# TARGET T0374 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0374.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8826 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.002 0.005 0.008 0.009 0.009 0.010 0.001 0.001 0.001 0.943 2 Q 0.023 0.001 0.002 0.037 0.029 0.040 0.126 0.001 0.001 0.004 0.737 3 L 0.151 0.001 0.017 0.062 0.035 0.049 0.050 0.001 0.001 0.011 0.624 4 S 0.013 0.001 0.001 0.289 0.125 0.173 0.125 0.001 0.001 0.002 0.270 5 H 0.011 0.001 0.002 0.232 0.062 0.135 0.053 0.001 0.001 0.003 0.501 6 R 0.008 0.001 0.001 0.522 0.121 0.176 0.053 0.001 0.001 0.001 0.118 7 P 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.969 8 A 0.006 0.001 0.001 0.243 0.094 0.234 0.101 0.001 0.001 0.005 0.315 9 E 0.054 0.002 0.001 0.050 0.021 0.049 0.164 0.001 0.001 0.008 0.650 10 T 0.032 0.006 0.001 0.024 0.007 0.012 0.057 0.001 0.001 0.003 0.859 11 G 0.035 0.008 0.002 0.015 0.007 0.014 0.190 0.001 0.001 0.006 0.723 12 D 0.119 0.013 0.001 0.004 0.003 0.005 0.465 0.001 0.001 0.012 0.377 13 L 0.159 0.137 0.007 0.010 0.005 0.007 0.092 0.002 0.001 0.006 0.576 14 E 0.017 0.197 0.001 0.002 0.003 0.003 0.113 0.001 0.001 0.002 0.662 15 T 0.042 0.374 0.001 0.003 0.007 0.010 0.193 0.003 0.001 0.005 0.361 16 V 0.085 0.769 0.001 0.002 0.003 0.006 0.011 0.005 0.001 0.001 0.116 17 A 0.052 0.858 0.001 0.002 0.003 0.008 0.018 0.025 0.001 0.001 0.031 18 G 0.204 0.607 0.004 0.002 0.003 0.004 0.002 0.091 0.001 0.001 0.082 19 F 0.417 0.411 0.052 0.002 0.001 0.002 0.003 0.021 0.001 0.001 0.091 20 P 0.005 0.014 0.015 0.004 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.951 21 Q 0.024 0.011 0.005 0.026 0.004 0.014 0.074 0.004 0.001 0.002 0.836 22 D 0.404 0.023 0.006 0.013 0.004 0.005 0.115 0.004 0.001 0.006 0.420 23 R 0.256 0.132 0.004 0.044 0.006 0.011 0.086 0.003 0.001 0.006 0.453 24 D 0.089 0.059 0.004 0.031 0.011 0.017 0.218 0.001 0.001 0.006 0.564 25 E 0.127 0.105 0.003 0.036 0.020 0.024 0.127 0.002 0.001 0.009 0.548 26 L 0.154 0.236 0.006 0.026 0.030 0.047 0.125 0.004 0.001 0.010 0.362 27 F 0.142 0.199 0.009 0.028 0.057 0.077 0.111 0.009 0.001 0.008 0.360 28 Y 0.154 0.191 0.008 0.035 0.047 0.081 0.045 0.012 0.001 0.005 0.422 29 C 0.145 0.098 0.019 0.028 0.041 0.074 0.037 0.013 0.001 0.004 0.541 30 Y 0.081 0.035 0.015 0.031 0.047 0.082 0.059 0.007 0.001 0.003 0.639 31 P 0.006 0.002 0.002 0.007 0.004 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.965 32 K 0.021 0.003 0.001 0.019 0.007 0.019 0.071 0.001 0.001 0.002 0.855 33 A 0.222 0.012 0.002 0.025 0.008 0.016 0.086 0.001 0.001 0.005 0.622 34 I 0.209 0.049 0.003 0.032 0.010 0.020 0.086 0.002 0.001 0.004 0.587 35 W 0.134 0.055 0.004 0.040 0.010 0.027 0.119 0.001 0.001 0.002 0.608 36 P 0.005 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.978 37 F 0.047 0.046 0.001 0.007 0.003 0.011 0.249 0.001 0.001 0.004 0.631 38 S 0.166 0.199 0.002 0.005 0.003 0.006 0.155 0.003 0.001 0.003 0.459 39 V 0.034 0.785 0.001 