# TARGET T0373 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0373.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 151.605 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 2 P 0.009 0.011 0.005 0.025 0.005 0.019 0.925 3 T 0.012 0.010 0.025 0.111 0.201 0.118 0.522 4 N 0.009 0.003 0.035 0.199 0.141 0.130 0.482 5 Q 0.007 0.003 0.035 0.483 0.116 0.084 0.272 6 D 0.005 0.002 0.013 0.760 0.035 0.039 0.147 7 L 0.003 0.001 0.005 0.923 0.018 0.012 0.038 8 Q 0.002 0.002 0.004 0.952 0.006 0.008 0.026 9 L 0.002 0.001 0.003 0.972 0.003 0.007 0.011 10 A 0.001 0.001 0.002 0.987 0.002 0.003 0.005 11 A 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.004 0.001 12 H 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 14 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 15 S 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 16 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 17 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 18 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 19 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 20 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 21 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 22 R 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 23 R 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.010 0.003 25 R 0.001 0.001 0.002 0.980 0.002 0.010 0.005 26 R 0.001 0.001 0.009 0.966 0.002 0.018 0.004 27 E 0.001 0.001 0.021 0.932 0.003 0.038 0.005 28 A 0.002 0.002 0.031 0.869 0.013 0.068 0.013 29 Q 0.004 0.004 0.055 0.654 0.024 0.218 0.041 30 A 0.005 0.002 0.062 0.389 0.128 0.350 0.064 31 D 0.008 0.003 0.014 0.054 0.526 0.193 0.202 32 P 0.013 0.011 0.024 0.023 0.212 0.287 0.430 33 V 0.046 0.051 0.007 0.011 0.151 0.024 0.710 34 Q 0.051 0.025 0.005 0.016 0.054 0.007 0.843 35 F 0.002 0.001 0.060 0.910 0.003 0.016 0.008 36 S 0.001 0.001 0.027 0.953 0.001 0.015 0.003 37 Q 0.001 0.001 0.010 0.982 0.001 0.004 0.003 38 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 39 V 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 40 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 41 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 42 G 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 43 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 44 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 45 D 0.001 0.001 0.004 0.968 0.001 0.023 0.002 46 R 0.001 0.001 0.008 0.850 0.006 0.132 0.003 47 L 0.001 0.001 0.006 0.323 0.020 0.632 0.017 48 G 0.001 0.002 0.009 0.014 0.074 0.619 0.282 49 G 0.006 0.003 0.007 0.002 0.086 0.030 0.867 50 D 0.035 0.036 0.011 0.002 0.052 0.040 0.823 51 V 0.035 0.035 0.001 0.002 0.146 0.003 0.779 52 T 0.015 0.017 0.001 0.006 0.016 0.001 0.945 53 P 0.001 0.001 0.007 0.987 0.001 0.003 0.001 54 S 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.003 0.001 55 E 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 56 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 57 A 0.001 0.001 0.003 0.984 0.002 0.009 0.001 58 A 0.001 0.001 0.003 0.960 0.002 0.032 0.003 59 A 0.001 0.002 0.015 0.841 0.013 0.102 0.027 60 E 0.001 0.002 0.015 0.478 0.022 0.448 0.034 61 R 0.002 0.003 0.031 0.207 0.070 0.537 0.150 62 M 0.006 0.008 0.020 0.034 0.354 0.034 0.543 63 R 0.009 0.006 0.030 0.036 0.244 0.052 0.622 64 S 0.007 0.007 0.096 0.345 0.228 0.146 0.172 65 S 0.007 0.008 0.060 0.525 0.149 0.091 0.161 66 N 0.016 0.021 0.039 0.622 0.088 0.056 0.158 67 L 0.001 0.001 0.010 0.966 0.003 0.006 0.013 68 A 0.001 0.001 0.007 0.984 0.001 