# TARGET T0374 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0374.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2157 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.076 0.431 0.110 0.008 0.310 0.004 0.004 0.007 0.006 0.022 0.024 2 Q 0.246 0.152 0.024 0.002 0.494 0.002 0.008 0.011 0.009 0.017 0.035 3 L 0.329 0.121 0.010 0.001 0.484 0.003 0.002 0.003 0.004 0.007 0.035 4 S 0.128 0.158 0.022 0.003 0.659 0.002 0.003 0.003 0.002 0.004 0.018 5 H 0.407 0.081 0.028 0.004 0.367 0.002 0.003 0.005 0.004 0.021 0.077 6 R 0.013 0.522 0.265 0.017 0.137 0.006 0.022 0.011 0.003 0.002 0.003 7 P 0.201 0.268 0.090 0.002 0.207 0.003 0.009 0.011 0.013 0.038 0.159 8 A 0.062 0.433 0.121 0.020 0.218 0.013 0.012 0.011 0.030 0.037 0.042 9 E 0.001 0.516 0.453 0.004 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 T 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.019 0.067 0.514 0.380 0.008 0.002 11 G 0.002 0.017 0.010 0.014 0.006 0.006 0.021 0.441 0.255 0.214 0.013 12 D 0.006 0.011 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.239 0.210 0.515 0.004 13 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.677 0.297 0.014 0.003 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.783 0.196 0.003 0.001 15 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.793 0.114 0.075 0.001 16 V 0.004 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.718 0.217 0.041 0.002 17 A 0.001 0.005 0.002 0.003 0.003 0.013 0.041 0.697 0.208 0.026 0.002 18 G 0.010 0.015 0.010 0.004 0.014 0.005 0.052 0.345 0.178 0.348 0.020 19 F 0.027 0.126 0.076 0.014 0.065 0.013 0.052 0.301 0.154 0.149 0.023 20 P 0.079 0.122 0.023 0.005 0.161 0.007 0.034 0.378 0.119 0.035 0.038 21 Q 0.017 0.063 0.021 0.007 0.043 0.016 0.051 0.360 0.275 0.132 0.014 22 D 0.137 0.088 0.040 0.004 0.191 0.004 0.027 0.229 0.087 0.134 0.058 23 R 0.011 0.033 0.011 0.002 0.018 0.002 0.008 0.599 0.262 0.047 0.007 24 D 0.011 0.024 0.008 0.005 0.021 0.009 0.046 0.610 0.205 0.052 0.009 25 E 0.019 0.034 0.011 0.004 0.031 0.007 0.035 0.528 0.238 0.081 0.013 26 L 0.045 0.041 0.017 0.006 0.073 0.010 0.049 0.418 0.199 0.115 0.027 27 F 0.058 0.164 0.058 0.017 0.136 0.027 0.069 0.236 0.127 0.080 0.028 28 Y 0.084 0.078 0.040 0.019 0.106 0.017 0.063 0.162 0.104 0.254 0.075 29 C 0.110 0.156 0.076 0.022 0.173 0.028 0.076 0.099 0.067 0.126 0.067 30 Y 0.070 0.275 0.217 0.050 0.184 0.015 0.017 0.048 0.040 0.049 0.035 31 P 0.028 0.155 0.115 0.032 0.082 0.024 0.044 0.235 0.214 0.058 0.014 32 K 0.032 0.078 0.042 0.020 0.063 0.032 0.098 0.250 0.227 0.131 0.027 33 A 0.065 0.113 0.039 0.013 0.150 0.013 0.056 0.160 0.139 0.196 0.057 34 I 0.090 0.170 0.057 0.013 0.184 0.018 0.054 0.133 0.103 0.127 0.051 35 W 0.064 0.309 0.153 0.013 0.228 0.007 0.023 0.098 0.049 0.028 0.028 36 P 0.103 0.197 0.098 0.007 0.136 0.016 0.032 0.192 0.096 0.073 0.050 37 F 0.044 0.430 0.175 0.019 0.166 0.008 0.015 0.050 0.017 0.048 0.028 38 S 0.007 0.705 0.227 0.001 0.027 0.001 0.001 0.027 0.002 0.003 0.001 39 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.916 