# TARGET T0374 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0374.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8826 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.297 0.119 0.108 0.134 0.086 0.071 0.070 0.042 0.037 0.023 0.015 2 Q 0.163 0.229 0.085 0.242 0.149 0.067 0.040 0.013 0.007 0.003 0.002 3 L 0.010 0.010 0.006 0.021 0.027 0.046 0.101 0.143 0.225 0.232 0.178 4 S 0.093 0.252 0.110 0.286 0.145 0.063 0.032 0.010 0.005 0.002 0.001 5 H 0.024 0.016 0.016 0.038 0.043 0.054 0.115 0.144 0.205 0.180 0.165 6 R 0.074 0.121 0.063 0.194 0.155 0.128 0.138 0.058 0.040 0.019 0.011 7 P 0.209 0.175 0.073 0.194 0.137 0.084 0.068 0.029 0.019 0.009 0.004 8 A 0.017 0.011 0.004 0.013 0.016 0.025 0.070 0.100 0.217 0.244 0.284 9 E 0.079 0.460 0.109 0.195 0.089 0.038 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 10 T 0.295 0.153 0.070 0.221 0.122 0.066 0.046 0.015 0.007 0.003 0.001 11 G 0.738 0.132 0.035 0.052 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 12 D 0.004 0.043 0.023 0.081 0.105 0.174 0.251 0.143 0.099 0.051 0.026 13 L 0.006 0.008 0.008 0.039 0.105 0.185 0.269 0.164 0.119 0.064 0.034 14 E 0.414 0.156 0.321 0.076 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 15 T 0.002 0.017 0.054 0.247 0.219 0.201 0.175 0.049 0.023 0.010 0.003 16 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.024 0.062 0.181 0.296 0.424 17 A 0.004 0.012 0.069 0.131 0.202 0.236 0.219 0.074 0.037 0.014 0.004 18 G 0.020 0.082 0.528 0.178 0.091 0.050 0.031 0.010 0.006 0.003 0.001 19 F 0.002 0.003 0.003 0.012 0.020 0.049 0.171 0.177 0.216 0.200 0.146 20 P 0.103 0.078 0.033 0.082 0.086 0.110 0.186 0.124 0.105 0.062 0.031 21 Q 0.186 0.148 0.120 0.170 0.118 0.087 0.079 0.037 0.030 0.017 0.009 22 D 0.137 0.162 0.104 0.144 0.103 0.098 0.102 0.056 0.050 0.030 0.015 23 R 0.113 0.069 0.040 0.089 0.089 0.116 0.154 0.114 0.107 0.071 0.037 24 D 0.265 0.142 0.094 0.139 0.099 0.075 0.083 0.043 0.034 0.018 0.008 25 E 0.118 0.113 0.150 0.174 0.125 0.104 0.098 0.051 0.039 0.020 0.008 26 L 0.045 0.032 0.037 0.078 0.082 0.117 0.192 0.139 0.138 0.090 0.050 27 F 0.029 0.039 0.058 0.104 0.122 0.138 0.188 0.128 0.105 0.061 0.028 28 Y 0.022 0.057 0.133 0.148 0.144 0.134 0.153 0.085 0.072 0.038 0.014 29 C 0.037 0.040 0.038 0.078 0.092 0.112 0.174 0.139 0.143 0.096 0.050 30 Y 0.043 0.038 0.020 0.060 0.075 0.100 0.187 0.163 0.162 0.102 0.050 31 P 0.201 0.135 0.057 0.132 0.112 0.096 0.109 0.067 0.052 0.027 0.011 32 K 0.379 0.149 0.066 0.132 0.093 0.066 0.057 0.028 0.019 0.009 0.003 33 A 0.184 0.081 0.039 0.079 0.079 0.087 0.130 0.106 0.109 0.068 0.037 34 I 0.064 0.089 0.037 0.083 0.088 0.102 0.132 0.108 0.127 0.098 0.073 35 W 0.037 0.046 0.024 0.068 0.097 0.137 0.202 0.143 0.128 0.080 0.038 36 P 0.450 0.132 0.092 0.111 0.072 0.049 0.046 0.022 0.015 0.008 0.004 37 F 0.069 0.068 0.042 0.138 0.141 0.131 0.174 0.103 0.073 0.041 0.018 38 S 0.011 0.043 0.020 0.045 0.047 0.066 0.127 0.144 0.208 0.167 0.123 39 V 0.010 0.009 0.024 