0.002 0.005 69 A 0.001 0.001 0.007 0.987 0.001 0.003 0.002 70 L 0.001 0.001 0.006 0.985 0.001 0.006 0.002 71 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 72 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 73 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 74 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 75 E 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.011 0.001 76 R 0.001 0.001 0.003 0.813 0.002 0.180 0.001 77 G 0.001 0.001 0.003 0.060 0.007 0.925 0.006 78 G 0.003 0.001 0.005 0.005 0.078 0.818 0.092 79 L 0.123 0.006 0.014 0.003 0.158 0.042 0.653 80 I 0.834 0.012 0.005 0.002 0.031 0.008 0.109 81 V 0.947 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.041 82 R 0.971 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 83 H 0.880 0.003 0.001 0.001 0.014 0.001 0.102 84 A 0.492 0.024 0.001 0.001 0.116 0.008 0.359 85 D 0.067 0.011 0.001 0.001 0.067 0.003 0.851 86 P 0.005 0.002 0.038 0.010 0.106 0.802 0.036 87 Q 0.004 0.002 0.049 0.007 0.070 0.842 0.025 88 D 0.027 0.013 0.159 0.016 0.274 0.388 0.123 89 G 0.071 0.012 0.039 0.010 0.162 0.454 0.252 90 R 0.464 0.026 0.007 0.001 0.091 0.032 0.379 91 R 0.778 0.015 0.002 0.001 0.033 0.006 0.166 92 T 0.919 0.001 0.001 0.003 0.017 0.002 0.057 93 R 0.962 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.030 94 V 0.980 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.012 95 S 0.955 0.002 0.001 0.015 0.002 0.003 0.024 96 L 0.726 0.010 0.001 0.016 0.008 0.005 0.235 97 S 0.070 0.001 0.001 0.006 0.023 0.004 0.896 98 S 0.004 0.001 0.027 0.664 0.070 0.224 0.011 99 E 0.003 0.001 0.025 0.735 0.014 0.217 0.007 100 G 0.003 0.001 0.031 0.888 0.008 0.047 0.021 101 R 0.004 0.003 0.007 0.948 0.007 0.015 0.016 102 R 0.005 0.002 0.012 0.944 0.006 0.024 0.008 103 N 0.002 0.001 0.014 0.934 0.004 0.037 0.008 104 L 0.002 0.001 0.015 0.897 0.010 0.059 0.015 105 Y 0.002 0.001 0.028 0.701 0.021 0.216 0.030 106 G 0.003 0.002 0.045 0.594 0.028 0.282 0.047 107 N 0.003 0.003 0.032 0.638 0.070 0.104 0.151 108 R 0.001 0.001 0.018 0.786 0.041 0.046 0.106 109 A 0.001 0.001 0.013 0.907 0.022 0.027 0.030 110 K 0.001 0.001 0.010 0.943 0.007 0.019 0.019 111 R 0.001 0.001 0.004 0.973 0.002 0.009 0.011 112 E 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.005 0.003 113 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 114 W 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.002 115 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.002 116 V 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.002 117 R 0.001 0.001 0.004 0.968 0.002 0.021 0.004 118 A 0.001 0.001 0.012 0.914 0.004 0.058 0.011 119 M 0.001 0.004 0.020 0.805 0.018 0.129 0.023 120 H 0.001 0.001 0.116 0.493 0.026 0.319 0.044 121 A 0.002 0.001 0.097 0.225 0.096 0.457 0.122 122 C 0.003 0.004 0.090 0.129 0.089 0.402 0.282 123 L 0.002 0.008 0.001 0.008 0.293 0.004 0.684 124 D 0.001 0.005 0.001 0.006 0.024 0.001 0.962 125 E 0.001 0.001 0.004 0.982 0.002 0.010 0.001 126 S 0.001 0.001 0.006 0.984 0.001 0.009 0.001 127 E 0.001 0.001 0.007 0.988 0.001 0.003 0.002 128 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 129 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 130 L 0.001 0.001 0.002 0.978 0.001 0.019 0.001 131 L 0.001 0.001 0.005 0.969 0.002 0.021 0.003 132 A 0.001 0.001 0.014 0.950 0.001 0.033 0.001 133 A 0.001 0.001 0.032 0.810 0.002 0.153 0.003 134 A 0.001 0.001 0.025 0.827 0.004 0.134 0.009 135 G 0.001 0.001 0.014 0.896 0.041 0.026 0.023 136 P 0.001 0.001 0.023 0.906 0.012 0.035 0.022 137 L 