0.082 0.001 0.001 40 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.014 0.001 0.001 41 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.014 0.001 0.001 42 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.040 0.002 0.001 43 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.909 0.086 0.004 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.884 0.065 0.006 0.001 45 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.064 0.782 0.104 0.041 0.001 46 I 0.022 0.019 0.007 0.006 0.016 0.006 0.023 0.474 0.230 0.176 0.021 47 A 0.015 0.057 0.036 0.038 0.029 0.038 0.033 0.403 0.275 0.063 0.011 48 E 0.012 0.060 0.031 0.015 0.028 0.034 0.206 0.418 0.157 0.032 0.008 49 R 0.030 0.023 0.013 0.007 0.028 0.008 0.061 0.114 0.158 0.506 0.053 50 R 0.117 0.280 0.074 0.018 0.213 0.011 0.041 0.035 0.044 0.122 0.046 51 G 0.128 0.112 0.088 0.096 0.147 0.037 0.015 0.012 0.028 0.231 0.106 52 S 0.238 0.150 0.049 0.015 0.450 0.011 0.015 0.006 0.008 0.017 0.041 53 T 0.316 0.073 0.013 0.001 0.568 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.021 54 V 0.259 0.070 0.004 0.001 0.641 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 55 A 0.126 0.166 0.011 0.001 0.683 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 56 V 0.576 0.058 0.037 0.006 0.234 0.002 0.004 0.008 0.003 0.007 0.064 57 H 0.003 0.002 0.013 0.610 0.002 0.328 0.019 0.013 0.007 0.003 0.002 58 D 0.001 0.024 0.023 0.908 0.001 0.020 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 59 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.923 0.053 60 Q 0.001 0.811 0.093 0.001 0.080 0.001 0.002 0.006 0.006 0.001 0.001 61 V 0.734 0.004 0.001 0.001 0.201 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 62 L 0.030 0.014 0.013 0.240 0.043 0.409 0.232 0.004 0.004 0.004 0.007 63 G 0.185 0.138 0.039 0.031 0.542 0.012 0.002 0.002 0.001 0.010 0.037 64 F 0.467 0.042 0.007 0.002 0.410 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.063 65 A 0.251 0.121 0.019 0.006 0.458 0.011 0.006 0.004 0.003 0.022 0.100 66 N 0.277 0.128 0.026 0.002 0.460 0.001 0.003 0.003 0.003 0.015 0.084 67 F 0.285 0.116 0.031 0.024 0.220 0.025 0.018 0.029 0.052 0.090 0.110 68 Y 0.048 0.308 0.168 0.062 0.195 0.038 0.032 0.048 0.059 0.027 0.013 69 Q 0.222 0.120 0.044 0.011 0.258 0.014 0.041 0.083 0.064 0.069 0.072 70 W 0.100 0.176 0.073 0.034 0.162 0.039 0.075 0.108 0.094 0.091 0.050 71 Q 0.097 0.085 0.082 0.116 0.097 0.137 0.117 0.093 0.055 0.071 0.049 72 H 0.044 0.125 0.122 0.196 0.068 0.066 0.081 0.074 0.061 0.119 0.044 73 G 0.014 0.064 0.146 0.341 0.024 0.095 0.027 0.053 0.064 0.142 0.030 74 D 0.073 0.099 0.056 0.048 0.135 0.052 0.088 0.138 0.121 0.131 0.059 75 F 0.166 0.080 0.016 0.011 0.147 0.014 0.036 0.112 0.136 0.171 0.111 76 C 0.208 0.175 0.032 0.007 0.350 0.007 0.009 0.030 0.044 0.081 0.057 77 A 0.134 0.286 0.061 0.006 0.407 0.005 0.010 0.028 0.019 0.030 0.015 78 L 0.533 0.024 0.008 0.007 0.206 0.009 0.009 0.009 0.007 0.019 0.168 79 G 0.009 0.021 0.020 0.186 0.026 0.347 0.217 0.107 0.041 0.020 