# TARGET T0373 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0373.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 191.992 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.727 0.173 0.063 0.028 0.008 0.002 0.001 2 P 0.740 0.158 0.063 0.028 0.009 0.002 0.001 3 T 0.774 0.162 0.045 0.015 0.003 0.001 0.001 4 N 0.649 0.209 0.086 0.038 0.014 0.004 0.001 5 Q 0.584 0.239 0.108 0.048 0.015 0.004 0.001 6 D 0.250 0.232 0.216 0.173 0.093 0.032 0.004 7 L 0.237 0.225 0.211 0.189 0.100 0.034 0.004 8 Q 0.272 0.313 0.202 0.126 0.061 0.022 0.004 9 L 0.089 0.113 0.151 0.226 0.229 0.161 0.030 10 A 0.068 0.092 0.112 0.175 0.235 0.260 0.057 11 A 0.064 0.130 0.191 0.239 0.204 0.136 0.035 12 H 0.042 0.081 0.162 0.258 0.249 0.170 0.038 13 L 0.028 0.025 0.026 0.056 0.165 0.462 0.237 14 R 0.044 0.088 0.158 0.242 0.231 0.187 0.049 15 S 0.080 0.180 0.216 0.217 0.160 0.112 0.036 16 Q 0.054 0.072 0.102 0.189 0.249 0.251 0.082 17 V 0.045 0.084 0.121 0.192 0.235 0.244 0.079 18 T 0.142 0.213 0.201 0.187 0.138 0.090 0.027 19 T 0.116 0.178 0.209 0.219 0.159 0.091 0.027 20 L 0.057 0.084 0.107 0.167 0.233 0.265 0.087 21 T 0.049 0.116 0.168 0.203 0.211 0.193 0.060 22 R 0.230 0.287 0.207 0.145 0.083 0.037 0.010 23 R 0.058 0.169 0.248 0.256 0.164 0.087 0.018 24 L 0.029 0.037 0.060 0.150 0.308 0.356 0.060 25 R 0.092 0.207 0.292 0.253 0.120 0.034 0.003 26 R 0.409 0.390 0.139 0.047 0.012 0.002 0.001 27 E 0.137 0.269 0.287 0.206 0.079 0.021 0.001 28 A 0.072 0.095 0.166 0.322 0.277 0.067 0.002 29 Q 0.505 0.339 0.116 0.034 0.005 0.001 0.001 30 A 0.758 0.181 0.041 0.015 0.004 0.001 0.001 31 D 0.291 0.314 0.237 0.121 0.031 0.006 0.001 32 P 0.419 0.318 0.156 0.076 0.025 0.005 0.001 33 V 0.031 0.057 0.125 0.267 0.323 0.182 0.015 34 Q 0.077 0.189 0.217 0.207 0.171 0.115 0.024 35 F 0.033 0.092 0.169 0.257 0.266 0.159 0.024 36 S 0.014 0.046 0.087 0.171 0.263 0.325 0.094 37 Q 0.005 0.017 0.036 0.087 0.200 0.384 0.270 38 L 0.002 0.011 0.041 0.137 0.293 0.394 0.122 39 V 0.002 0.014 0.057 0.188 0.334 0.311 0.094 40 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.051 0.366 0.573 41 L 0.001 0.002 0.004 0.013 0.074 0.505 0.401 42 G 0.003 0.026 0.099 0.242 0.292 0.275 0.064 43 A 0.001 0.005 0.046 0.200 0.390 0.317 0.041 44 I 0.001 0.001 0.003 0.025 0.189 0.618 0.164 45 D 0.014 0.109 0.261 0.365 0.204 0.045 0.002 46 R 0.115 0.382 0.295 0.161 0.042 0.005 0.001 47 L 