0.004 0.001 0.002 0.018 0.002 0.001 0.001 0.152 40 A 0.021 0.734 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.209 41 Q 0.025 0.865 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.004 0.001 0.001 0.078 42 L 0.018 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.016 43 A 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 44 A 0.020 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.022 45 A 0.088 0.861 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.020 46 I 0.109 0.811 0.020 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.001 0.001 0.029 47 A 0.078 0.484 0.046 0.002 0.002 0.003 0.012 0.062 0.001 0.001 0.310 48 E 0.161 0.252 0.023 0.006 0.003 0.004 0.019 0.042 0.001 0.002 0.487 49 R 0.298 0.116 0.023 0.008 0.006 0.005 0.072 0.032 0.001 0.010 0.430 50 R 0.204 0.066 0.053 0.033 0.017 0.021 0.089 0.016 0.001 0.012 0.491 51 G 0.100 0.038 0.044 0.174 0.073 0.106 0.070 0.007 0.001 0.009 0.378 52 S 0.041 0.015 0.014 0.325 0.177 0.204 0.038 0.001 0.001 0.004 0.181 53 T 0.006 0.006 0.002 0.362 0.221 0.284 0.023 0.001 0.001 0.001 0.094 54 V 0.003 0.004 0.001 0.351 0.284 0.312 0.009 0.001 0.001 0.001 0.035 55 A 0.003 0.004 0.001 0.341 0.231 0.343 0.015 0.001 0.001 0.001 0.062 56 V 0.002 0.002 0.001 0.238 0.313 0.363 0.025 0.001 0.001 0.001 0.054 57 H 0.005 0.002 0.001 0.104 0.155 0.216 0.103 0.001 0.001 0.004 0.409 58 D 0.003 0.001 0.001 0.020 0.023 0.048 0.204 0.001 0.001 0.008 0.693 59 G 0.134 0.001 0.002 0.019 0.013 0.019 0.273 0.001 0.001 0.126 0.412 60 Q 0.456 0.005 0.016 0.016 0.016 0.009 0.263 0.001 0.001 0.061 0.159 61 V 0.053 0.013 0.012 0.057 0.058 0.072 0.249 0.001 0.001 0.012 0.473 62 L 0.009 0.006 0.003 0.123 0.226 0.467 0.052 0.001 0.001 0.002 0.111 63 G 0.003 0.006 0.001 0.106 0.282 0.490 0.033 0.001 0.001 0.001 0.079 64 F 0.004 0.009 0.001 0.049 0.259 0.521 0.017 0.001 0.001 0.001 0.139 65 A 0.002 0.005 0.001 0.090 0.291 0.569 0.010 0.001 0.001 0.001 0.031 66 N 0.005 0.007 0.001 0.110 0.241 0.441 0.034 0.001 0.001 0.003 0.159 67 F 0.014 0.008 0.005 0.148 0.244 0.374 0.029 0.002 0.001 0.004 0.171 68 Y 0.011 0.006 0.003 0.101 0.272 0.382 0.058 0.002 0.001 0.003 0.162 69 Q 0.018 0.004 0.004 0.038 0.088 0.126 0.047 0.002 0.001 0.004 0.671 70 W 0.023 0.005 0.005 0.060 0.175 0.273 0.094 0.002 0.001 0.006 0.357 71 Q 0.025 0.005 0.002 0.028 0.061 0.104 0.126 0.001 0.001 0.008 0.641 72 H 0.040 0.005 0.001 0.015 0.028 0.041 0.134 0.001 0.001 0.010 0.724 73 G 0.111 0.004 0.003 0.015 0.017 0.024 0.110 0.001 0.001 0.020 0.695 74 D 0.178 0.004 0.005 0.019 0.035 0.025 0.226 0.001 0.001 0.018 0.490 75 F 0.117 0.005 0.009 0.029 0.043 0.059 0.159 0.001 0.001 0.013 0.566 76 C 0.029 0.006 0.005 0.102 0.223 0.294 0.107 0.001 0.001 0.005 0.228 77 A 0.008 0.005 0.001 0.126 0.200 0.312 0.133 0.001 0.001 0.003 0.212 78 L 0.010 0.006 0.001 0.088 0.163 0.364 0.046 0.001 0.001 0.003 0.319 79 G 0.008 0.006 0.001 0.167 0.257 0.397 0.063 0.001 