# TARGET T0374 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0374.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2157 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.344 0.330 0.033 0.167 0.018 0.035 0.010 0.033 0.008 0.001 2 Q 0.026 0.224 0.521 0.025 0.015 0.127 0.020 0.001 0.038 0.001 0.003 3 L 0.019 0.649 0.231 0.011 0.057 0.019 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 4 S 0.024 0.731 0.119 0.031 0.042 0.031 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 5 H 0.015 0.519 0.331 0.015 0.063 0.030 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 6 R 0.003 0.479 0.151 0.001 0.040 0.014 0.009 0.001 0.303 0.001 0.001 7 P 0.032 0.004 0.825 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 8 A 0.067 0.179 0.482 0.082 0.118 0.049 0.007 0.005 0.008 0.002 0.001 9 E 0.006 0.348 0.406 0.005 0.118 0.044 0.003 0.001 0.064 0.005 0.001 10 T 0.841 0.013 0.054 0.075 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 11 G 0.672 0.005 0.038 0.108 0.031 0.002 0.011 0.092 0.001 0.040 0.001 12 D 0.294 0.022 0.236 0.112 0.014 0.209 0.005 0.001 0.101 0.002 0.003 13 L 0.988 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 E 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 T 0.982 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 V 0.964 0.002 0.003 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 A 0.948 0.002 0.010 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 G 0.589 0.002 0.007 0.279 0.002 0.002 0.035 0.080 0.002 0.002 0.001 19 F 0.297 0.082 0.481 0.034 0.003 0.031 0.011 0.001 0.062 0.001 0.001 20 P 0.564 0.006 0.387 0.023 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 21 Q 0.627 0.048 0.113 0.150 0.020 0.011 0.011 0.011 0.006 0.004 0.001 22 D 0.303 0.105 0.324 0.085 0.035 0.070 0.024 0.006 0.043 0.004 0.001 23 R 0.758 0.043 0.071 0.093 0.010 0.011 0.005 0.002 0.004 0.002 0.001 24 D 0.747 0.040 0.058 0.094 0.018 0.016 0.013 0.005 0.007 0.002 0.001 25 E 0.719 0.081 0.054 0.106 0.017 0.011 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 26 L 0.519 0.119 0.101 0.191 0.018 0.019 0.013 0.002 0.016 0.001 0.001 27 F 0.367 0.197 0.127 0.197 0.047 0.017 0.018 0.006 0.022 0.003 0.001 28 Y 0.287 0.140 0.208 0.135 0.055 0.043 0.083 0.014 0.026 0.009 0.001 29 C 0.185 0.236 0.290 0.146 0.048 0.048 0.013 0.004 0.024 0.005 0.001 30 Y 0.069 0.180 0.483 0.021 0.050 0.040 0.022 0.002 0.120 0.011 0.001 31 P 0.518 0.012 0.403 0.017 0.005 0.010 0.004 0.004 0.002 0.009 0.017 32 K 0.636 0.028 0.152 0.132 0.010 0.015 0.010 0.008 0.005 0.002 0.001 33 A 0.415 0.083 0.210 0.165 0.047 0.017 0.026 0.016 0.010 0.008 0.001 34 I 0.288 0.123 0.260 0.210 0.017 0.050 0.024 0.002 0.022 0.001 0.003 35 W 0.111 0.163 0.558 0.005 0.040 0.013 0.011 0.002 0.081 0.014 0.001 36 P 0.503 0.006 0.316 0.029 0.001 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.118 37 F 0.397 0.105 0.254 0.109 0.057 0.024 0.024 0.015 0.010 0.003 0.001 38 S 0.134 0.084 0.575 0.012 0.056 0.084 0.002 0.002 0.040 0.010 0.001 39 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 Q 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 L 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 A 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 A 0.933 0.001 0.001 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 I 0.830 0.005 0.020 0.131 0.001 0.005 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 47 A 0.737 0.027 0.095 0.088 0.009 0.013 0.014 0.004 0.007 0.006 0.001 48 E 0.574 0.026 0.173 0.152 0.020 0.018 0.018 0.008 0.005 0.006 0.001 49 R 0.386 0.080 0.097 0.272 0.031 0.029 0.058 0.026 0.017 0.003 0.001 50 R 0.153 0.209 0.186 0.283 0.055 0.019 0.049 0.007 0.036 0.003 0.001 51 G 0.062 0.062 0.212 0.068 0.250 0.007 0.041 0.173 0.004 0.119 0.002 52 S 0.010 0.597 0.209 0.015 0.145 0.013 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 