# TARGET T0374 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0374.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2157 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.008 0.736 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.027 0.056 0.001 0.141 0.019 2 Q 0.012 0.020 0.420 0.007 0.001 0.001 0.013 0.002 0.083 0.033 0.001 0.027 0.380 3 L 0.053 0.021 0.231 0.169 0.004 0.001 0.083 0.018 0.171 0.020 0.004 0.120 0.104 4 S 0.052 0.004 0.114 0.015 0.005 0.002 0.124 0.017 0.298 0.022 0.009 0.240 0.099 5 H 0.029 0.007 0.206 0.032 0.002 0.001 0.087 0.014 0.268 0.018 0.004 0.011 0.320 6 R 0.004 0.003 0.208 0.003 0.001 0.001 0.007 0.002 0.293 0.042 0.002 0.422 0.014 7 P 0.001 0.021 0.539 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.120 0.039 0.007 0.001 0.263 8 A 0.001 0.030 0.709 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.034 0.099 0.017 0.089 0.006 9 E 0.001 0.010 0.814 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.011 0.101 0.005 0.003 0.051 10 T 0.001 0.001 0.041 0.001 0.453 0.197 0.001 0.001 0.001 0.021 0.283 0.001 0.001 11 G 0.001 0.011 0.084 0.001 0.263 0.143 0.001 0.001 0.004 0.112 0.377 0.001 0.003 12 D 0.001 0.011 0.136 0.001 0.192 0.438 0.001 0.001 0.003 0.072 0.139 0.001 0.007 13 L 0.001 0.002 0.006 0.001 0.024 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 15 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.027 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 17 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.825 0.001 0.001 0.001 0.001 0.162 0.001 0.001 18 G 0.001 0.001 0.007 0.001 0.010 0.526 0.001 0.001 0.001 0.011 0.445 0.001 0.001 19 F 0.001 0.004 0.504 0.001 0.012 0.201 0.001 0.001 0.001 0.218 0.058 0.001 0.001 20 P 0.001 0.008 0.304 0.001 0.124 0.263 0.001 0.001 0.002 0.082 0.214 0.001 0.001 21 Q 0.001 0.006 0.190 0.001 0.123 0.361 0.001 0.001 0.002 0.147 0.165 0.001 0.004 22 D 0.001 0.006 0.235 0.001 0.071 0.518 0.001 0.001 0.005 0.083 0.072 0.003 0.005 23 R 0.001 0.005 0.069 0.002 0.055 0.775 0.001 0.001 0.002 0.031 0.055 0.001 0.004 24 D 0.001 0.003 0.058 0.001 0.075 0.763 0.001 0.001 0.001 0.036 0.055 0.003 0.003 25 E 0.002 0.004 0.048 0.001 0.075 0.743 0.001 0.001 0.008 0.028 0.075 0.004 0.011 26 L 0.004 0.011 0.067 0.002 0.047 0.688 0.002 0.002 0.010 0.037 0.112 0.006 0.013 27 F 0.005 0.014 0.113 0.003 0.040 0.495 0.002 0.003 0.011 0.079 0.204 0.020 0.012 28 Y 0.011 0.026 0.252 0.004 0.029 0.237 0.003 0.003 0.014 0.119 0.228 0.025 0.049 29 C 0.005 0.058 0.438 0.004 0.014 0.101 0.001 0.001 0.008 0.224 0.090 0.025 0.030 30 Y 0.001 0.029 0.708 0.001 0.013 0.044 0.001 0.001 0.004 0.140 0.039 0.007 0.013 31 P 0.001 0.008 0.177 0.002 0.215 0.174 0.001 0.001 0.001 0.089 0.324 0.002 0.006 32 K 0.001 0.006 0.110 0.003 0.311 0.101 0.001 0.001 0.002 0.098 0.363 0.002 0.004 33 A 0.001 0.017 0.261 0.001 0.246 0.112 0.001 0.001 0.006 0.149 0.196 0.005 0.006 34 I 0.001 0.042 0.452 0.002 0.057 0.096 0.001 0.001 0.008 0.195 0.124 0.003 0.019 35 W 0.001 0.013 0.448 0.001 0.016 0.036 0.001 0.001 0.006 0.414 0.048 0.011 0.005 36 P 0.001 0.014 0.622 0.001 0.028 0.075 0.001 0.001 0.005 