# TARGET T0374 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0374.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2157 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.300 0.112 0.078 0.109 0.082 0.074 0.073 0.059 0.052 0.037 0.024 2 Q 0.203 0.225 0.086 0.224 0.133 0.060 0.039 0.015 0.008 0.004 0.002 3 L 0.014 0.013 0.009 0.028 0.042 0.070 0.139 0.179 0.218 0.186 0.104 4 S 0.122 0.155 0.082 0.240 0.185 0.095 0.065 0.026 0.017 0.008 0.005 5 H 0.039 0.024 0.024 0.062 0.063 0.067 0.138 0.147 0.175 0.136 0.124 6 R 0.072 0.083 0.062 0.172 0.143 0.146 0.148 0.074 0.052 0.032 0.017 7 P 0.222 0.199 0.090 0.179 0.122 0.076 0.068 0.024 0.013 0.005 0.002 8 A 0.005 0.003 0.002 0.004 0.007 0.013 0.046 0.087 0.200 0.278 0.355 9 E 0.062 0.455 0.140 0.201 0.089 0.030 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 10 T 0.241 0.127 0.073 0.238 0.154 0.085 0.053 0.016 0.009 0.003 0.001 11 G 0.785 0.101 0.038 0.039 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 12 D 0.002 0.035 0.022 0.090 0.109 0.175 0.267 0.142 0.095 0.044 0.019 13 L 0.004 0.005 0.005 0.023 0.064 0.128 0.231 0.193 0.167 0.107 0.072 14 E 0.405 0.142 0.379 0.057 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 T 0.004 0.022 0.056 0.240 0.235 0.206 0.165 0.045 0.018 0.007 0.002 16 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.026 0.065 0.170 0.290 0.437 17 A 0.006 0.011 0.044 0.120 0.187 0.268 0.227 0.075 0.040 0.016 0.006 18 G 0.021 0.085 0.540 0.178 0.085 0.045 0.027 0.009 0.005 0.002 0.001 19 F 0.001 0.002 0.003 0.009 0.017 0.046 0.175 0.182 0.198 0.217 0.149 20 P 0.112 0.084 0.041 0.093 0.087 0.095 0.172 0.118 0.102 0.062 0.034 21 Q 0.165 0.141 0.151 0.206 0.134 0.087 0.058 0.025 0.018 0.010 0.005 22 D 0.150 0.145 0.104 0.139 0.093 0.101 0.106 0.061 0.050 0.034 0.016 23 R 0.119 0.066 0.043 0.087 0.086 0.110 0.162 0.113 0.107 0.069 0.037 24 D 0.239 0.097 0.093 0.120 0.085 0.085 0.106 0.066 0.055 0.035 0.018 25 E 0.084 0.095 0.177 0.198 0.128 0.105 0.097 0.051 0.036 0.020 0.010 26 L 0.046 0.035 0.065 0.096 0.089 0.120 0.182 0.131 0.117 0.076 0.043 27 F 0.027 0.035 0.068 0.104 0.100 0.136 0.192 0.134 0.105 0.069 0.031 28 Y 0.025 0.059 0.136 0.152 0.150 0.134 0.139 0.087 0.068 0.036 0.014 29 C 0.023 0.029 0.031 0.054 0.065 0.078 0.142 0.155 0.182 0.148 0.093 30 Y 0.049 0.072 0.043 0.117 0.132 0.134 0.175 0.114 0.093 0.050 0.022 31 P 0.160 0.093 0.050 0.122 0.129 0.122 0.127 0.081 0.065 0.035 0.017 32 K 0.418 0.190 0.083 0.149 0.071 0.039 0.026 0.011 0.007 0.003 0.001 33 A 0.270 0.081 0.048 0.091 0.081 0.082 0.118 0.084 0.074 0.046 0.025 34 I 0.092 0.119 0.040 0.100 0.096 0.095 0.140 0.111 0.100 0.068 0.038 35 W 0.065 0.084 0.039 0.093 0.105 0.122 0.172 0.128 0.098 0.064 0.029 36 P 0.370 0.111 0.081 0.137 0.098 0.068 0.066 0.031 0.022 0.011 0.005 37 F 0.025 0.037 0.022 0.072 0.116 0.138 0.208 0.161 0.118 0.071 0.032 38 S 0.016 0.167 0.048 0.102 0.068 0.076 0.104 0.106 0.123 0.111 0.079 39 V 0.017 0.012 0.025 0.094 0.177 0.263 0.226 0.095 0.057 0.024 0.009 