0.007 80 N 0.213 0.130 0.039 0.008 0.381 0.004 0.007 0.031 0.029 0.085 0.073 81 M 0.172 0.145 0.011 0.002 0.602 0.003 0.003 0.010 0.007 0.010 0.036 82 M 0.231 0.091 0.014 0.001 0.534 0.001 0.003 0.007 0.006 0.025 0.088 83 V 0.076 0.440 0.141 0.008 0.273 0.002 0.010 0.009 0.005 0.010 0.026 84 A 0.035 0.581 0.130 0.002 0.239 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.006 85 P 0.005 0.012 0.005 0.001 0.010 0.003 0.008 0.284 0.657 0.012 0.003 86 A 0.003 0.014 0.008 0.003 0.005 0.008 0.093 0.586 0.224 0.050 0.006 87 A 0.014 0.030 0.008 0.009 0.021 0.012 0.069 0.196 0.148 0.472 0.022 88 R 0.025 0.082 0.064 0.035 0.028 0.054 0.147 0.344 0.125 0.063 0.032 89 G 0.009 0.055 0.105 0.070 0.016 0.066 0.028 0.200 0.110 0.295 0.047 90 L 0.018 0.244 0.159 0.040 0.079 0.028 0.048 0.268 0.060 0.040 0.017 91 G 0.009 0.025 0.040 0.041 0.013 0.019 0.015 0.614 0.103 0.086 0.036 92 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.878 0.101 0.013 0.001 93 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.039 0.001 0.001 94 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.976 0.021 0.001 0.001 95 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.981 0.016 0.001 0.001 96 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.040 0.004 0.001 97 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.028 0.001 0.001 98 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.007 0.001 0.001 99 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 100 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.040 0.002 0.001 101 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.036 0.001 0.001 102 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.984 0.010 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.946 0.032 0.015 0.001 104 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.891 0.098 0.008 0.001 105 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.874 0.100 0.001 0.001 106 E 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.106 0.764 0.105 0.014 0.001 107 Q 0.003 0.008 0.005 0.002 0.005 0.018 0.262 0.602 0.075 0.019 0.002 108 Y 0.033 0.636 0.093 0.006 0.137 0.002 0.004 0.021 0.014 0.036 0.017 109 K 0.147 0.010 0.005 0.010 0.032 0.016 0.025 0.044 0.051 0.368 0.291 110 A 0.227 0.199 0.032 0.005 0.427 0.002 0.003 0.008 0.007 0.021 0.069 111 R 0.030 0.048 0.010 0.039 0.137 0.152 0.369 0.139 0.046 0.021 0.009 112 L 0.362 0.063 0.010 0.003 0.510 0.003 0.006 0.005 0.004 0.009 0.026 113 M 0.136 0.111 0.005 0.001 0.729 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 114 K 0.312 0.031 0.002 0.001 0.585 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.061 115 I 0.279 0.119 0.007 0.001 0.526 0.002 0.002 0.003 0.001 0.005 0.055 116 S 0.218 0.165 0.020 0.003 0.518 0.002 0.008 0.005 0.003 0.016 0.043 117 C 0.229 0.204 0.074 0.014 0.267 0.009 0.015 0.052 0.025 0.038 0.073 118 F 0.041 0.307 0.126 0.049 0.154 0.043 0.049 0.117 0.054 0.038 0.022 119 N 0.048 0.142 0.068 0.026 0.075 0.054 0.069 0.253 0.147 0.076 0.043 120 A 0.031 0.113 0.079 0.049 