0.090 0.147 0.002 0.015 37 F 0.001 0.069 0.553 0.001 0.017 0.070 0.001 0.001 0.004 0.208 0.065 0.007 0.005 38 S 0.001 0.016 0.744 0.001 0.005 0.096 0.001 0.001 0.002 0.115 0.010 0.001 0.011 39 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 40 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 45 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.939 0.001 0.001 0.001 0.002 0.048 0.001 0.001 46 I 0.001 0.004 0.049 0.001 0.020 0.832 0.001 0.001 0.001 0.022 0.072 0.001 0.001 47 A 0.001 0.006 0.216 0.001 0.098 0.446 0.001 0.001 0.001 0.068 0.162 0.001 0.002 48 E 0.001 0.002 0.125 0.001 0.072 0.157 0.001 0.001 0.001 0.090 0.551 0.001 0.002 49 R 0.001 0.002 0.179 0.001 0.072 0.036 0.001 0.001 0.001 0.127 0.578 0.002 0.002 50 R 0.001 0.010 0.389 0.006 0.032 0.007 0.001 0.001 0.003 0.316 0.213 0.005 0.017 51 G 0.008 0.007 0.437 0.100 0.013 0.002 0.002 0.001 0.015 0.185 0.086 0.091 0.054 52 S 0.223 0.004 0.142 0.027 0.006 0.001 0.019 0.007 0.037 0.037 0.008 0.123 0.367 53 T 0.763 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.025 0.003 0.005 0.001 0.001 0.128 0.069 54 V 0.821 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.053 0.016 0.010 0.001 0.001 0.044 0.051 55 A 0.760 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.037 0.007 0.012 0.001 0.001 0.117 0.062 56 V 0.649 0.001 0.021 0.011 0.001 0.001 0.030 0.003 0.016 0.007 0.026 0.018 0.218 57 H 0.241 0.004 0.029 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 0.028 0.099 0.538 0.044 58 D 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.957 0.002 0.005 59 G 0.001 0.001 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.916 0.002 0.003 60 Q 0.100 0.008 0.053 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.015 0.003 0.756 0.057 61 V 0.093 0.008 0.012 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 0.848 62 L 0.170 0.001 0.011 0.675 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.019 63 G 0.669 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.120 0.001 0.002 0.003 0.001 0.094 0.100 64 F 0.688 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.099 0.002 0.003 0.002 0.001 0.060 0.138 65 A 0.757 0.001 0.007 0.015 0.001 0.001 0.072 0.001 0.003 0.001 0.001 0.094 0.051 66 N 0.653 0.001 0.014 0.005 0.001 0.001 0.050 0.003 0.008 0.003 0.002 0.134 0.127 67 F 0.553 0.001 0.040 0.013 0.001 0.001 0.030 0.001 0.005 0.009 0.003 0.058 0.286 68 Y 0.310 0.004 0.092 0.026 0.003 0.001 0.012 0.001 0.007 0.037 0.012 0.394 0.101 69 Q 0.089 0.013 0.154 0.012 0.017 0.004 0.008 0.001 0.013 0.086 0.052 0.052 0.499 70 W 0.067 0.019 0.228 0.025 0.035 0.008 0.006 0.001 0.007 0.103 0.133 0.222 0.146 71 Q 0.034 0.032 0.229 0.006 0.039 0.014 0.005 0.001 0.006 0.160 0.246 0.060 0.168 72 H 0.009 0.017 0.219 0.008 0.035 0.021 0.002 0.001 0.002 0.215 0.376 0.041 0.055 73 G 0.004 0.006 0.241 0.009 0.023 0.018 0.001 0.001 0.001 0.320 0.325 0.026 0.025 74 D 0.015 0.008 0.302 0.010 0.020 0.029 0.001 0.001 0.001 0.279 0.235 0.036 0.064 75 F 0.147 0.021 0.164 0.008 0.027 0.070 0.011 0.001 0.006 0.090 0.072 0.149 0.234 76 C 0.322 0.011 0.089 0.013 0.015 0.074 0.036 0.003 0.010 0.029 0.020 