0.092 0.194 0.263 0.232 0.091 0.055 0.023 0.008 40 A 0.127 0.103 0.544 0.128 0.048 0.022 0.017 0.005 0.004 0.002 0.001 41 Q 0.001 0.007 0.043 0.120 0.146 0.211 0.274 0.109 0.056 0.023 0.009 42 L 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.008 0.049 0.101 0.225 0.297 0.309 43 A 0.001 0.007 0.201 0.193 0.250 0.189 0.110 0.029 0.013 0.005 0.001 44 A 0.008 0.036 0.642 0.174 0.073 0.036 0.020 0.005 0.003 0.001 0.001 45 A 0.003 0.005 0.008 0.019 0.035 0.102 0.278 0.189 0.169 0.119 0.072 46 I 0.007 0.007 0.011 0.016 0.022 0.048 0.176 0.179 0.215 0.185 0.135 47 A 0.070 0.158 0.284 0.185 0.113 0.072 0.055 0.024 0.018 0.012 0.008 48 E 0.220 0.154 0.201 0.190 0.095 0.064 0.042 0.014 0.010 0.006 0.004 49 R 0.228 0.122 0.053 0.127 0.104 0.093 0.102 0.056 0.050 0.036 0.028 50 R 0.045 0.073 0.042 0.143 0.148 0.140 0.167 0.101 0.077 0.043 0.021 51 G 0.023 0.041 0.030 0.118 0.168 0.170 0.190 0.109 0.088 0.044 0.019 52 S 0.002 0.003 0.003 0.013 0.018 0.034 0.100 0.137 0.228 0.233 0.229 53 T 0.003 0.007 0.009 0.040 0.056 0.084 0.186 0.162 0.178 0.156 0.119 54 V 0.001 0.002 0.003 0.012 0.016 0.028 0.106 0.161 0.239 0.230 0.202 55 A 0.001 0.001 0.002 0.008 0.013 0.022 0.066 0.112 0.213 0.250 0.312 56 V 0.001 0.005 0.006 0.047 0.090 0.119 0.209 0.176 0.175 0.106 0.067 57 H 0.014 0.044 0.037 0.158 0.195 0.204 0.197 0.081 0.045 0.018 0.007 58 D 0.264 0.231 0.110 0.237 0.097 0.038 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 59 G 0.380 0.202 0.075 0.191 0.089 0.035 0.018 0.005 0.003 0.002 0.001 60 Q 0.014 0.074 0.042 0.235 0.256 0.178 0.124 0.044 0.021 0.009 0.004 61 V 0.001 0.002 0.001 0.009 0.022 0.052 0.162 0.207 0.245 0.187 0.112 62 L 0.001 0.003 0.004 0.020 0.038 0.077 0.182 0.178 0.184 0.163 0.149 63 G 0.002 0.002 0.003 0.011 0.018 0.031 0.118 0.172 0.244 0.231 0.169 64 F 0.002 0.003 0.003 0.019 0.028 0.047 0.126 0.155 0.215 0.208 0.193 65 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.010 0.043 0.100 0.232 0.321 0.281 66 N 0.004 0.018 0.017 0.118 0.156 0.162 0.218 0.140 0.103 0.046 0.018 67 F 0.002 0.004 0.004 0.011 0.012 0.020 0.060 0.125 0.244 0.270 0.249 68 Y 0.008 0.025 0.023 0.137 0.194 0.189 0.204 0.109 0.071 0.030 0.010 69 Q 0.063 0.095 0.049 0.168 0.158 0.145 0.148 0.082 0.057 0.026 0.009 70 W 0.036 0.041 0.024 0.088 0.101 0.119 0.172 0.136 0.136 0.093 0.054 71 Q 0.257 0.180 0.062 0.151 0.106 0.083 0.076 0.035 0.026 0.015 0.009 72 H 0.299 0.179 0.047 0.153 0.107 0.074 0.065 0.033 0.022 0.013 0.007 73 G 0.335 0.151 0.045 0.131 0.088 0.066 0.064 0.042 0.037 0.025 0.016 74 D 0.193 0.216 0.054 0.190 0.135 0.090 0.066 0.027 0.018 0.009 0.004 75 F 0.022 0.041 0.024 0.145 0.175 0.179 0.178 0.096 0.072 0.043 0.024 76 C 0.006 0.007 0.007 0.024 0.033 0.051 0.125 0.161 0.230 0.206 0.150 77 A 0.004 0.024 0.036 0.167 0.206 0.178 0.191 0.095 0.058 0.027 0.013 78 L 0.002 0.002 0.002 0.006 0.007 0.012 0.042 0.103 0.225 0.284 0.313 79 G 0.014 0.018 0.022 0.094 0.146 0.184 0.248 0.138 0.088 0.035 0.013 