40 A 0.576 0.137 0.201 0.057 0.016 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 41 Q 0.002 0.008 0.044 0.207 0.197 0.207 0.209 0.078 0.032 0.011 0.004 42 L 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.006 0.044 0.106 0.230 0.327 0.280 43 A 0.001 0.002 0.146 0.148 0.213 0.255 0.166 0.042 0.019 0.006 0.002 44 A 0.004 0.018 0.707 0.179 0.060 0.022 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 45 A 0.001 0.002 0.005 0.011 0.030 0.135 0.412 0.196 0.117 0.063 0.030 46 I 0.001 0.002 0.008 0.005 0.006 0.016 0.102 0.167 0.250 0.252 0.190 47 A 0.027 0.111 0.351 0.184 0.142 0.081 0.060 0.021 0.011 0.007 0.005 48 E 0.216 0.168 0.326 0.161 0.067 0.036 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 49 R 0.306 0.127 0.073 0.098 0.087 0.077 0.100 0.050 0.038 0.027 0.019 50 R 0.074 0.099 0.050 0.149 0.137 0.145 0.155 0.083 0.059 0.032 0.018 51 G 0.047 0.071 0.036 0.119 0.149 0.155 0.165 0.099 0.081 0.051 0.026 52 S 0.004 0.009 0.008 0.039 0.055 0.098 0.200 0.176 0.166 0.145 0.100 53 T 0.001 0.005 0.005 0.028 0.049 0.091 0.201 0.186 0.180 0.147 0.106 54 V 0.001 0.002 0.002 0.012 0.020 0.035 0.118 0.177 0.243 0.221 0.169 55 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.018 0.068 0.121 0.209 0.258 0.310 56 V 0.001 0.006 0.007 0.048 0.087 0.111 0.197 0.174 0.180 0.106 0.083 57 H 0.014 0.048 0.030 0.141 0.178 0.196 0.211 0.093 0.057 0.021 0.010 58 D 0.380 0.265 0.077 0.180 0.061 0.022 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 59 G 0.488 0.185 0.057 0.144 0.072 0.030 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 60 Q 0.007 0.065 0.031 0.194 0.255 0.224 0.146 0.048 0.018 0.007 0.004 61 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.020 0.091 0.172 0.257 0.253 0.197 62 L 0.001 0.001 0.001 0.007 0.017 0.050 0.160 0.195 0.222 0.186 0.160 63 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.016 0.088 0.178 0.260 0.264 0.179 64 F 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.023 0.089 0.151 0.211 0.259 0.252 65 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.043 0.114 0.235 0.321 0.270 66 N 0.003 0.009 0.006 0.056 0.091 0.118 0.219 0.199 0.166 0.091 0.042 67 F 0.001 0.004 0.004 0.015 0.017 0.029 0.084 0.154 0.246 0.250 0.196 68 Y 0.011 0.024 0.018 0.110 0.160 0.171 0.202 0.139 0.100 0.047 0.019 69 Q 0.074 0.095 0.040 0.175 0.155 0.139 0.147 0.088 0.052 0.024 0.009 70 W 0.021 0.027 0.015 0.068 0.083 0.099 0.162 0.164 0.165 0.125 0.071 71 Q 0.120 0.149 0.055 0.176 0.134 0.112 0.108 0.064 0.045 0.025 0.013 72 H 0.191 0.154 0.048 0.146 0.120 0.099 0.105 0.060 0.041 0.024 0.012 73 G 0.285 0.129 0.042 0.118 0.096 0.082 0.081 0.057 0.051 0.037 0.023 74 D 0.163 0.185 0.051 0.163 0.125 0.101 0.092 0.049 0.037 0.023 0.012 75 F 0.034 0.047 0.028 0.120 0.138 0.154 0.174 0.117 0.097 0.058 0.034 76 C 0.035 0.024 0.021 0.050 0.055 0.073 0.143 0.148 0.179 0.152 0.121 77 A 0.011 0.020 0.039 0.129 0.147 0.151 0.189 0.122 0.097 0.059 0.036 78 L 0.008 0.011 0.027 0.048 0.055 0.073 0.137 0.159 0.189 0.163 