0.076 0.259 0.337 0.256 0.063 0.008 0.001 48 G 0.637 0.257 0.075 0.025 0.005 0.001 0.001 49 G 0.362 0.303 0.185 0.108 0.036 0.006 0.001 50 D 0.394 0.357 0.159 0.064 0.021 0.005 0.001 51 V 0.071 0.102 0.181 0.294 0.258 0.087 0.006 52 T 0.071 0.229 0.274 0.221 0.132 0.066 0.007 53 P 0.038 0.085 0.177 0.281 0.274 0.130 0.016 54 S 0.249 0.331 0.231 0.126 0.047 0.014 0.002 55 E 0.136 0.343 0.290 0.159 0.057 0.014 0.001 56 L 0.047 0.046 0.075 0.245 0.357 0.214 0.016 57 A 0.084 0.172 0.249 0.295 0.161 0.038 0.001 58 A 0.411 0.377 0.143 0.054 0.013 0.003 0.001 59 A 0.209 0.269 0.245 0.179 0.074 0.022 0.002 60 E 0.145 0.155 0.206 0.243 0.165 0.079 0.008 61 R 0.453 0.335 0.131 0.055 0.019 0.006 0.001 62 M 0.261 0.175 0.180 0.211 0.122 0.047 0.003 63 R 0.433 0.302 0.149 0.072 0.029 0.013 0.002 64 S 0.376 0.291 0.177 0.097 0.040 0.016 0.002 65 S 0.486 0.213 0.126 0.092 0.054 0.026 0.004 66 N 0.270 0.307 0.206 0.133 0.063 0.020 0.002 67 L 0.039 0.054 0.109 0.227 0.298 0.245 0.028 68 A 0.092 0.219 0.283 0.247 0.115 0.040 0.004 69 A 0.171 0.428 0.253 0.101 0.033 0.011 0.002 70 L 0.019 0.043 0.129 0.317 0.335 0.150 0.007 71 L 0.020 0.031 0.054 0.147 0.386 0.338 0.024 72 R 0.198 0.405 0.259 0.112 0.023 0.003 0.001 73 E 0.068 0.418 0.365 0.130 0.017 0.002 0.001 74 L 0.011 0.025 0.069 0.313 0.455 0.125 0.002 75 E 0.061 0.237 0.324 0.274 0.092 0.011 0.001 76 R 0.626 0.303 0.056 0.013 0.002 0.001 0.001 77 G 0.118 0.365 0.346 0.146 0.023 0.002 0.001 78 G 0.112 0.358 0.318 0.163 0.042 0.006 0.001 79 L 0.019 0.066 0.155 0.297 0.335 0.124 0.005 80 I 0.006 0.020 0.052 0.156 0.364 0.374 0.029 81 V 0.049 0.166 0.271 0.272 0.169 0.066 0.006 82 R 0.051 0.108 0.171 0.289 0.272 0.104 0.006 83 H 0.146 0.259 0.275 0.209 0.088 0.023 0.002 84 A 0.334 0.262 0.197 0.142 0.052 0.012 0.001 85 D 0.498 0.293 0.134 0.058 0.014 0.003 0.001 86 P 0.695 0.199 0.069 0.028 0.008 0.002 0.001 87 Q 0.729 0.181 0.057 0.022 0.008 0.002 0.001 88 D 0.429 0.280 0.167 0.087 0.029 0.007 0.001 89 G 0.306 0.293 0.200 0.126 0.058 0.016 0.002 90 R 0.127 0.151 0.181 0.241 0.209 0.082 0.009 91 R 0.129 0.256 0.246 0.195 0.109 0.055 0.011 92 T 0.050 0.109 0.170 0.249 0.248 0.152 0.022 93 R 0.023 0.119 0.229 0.287 0.213 0.110 0.018 94 V 0.007 0.017 0.040 0.118 0.283 0.426 0.110 95 S 0.014 0.087 0.222 0.303 0.221 0.133 0.021 96 L 0.006 0.016 0.042 0.153 0.356 0.369 0.058 97 S 0.060 0.215 0.298 