80 N 0.025 0.053 0.042 0.140 0.114 0.135 0.194 0.122 0.100 0.054 0.021 81 M 0.003 0.005 0.005 0.012 0.011 0.017 0.071 0.114 0.227 0.275 0.261 82 M 0.010 0.020 0.022 0.045 0.054 0.074 0.169 0.155 0.187 0.143 0.120 83 V 0.004 0.011 0.008 0.018 0.022 0.032 0.087 0.126 0.218 0.243 0.231 84 A 0.020 0.089 0.046 0.174 0.177 0.158 0.161 0.079 0.055 0.027 0.015 85 P 0.287 0.119 0.061 0.184 0.143 0.098 0.066 0.022 0.012 0.005 0.002 86 A 0.378 0.152 0.065 0.160 0.106 0.060 0.044 0.016 0.010 0.005 0.004 87 A 0.027 0.024 0.023 0.057 0.067 0.100 0.168 0.134 0.164 0.129 0.107 88 R 0.018 0.046 0.057 0.147 0.137 0.140 0.179 0.099 0.086 0.054 0.037 89 G 0.087 0.150 0.179 0.138 0.111 0.102 0.099 0.048 0.039 0.028 0.019 90 L 0.016 0.041 0.049 0.166 0.203 0.209 0.185 0.068 0.038 0.017 0.007 91 G 0.186 0.111 0.053 0.121 0.112 0.112 0.138 0.073 0.050 0.029 0.016 92 V 0.002 0.010 0.016 0.044 0.057 0.079 0.174 0.146 0.197 0.142 0.134 93 A 0.002 0.003 0.009 0.013 0.016 0.032 0.138 0.166 0.241 0.219 0.160 94 R 0.017 0.032 0.109 0.286 0.235 0.167 0.099 0.029 0.017 0.007 0.002 95 Y 0.002 0.016 0.087 0.089 0.121 0.170 0.245 0.136 0.077 0.039 0.019 96 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.032 0.072 0.237 0.316 0.331 97 I 0.001 0.001 0.008 0.007 0.011 0.035 0.215 0.192 0.217 0.196 0.119 98 G 0.004 0.016 0.495 0.280 0.131 0.047 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 99 V 0.001 0.001 0.003 0.008 0.031 0.123 0.423 0.223 0.114 0.054 0.020 100 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.041 0.212 0.364 0.374 101 E 0.001 0.001 0.006 0.023 0.098 0.305 0.389 0.106 0.049 0.019 0.005 102 N 0.003 0.021 0.703 0.197 0.052 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.021 0.116 0.446 0.219 0.125 0.051 0.015 104 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.065 0.192 0.309 0.405 105 R 0.001 0.007 0.099 0.195 0.295 0.218 0.125 0.038 0.015 0.005 0.001 106 E 0.024 0.076 0.566 0.191 0.079 0.043 0.016 0.003 0.002 0.001 0.001 107 Q 0.032 0.029 0.024 0.053 0.073 0.154 0.306 0.145 0.099 0.057 0.029 108 Y 0.032 0.019 0.008 0.022 0.025 0.049 0.173 0.181 0.206 0.175 0.111 109 K 0.366 0.306 0.114 0.135 0.050 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 110 A 0.017 0.011 0.008 0.019 0.023 0.040 0.095 0.136 0.238 0.218 0.196 111 R 0.085 0.161 0.065 0.243 0.182 0.122 0.091 0.028 0.015 0.005 0.003 112 L 0.009 0.044 0.037 0.228 0.222 0.172 0.142 0.071 0.043 0.021 0.010 113 M 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.018 0.082 0.160 0.273 0.264 0.190 114 K 0.004 0.025 0.029 0.218 0.257 0.197 0.158 0.061 0.033 0.012 0.005 115 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.041 0.100 0.247 0.318 0.280 116 S 0.009 0.033 0.034 0.204 0.238 0.182 0.165 0.070 0.041 0.016 0.008 117 C 0.001 0.004 0.002 0.005 0.006 0.012 0.055 0.125 0.256 0.293 0.240 118 F 0.012 0.034 0.032 0.190 0.235 0.196 0.161 0.072 0.043 0.018 0.007 119 N 0.210 0.159 0.100 0.184 0.119 0.080 0.077 0.033 0.022 0.011 0.005 