0.001 0.004 0.097 80 N 0.018 0.007 0.001 0.109 0.107 0.157 0.084 0.001 0.001 0.006 0.510 81 M 0.030 0.010 0.004 0.255 0.172 0.248 0.067 0.001 0.001 0.007 0.204 82 M 0.026 0.013 0.002 0.238 0.156 0.257 0.124 0.002 0.001 0.006 0.174 83 V 0.030 0.029 0.008 0.188 0.101 0.224 0.104 0.003 0.001 0.007 0.307 84 A 0.022 0.016 0.005 0.135 0.196 0.263 0.104 0.001 0.001 0.002 0.256 85 P 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.983 86 A 0.007 0.003 0.001 0.035 0.027 0.076 0.332 0.001 0.001 0.005 0.514 87 A 0.395 0.028 0.001 0.014 0.007 0.012 0.109 0.002 0.001 0.015 0.416 88 R 0.232 0.410 0.001 0.017 0.009 0.012 0.085 0.004 0.001 0.005 0.224 89 G 0.262 0.167 0.007 0.009 0.005 0.009 0.092 0.006 0.001 0.011 0.432 90 L 0.186 0.189 0.036 0.010 0.002 0.006 0.072 0.002 0.001 0.004 0.492 91 G 0.027 0.085 0.005 0.007 0.004 0.004 0.163 0.004 0.001 0.002 0.699 92 V 0.124 0.236 0.034 0.006 0.003 0.006 0.104 0.001 0.001 0.005 0.481 93 A 0.015 0.599 0.002 0.013 0.006 0.015 0.080 0.002 0.001 0.001 0.268 94 R 0.027 0.568 0.001 0.003 0.002 0.002 0.033 0.003 0.001 0.001 0.360 95 Y 0.021 0.853 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.111 96 L 0.003 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.030 97 I 0.012 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.011 98 G 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 99 V 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 100 M 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 101 E 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 102 N 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 103 L 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 104 A 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 105 R 0.007 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.008 106 E 0.026 0.955 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 107 Q 0.060 0.882 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.027 108 Y 0.154 0.709 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.001 0.001 0.068 109 K 0.129 0.268 0.061 0.004 0.005 0.003 0.012 0.158 0.001 0.001 0.359 110 A 0.180 0.103 0.227 0.030 0.008 0.015 0.016 0.030 0.001 0.004 0.386 111 R 0.088 0.023 0.037 0.266 0.090 0.059 0.089 0.015 0.001 0.004 0.329 112 L 0.033 0.005 0.039 0.157 0.027 0.041 0.032 0.001 0.001 0.003 0.663 113 M 0.002 0.001 0.002 0.611 0.155 0.194 0.015 0.001 0.001 0.001 0.019 114 K 0.003 0.002 0.001 0.576 0.116 0.171 0.026 0.001 0.001 0.001 0.105 115 I 0.001 0.001 0.001 0.539 0.178 0.235 0.008 0.001 0.001 0.001 0.037 116 S 0.001 0.001 0.001 0.427 0.175 0.296 0.025 0.001 0.001 0.001 0.073 117 C 0.007 0.002 0.001 0.212 0.221 0.317 0.034 0.001 0.001 0.004 0.201 118 F 0.006 0.003 0.001 0.171 0.178 0.334 0.088 0.001 0.001 0.005 0.212 119 N 0.011 0.005 0.002 0.069 0.090 0.184 0.168 0.002 0.001 0.008 0.462 120 A 0.028 0.009 0.003 0.033 0.033 0.048 0.176 0.001 0.001 0.014 0.654 121 N 0.081 0.011 0.001 0.006 0.007 