0.259 0.124 0.041 0.003 98 S 0.367 0.373 0.162 0.068 0.022 0.007 0.001 99 E 0.385 0.341 0.160 0.078 0.026 0.008 0.001 100 G 0.092 0.121 0.184 0.295 0.223 0.080 0.004 101 R 0.185 0.272 0.270 0.184 0.070 0.017 0.001 102 R 0.336 0.414 0.164 0.061 0.019 0.004 0.001 103 N 0.074 0.145 0.247 0.282 0.180 0.067 0.005 104 L 0.049 0.066 0.106 0.217 0.326 0.220 0.017 105 Y 0.189 0.298 0.262 0.163 0.066 0.020 0.002 106 G 0.280 0.328 0.224 0.115 0.040 0.012 0.001 107 N 0.124 0.138 0.167 0.227 0.212 0.120 0.013 108 R 0.193 0.264 0.239 0.180 0.086 0.033 0.005 109 A 0.480 0.311 0.121 0.058 0.022 0.007 0.001 110 K 0.187 0.299 0.248 0.172 0.069 0.022 0.003 111 R 0.057 0.098 0.163 0.273 0.256 0.138 0.016 112 E 0.126 0.260 0.278 0.202 0.093 0.035 0.006 113 E 0.273 0.366 0.206 0.104 0.038 0.011 0.001 114 W 0.026 0.090 0.175 0.293 0.274 0.131 0.010 115 L 0.007 0.022 0.043 0.124 0.311 0.438 0.055 116 V 0.031 0.125 0.255 0.314 0.194 0.073 0.008 117 R 0.138 0.391 0.287 0.130 0.041 0.012 0.001 118 A 0.019 0.064 0.195 0.338 0.276 0.101 0.007 119 M 0.021 0.024 0.041 0.155 0.412 0.328 0.020 120 H 0.089 0.283 0.346 0.219 0.058 0.006 0.001 121 A 0.281 0.406 0.197 0.089 0.022 0.004 0.001 122 C 0.052 0.148 0.288 0.315 0.151 0.043 0.003 123 L 0.061 0.104 0.230 0.335 0.206 0.061 0.003 124 D 0.500 0.352 0.108 0.031 0.008 0.002 0.001 125 E 0.738 0.186 0.045 0.018 0.008 0.004 0.001 126 S 0.579 0.290 0.084 0.032 0.011 0.004 0.001 127 E 0.070 0.143 0.233 0.332 0.182 0.038 0.003 128 R 0.051 0.173 0.329 0.312 0.115 0.018 0.001 129 A 0.176 0.456 0.260 0.084 0.021 0.004 0.001 130 L 0.029 0.073 0.189 0.338 0.275 0.090 0.006 131 L 0.004 0.006 0.010 0.046 0.241 0.589 0.105 132 A 0.013 0.062 0.218 0.386 0.237 0.078 0.006 133 A 0.039 0.167 0.290 0.304 0.143 0.052 0.004 134 A 0.011 0.017 0.022 0.058 0.210 0.530 0.152 135 G 0.006 0.011 0.035 0.137 0.312 0.400 0.100 136 P 0.041 0.213 0.365 0.247 0.099 0.031 0.004 137 L 0.021 0.053 0.170 0.365 0.288 0.094 0.010 138 L 0.009 0.010 0.010 0.040 0.200 0.565 0.166 139 T 0.041 0.116 0.248 0.326 0.195 0.067 0.006 140 R 0.122 0.345 0.289 0.173 0.057 0.013 0.002 141 L 0.030 0.077 0.146 0.298 0.284 0.147 0.019 142 A 0.041 0.082 0.165 0.289 0.274 0.136 0.013 143 Q 0.339 0.361 0.189 0.080 0.025 0.006 0.001 144 F 0.247 0.276 0.238 0.165 0.061 0.012 0.001 145 E 0.467 0.283 0.136 0.074 0.029 0.009 0.001 146 E 0.534 0.275 0.119 0.053 0.016 0.004 