# TARGET T0374 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0374.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8826 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.002 0.044 0.072 0.135 0.112 0.038 0.582 2 Q 0.013 0.001 0.084 0.083 0.253 0.080 0.040 0.446 3 L 0.006 0.001 0.088 0.175 0.198 0.072 0.028 0.431 4 S 0.004 0.002 0.178 0.168 0.295 0.053 0.026 0.275 5 H 0.011 0.004 0.079 0.094 0.129 0.057 0.025 0.602 6 R 0.052 0.011 0.149 0.203 0.123 0.068 0.155 0.238 7 P 0.056 0.020 0.063 0.041 0.051 0.106 0.090 0.572 8 A 0.075 0.022 0.047 0.032 0.031 0.110 0.038 0.645 9 E 0.244 0.075 0.017 0.012 0.014 0.073 0.073 0.492 10 T 0.212 0.116 0.006 0.004 0.007 0.101 0.034 0.521 11 G 0.013 0.021 0.006 0.005 0.006 0.105 0.085 0.760 12 D 0.056 0.671 0.003 0.002 0.002 0.027 0.087 0.152 13 L 0.156 0.735 0.003 0.001 0.002 0.017 0.025 0.061 14 E 0.066 0.438 0.046 0.020 0.015 0.045 0.086 0.284 15 T 0.263 0.329 0.023 0.008 0.020 0.048 0.072 0.237 16 V 0.496 0.065 0.033 0.006 0.009 0.087 0.068 0.236 17 A 0.040 0.046 0.035 0.019 0.028 0.136 0.060 0.635 18 G 0.008 0.023 0.010 0.002 0.006 0.067 0.016 0.869 19 F 0.106 0.166 0.027 0.012 0.013 0.144 0.081 0.451 20 P 0.203 0.262 0.034 0.013 0.013 0.091 0.088 0.296 21 Q 0.132 0.190 0.014 0.004 0.006 0.074 0.044 0.536 22 D 0.106 0.337 0.023 0.007 0.009 0.072 0.068 0.377 23 R 0.116 0.291 0.031 0.008 0.010 0.081 0.085 0.377 24 D 0.138 0.243 0.030 0.014 0.020 0.076 0.092 0.386 25 E 0.143 0.086 0.032 0.019 0.029 0.082 0.081 0.528 26 L 0.098 0.037 0.034 0.032 0.051 0.118 0.057 0.571 27 F 0.054 0.017 0.025 0.024 0.043 0.116 0.045 0.677 28 Y 0.017 0.012 0.027 0.030 0.048 0.142 0.031 0.692 29 C 0.029 0.011 0.021 0.021 0.031 0.115 0.027 0.744 30 Y 0.224 0.036 0.022 0.030 0.026 0.099 0.091 0.471 31 P 0.226 0.061 0.015 0.013 0.017 0.090 0.046 0.533 32 K 0.063 0.030 0.017 0.009 0.017 0.101 0.040 0.723 33 A 0.027 0.031 0.017 0.011 0.015 0.126 0.034 0.738 34 I 0.089 0.104 0.015 0.010 0.012 0.110 0.143 0.517 35 W 0.094 0.403 0.009 0.006 0.006 0.065 0.119 0.298 36 P 0.050 0.600 0.007 0.003 0.005 0.043 0.042 0.250 37 F 0.021 0.705 0.007 0.004 0.004 0.028 0.079 0.151 38 S 0.009 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.009 39 V 0.010 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.006 40 A 0.003 0.967 0.003 0.001 0.001 0.002 0.012 0.012 41 Q 0.019 0.924 0.007 0.001 0.001 0.004 0.031 0.013 42 L 0.062 0.838 0.010 0.001 0.001 0.005 0.067 0.016 43 A 0.082 0.732 0.020 0.003 0.002 0.010 0.062 0.088 44 A 0.064 0.367 0.019 0.004 0.003 0.029 0.065 0.448 45 A 0.073 0.107 0.052 0.014 0.008 0.072 0.142 0.531 46 I 0.322 0.032 0.024 0.007 0.005 0.058 0.104 0.449 47 A 0.336 0.008 0.004 0.002 0.002 0.033 0.028 0.588 48 E 0.048 0.002 0.005 0.001 0.003 0.058 0.024 0.860 49 R 0.010 0.002 0.020 0.004 0.009 0.156 0.062 0.736 50 R 0.008 0.004 0.078 0.024 0.058 0.144 0.044 0.638 51 G 0.005 0.005 0.129 0.089 0.209 0.080 0.047 0.436 52 S 0.001 0.002 0.224 0.179 0.345 0.031 0.038 