0.011 0.482 0.002 0.001 0.029 0.370 122 A 0.232 0.037 0.010 0.005 0.002 0.003 0.240 0.002 0.001 0.025 0.444 123 A 0.031 0.079 0.005 0.002 0.002 0.003 0.366 0.001 0.001 0.008 0.502 124 G 0.027 0.226 0.004 0.004 0.010 0.028 0.430 0.002 0.001 0.016 0.254 125 L 0.026 0.809 0.001 0.003 0.008 0.014 0.029 0.002 0.001 0.002 0.107 126 L 0.007 0.881 0.001 0.001 0.002 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.090 127 L 0.012 0.925 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.049 128 Y 0.012 0.967 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 129 T 0.003 0.975 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 0.007 130 Q 0.060 0.901 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.020 131 L 0.164 0.547 0.011 0.002 0.004 0.003 0.004 0.225 0.001 0.001 0.041 132 G 0.510 0.112 0.043 0.006 0.003 0.002 0.007 0.200 0.001 0.004 0.112 133 Y 0.007 0.005 0.945 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.032 134 Q 0.008 0.006 0.010 0.223 0.081 0.071 0.106 0.004 0.001 0.001 0.490 135 P 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 136 R 0.006 0.002 0.001 0.268 0.042 0.113 0.165 0.001 0.001 0.002 0.401 137 A 0.112 0.005 0.001 0.085 0.014 0.040 0.095 0.001 0.001 0.011 0.638 138 I 0.113 0.060 0.001 0.138 0.041 0.068 0.064 0.001 0.001 0.004 0.510 139 A 0.066 0.047 0.002 0.105 0.070 0.123 0.069 0.001 0.001 0.005 0.512 140 E 0.104 0.059 0.002 0.055 0.048 0.094 0.074 0.005 0.001 0.006 0.553 141 R 0.207 0.051 0.006 0.016 0.066 0.100 0.065 0.014 0.001 0.007 0.470 142 H 0.235 0.063 0.023 0.029 0.047 0.074 0.058 0.014 0.001 0.005 0.450 143 D 0.082 0.029 0.008 0.038 0.111 0.107 0.153 0.007 0.001 0.004 0.460 144 P 0.003 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.972 145 D 0.016 0.001 0.001 0.005 0.004 0.010 0.437 0.001 0.001 0.005 0.520 146 G 0.770 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.063 0.001 0.001 0.048 0.106 147 R 0.351 0.037 0.019 0.014 0.006 0.005 0.336 0.001 0.001 0.017 0.214 148 R 0.027 0.016 0.010 0.041 0.027 0.045 0.214 0.001 0.001 0.005 0.615 149 V 0.023 0.031 0.002 0.142 0.062 0.211 0.080 0.001 0.001 0.004 0.445 150 A 0.022 0.041 0.001 0.037 0.086 0.142 0.097 0.001 0.001 0.004 0.569 151 L 0.076 0.103 0.002 0.044 0.139 0.241 0.048 0.002 0.001 0.005 0.339 152 I 0.046 0.158 0.002 0.132 0.184 0.213 0.042 0.004 0.001 0.002 0.216 153 Q 0.054 0.137 0.002 0.107 0.142 0.252 0.061 0.007 0.001 0.004 0.232 154 M 0.062 0.154 0.006 0.128 0.136 0.275 0.044 0.014 0.001 0.004 0.177 155 D 0.111 0.119 0.015 0.120 0.085 0.147 0.068 0.024 0.001 0.006 0.304 156 K 0.085 0.022 0.032 0.053 0.043 0.061 0.086 0.008 0.001 0.004 0.606 157 P 0.003 0.001 0.003 0.007 0.002 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.970 158 L 0.039 0.002 0.005 0.039 0.012 0.037 0.162 0.001 0.001 0.006 0.698 159 E 0.196 0.003 0.002 0.018 0.007 0.013 0.088 0.001 0.001 0.005 0.667 160 P 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.982