# TARGET T0374 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0374.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8826 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.700 0.200 0.070 0.023 0.006 0.001 0.001 2 Q 0.648 0.227 0.084 0.030 0.009 0.002 0.001 3 L 0.216 0.184 0.218 0.214 0.127 0.038 0.002 4 S 0.261 0.297 0.207 0.141 0.069 0.023 0.002 5 H 0.073 0.087 0.126 0.228 0.274 0.188 0.025 6 R 0.128 0.206 0.231 0.222 0.139 0.065 0.009 7 P 0.182 0.265 0.235 0.175 0.094 0.042 0.006 8 A 0.054 0.074 0.149 0.278 0.290 0.142 0.013 9 E 0.254 0.355 0.227 0.116 0.037 0.010 0.001 10 T 0.420 0.323 0.158 0.074 0.021 0.004 0.001 11 G 0.468 0.340 0.126 0.049 0.014 0.003 0.001 12 D 0.064 0.180 0.249 0.282 0.171 0.051 0.002 13 L 0.027 0.074 0.183 0.338 0.290 0.085 0.003 14 E 0.156 0.461 0.262 0.094 0.023 0.004 0.001 15 T 0.023 0.118 0.297 0.338 0.174 0.048 0.003 16 V 0.004 0.007 0.016 0.076 0.327 0.524 0.046 17 A 0.017 0.101 0.258 0.348 0.207 0.065 0.004 18 G 0.065 0.285 0.313 0.212 0.089 0.034 0.003 19 F 0.011 0.033 0.075 0.211 0.345 0.289 0.037 20 P 0.022 0.078 0.187 0.294 0.257 0.143 0.019 21 Q 0.194 0.324 0.237 0.140 0.070 0.029 0.006 22 D 0.225 0.283 0.221 0.155 0.077 0.032 0.007 23 R 0.189 0.204 0.195 0.186 0.135 0.075 0.015 24 D 0.260 0.249 0.183 0.145 0.097 0.053 0.013 25 E 0.330 0.232 0.155 0.129 0.089 0.049 0.016 26 L 0.165 0.165 0.176 0.196 0.162 0.110 0.026 27 F 0.137 0.146 0.161 0.190 0.182 0.147 0.038 28 Y 0.150 0.126 0.144 0.185 0.181 0.159 0.054 29 C 0.125 0.114 0.131 0.180 0.201 0.193 0.056 30 Y 0.153 0.142 0.160 0.191 0.179 0.140 0.035 31 P 0.259 0.226 0.186 0.166 0.102 0.049 0.011 32 K 0.348 0.287 0.165 0.107 0.056 0.029 0.009 33 A 0.165 0.159 0.173 0.205 0.166 0.107 0.026 34 I 0.113 0.154 0.178 0.208 0.188 0.133 0.026 35 W 0.082 0.136 0.187 0.231 0.200 0.134 0.030 36 P 0.301 0.285 0.162 0.112 0.076 0.049 0.015 37 F 0.097 0.191 0.226 0.229 0.155 0.083 0.020 38 S 0.037 0.068 0.111 0.213 0.276 0.249 0.045 39 V 0.045 0.137 0.231 0.277 0.198 0.096 0.015 40 A 0.171 0.389 0.237 0.122 0.053 0.023 0.004 41 Q 0.018 0.090 0.207 0.310 0.249 0.114 0.012 42 L 0.006 0.012 0.034 0.146 0.381 0.383 0.038 43 A 0.045 0.210 0.314 0.270 0.125 0.033 0.003 44 A 0.186 0.409 0.255 0.110 0.030 0.008 0.001 45 A 0.024 0.079 0.157 0.295 0.292 0.145 0.009 46 I 0.027 0.078 0.179 0.320 0.278 0.111 0.008 47 A 0.432 0.314 0.145 0.074 0.027 0.007 0.001 48 E 0.471 0.321 0.136 0.053 0.015 0.004 0.001 49 R 0.251 0.306 0.218 0.135 0.063 0.025 0.003 50 R 0.077 0.206 0.232 0.229 0.168 0.078 0.011 51 G 0.005 0.027 0.089 0.229 0.336 0.262 0.052 52 S 0.002 0.008 0.025 0.071 0.205 