0.126 0.251 77 A 0.514 0.010 0.025 0.027 0.005 0.025 0.072 0.004 0.009 0.010 0.009 0.166 0.124 78 L 0.556 0.006 0.019 0.012 0.007 0.028 0.064 0.003 0.012 0.007 0.016 0.072 0.198 79 G 0.286 0.004 0.127 0.054 0.018 0.061 0.026 0.003 0.022 0.054 0.065 0.162 0.118 80 N 0.361 0.003 0.065 0.022 0.025 0.046 0.018 0.003 0.016 0.092 0.048 0.100 0.202 81 M 0.364 0.005 0.096 0.007 0.037 0.042 0.029 0.003 0.013 0.023 0.051 0.103 0.228 82 M 0.445 0.019 0.083 0.001 0.018 0.031 0.042 0.004 0.011 0.012 0.035 0.175 0.123 83 V 0.239 0.027 0.245 0.014 0.014 0.036 0.030 0.004 0.011 0.053 0.058 0.066 0.204 84 A 0.005 0.008 0.739 0.005 0.008 0.016 0.001 0.001 0.002 0.124 0.008 0.049 0.035 85 P 0.001 0.001 0.026 0.001 0.306 0.277 0.001 0.001 0.001 0.023 0.360 0.001 0.005 86 A 0.001 0.002 0.012 0.001 0.339 0.261 0.001 0.001 0.001 0.028 0.353 0.001 0.002 87 A 0.001 0.007 0.024 0.001 0.227 0.555 0.001 0.001 0.002 0.011 0.170 0.001 0.001 88 R 0.001 0.008 0.027 0.001 0.049 0.374 0.001 0.001 0.002 0.021 0.516 0.001 0.001 89 G 0.001 0.003 0.061 0.001 0.016 0.092 0.001 0.001 0.001 0.047 0.779 0.001 0.001 90 L 0.001 0.010 0.293 0.001 0.008 0.125 0.001 0.001 0.004 0.261 0.288 0.002 0.006 91 G 0.001 0.032 0.307 0.001 0.006 0.343 0.001 0.001 0.010 0.179 0.104 0.005 0.014 92 V 0.001 0.010 0.066 0.001 0.003 0.881 0.001 0.001 0.004 0.013 0.018 0.001 0.003 93 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 104 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 105 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.922 0.001 0.001 0.001 0.004 0.058 0.001 0.001 106 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.015 0.786 0.001 0.001 0.001 0.006 0.186 0.001 0.001 107 Q 0.001 0.001 0.053 0.001 0.053 0.537 0.001 0.001 0.001 0.021 0.335 0.001 0.001 108 Y 0.001 0.005 0.130 0.001 0.044 0.214 0.001 0.001 0.002 0.082 0.521 0.001 0.002 109 K 0.001 0.007 0.206 0.010 0.042 0.025 0.001 0.001 0.002 0.136 0.564 0.006 0.002 110 A 0.001 0.003 0.744 0.003 0.015 0.009 0.001 0.001 0.034 0.097 0.032 0.007 0.053 111 R 0.006 0.003 0.271 0.098 0.007 0.002 0.008 0.003 0.068 0.460 0.023 0.037 0.014 112 L 0.046 0.004 0.039 0.003 0.002 0.001 0.097 0.136 0.486 0.015 0.003 0.047 0.120 113 M 0.121 0.001 0.025 0.012 0.001 0.001 0.213 0.329 0.230 0.005 0.002 0.027 0.034 114 K 0.189 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.216 0.369 0.171 0.002 0.001 0.023 0.018 115 I 0.269 0.001 0.022 0.003 0.001 0.001 0.216 0.314 0.110 0.002 0.001 0.023 0.038 116 S 0.215 0.002 0.100 0.002 0.001 0.003 0.153 0.127 0.235 0.012 0.004 0.111 0.034 117 C 0.117 0.009 0.243 0.013 0.002 0.004 0.062 0.029 0.150 0.027 0.006 0.030 0.307 118 F 0.028 0.010 0.475 0.031 0.021 0.032 0.009 0.006 0.054 0.128 0.066 0.092 0.048 119 N 0.006 0.013 0.273 0.003 0.094 0.076 0.002 0.001 0.018 0.262 0.187 0.015 0.051 120 A 0.001 0.019 0.219 0.001 0.065 0.187 0.001 0.001 0.010 0.235 0.242 0.008 0.013 121 N 0.001 0.005 0.289 0.001 0.021 0.448 0.001 0.001 0.002 0.166 0.064 0.001 0.003 122 A 0.001 0.001 0.014 0.001 0.007 0.949 0.001 0.001 0.001 0.011 0.017 0.001 0.001 123 A 0.001 0.001 0.011 0.001 0.006 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 