0.181 53 T 0.001 0.001 0.182 0.438 0.324 0.007 0.015 0.033 54 V 0.001 0.001 0.144 0.459 0.306 0.008 0.020 0.062 55 A 0.001 0.001 0.300 0.277 0.333 0.010 0.027 0.052 56 V 0.101 0.001 0.149 0.233 0.270 0.034 0.059 0.152 57 H 0.578 0.002 0.017 0.045 0.037 0.031 0.039 0.252 58 D 0.014 0.003 0.008 0.011 0.059 0.086 0.004 0.817 59 G 0.003 0.002 0.023 0.015 0.135 0.107 0.013 0.702 60 Q 0.004 0.007 0.048 0.494 0.256 0.043 0.029 0.120 61 V 0.009 0.023 0.080 0.287 0.254 0.037 0.038 0.273 62 L 0.008 0.013 0.179 0.277 0.296 0.022 0.058 0.145 63 G 0.007 0.015 0.182 0.310 0.384 0.012 0.046 0.044 64 F 0.017 0.025 0.182 0.162 0.337 0.028 0.064 0.185 65 A 0.011 0.020 0.114 0.332 0.399 0.021 0.028 0.076 66 N 0.020 0.025 0.095 0.197 0.423 0.038 0.051 0.152 67 F 0.026 0.018 0.079 0.177 0.277 0.072 0.058 0.294 68 Y 0.040 0.011 0.052 0.268 0.261 0.061 0.061 0.247 69 Q 0.059 0.007 0.029 0.060 0.092 0.104 0.070 0.579 70 W 0.067 0.004 0.024 0.028 0.036 0.127 0.052 0.662 71 Q 0.178 0.005 0.008 0.009 0.010 0.079 0.027 0.684 72 H 0.066 0.010 0.005 0.005 0.009 0.096 0.022 0.787 73 G 0.016 0.011 0.020 0.012 0.036 0.148 0.030 0.728 74 D 0.020 0.032 0.072 0.114 0.245 0.079 0.089 0.350 75 F 0.008 0.019 0.086 0.139 0.208 0.065 0.082 0.394 76 C 0.003 0.006 0.309 0.253 0.238 0.037 0.056 0.097 77 A 0.021 0.018 0.253 0.159 0.265 0.044 0.092 0.149 78 L 0.054 0.021 0.180 0.148 0.180 0.057 0.144 0.217 79 G 0.030 0.011 0.084 0.124 0.261 0.083 0.054 0.352 80 N 0.016 0.006 0.082 0.136 0.413 0.060 0.045 0.242 81 M 0.009 0.009 0.063 0.155 0.241 0.088 0.023 0.413 82 M 0.003 0.011 0.087 0.244 0.369 0.059 0.018 0.210 83 V 0.010 0.024 0.056 0.088 0.111 0.092 0.037 0.582 84 A 0.323 0.298 0.029 0.057 0.032 0.033 0.150 0.078 85 P 0.185 0.194 0.049 0.033 0.030 0.061 0.118 0.330 86 A 0.378 0.101 0.021 0.011 0.021 0.068 0.048 0.352 87 A 0.275 0.048 0.026 0.017 0.020 0.079 0.090 0.445 88 R 0.053 0.049 0.005 0.007 0.015 0.122 0.017 0.733 89 G 0.042 0.136 0.006 0.006 0.013 0.063 0.049 0.685 90 L 0.014 0.374 0.013 0.022 0.024 0.111 0.032 0.411 91 G 0.024 0.703 0.017 0.013 0.020 0.029 0.073 0.121 92 V 0.009 0.946 0.002 0.003 0.002 0.003 0.023 0.012 93 A 0.004 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.006 94 R 0.003 0.847 0.003 0.002 0.001 0.002 0.133 0.008 95 Y 0.002 0.931 0.002 0.001 0.001 0.002 0.057 0.005 96 L 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 97 I 0.006 0.913 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.004 98 G 0.001 0.250 0.002 0.001 0.001 0.002 0.737 0.007 99 V 0.005 0.948 0.001 0.001 0.001 0.002 0.039 0.005 100 M 0.020 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 101 E 0.011 0.937 0.003 0.001 0.001 0.003 0.020 0.026 102 N 0.012 0.914 0.005 0.001 0.001 0.005 0.020 0.044 103 L 0.038 0.861 0.018 0.001 0.001 0.006 0.054 0.023 104 A 0.221 0.569 0.045 0.001 0.001 0.015 0.095 0.054 105 R 0.157 0.151 0.058 0.001 0.001 0.036 0.193 0.403 106 E 0.125 0.139 0.036 0.001 0.001 0.036 0.059 0.604 107 Q 0.179 0.038 