0.001 147 P 0.415 0.258 0.169 0.107 0.040 0.010 0.001 148 M 0.255 0.245 0.213 0.174 0.087 0.024 0.002 149 P 0.452 0.260 0.147 0.086 0.038 0.014 0.002 150 T 0.437 0.260 0.149 0.098 0.042 0.013 0.001 151 N 0.341 0.236 0.179 0.141 0.072 0.026 0.003 152 Q 0.254 0.248 0.223 0.172 0.076 0.024 0.002 153 D 0.241 0.258 0.211 0.162 0.086 0.037 0.005 154 L 0.190 0.199 0.211 0.219 0.128 0.047 0.005 155 Q 0.253 0.324 0.218 0.130 0.054 0.019 0.003 156 L 0.089 0.101 0.145 0.256 0.253 0.139 0.017 157 A 0.147 0.218 0.223 0.218 0.130 0.058 0.007 158 A 0.382 0.297 0.165 0.097 0.040 0.015 0.003 159 H 0.207 0.232 0.214 0.190 0.103 0.047 0.007 160 L 0.090 0.111 0.143 0.216 0.232 0.185 0.024 161 R 0.223 0.230 0.199 0.175 0.107 0.057 0.009 162 S 0.402 0.271 0.148 0.098 0.050 0.025 0.007 163 Q 0.244 0.215 0.197 0.168 0.104 0.060 0.012 164 V 0.099 0.092 0.114 0.170 0.222 0.241 0.063 165 T 0.200 0.203 0.182 0.172 0.126 0.089 0.029 166 T 0.189 0.229 0.187 0.170 0.118 0.079 0.028 167 L 0.073 0.081 0.105 0.185 0.234 0.246 0.076 168 T 0.099 0.136 0.157 0.174 0.177 0.184 0.074 169 R 0.163 0.175 0.178 0.181 0.143 0.116 0.044 170 R 0.092 0.149 0.204 0.225 0.170 0.120 0.039 171 L 0.089 0.067 0.074 0.146 0.244 0.280 0.100 172 R 0.130 0.165 0.159 0.186 0.177 0.147 0.037 173 R 0.237 0.215 0.169 0.160 0.116 0.078 0.025 174 E 0.250 0.226 0.183 0.157 0.100 0.062 0.021 175 A 0.198 0.198 0.203 0.185 0.126 0.073 0.018 176 Q 0.229 0.208 0.182 0.170 0.121 0.074 0.015 177 A 0.271 0.198 0.149 0.149 0.125 0.086 0.023 178 D 0.304 0.249 0.194 0.149 0.072 0.028 0.005 179 P 0.340 0.315 0.176 0.105 0.046 0.017 0.003 180 V 0.083 0.097 0.145 0.245 0.246 0.157 0.026 181 Q 0.219 0.322 0.241 0.140 0.054 0.020 0.004 182 F 0.038 0.056 0.096 0.199 0.299 0.260 0.051 183 S 0.108 0.193 0.206 0.220 0.153 0.095 0.024 184 Q 0.053 0.141 0.216 0.233 0.189 0.131 0.038 185 L 0.020 0.031 0.050 0.126 0.262 0.374 0.136 186 V 0.024 0.050 0.089 0.171 0.250 0.302 0.114 187 V 0.024 0.037 0.065 0.114 0.185 0.351 0.224 188 L 0.054 0.084 0.111 0.169 0.211 0.259 0.112 189 G 0.047 0.059 0.097 0.163 0.208 0.266 0.159 190 A 0.045 0.036 0.047 0.089 0.179 0.379 0.225 191 I 0.047 0.064 0.090 0.152 0.221 0.306 0.120 192 D 0.108 0.133 0.145 0.199 0.201 0.165 0.048 193 R 0.114 0.152 0.186 0.226 0.189 0.113 0.020 194 L 0.118 0.127 0.165 0.244 0.208 0.121 0.017 195 G 0.304 0.278 0.178 0.130 0.071 0.032 0.006 196 G 0.318 