 0.021 107 Q 0.002 0.003 0.020 0.779 0.096 0.100 108 Y 0.003 0.001 0.034 0.360 0.246 0.355 109 K 0.003 0.001 0.006 0.003 0.195 0.791 110 A 0.079 0.003 0.009 0.002 0.256 0.651 111 R 0.334 0.003 0.009 0.002 0.148 0.504 112 L 0.871 0.003 0.002 0.001 0.025 0.098 113 M 0.966 0.001 0.001 0.001 0.006 0.027 114 K 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 115 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 116 S 0.961 0.002 0.001 0.002 0.006 0.028 117 C 0.786 0.004 0.001 0.006 0.037 0.166 118 F 0.297 0.007 0.011 0.012 0.218 0.455 119 N 0.061 0.005 0.124 0.064 0.471 0.275 120 A 0.026 0.007 0.174 0.151 0.462 0.180 121 N 0.013 0.005 0.139 0.356 0.327 0.160 122 A 0.003 0.001 0.077 0.825 0.066 0.028 123 A 0.001 0.001 0.041 0.926 0.023 0.008 124 G 0.003 0.002 0.032 0.926 0.023 0.015 125 L 0.002 0.001 0.014 0.959 0.013 0.012 126 L 0.006 0.001 0.014 0.955 0.015 0.009 127 L 0.003 0.001 0.008 0.970 0.011 0.007 128 Y 0.003 0.001 0.008 0.974 0.011 0.003 129 T 0.002 0.001 0.013 0.976 0.006 0.002 130 Q 0.001 0.001 0.008 0.980 0.008 0.003 131 L 0.001 0.001 0.008 0.956 0.009 0.026 132 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.967 133 Y 0.027 0.005 0.002 0.005 0.054 0.907 134 Q 0.248 0.010 0.006 0.010 0.089 0.636 135 P 0.469 0.012 0.023 0.020 0.100 0.376 136 R 0.587 0.006 0.041 0.034 0.088 0.244 137 A 0.708 0.005 0.031 0.035 0.075 0.145 138 I 0.765 0.008 0.017 0.053 0.050 0.107 139 A 0.707 0.008 0.026 0.046 0.091 0.121 140 E 0.612 0.009 0.038 0.046 0.128 0.168 141 R 0.486 0.012 0.046 0.031 0.146 0.280 142 H 0.295 0.061 0.017 0.014 0.139 0.474 143 D 0.074 0.018 0.005 0.001 0.851 0.050 144 P 0.005 0.001 0.041 0.002 0.941 0.009 145 D 0.001 0.001 0.043 0.004 0.945 0.006 146 G 0.031 0.008 0.035 0.003 0.914 0.009 147 R 0.382 0.029 0.006 0.009 0.131 0.443 148 R 0.815 0.050 0.003 0.003 0.021 0.108 149 V 0.852 0.005 0.006 0.004 0.041 0.091 150 A 0.798 0.002 0.008 0.004 0.054 0.133 151 L 0.906 0.003 0.008 0.004 0.027 0.053 152 I 0.924 0.003 0.005 0.008 0.020 0.040 153 Q 0.915 0.006 0.007 0.010 0.019 0.043 154 M 0.734 0.014 0.006 0.023 0.052 0.172 155 D 0.423 0.009 0.011 0.034 0.137 0.386 156 K 0.175 0.008 0.021 0.027 0.199 0.570 157 P 0.107 0.018 0.023 0.026 0.203 0.623 158 L 0.054 0.021 0.020 0.031 0.150 0.724 159 E 0.007 0.004 0.001 0.003 0.054 0.931 160 P 0.003 0.001 0.001 0.008 0.042 0.946