# TARGET T0373 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0373.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1092 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.010 0.010 0.016 0.282 0.675 2 P 0.013 0.041 0.008 0.030 0.136 0.772 3 T 0.013 0.020 0.009 0.073 0.156 0.730 4 N 0.007 0.011 0.010 0.141 0.240 0.591 5 Q 0.001 0.001 0.016 0.879 0.059 0.044 6 D 0.001 0.001 0.012 0.920 0.044 0.023 7 L 0.001 0.001 0.004 0.963 0.021 0.011 8 Q 0.001 0.001 0.002 0.985 0.007 0.005 9 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 10 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 11 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 12 H 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 13 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 14 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 15 S 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 16 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 17 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 18 T 0.001 0.001 0.001 0.990 0.004 0.005 19 T 0.001 0.001 0.001 0.989 0.005 0.005 20 L 0.001 0.001 0.001 0.984 0.006 0.009 21 T 0.001 0.001 0.003 0.968 0.011 0.018 22 R 0.001 0.001 0.003 0.966 0.014 0.017 23 R 0.001 0.001 0.003 0.969 0.011 0.016 24 L 0.001 0.001 0.003 0.956 0.014 0.025 25 R 0.001 0.001 0.005 0.940 0.025 0.029 26 R 0.001 0.001 0.006 0.944 0.028 0.020 27 E 0.001 0.001 0.008 0.953 0.026 0.011 28 A 0.001 0.001 0.016 0.937 0.030 0.015 29 Q 0.001 0.001 0.054 0.851 0.063 0.030 30 A 0.001 0.001 0.072 0.761 0.105 0.060 31 D 0.003 0.001 0.038 0.449 0.222 0.288 32 P 0.002 0.001 0.003 0.008 0.115 0.871 33 V 0.005 0.009 0.001 0.004 0.092 0.889 34 Q 0.004 0.004 0.001 0.008 0.074 0.910 35 F 0.001 0.001 0.015 0.913 0.040 0.031 36 S 0.001 0.001 0.013 0.959 0.019 0.008 37 Q 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 39 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 40 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 41 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 42 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 43 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 44 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 45 D 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 46 R 0.001 0.001 0.005 0.944 0.023 0.028 47 L 0.001 0.002 0.012 0.674 0.131 0.180 48 G 0.001 0.002 0.024 0.045 0.594 0.334 49 G 0.001 0.001 0.035 0.010 0.767 0.187 50 D 0.006 0.007 0.059 0.008 0.728 0.191 51 V 0.047 0.045 0.013 0.008 0.524 0.364 52 T 0.062 0.027 0.003 0.008 0.105 0.795 53 P 0.006 0.002 0.024 0.898 0.049 0.021 54 S 0.001 0.001 0.012 0.961 0.024 0.003 55 E 0.001 0.001 0.007 0.972 0.019 0.002 56 L 0.001 0.001 0.003 0.981 0.012 0.002 57 A 0.001 0.001 0.003 0.980 0.012 0.003 58 A 0.001 0.001 0.010 0.970 0.015 0.003 59 A 0.001 0.001 0.014 0.961 0.016 0.008 60 E 0.001 0.001 0.011 0.897 0.030 0.061 61 R 0.001 0.001 0.004 0.045 0.079 0.871 62 M 0.004 0.004 0.002 0.014 0.125 0.851 63 R 0.012 0.016 0.006 0.019 0.310 0.638 64 S 0.009 0.006 0.099 0.391 0.354 0.141 65 S 0.011 0.005 0.110 0.545 0.204 0.124 66 N 0.004 0.004 0.063 0.851 0.053 0.025 67 L 0.001 0.001 0.007 0.979 0.005 0.008 68 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 69 