0.130 79 G 0.019 0.022 0.043 0.090 0.104 0.138 0.200 0.152 0.120 0.074 0.040 80 N 0.030 0.048 0.070 0.126 0.123 0.135 0.184 0.119 0.087 0.053 0.025 81 M 0.004 0.005 0.009 0.015 0.015 0.022 0.073 0.115 0.215 0.269 0.259 82 M 0.012 0.026 0.039 0.077 0.097 0.115 0.208 0.137 0.134 0.092 0.064 83 V 0.004 0.010 0.012 0.021 0.021 0.029 0.088 0.122 0.205 0.229 0.259 84 A 0.026 0.074 0.044 0.129 0.149 0.160 0.179 0.101 0.074 0.041 0.024 85 P 0.357 0.180 0.073 0.150 0.102 0.063 0.044 0.017 0.009 0.004 0.002 86 A 0.440 0.136 0.070 0.145 0.093 0.052 0.037 0.013 0.007 0.004 0.003 87 A 0.042 0.039 0.036 0.082 0.085 0.114 0.173 0.127 0.133 0.091 0.078 88 R 0.013 0.037 0.040 0.133 0.162 0.166 0.186 0.113 0.077 0.047 0.026 89 G 0.130 0.187 0.173 0.138 0.093 0.083 0.086 0.048 0.031 0.019 0.013 90 L 0.030 0.051 0.058 0.169 0.223 0.198 0.160 0.058 0.033 0.016 0.006 91 G 0.120 0.084 0.054 0.119 0.120 0.129 0.166 0.081 0.063 0.038 0.026 92 V 0.001 0.008 0.016 0.037 0.045 0.070 0.153 0.145 0.191 0.165 0.168 93 A 0.001 0.002 0.009 0.009 0.013 0.026 0.138 0.186 0.238 0.217 0.162 94 R 0.026 0.031 0.111 0.258 0.240 0.177 0.091 0.034 0.019 0.009 0.004 95 Y 0.003 0.014 0.090 0.115 0.149 0.179 0.251 0.108 0.054 0.024 0.012 96 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.055 0.170 0.315 0.437 97 I 0.001 0.001 0.005 0.005 0.012 0.037 0.219 0.187 0.197 0.187 0.151 98 G 0.008 0.024 0.559 0.255 0.100 0.034 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 99 V 0.001 0.001 0.003 0.009 0.034 0.137 0.450 0.211 0.096 0.042 0.015 100 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.035 0.178 0.359 0.420 101 E 0.001 0.001 0.005 0.021 0.092 0.295 0.421 0.101 0.045 0.014 0.005 102 N 0.008 0.022 0.602 0.258 0.075 0.026 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.090 0.381 0.257 0.142 0.078 0.028 104 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.080 0.202 0.304 0.385 105 R 0.001 0.006 0.159 0.202 0.317 0.177 0.097 0.028 0.010 0.003 0.001 106 E 0.025 0.050 0.546 0.205 0.093 0.054 0.020 0.004 0.002 0.001 0.001 107 Q 0.014 0.018 0.021 0.043 0.059 0.128 0.335 0.177 0.114 0.061 0.030 108 Y 0.023 0.017 0.008 0.027 0.031 0.079 0.196 0.206 0.174 0.148 0.091 109 K 0.198 0.305 0.213 0.178 0.067 0.024 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 110 A 0.023 0.015 0.021 0.034 0.043 0.061 0.141 0.148 0.216 0.175 0.123 111 R 0.108 0.126 0.073 0.243 0.167 0.110 0.106 0.037 0.018 0.007 0.004 112 L 0.014 0.058 0.063 0.252 0.233 0.198 0.109 0.040 0.020 0.008 0.004 113 M 0.002 0.002 0.004 0.007 0.010 0.022 0.086 0.165 0.258 0.249 0.195 114 K 0.010 0.040 0.052 0.325 0.299 0.170 0.073 0.021 0.008 0.003 0.001 115 I 0.002 0.004 0.008 0.008 0.010 0.015 0.071 0.121 0.260 0.265 0.237 116 S 0.020 0.071 0.068 0.302 0.264 0.145 0.087 0.025 0.012 0.004 0.002 117 C 0.001 0.007 0.004 0.009 0.009 0.014 0.074 0.134 0.252 0.280 0.216 118 F 0.018 0.035 0.053 0.179 0.248 0.219 0.144 0.052 0.033 0.012 0.007 119 N 0.311 0.160 0.187 0.177 0.085 0.040 0.026 0.008 0.004 0.002 0.001 