0.051 0.055 0.081 0.289 0.083 0.137 0.032 121 N 0.027 0.246 0.150 0.031 0.069 0.007 0.008 0.215 0.066 0.163 0.017 122 A 0.001 0.004 0.003 0.001 0.003 0.003 0.007 0.856 0.115 0.006 0.002 123 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.947 0.046 0.004 0.001 124 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.049 0.006 0.001 125 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.020 0.001 0.001 126 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.014 0.001 0.001 127 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.013 0.002 0.001 128 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.043 0.005 0.001 129 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.878 0.099 0.003 0.001 130 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.104 0.810 0.065 0.010 0.001 131 L 0.002 0.577 0.359 0.006 0.043 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 132 G 0.075 0.009 0.007 0.021 0.010 0.007 0.007 0.016 0.011 0.347 0.489 133 Y 0.118 0.402 0.084 0.004 0.230 0.003 0.006 0.023 0.024 0.058 0.049 134 Q 0.004 0.636 0.236 0.004 0.098 0.002 0.002 0.012 0.005 0.001 0.001 135 P 0.541 0.053 0.010 0.001 0.269 0.002 0.013 0.020 0.009 0.006 0.075 136 R 0.034 0.095 0.064 0.089 0.106 0.191 0.203 0.108 0.052 0.033 0.025 137 A 0.199 0.220 0.080 0.012 0.305 0.007 0.010 0.033 0.013 0.052 0.068 138 I 0.140 0.292 0.109 0.030 0.250 0.012 0.010 0.053 0.024 0.044 0.035 139 A 0.102 0.266 0.107 0.035 0.236 0.014 0.017 0.081 0.065 0.040 0.035 140 E 0.113 0.153 0.071 0.018 0.161 0.036 0.092 0.181 0.087 0.045 0.043 141 R 0.082 0.242 0.047 0.012 0.235 0.014 0.054 0.130 0.035 0.102 0.047 142 H 0.067 0.275 0.090 0.007 0.379 0.019 0.018 0.044 0.021 0.060 0.021 143 D 0.098 0.123 0.570 0.011 0.090 0.002 0.009 0.064 0.013 0.004 0.016 144 P 0.005 0.017 0.030 0.021 0.007 0.040 0.108 0.604 0.137 0.026 0.004 145 D 0.001 0.758 0.166 0.041 0.014 0.005 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 146 G 0.009 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.528 0.453 147 R 0.008 0.623 0.186 0.001 0.151 0.001 0.003 0.017 0.006 0.003 0.001 148 R 0.306 0.136 0.012 0.001 0.493 0.001 0.002 0.009 0.006 0.008 0.027 149 V 0.228 0.187 0.037 0.020 0.426 0.018 0.017 0.021 0.012 0.007 0.026 150 A 0.214 0.047 0.009 0.033 0.334 0.081 0.081 0.127 0.015 0.020 0.038 151 L 0.220 0.094 0.008 0.003 0.637 0.003 0.003 0.011 0.002 0.007 0.012 152 I 0.263 0.050 0.003 0.002 0.644 0.004 0.004 0.007 0.001 0.002 0.021 153 Q 0.313 0.049 0.006 0.002 0.481 0.002 0.003 0.006 0.002 0.026 0.111 154 M 0.196 0.183 0.041 0.006 0.428 0.004 0.005 0.012 0.007 0.048 0.073 155 D 0.189 0.147 0.053 0.015 0.244 0.018 0.049 0.035 0.040 0.135 0.075 156 K 0.025 0.437 0.313 0.014 0.159 0.005 0.008 0.019 0.010 0.005 0.006 157 P 0.120 0.311 0.091 0.004 0.318 0.004 0.018 0.048 0.028 0.026 0.033 158 L 0.078 0.276 0.117 0.023 0.162 0.022 0.051 0.074 0.085 0.071 0.041 159 E 0.019 0.322 0.408 0.049 0.094 0.016 0.013 0.039 0.021 0.011 0.008 160 P 0.025 0.120 0.064 0.016 0.061 0.026 0.095 0.315 0.207 0.056 0.015