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 70 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 71 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 72 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 73 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 74 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.005 0.001 75 E 0.001 0.001 0.005 0.985 0.007 0.002 76 R 0.001 0.001 0.005 0.955 0.021 0.017 77 G 0.005 0.001 0.009 0.719 0.079 0.187 78 G 0.008 0.001 0.001 0.010 0.096 0.884 79 L 0.248 0.011 0.002 0.005 0.107 0.628 80 I 0.837 0.010 0.001 0.002 0.039 0.111 81 V 0.919 0.006 0.002 0.001 0.023 0.049 82 R 0.940 0.003 0.002 0.001 0.011 0.044 83 H 0.890 0.005 0.003 0.001 0.028 0.073 84 A 0.712 0.025 0.002 0.001 0.065 0.195 85 D 0.258 0.016 0.003 0.002 0.353 0.368 86 P 0.012 0.001 0.247 0.071 0.623 0.045 87 Q 0.012 0.002 0.226 0.064 0.650 0.045 88 D 0.031 0.007 0.235 0.048 0.640 0.040 89 G 0.083 0.005 0.035 0.053 0.374 0.451 90 R 0.467 0.029 0.013 0.026 0.169 0.296 91 R 0.751 0.010 0.009 0.013 0.090 0.127 92 T 0.882 0.001 0.003 0.006 0.037 0.070 93 R 0.932 0.004 0.003 0.005 0.020 0.036 94 V 0.933 0.001 0.001 0.005 0.018 0.042 95 S 0.904 0.003 0.001 0.004 0.022 0.066 96 L 0.702 0.021 0.001 0.003 0.033 0.240 97 S 0.069 0.006 0.001 0.012 0.096 0.815 98 S 0.001 0.001 0.018 0.853 0.084 0.044 99 E 0.001 0.001 0.018 0.928 0.048 0.005 100 G 0.001 0.001 0.008 0.975 0.014 0.001 101 R 0.001 0.001 0.003 0.989 0.006 0.002 102 R 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.002 103 N 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.002 104 L 0.002 0.001 0.006 0.977 0.009 0.006 105 Y 0.003 0.001 0.007 0.962 0.015 0.013 106 G 0.001 0.001 0.006 0.948 0.018 0.027 107 N 0.002 0.001 0.004 0.871 0.033 0.090 108 R 0.003 0.001 0.010 0.805 0.076 0.105 109 A 0.001 0.001 0.013 0.811 0.092 0.082 110 K 0.001 0.001 0.017 0.829 0.069 0.083 111 R 0.001 0.002 0.017 0.854 0.061 0.065 112 E 0.001 0.001 0.008 0.872 0.049 0.069 113 E 0.001 0.001 0.006 0.946 0.020 0.027 114 W 0.001 0.001 0.005 0.948 0.023 0.022 115 L 0.002 0.001 0.003 0.961 0.018 0.017 116 V 0.002 0.001 0.003 0.958 0.019 0.017 117 R 0.001 0.001 0.005 0.939 0.031 0.023 118 A 0.001 0.001 0.008 0.919 0.039 0.033 119 M 0.001 0.003 0.021 0.806 0.077 0.092 120 H 0.001 0.002 0.199 0.418 0.293 0.088 121 A 0.001 0.001 0.226 0.178 0.443 0.153 122 C 0.001 0.001 0.116 0.036 0.484 0.362 123 L 0.001 0.008 0.005 0.006 0.408 0.572 124 D 0.001 0.001 0.002 0.013 0.150 0.834 125 E 0.001 0.001 0.018 0.865 0.079 0.037 126 S 0.002 0.001 0.018 0.920 0.048 0.012 127 E 0.001 0.001 0.016 0.955 0.018 0.009 128 R 0.001 0.001 0.003 0.988 0.003 0.006 129 A 0.001 0.001 0.002 0.990 0.004 0.003 130 L 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.003 131 L 0.001 0.001 0.001 0.987 0.006 0.006 132 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 133 A 0.001 0.001 0.001 0.981 0.006 0.012 134 A 0.001 0.001 0.001 0.983 0.003 0.013 135 G 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 136 P 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.003 137 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 138 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.007 0.003 139 T 0.001 0.001 0.001 0.983 0.012 0.004 140 R 0.001 0.001 0.001 0.944 0.032 0.023 