0.269 0.188 0.136 0.063 0.022 0.004 197 D 0.387 0.331 0.156 0.082 0.032 0.010 0.001 198 V 0.067 0.111 0.172 0.259 0.241 0.129 0.021 199 T 0.078 0.178 0.223 0.217 0.163 0.118 0.023 200 P 0.028 0.054 0.092 0.182 0.290 0.276 0.078 201 S 0.047 0.094 0.165 0.262 0.250 0.156 0.025 202 E 0.070 0.171 0.206 0.208 0.181 0.134 0.030 203 L 0.052 0.041 0.054 0.123 0.220 0.339 0.169 204 A 0.047 0.064 0.093 0.180 0.261 0.295 0.059 205 A 0.083 0.151 0.164 0.192 0.178 0.167 0.066 206 A 0.058 0.123 0.167 0.239 0.220 0.159 0.034 207 E 0.047 0.098 0.142 0.209 0.233 0.206 0.064 208 R 0.202 0.220 0.185 0.165 0.113 0.085 0.030 209 M 0.139 0.147 0.155 0.171 0.167 0.173 0.048 210 R 0.210 0.177 0.172 0.164 0.133 0.106 0.039 211 S 0.189 0.165 0.143 0.154 0.152 0.150 0.046 212 S 0.176 0.129 0.127 0.153 0.159 0.174 0.082 213 N 0.211 0.122 0.121 0.151 0.165 0.160 0.070 214 L 0.134 0.065 0.061 0.084 0.144 0.300 0.213 215 A 0.257 0.109 0.094 0.108 0.125 0.184 0.122 216 A 0.120 0.114 0.135 0.177 0.183 0.185 0.086 217 L 0.083 0.052 0.063 0.134 0.221 0.318 0.129 218 L 0.063 0.068 0.086 0.152 0.253 0.309 0.069 219 R 0.100 0.180 0.231 0.242 0.153 0.077 0.018 220 E 0.237 0.308 0.202 0.137 0.072 0.035 0.009 221 L 0.197 0.199 0.181 0.196 0.144 0.073 0.010 222 E 0.236 0.221 0.192 0.176 0.114 0.053 0.008 223 R 0.399 0.280 0.158 0.088 0.046 0.023 0.005 224 G 0.141 0.188 0.225 0.234 0.147 0.059 0.006 225 G 0.137 0.215 0.245 0.226 0.128 0.045 0.004 226 L 0.045 0.043 0.061 0.146 0.281 0.359 0.065 227 I 0.025 0.057 0.120 0.225 0.278 0.261 0.034 228 V 0.086 0.111 0.132 0.201 0.246 0.197 0.027 229 R 0.122 0.170 0.214 0.261 0.170 0.058 0.004 230 H 0.091 0.228 0.308 0.242 0.103 0.027 0.002 231 A 0.136 0.107 0.135 0.230 0.257 0.126 0.009 232 D 0.406 0.318 0.164 0.082 0.024 0.005 0.001 233 P 0.589 0.255 0.103 0.040 0.010 0.002 0.001 234 Q 0.670 0.209 0.072 0.032 0.012 0.004 0.001 235 D 0.501 0.232 0.133 0.086 0.035 0.012 0.001 236 G 0.435 0.245 0.155 0.101 0.047 0.016 0.002 237 R 0.365 0.273 0.172 0.121 0.052 0.014 0.001 238 R 0.258 0.287 0.217 0.140 0.067 0.026 0.005 239 T 0.139 0.180 0.193 0.205 0.167 0.101 0.015 240 R 0.035 0.107 0.220 0.285 0.203 0.119 0.030 241 V 0.026 0.033 0.040 0.095 0.224 0.388 0.194 242 S 0.040 0.098 0.168 0.249 0.215 0.163 0.068 243 L 0.028 0.037 0.051 0.106 0.213 0.353 0.213 244 S 0.090 0.148 0.212 0.222 0.140 0.117 0.070 245 S 0.110 0.152 0.163 0.172 