120 A 0.099 0.125 0.059 0.161 0.137 0.129 0.125 0.065 0.051 0.033 0.016 121 N 0.023 0.031 0.015 0.047 0.062 0.098 0.178 0.158 0.170 0.124 0.093 122 A 0.358 0.170 0.095 0.140 0.088 0.059 0.050 0.019 0.012 0.006 0.003 123 A 0.044 0.071 0.069 0.153 0.150 0.151 0.163 0.086 0.062 0.033 0.017 124 G 0.003 0.002 0.003 0.009 0.013 0.027 0.091 0.128 0.242 0.244 0.239 125 L 0.003 0.006 0.022 0.085 0.133 0.175 0.215 0.132 0.117 0.075 0.037 126 L 0.004 0.025 0.251 0.170 0.166 0.147 0.119 0.050 0.038 0.021 0.009 127 L 0.001 0.002 0.010 0.025 0.030 0.050 0.168 0.172 0.210 0.183 0.149 128 Y 0.001 0.001 0.004 0.006 0.006 0.009 0.042 0.102 0.229 0.324 0.277 129 T 0.001 0.009 0.074 0.182 0.258 0.190 0.164 0.065 0.037 0.015 0.006 130 Q 0.003 0.020 0.131 0.145 0.179 0.193 0.188 0.075 0.043 0.017 0.006 131 L 0.003 0.004 0.004 0.021 0.037 0.084 0.266 0.219 0.192 0.120 0.049 132 G 0.264 0.218 0.063 0.157 0.092 0.063 0.069 0.032 0.024 0.012 0.006 133 Y 0.007 0.008 0.005 0.013 0.018 0.029 0.086 0.133 0.225 0.241 0.235 134 Q 0.136 0.361 0.096 0.221 0.096 0.044 0.027 0.009 0.006 0.002 0.002 135 P 0.100 0.088 0.031 0.119 0.127 0.133 0.156 0.100 0.079 0.046 0.021 136 R 0.173 0.148 0.062 0.185 0.140 0.103 0.091 0.042 0.032 0.016 0.008 137 A 0.241 0.114 0.063 0.126 0.101 0.096 0.108 0.060 0.049 0.028 0.015 138 I 0.053 0.083 0.055 0.154 0.127 0.129 0.175 0.094 0.069 0.039 0.022 139 A 0.033 0.042 0.046 0.081 0.099 0.133 0.196 0.136 0.119 0.075 0.041 140 E 0.098 0.148 0.192 0.267 0.143 0.072 0.047 0.016 0.010 0.005 0.002 141 R 0.136 0.155 0.137 0.194 0.143 0.101 0.074 0.029 0.019 0.009 0.003 142 H 0.076 0.053 0.048 0.099 0.103 0.123 0.160 0.107 0.104 0.077 0.049 143 D 0.078 0.110 0.044 0.138 0.136 0.133 0.163 0.092 0.062 0.031 0.013 144 P 0.429 0.133 0.075 0.092 0.066 0.055 0.059 0.034 0.029 0.019 0.009 145 D 0.388 0.227 0.049 0.124 0.077 0.051 0.043 0.018 0.013 0.006 0.003 146 G 0.484 0.118 0.038 0.090 0.062 0.048 0.046 0.032 0.035 0.027 0.019 147 R 0.144 0.207 0.070 0.182 0.142 0.104 0.078 0.035 0.024 0.011 0.005 148 R 0.062 0.088 0.083 0.160 0.155 0.148 0.141 0.077 0.052 0.025 0.009 149 V 0.031 0.033 0.029 0.091 0.117 0.144 0.201 0.138 0.114 0.069 0.033 150 A 0.060 0.067 0.089 0.167 0.150 0.132 0.151 0.082 0.058 0.030 0.013 151 L 0.012 0.022 0.043 0.111 0.120 0.134 0.191 0.132 0.120 0.076 0.039 152 I 0.016 0.017 0.035 0.051 0.056 0.076 0.167 0.160 0.190 0.146 0.084 153 Q 0.013 0.040 0.079 0.199 0.193 0.160 0.158 0.076 0.051 0.022 0.008 154 M 0.009 0.013 0.025 0.028 0.031 0.050 0.130 0.152 0.220 0.200 0.142 155 D 0.039 0.085 0.090 0.241 0.208 0.137 0.108 0.045 0.029 0.013 0.006 156 K 0.104 0.096 0.067 0.105 0.100 0.110 0.162 0.101 0.083 0.049 0.022 157 P 0.322 0.187 0.085 0.171 0.104 0.062 0.040 0.015 0.009 0.004 0.002 158 L 0.113 0.053 0.025 0.058 0.061 0.077 0.150 0.130 0.143 0.115 0.075 159 E 0.308 0.373 0.065 0.124 0.059 0.031 0.019 0.009 0.006 0.003 0.002 160 P 0.596 0.148 0.041 0.079 0.048 0.033 0.024 0.012 0.010 0.006 0.003