124 G 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 125 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 127 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 128 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 129 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 130 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.897 0.001 0.001 0.001 0.002 0.086 0.001 0.001 131 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.005 0.151 0.001 0.001 0.001 0.014 0.820 0.001 0.001 132 G 0.001 0.002 0.080 0.002 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.051 0.851 0.001 0.001 133 Y 0.001 0.007 0.854 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 0.061 0.041 0.001 0.022 134 Q 0.003 0.036 0.378 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.023 0.067 0.009 0.465 0.010 135 P 0.003 0.026 0.212 0.001 0.015 0.013 0.003 0.001 0.030 0.014 0.011 0.002 0.669 136 R 0.004 0.005 0.223 0.518 0.034 0.019 0.004 0.002 0.023 0.032 0.035 0.088 0.014 137 A 0.024 0.009 0.248 0.011 0.058 0.022 0.007 0.001 0.022 0.147 0.084 0.147 0.220 138 I 0.019 0.020 0.260 0.005 0.017 0.014 0.005 0.001 0.008 0.069 0.018 0.087 0.476 139 A 0.031 0.013 0.324 0.062 0.035 0.039 0.002 0.001 0.004 0.057 0.035 0.298 0.098 140 E 0.030 0.008 0.206 0.016 0.059 0.056 0.003 0.001 0.008 0.114 0.164 0.046 0.289 141 R 0.067 0.012 0.149 0.013 0.049 0.084 0.007 0.001 0.005 0.129 0.181 0.136 0.167 142 H 0.091 0.167 0.166 0.009 0.013 0.036 0.009 0.001 0.004 0.155 0.055 0.076 0.219 143 D 0.003 0.015 0.794 0.003 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.078 0.026 0.027 0.036 144 P 0.001 0.005 0.083 0.002 0.017 0.019 0.001 0.001 0.001 0.053 0.801 0.005 0.013 145 D 0.001 0.002 0.028 0.002 0.013 0.011 0.001 0.001 0.001 0.061 0.879 0.002 0.002 146 G 0.001 0.005 0.247 0.004 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.504 0.213 0.007 0.005 147 R 0.004 0.019 0.702 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.132 0.024 0.061 0.047 148 R 0.022 0.108 0.151 0.004 0.002 0.005 0.008 0.001 0.003 0.029 0.009 0.017 0.641 149 V 0.089 0.014 0.181 0.314 0.005 0.016 0.018 0.002 0.006 0.015 0.013 0.281 0.046 150 A 0.248 0.007 0.119 0.012 0.005 0.024 0.036 0.002 0.014 0.038 0.006 0.179 0.310 151 L 0.498 0.002 0.036 0.013 0.003 0.016 0.048 0.002 0.006 0.008 0.003 0.105 0.261 152 I 0.606 0.001 0.016 0.012 0.001 0.010 0.047 0.001 0.003 0.004 0.002 0.227 0.070 153 Q 0.627 0.002 0.013 0.008 0.002 0.010 0.040 0.001 0.004 0.004 0.005 0.068 0.217 154 M 0.499 0.001 0.045 0.012 0.002 0.014 0.035 0.001 0.005 0.015 0.018 0.218 0.134 155 D 0.402 0.009 0.107 0.013 0.005 0.017 0.023 0.001 0.006 0.053 0.024 0.089 0.252 156 K 0.037 0.011 0.332 0.004 0.007 0.016 0.003 0.001 0.006 0.173 0.023 0.309 0.079 157 P 0.005 0.019 0.698 0.005 0.009 0.015 0.001 0.001 0.002 0.044 0.045 0.009 0.148 158 L 0.001 0.029 0.708 0.003 0.016 0.013 0.001 0.001 0.001 0.089 0.112 0.016 0.013 159 E 0.001 0.005 0.838 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.111 0.031 0.003 0.003 160 P 0.001 0.002 0.897 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.071 0.017 0.001 0.002