53 T 0.003 0.800 0.119 0.003 0.058 0.010 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 54 V 0.001 0.926 0.023 0.001 0.035 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 55 A 0.001 0.889 0.063 0.001 0.030 0.011 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 56 V 0.005 0.835 0.092 0.005 0.026 0.016 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 57 H 0.033 0.744 0.046 0.013 0.039 0.025 0.003 0.001 0.096 0.002 0.001 58 D 0.003 0.003 0.010 0.030 0.002 0.010 0.924 0.001 0.014 0.003 0.001 59 G 0.001 0.001 0.003 0.003 0.015 0.001 0.072 0.885 0.001 0.020 0.001 60 Q 0.006 0.668 0.278 0.008 0.018 0.009 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 61 V 0.001 0.088 0.844 0.001 0.001 0.063 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 62 L 0.261 0.207 0.013 0.493 0.014 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 63 G 0.001 0.238 0.017 0.001 0.741 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 F 0.002 0.859 0.049 0.002 0.065 0.008 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 65 A 0.005 0.807 0.063 0.003 0.096 0.007 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 66 N 0.010 0.669 0.141 0.010 0.091 0.048 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 67 F 0.034 0.527 0.238 0.041 0.054 0.059 0.005 0.001 0.039 0.001 0.001 68 Y 0.046 0.423 0.162 0.024 0.256 0.019 0.023 0.003 0.029 0.015 0.001 69 Q 0.162 0.236 0.404 0.049 0.034 0.066 0.013 0.002 0.026 0.002 0.006 70 W 0.251 0.256 0.240 0.107 0.055 0.044 0.012 0.004 0.025 0.004 0.001 71 Q 0.208 0.288 0.159 0.133 0.054 0.057 0.038 0.006 0.049 0.006 0.001 72 H 0.186 0.132 0.217 0.245 0.041 0.031 0.083 0.010 0.045 0.009 0.002 73 G 0.087 0.014 0.069 0.022 0.077 0.003 0.048 0.271 0.002 0.407 0.001 74 D 0.231 0.078 0.160 0.302 0.030 0.069 0.087 0.007 0.026 0.004 0.005 75 F 0.202 0.240 0.162 0.171 0.115 0.028 0.041 0.022 0.011 0.007 0.001 76 C 0.112 0.538 0.145 0.036 0.134 0.012 0.005 0.003 0.013 0.003 0.001 77 A 0.075 0.626 0.118 0.024 0.116 0.019 0.003 0.001 0.017 0.002 0.001 78 L 0.069 0.583 0.180 0.042 0.049 0.037 0.004 0.001 0.034 0.001 0.001 79 G 0.120 0.255 0.121 0.059 0.314 0.010 0.033 0.030 0.010 0.046 0.001 80 N 0.055 0.419 0.151 0.045 0.196 0.031 0.073 0.003 0.024 0.001 0.002 81 M 0.021 0.772 0.135 0.012 0.039 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 82 M 0.015 0.772 0.156 0.003 0.023 0.018 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 83 V 0.014 0.734 0.177 0.006 0.012 0.028 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 84 A 0.008 0.186 0.595 0.001 0.013 0.043 0.002 0.001 0.151 0.001 0.001 85 P 0.891 0.001 0.085 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 86 A 0.894 0.005 0.024 0.066 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 87 A 0.618 0.026 0.032 0.276 0.010 0.008 0.017 0.004 0.007 0.001 0.001 88 R 0.268 0.031 0.153 0.392 0.009 0.010 0.127 0.003 0.006 0.002 0.001 89 G 0.037 0.003 0.010 0.030 0.016 0.003 0.179 0.590 0.002 0.130 0.001 90 L 0.368 0.115 0.245 0.196 0.029 0.021 0.018 0.001 0.004 0.003 0.001 91 G 0.286 0.030 0.168 0.025 0.118 0.019 0.022 0.137 0.004 0.190 0.001 92 V 0.987 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 M 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 N 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 A 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 R 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 E 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 Q 0.882 0.001 0.001 0.113 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 Y 0.157 0.013 0.016 0.766 0.005 0.003 0.020 0.012 0.009 0.001 0.001 109 K 0.031 0.003 0.005 0.041 0.003 0.008 0.878 0.027 0.002 0.004 0.001 110 A 0.043 0.273 0.515 0.017 0.070 0.060 0.004 0.002 0.015 0.001 0.001 111 R 0.435 0.034 0.019 0.494 