120 A 0.013 0.076 0.057 0.149 0.128 0.152 0.189 0.108 0.068 0.039 0.020 121 N 0.005 0.008 0.009 0.019 0.030 0.064 0.184 0.194 0.235 0.151 0.103 122 A 0.473 0.120 0.172 0.117 0.055 0.035 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 123 A 0.004 0.020 0.116 0.210 0.208 0.197 0.172 0.046 0.018 0.007 0.002 124 G 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.005 0.039 0.088 0.212 0.309 0.340 125 L 0.001 0.002 0.018 0.089 0.132 0.228 0.252 0.120 0.078 0.055 0.025 126 L 0.002 0.016 0.513 0.135 0.120 0.096 0.066 0.026 0.015 0.007 0.003 127 L 0.001 0.001 0.009 0.015 0.029 0.072 0.245 0.203 0.179 0.148 0.100 128 Y 0.001 0.001 0.009 0.007 0.008 0.011 0.077 0.157 0.259 0.299 0.171 129 T 0.005 0.020 0.139 0.251 0.243 0.156 0.106 0.044 0.021 0.009 0.005 130 Q 0.018 0.053 0.275 0.178 0.161 0.134 0.113 0.038 0.021 0.007 0.002 131 L 0.007 0.014 0.014 0.037 0.047 0.082 0.223 0.199 0.192 0.134 0.052 132 G 0.217 0.207 0.078 0.155 0.105 0.074 0.085 0.036 0.025 0.013 0.006 133 Y 0.016 0.017 0.010 0.025 0.032 0.043 0.111 0.160 0.216 0.204 0.166 134 Q 0.103 0.319 0.100 0.240 0.130 0.056 0.032 0.012 0.006 0.002 0.001 135 P 0.211 0.124 0.042 0.134 0.121 0.119 0.113 0.062 0.042 0.023 0.010 136 R 0.254 0.182 0.067 0.185 0.121 0.073 0.057 0.027 0.019 0.010 0.005 137 A 0.225 0.114 0.062 0.124 0.106 0.097 0.113 0.065 0.050 0.028 0.015 138 I 0.048 0.077 0.049 0.134 0.115 0.124 0.183 0.111 0.077 0.051 0.031 139 A 0.047 0.071 0.092 0.138 0.139 0.142 0.154 0.089 0.066 0.040 0.021 140 E 0.163 0.167 0.159 0.232 0.132 0.065 0.046 0.019 0.011 0.005 0.003 141 R 0.118 0.131 0.090 0.173 0.144 0.110 0.116 0.055 0.036 0.020 0.008 142 H 0.062 0.058 0.034 0.090 0.099 0.125 0.165 0.120 0.109 0.083 0.055 143 D 0.069 0.097 0.042 0.149 0.155 0.139 0.160 0.089 0.057 0.030 0.015 144 P 0.349 0.145 0.085 0.111 0.079 0.066 0.068 0.038 0.029 0.020 0.012 145 D 0.392 0.262 0.062 0.130 0.065 0.034 0.029 0.012 0.008 0.004 0.002 146 G 0.454 0.129 0.036 0.099 0.072 0.065 0.055 0.034 0.028 0.017 0.010 147 R 0.130 0.191 0.087 0.191 0.142 0.098 0.079 0.037 0.025 0.013 0.007 148 R 0.019 0.044 0.038 0.114 0.119 0.162 0.219 0.124 0.091 0.049 0.022 149 V 0.010 0.017 0.021 0.092 0.142 0.173 0.196 0.147 0.110 0.062 0.029 150 A 0.036 0.049 0.072 0.135 0.113 0.121 0.177 0.122 0.098 0.052 0.023 151 L 0.006 0.012 0.040 0.108 0.121 0.152 0.192 0.145 0.116 0.072 0.038 152 I 0.006 0.005 0.020 0.020 0.020 0.031 0.104 0.155 0.241 0.237 0.161 153 Q 0.003 0.010 0.041 0.129 0.180 0.195 0.213 0.117 0.071 0.031 0.011 154 M 0.004 0.010 0.063 0.028 0.026 0.036 0.107 0.135 0.231 0.212 0.148 155 D 0.013 0.030 0.037 0.138 0.191 0.186 0.202 0.106 0.060 0.028 0.009 156 K 0.099 0.133 0.086 0.119 0.097 0.096 0.144 0.100 0.073 0.041 0.013 157 P 0.234 0.126 0.100 0.197 0.140 0.087 0.064 0.027 0.015 0.007 0.003 158 L 0.098 0.046 0.025 0.045 0.046 0.066 0.157 0.153 0.155 0.129 0.080 159 E 0.251 0.311 0.087 0.147 0.084 0.045 0.033 0.018 0.013 0.007 0.003 160 P 0.677 0.130 0.033 0.052 0.033 0.024 0.020 0.012 0.009 0.006 0.003