141 L 0.001 0.001 0.002 0.877 0.049 0.072 142 A 0.001 0.003 0.004 0.843 0.052 0.098 143 Q 0.002 0.003 0.012 0.494 0.184 0.306 144 F 0.001 0.001 0.030 0.570 0.195 0.203 145 E 0.002 0.003 0.060 0.352 0.334 0.249 146 E 0.002 0.003 0.052 0.356 0.310 0.278 147 P 0.002 0.004 0.032 0.343 0.226 0.392 148 M 0.002 0.003 0.024 0.377 0.238 0.356 149 P 0.006 0.004 0.042 0.401 0.234 0.312 150 T 0.018 0.007 0.085 0.525 0.210 0.154 151 N 0.051 0.005 0.081 0.439 0.247 0.176 152 Q 0.107 0.008 0.110 0.448 0.181 0.147 153 D 0.240 0.014 0.084 0.383 0.140 0.140 154 L 0.290 0.014 0.071 0.432 0.099 0.093 155 Q 0.345 0.015 0.055 0.358 0.101 0.126 156 L 0.287 0.020 0.033 0.276 0.189 0.194 157 A 0.085 0.012 0.033 0.225 0.325 0.320 158 A 0.022 0.010 0.023 0.080 0.421 0.445 159 H 0.016 0.020 0.041 0.124 0.483 0.316 160 L 0.009 0.010 0.054 0.254 0.301 0.372 161 R 0.010 0.018 0.047 0.357 0.235 0.333 162 S 0.008 0.007 0.022 0.601 0.107 0.254 163 Q 0.002 0.001 0.004 0.957 0.017 0.020 164 V 0.002 0.001 0.005 0.970 0.016 0.007 165 T 0.003 0.002 0.008 0.968 0.015 0.005 166 T 0.005 0.001 0.007 0.970 0.014 0.003 167 L 0.004 0.001 0.005 0.971 0.014 0.005 168 T 0.004 0.001 0.002 0.960 0.018 0.015 169 R 0.002 0.001 0.001 0.969 0.011 0.016 170 R 0.001 0.001 0.002 0.972 0.010 0.014 171 L 0.002 0.001 0.004 0.976 0.011 0.007 172 R 0.002 0.001 0.005 0.976 0.010 0.006 173 R 0.007 0.001 0.008 0.956 0.018 0.010 174 E 0.005 0.001 0.016 0.942 0.027 0.008 175 A 0.003 0.001 0.025 0.918 0.037 0.017 176 Q 0.004 0.001 0.017 0.890 0.049 0.038 177 A 0.005 0.004 0.014 0.737 0.098 0.142 178 D 0.008 0.007 0.008 0.188 0.226 0.563 179 P 0.009 0.005 0.039 0.246 0.287 0.413 180 V 0.009 0.004 0.152 0.448 0.254 0.133 181 Q 0.009 0.003 0.192 0.520 0.181 0.095 182 F 0.009 0.004 0.135 0.617 0.148 0.088 183 S 0.010 0.002 0.044 0.701 0.140 0.102 184 Q 0.012 0.002 0.028 0.737 0.141 0.080 185 L 0.009 0.003 0.024 0.716 0.140 0.109 186 V 0.015 0.003 0.020 0.770 0.094 0.098 187 V 0.012 0.002 0.014 0.849 0.054 0.068 188 L 0.010 0.001 0.010 0.852 0.055 0.073 189 G 0.007 0.003 0.009 0.764 0.063 0.154 190 A 0.004 0.002 0.019 0.762 0.071 0.142 191 I 0.002 0.002 0.034 0.858 0.060 0.045 192 D 0.002 0.001 0.038 0.843 0.076 0.041 193 R 0.002 0.001 0.026 0.841 0.083 0.047 194 L 0.004 0.002 0.020 0.755 0.098 0.121 195 G 0.005 0.004 0.033 0.682 0.161 0.115 196 G 0.006 0.003 0.029 0.574 0.194 0.194 197 D 0.016 0.008 0.019 0.290 0.253 0.415 198 V 0.027 0.014 0.013 0.332 0.215 0.399 199 T 0.018 0.010 0.009 0.185 0.191 0.587 200 P 0.014 0.011 0.031 0.359 0.198 0.388 201 S 0.018 0.008 0.033 0.460 0.166 0.315 202 E 0.015 0.002 0.058 0.763 0.092 0.070 203 L 0.029 0.004 0.052 0.775 0.077 0.063 204 A 0.044 0.005 0.057 0.771 0.076 0.047 205 A 0.057 0.005 0.055 0.766 0.076 0.042 206 A 0.083 0.004 0.042 0.727 0.093 0.051 207 E 0.072 0.007 0.038 0.688 0.111 0.083 208 R 0.067 0.013 0.034 0.478 0.177 0.231 209 M 0.055 0.016 0.058 0.287 0.379 0.204 210 R 0.031 0.013 0.061 0.228 0.458 0.210 211 S 0.018 0.009 0.051 0.176 0.618 0.128 212 S 0.024 0.005 0.044 0.124 0.640 0.163 213 N 0.069 0.010 0.024 0.091 0.488 0.318 214 L 0.318 0.027 0.018 0.083 0.291 0.263 215 A 0.676 0.014 0.008 0.063 0.078 0.162 216 A 0.846 0.009 0.006 0.050 0.025 0.064 217 L 0.898 0.005 0.007 0.040 0.016 0.034 