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 L 0.003 0.731 0.029 0.004 0.226 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 113 M 0.001 0.896 0.050 0.001 0.012 0.008 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 114 K 0.002 0.767 0.157 0.001 0.013 0.033 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 115 I 0.005 0.773 0.137 0.003 0.030 0.033 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 116 S 0.004 0.757 0.133 0.002 0.038 0.035 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 117 C 0.026 0.644 0.202 0.008 0.019 0.064 0.003 0.001 0.034 0.001 0.001 118 F 0.108 0.312 0.289 0.031 0.051 0.125 0.011 0.001 0.068 0.003 0.001 119 N 0.518 0.081 0.138 0.124 0.052 0.029 0.024 0.006 0.010 0.015 0.003 120 A 0.325 0.121 0.139 0.230 0.115 0.022 0.019 0.007 0.011 0.009 0.001 121 N 0.185 0.053 0.243 0.101 0.038 0.177 0.043 0.008 0.143 0.007 0.002 122 A 0.923 0.005 0.015 0.040 0.001 0.008 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 123 A 0.960 0.002 0.009 0.024 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 124 G 0.958 0.002 0.005 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 L 0.992 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 L 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 Y 0.993 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 T 0.990 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 Q 0.954 0.007 0.007 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 L 0.233 0.006 0.008 0.748 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 132 G 0.016 0.001 0.007 0.013 0.008 0.001 0.291 0.543 0.001 0.119 0.001 133 Y 0.060 0.160 0.525 0.077 0.087 0.023 0.016 0.011 0.005 0.035 0.001 134 Q 0.012 0.576 0.297 0.001 0.016 0.020 0.003 0.001 0.074 0.001 0.001 135 P 0.041 0.010 0.888 0.001 0.001 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 136 R 0.427 0.283 0.110 0.098 0.034 0.021 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 137 A 0.203 0.143 0.216 0.018 0.289 0.012 0.025 0.039 0.007 0.048 0.001 138 I 0.201 0.439 0.191 0.060 0.041 0.024 0.003 0.001 0.039 0.001 0.001 139 A 0.320 0.181 0.365 0.023 0.023 0.040 0.015 0.003 0.023 0.006 0.002 140 E 0.369 0.205 0.251 0.072 0.033 0.043 0.008 0.003 0.012 0.001 0.001 141 R 0.132 0.364 0.128 0.161 0.131 0.020 0.029 0.009 0.024 0.002 0.001 142 H 0.056 0.429 0.261 0.104 0.065 0.049 0.012 0.002 0.020 0.003 0.001 143 D 0.005 0.162 0.490 0.001 0.031 0.048 0.005 0.001 0.254 0.002 0.001 144 P 0.913 0.001 0.035 0.034 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 145 D 0.066 0.005 0.040 0.728 0.003 0.011 0.133 0.004 0.010 0.001 0.001 146 G 0.006 0.001 0.017 0.014 0.011 0.001 0.060 0.864 0.001 0.027 0.001 147 R 0.077 0.266 0.566 0.030 0.029 0.012 0.006 0.002 0.008 0.002 0.001 148 R 0.040 0.250 0.630 0.008 0.007 0.047 0.002 0.001 0.012 0.002 0.001 149 V 0.073 0.707 0.124 0.013 0.035 0.022 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 150 A 0.129 0.182 0.556 0.024 0.017 0.076 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 151 L 0.065 0.666 0.098 0.017 0.116 0.019 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 152 I 0.053 0.759 0.099 0.010 0.048 0.010 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 153 Q 0.059 0.693 0.156 0.017 0.020 0.027 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 154 M 0.077 0.468 0.158 0.055 0.122 0.033 0.040 0.003 0.036 0.007 0.001 155 D 0.114 0.214 0.363 0.082 0.056 0.070 0.054 0.009 0.027 0.007 0.004 156 K 0.023 0.500 0.307 0.002 0.029 0.016 0.008 0.001 0.113 0.001 0.001 157 P 0.076 0.007 0.845 0.003 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 158 L 0.151 0.251 0.409 0.077 0.020 0.058 0.006 0.002 0.025 0.001 0.001 159 E 0.032 0.162 0.615 0.003 0.033 0.023 0.010 0.001 0.109 0.010 0.001 160 P 0.579 0.004 0.331 0.041 0.001 0.011 0.002 0.002 0.001 0.002 0.025