0.144 0.154 0.105 246 E 0.263 0.205 0.160 0.148 0.105 0.074 0.046 247 G 0.165 0.142 0.123 0.163 0.172 0.168 0.068 248 R 0.307 0.201 0.175 0.148 0.085 0.061 0.024 249 R 0.309 0.209 0.141 0.121 0.102 0.091 0.027 250 N 0.282 0.143 0.120 0.139 0.127 0.126 0.062 251 L 0.143 0.106 0.113 0.159 0.191 0.198 0.091 252 Y 0.231 0.158 0.131 0.140 0.126 0.129 0.085 253 G 0.340 0.241 0.153 0.131 0.075 0.044 0.016 254 N 0.142 0.109 0.110 0.159 0.182 0.219 0.080 255 R 0.178 0.200 0.179 0.174 0.130 0.102 0.036 256 A 0.082 0.102 0.119 0.171 0.197 0.220 0.109 257 K 0.095 0.160 0.177 0.177 0.133 0.134 0.123 258 R 0.030 0.057 0.079 0.127 0.188 0.292 0.226 259 E 0.068 0.107 0.159 0.204 0.190 0.169 0.103 260 E 0.135 0.191 0.168 0.156 0.146 0.144 0.060 261 W 0.063 0.077 0.111 0.166 0.210 0.232 0.142 262 L 0.037 0.047 0.056 0.112 0.209 0.344 0.195 263 V 0.046 0.071 0.099 0.168 0.235 0.253 0.128 264 R 0.050 0.061 0.092 0.168 0.206 0.256 0.168 265 A 0.027 0.026 0.046 0.084 0.145 0.318 0.356 266 M 0.060 0.044 0.050 0.076 0.124 0.261 0.385 267 H 0.032 0.040 0.050 0.086 0.138 0.259 0.394 268 A 0.025 0.030 0.037 0.060 0.110 0.278 0.459 269 C 0.007 0.014 0.022 0.058 0.134 0.340 0.425 270 L 0.010 0.025 0.048 0.115 0.217 0.329 0.257 271 D 0.041 0.118 0.175 0.219 0.199 0.159 0.089 272 E 0.032 0.081 0.120 0.176 0.227 0.230 0.135 273 S 0.034 0.084 0.118 0.168 0.188 0.245 0.162 274 E 0.011 0.023 0.045 0.106 0.214 0.395 0.205 275 R 0.033 0.041 0.051 0.104 0.201 0.359 0.212 276 A 0.022 0.027 0.046 0.110 0.219 0.355 0.222 277 L 0.033 0.025 0.025 0.034 0.083 0.298 0.503 278 L 0.032 0.025 0.032 0.060 0.118 0.267 0.466 279 A 0.041 0.045 0.068 0.101 0.139 0.243 0.363 280 A 0.068 0.046 0.066 0.117 0.157 0.233 0.313 281 A 0.068 0.069 0.076 0.111 0.147 0.282 0.247 282 G 0.118 0.097 0.146 0.220 0.197 0.144 0.078 283 P 0.128 0.153 0.149 0.161 0.145 0.168 0.096 284 L 0.166 0.092 0.092 0.146 0.167 0.221 0.116 285 L 0.228 0.124 0.099 0.133 0.173 0.188 0.055 286 T 0.272 0.183 0.152 0.169 0.124 0.080 0.021 287 R 0.229 0.130 0.118 0.144 0.160 0.175 0.046 288 L 0.365 0.177 0.135 0.134 0.098 0.077 0.014 289 A 0.328 0.247 0.170 0.139 0.076 0.035 0.006 290 Q 0.345 0.188 0.158 0.137 0.094 0.065 0.012 291 F 0.338 0.187 0.157 0.141 0.099 0.069 0.009 292 E 0.514 0.242 0.128 0.071 0.031 0.013 0.002 293 E 0.578 0.213 0.114 0.064 0.023 0.007 0.001 294 P 0.676 0.172 0.082 0.045 0.017 0.007 0.001