218 L 0.853 0.002 0.012 0.088 0.018 0.028 219 R 0.843 0.002 0.012 0.097 0.020 0.026 220 E 0.820 0.007 0.010 0.090 0.032 0.041 221 L 0.654 0.019 0.016 0.131 0.077 0.103 222 E 0.379 0.016 0.037 0.162 0.236 0.169 223 R 0.098 0.009 0.114 0.201 0.426 0.152 224 G 0.043 0.009 0.085 0.178 0.467 0.219 225 G 0.060 0.030 0.058 0.097 0.515 0.241 226 L 0.080 0.047 0.051 0.176 0.414 0.233 227 I 0.069 0.036 0.077 0.194 0.433 0.191 228 V 0.042 0.020 0.078 0.134 0.604 0.121 229 R 0.044 0.013 0.049 0.085 0.585 0.224 230 H 0.037 0.013 0.022 0.032 0.551 0.344 231 A 0.038 0.040 0.008 0.011 0.422 0.481 232 D 0.019 0.051 0.002 0.005 0.174 0.748 233 P 0.015 0.036 0.033 0.035 0.511 0.370 234 Q 0.003 0.003 0.371 0.264 0.302 0.057 235 D 0.007 0.004 0.487 0.166 0.304 0.033 236 G 0.019 0.008 0.437 0.135 0.358 0.042 237 R 0.100 0.038 0.116 0.200 0.288 0.258 238 R 0.114 0.038 0.034 0.113 0.355 0.346 239 T 0.126 0.016 0.018 0.083 0.356 0.402 240 R 0.115 0.041 0.013 0.071 0.256 0.504 241 V 0.056 0.041 0.016 0.105 0.308 0.475 242 S 0.052 0.010 0.031 0.127 0.292 0.488 243 L 0.069 0.034 0.049 0.121 0.267 0.460 244 S 0.123 0.050 0.022 0.093 0.229 0.482 245 S 0.072 0.012 0.012 0.146 0.139 0.618 246 E 0.007 0.001 0.012 0.936 0.024 0.019 247 G 0.006 0.001 0.012 0.950 0.023 0.008 248 R 0.011 0.003 0.020 0.916 0.039 0.010 249 R 0.019 0.003 0.017 0.891 0.049 0.021 250 N 0.017 0.012 0.025 0.799 0.099 0.048 251 L 0.026 0.022 0.021 0.610 0.214 0.107 252 Y 0.016 0.018 0.018 0.251 0.361 0.335 253 G 0.012 0.121 0.010 0.083 0.376 0.398 254 N 0.007 0.021 0.019 0.026 0.778 0.150 255 R 0.004 0.005 0.097 0.057 0.742 0.095 256 A 0.005 0.003 0.076 0.014 0.810 0.092 257 K 0.025 0.022 0.055 0.008 0.791 0.100 258 R 0.063 0.026 0.013 0.004 0.425 0.468 259 E 0.162 0.099 0.015 0.004 0.265 0.456 260 E 0.160 0.011 0.021 0.002 0.352 0.453 261 W 0.193 0.010 0.029 0.007 0.260 0.501 262 L 0.335 0.029 0.022 0.008 0.232 0.373 263 V 0.440 0.027 0.014 0.011 0.175 0.333 264 R 0.254 0.014 0.003 0.003 0.141 0.585 265 A 0.122 0.043 0.005 0.005 0.182 0.643 266 M 0.029 0.013 0.011 0.005 0.191 0.751 267 H 0.037 0.073 0.041 0.017 0.343 0.489 268 A 0.021 0.018 0.042 0.018 0.361 0.541 269 C 0.017 0.028 0.045 0.028 0.521 0.360 270 L 0.011 0.017 0.056 0.068 0.605 0.243 271 D 0.007 0.011 0.055 0.146 0.525 0.256 272 E 0.005 0.006 0.064 0.244 0.487 0.193 273 S 0.010 0.013 0.047 0.339 0.376 0.215 274 E 0.009 0.013 0.053 0.546 0.225 0.153 275 R 0.010 0.016 0.049 0.493 0.201 0.232 276 A 0.006 0.005 0.046 0.408 0.239 0.295 277 L 0.004 0.005 0.031 0.469 0.189 0.302 278 L 0.001 0.004 0.057 0.693 0.113 0.133 279 A 0.001 0.002 0.078 0.705 0.112 0.101 280 A 0.002 0.003 0.088 0.661 0.107 0.139 281 A 0.001 0.003 0.032 0.675 0.109 0.180 282 G 0.001 0.001 0.024 0.701 0.109 0.164 283 P 0.001 0.001 0.041 0.782 0.103 0.073 284 L 0.001 0.002 0.045 0.853 0.077 0.023 285 L 0.001 0.001 0.039 0.822 0.104 0.033 286 T 0.003 0.001 0.024 0.807 0.104 0.061 287 R 0.008 0.003 0.020 0.738 0.121 0.109 288 L 0.011 0.013 0.018 0.740 0.090 0.129 289 A 0.009 0.004 0.052 0.588 0.154 0.193 290 Q 0.010 0.002 0.062 0.600 0.152 0.172 291 F 0.010 0.005 0.083 0.515 0.209 0.178 292 E 0.008 0.006 0.036 0.391 0.211 0.348 293 E 0.007 0.003 0.036 0.220 0.161 0.572 294 P 0.001 0.002 0.005 0.031 0.081 0.880