0.476 0.214 53 T 0.001 0.006 0.019 0.047 0.134 0.446 0.346 54 V 0.001 0.006 0.026 0.071 0.170 0.420 0.306 55 A 0.001 0.002 0.004 0.017 0.101 0.482 0.393 56 V 0.003 0.024 0.091 0.266 0.381 0.221 0.015 57 H 0.028 0.173 0.284 0.324 0.160 0.030 0.002 58 D 0.356 0.403 0.160 0.062 0.015 0.003 0.001 59 G 0.273 0.405 0.215 0.086 0.018 0.003 0.001 60 Q 0.098 0.330 0.316 0.183 0.063 0.009 0.001 61 V 0.005 0.021 0.053 0.154 0.363 0.375 0.030 62 L 0.001 0.013 0.070 0.184 0.301 0.344 0.086 63 G 0.001 0.004 0.013 0.039 0.145 0.507 0.291 64 F 0.001 0.007 0.027 0.081 0.184 0.375 0.325 65 A 0.001 0.003 0.007 0.022 0.103 0.449 0.416 66 N 0.001 0.008 0.055 0.205 0.327 0.314 0.090 67 F 0.001 0.003 0.006 0.034 0.180 0.563 0.213 68 Y 0.006 0.041 0.143 0.287 0.300 0.200 0.022 69 Q 0.027 0.166 0.270 0.296 0.174 0.062 0.005 70 W 0.072 0.184 0.255 0.265 0.169 0.050 0.005 71 Q 0.351 0.309 0.170 0.107 0.046 0.015 0.002 72 H 0.474 0.296 0.134 0.065 0.023 0.007 0.001 73 G 0.381 0.306 0.165 0.090 0.042 0.014 0.002 74 D 0.139 0.242 0.255 0.199 0.111 0.046 0.008 75 F 0.029 0.072 0.141 0.227 0.276 0.211 0.044 76 C 0.010 0.023 0.040 0.092 0.213 0.401 0.220 77 A 0.004 0.012 0.039 0.113 0.231 0.359 0.241 78 L 0.006 0.008 0.010 0.020 0.069 0.314 0.573 79 G 0.014 0.027 0.052 0.110 0.175 0.311 0.312 80 N 0.012 0.034 0.068 0.119 0.171 0.304 0.293 81 M 0.008 0.011 0.020 0.057 0.152 0.388 0.364 82 M 0.007 0.017 0.036 0.091 0.183 0.414 0.251 83 V 0.031 0.048 0.067 0.125 0.227 0.340 0.162 84 A 0.047 0.113 0.170 0.272 0.244 0.129 0.025 85 P 0.162 0.288 0.250 0.175 0.082 0.033 0.010 86 A 0.278 0.302 0.186 0.126 0.063 0.035 0.011 87 A 0.128 0.152 0.162 0.222 0.193 0.126 0.017 88 R 0.173 0.191 0.170 0.187 0.156 0.103 0.020 89 G 0.114 0.149 0.153 0.197 0.193 0.158 0.037 90 L 0.101 0.200 0.235 0.207 0.142 0.091 0.022 91 G 0.055 0.161 0.216 0.222 0.185 0.127 0.033 92 V 0.005 0.017 0.042 0.107 0.250 0.441 0.138 93 A 0.002 0.006 0.018 0.069 0.228 0.506 0.170 94 R 0.014 0.093 0.285 0.353 0.189 0.061 0.005 95 Y 0.008 0.040 0.160 0.357 0.316 0.110 0.009 96 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.064 0.602 0.327 97 I 0.001 0.003 0.020 0.139 0.426 0.388 0.023 98 G 0.004 0.090 0.358 0.357 0.149 0.041 0.002 99 V 0.001 0.004 0.046 0.298 0.459 0.180 0.013 100 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.067 0.667 0.262 101 E 0.001 0.015 0.129 0.391 0.358 0.102 0.004 102 N 0.021 0.408 0.386 0.145 0.033 0.007 0.001 103 L 0.001 0.017 0.128 0.482 0.303 0.066 0.003 104 A 0.001 0.002 0.011 0.117 0.506 0.353 0.010 105 R 0.048 0.352 0.404 0.169 0.026 0.001 0.001 106 E 0.438 0.498 0.058 0.006 0.001 