0.039 0.002 0.002 0.064 0.065 0.611 108 Y 0.039 0.010 0.015 0.003 0.002 0.097 0.029 0.805 109 K 0.092 0.022 0.014 0.002 0.005 0.068 0.035 0.762 110 A 0.035 0.015 0.036 0.005 0.007 0.137 0.033 0.731 111 R 0.017 0.022 0.242 0.040 0.098 0.120 0.067 0.394 112 L 0.006 0.009 0.202 0.047 0.119 0.064 0.092 0.462 113 M 0.003 0.008 0.397 0.196 0.181 0.039 0.046 0.131 114 K 0.007 0.015 0.360 0.166 0.241 0.029 0.050 0.131 115 I 0.008 0.018 0.240 0.222 0.207 0.040 0.079 0.187 116 S 0.020 0.047 0.319 0.151 0.179 0.045 0.067 0.171 117 C 0.044 0.056 0.140 0.116 0.133 0.062 0.156 0.294 118 F 0.195 0.203 0.079 0.042 0.042 0.068 0.106 0.266 119 N 0.151 0.242 0.020 0.014 0.019 0.073 0.071 0.409 120 A 0.018 0.203 0.009 0.004 0.005 0.065 0.066 0.630 121 N 0.020 0.897 0.002 0.001 0.001 0.008 0.031 0.041 122 A 0.013 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.017 123 A 0.005 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.012 124 G 0.012 0.933 0.001 0.001 0.001 0.003 0.041 0.010 125 L 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.002 0.963 0.002 126 L 0.002 0.708 0.005 0.003 0.004 0.005 0.258 0.016 127 L 0.061 0.744 0.025 0.005 0.016 0.020 0.073 0.056 128 Y 0.082 0.127 0.162 0.084 0.051 0.059 0.296 0.139 129 T 0.563 0.021 0.013 0.007 0.012 0.029 0.028 0.327 130 Q 0.225 0.003 0.006 0.003 0.005 0.071 0.013 0.674 131 L 0.005 0.001 0.015 0.006 0.012 0.194 0.008 0.759 132 G 0.004 0.001 0.021 0.014 0.055 0.162 0.012 0.730 133 Y 0.005 0.001 0.020 0.020 0.019 0.073 0.013 0.849 134 Q 0.175 0.057 0.104 0.140 0.062 0.082 0.101 0.279 135 P 0.078 0.054 0.027 0.021 0.030 0.075 0.027 0.688 136 R 0.079 0.088 0.067 0.038 0.054 0.082 0.034 0.557 137 A 0.068 0.075 0.077 0.074 0.099 0.079 0.095 0.434 138 I 0.128 0.049 0.025 0.057 0.083 0.094 0.101 0.463 139 A 0.213 0.038 0.023 0.079 0.088 0.072 0.083 0.403 140 E 0.050 0.013 0.009 0.035 0.055 0.102 0.023 0.712 141 R 0.013 0.005 0.012 0.038 0.079 0.124 0.030 0.698 142 H 0.019 0.004 0.014 0.035 0.047 0.128 0.035 0.718 143 D 0.698 0.007 0.005 0.013 0.013 0.045 0.034 0.185 144 P 0.463 0.009 0.003 0.007 0.008 0.052 0.027 0.431 145 D 0.022 0.008 0.005 0.004 0.020 0.092 0.007 0.842 146 G 0.010 0.007 0.012 0.013 0.047 0.086 0.014 0.810 147 R 0.015 0.035 0.029 0.253 0.153 0.112 0.033 0.370 148 R 0.031 0.088 0.042 0.077 0.117 0.065 0.045 0.533 149 V 0.049 0.129 0.067 0.179 0.172 0.052 0.100 0.254 150 A 0.023 0.124 0.075 0.168 0.271 0.032 0.103 0.205 151 L 0.018 0.058 0.087 0.165 0.329 0.036 0.099 0.208 152 I 0.032 0.029 0.053 0.284 0.428 0.031 0.039 0.103 153 Q 0.067 0.009 0.045 0.215 0.293 0.045 0.060 0.266 154 M 0.017 0.005 0.025 0.152 0.233 0.081 0.035 0.452 155 D 0.029 0.003 0.016 0.055 0.126 0.093 0.021 0.657 156 K 0.064 0.002 0.008 0.070 0.067 0.129 0.025 0.634 157 P 0.024 0.002 0.007 0.021 0.032 0.097 0.029 0.789 158 L 0.075 0.004 0.006 0.014 0.022 0.098 0.038 0.743 159 E 0.143 0.009 0.011 0.028 0.029 0.118 0.059 0.603 160 P 0.034 0.006 0.008 0.012 0.021 0.078 0.022 0.819