0.001 0.001 107 Q 0.087 0.325 0.344 0.210 0.032 0.002 0.001 108 Y 0.028 0.117 0.283 0.375 0.175 0.021 0.001 109 K 0.485 0.412 0.081 0.019 0.003 0.001 0.001 110 A 0.006 0.053 0.199 0.399 0.288 0.055 0.001 111 R 0.067 0.403 0.307 0.157 0.053 0.012 0.001 112 L 0.003 0.042 0.183 0.348 0.306 0.111 0.007 113 M 0.001 0.004 0.015 0.061 0.248 0.606 0.065 114 K 0.001 0.013 0.089 0.272 0.381 0.213 0.032 115 I 0.002 0.010 0.017 0.040 0.135 0.523 0.272 116 S 0.002 0.025 0.115 0.301 0.321 0.201 0.035 117 C 0.002 0.006 0.017 0.088 0.287 0.480 0.121 118 F 0.015 0.100 0.233 0.317 0.228 0.099 0.008 119 N 0.081 0.321 0.299 0.199 0.074 0.022 0.002 120 A 0.038 0.181 0.274 0.265 0.168 0.067 0.008 121 N 0.047 0.097 0.165 0.276 0.259 0.143 0.012 122 A 0.188 0.347 0.235 0.136 0.067 0.024 0.003 123 A 0.086 0.207 0.286 0.258 0.124 0.037 0.003 124 G 0.029 0.037 0.050 0.123 0.286 0.394 0.080 125 L 0.042 0.142 0.250 0.296 0.189 0.074 0.008 126 L 0.075 0.271 0.311 0.212 0.088 0.037 0.006 127 L 0.046 0.066 0.099 0.218 0.292 0.248 0.031 128 Y 0.032 0.052 0.100 0.227 0.312 0.245 0.031 129 T 0.226 0.327 0.228 0.139 0.056 0.020 0.003 130 Q 0.151 0.251 0.251 0.187 0.102 0.049 0.010 131 L 0.040 0.072 0.120 0.205 0.260 0.250 0.052 132 G 0.083 0.189 0.209 0.188 0.158 0.134 0.039 133 Y 0.048 0.058 0.093 0.193 0.278 0.264 0.067 134 Q 0.105 0.242 0.271 0.201 0.106 0.059 0.016 135 P 0.122 0.148 0.176 0.215 0.194 0.118 0.027 136 R 0.244 0.269 0.227 0.155 0.071 0.029 0.006 137 A 0.292 0.236 0.167 0.149 0.102 0.046 0.008 138 I 0.222 0.229 0.207 0.183 0.111 0.043 0.005 139 A 0.229 0.183 0.179 0.205 0.145 0.053 0.005 140 E 0.490 0.256 0.139 0.076 0.029 0.008 0.001 141 R 0.519 0.255 0.127 0.067 0.025 0.007 0.001 142 H 0.401 0.213 0.166 0.133 0.065 0.020 0.002 143 D 0.499 0.246 0.135 0.078 0.031 0.009 0.001 144 P 0.608 0.191 0.101 0.063 0.027 0.008 0.001 145 D 0.687 0.205 0.067 0.029 0.009 0.003 0.001 146 G 0.431 0.251 0.157 0.101 0.042 0.014 0.002 147 R 0.295 0.260 0.184 0.138 0.078 0.037 0.007 148 R 0.104 0.164 0.197 0.240 0.185 0.095 0.015 149 V 0.039 0.071 0.124 0.217 0.264 0.232 0.053 150 A 0.033 0.083 0.128 0.184 0.224 0.264 0.083 151 L 0.026 0.057 0.116 0.193 0.229 0.268 0.111 152 I 0.020 0.037 0.050 0.101 0.215 0.406 0.171 153 Q 0.022 0.065 0.123 0.214 0.244 0.245 0.087 154 M 0.018 0.023 0.040 0.115 0.268 0.430 0.105 155 D 0.065 0.169 0.239 0.275 0.171 0.073 0.008 156 K 0.099 0.180 0.253 0.272 0.147 0.046 0.004 157 P 0.313 0.330 0.199 0.108 0.038 0.012 0.001 158 L 0.195 0.194 0.238 0.242 0.105 0.024 0.001 159 E 0.781 0.161 0.040 0.014 0.004 0.001 0.001 160 P 0.846 0.120 0.025 0.007 0.001 0.001 0.001