0.001 0.001 0.008 0.964 0.002 0.021 0.004 138 L 0.001 0.001 0.002 0.989 0.002 0.004 0.002 139 T 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.005 0.001 140 R 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.011 0.001 141 L 0.001 0.001 0.004 0.972 0.001 0.020 0.003 142 A 0.001 0.001 0.010 0.942 0.003 0.040 0.004 143 Q 0.001 0.001 0.027 0.790 0.006 0.165 0.011 144 F 0.002 0.001 0.046 0.571 0.020 0.297 0.063 145 E 0.005 0.005 0.095 0.399 0.146 0.208 0.141 146 E 0.010 0.007 0.034 0.078 0.443 0.071 0.357 147 P 0.018 0.016 0.039 0.061 0.157 0.169 0.541 148 M 0.009 0.010 0.008 0.017 0.130 0.019 0.808 149 P 0.010 0.010 0.029 0.051 0.082 0.106 0.712 150 T 0.013 0.010 0.058 0.092 0.176 0.233 0.419 151 N 0.022 0.011 0.086 0.201 0.158 0.117 0.406 152 Q 0.029 0.006 0.065 0.311 0.132 0.083 0.374 153 D 0.047 0.010 0.069 0.388 0.074 0.095 0.316 154 L 0.051 0.012 0.050 0.489 0.081 0.046 0.271 155 Q 0.050 0.020 0.045 0.505 0.038 0.061 0.280 156 L 0.057 0.014 0.053 0.476 0.059 0.062 0.279 157 A 0.050 0.009 0.067 0.478 0.042 0.063 0.291 158 A 0.018 0.004 0.087 0.664 0.038 0.125 0.063 159 H 0.016 0.004 0.087 0.506 0.037 0.250 0.101 160 L 0.024 0.008 0.066 0.518 0.056 0.111 0.218 161 R 0.024 0.006 0.050 0.664 0.031 0.084 0.142 162 S 0.033 0.003 0.040 0.685 0.075 0.090 0.074 163 Q 0.029 0.004 0.018 0.818 0.033 0.047 0.051 164 V 0.024 0.004 0.008 0.919 0.007 0.014 0.024 165 T 0.027 0.001 0.007 0.916 0.008 0.017 0.023 166 T 0.027 0.001 0.005 0.932 0.007 0.015 0.013 167 L 0.027 0.002 0.005 0.929 0.007 0.011 0.018 168 T 0.020 0.001 0.003 0.937 0.006 0.013 0.020 169 R 0.011 0.001 0.003 0.945 0.010 0.019 0.011 170 R 0.013 0.001 0.002 0.949 0.006 0.012 0.017 171 L 0.017 0.002 0.003 0.940 0.006 0.011 0.022 172 R 0.019 0.002 0.005 0.915 0.013 0.022 0.024 173 R 0.010 0.001 0.013 0.920 0.009 0.036 0.011 174 E 0.006 0.001 0.030 0.836 0.012 0.091 0.024 175 A 0.006 0.004 0.058 0.647 0.026 0.209 0.050 176 Q 0.007 0.005 0.067 0.343 0.070 0.403 0.105 177 A 0.008 0.004 0.049 0.135 0.376 0.211 0.217 178 D 0.008 0.003 0.005 0.015 0.686 0.027 0.257 179 P 0.022 0.013 0.043 0.093 0.232 0.239 0.358 180 V 0.095 0.036 0.027 0.088 0.266 0.085 0.403 181 Q 0.190 0.046 0.025 0.100 0.090 0.033 0.516 182 F 0.118 0.013 0.116 0.553 0.039 0.048 0.112 183 S 0.076 0.004 0.077 0.673 0.040 0.053 0.077 184 Q 0.083 0.002 0.062 0.706 0.041 0.051 0.055 185 L 0.147 0.004 0.017 0.745 0.021 0.019 0.046 186 V 0.294 0.007 0.011 0.610 0.015 0.014 0.049 187 V 0.311 0.006 0.012 0.604 0.011 0.026 0.031 188 L 0.210 0.006 0.018 0.633 0.021 0.071 0.041 189 G 0.118 0.004 0.036 0.484 0.072 0.225 0.061 190 A 0.201 0.011 0.055 0.394 0.067 0.124 0.149 191 I 0.199 0.015 0.086 0.493 0.048 0.063 0.096 192 D 0.129 0.008 0.138 0.444 0.041 0.113 0.127 193 R 0.070 0.008 0.140 0.422 0.063 0.202 0.095 194 L 0.047 0.013 0.125 0.209 0.155 0.274 0.177 195 G 0.014 0.006 0.068 0.051 0.110 0.665 0.086 196 G 0.014 0.003 0.055 0.018 0.123 0.662 0.125 197 D 0.041 0.021 0.020 0.012 0.199 0.080 0.628 198 V 0.086 0.112 0.013 0.022 0.147 0.067 0.553 199 T 0.049 0.028 0.005 0.017 0.181 0.021 0.699 200 P 0.018 0.011 0.046 0.266 0.062 0.081 0.517 201 S 0.003 0.002 0.084 0.721 0.042 0.080 0.068 202 E 0.002 0.002 0.078 0.805 0.023 0.048 0.041 203 L 0.002 0.001 0.047 0.889 0.009 0.024 0.027 204 A 0.003 0.002 0.046 0.890 0.007 0.031 0.021 205 A 0.005 0.002 0.054 0.838 0.012 0.069 0.020 206 A 0.005 0.002 0.049 0.770 0.020 0.119 0.034 207 E 0.010 0.005 0.031 0.639 0.061 0.191 0.063 208 R 0.014 0.007 0.040 0.466 0.072 0.218 0.182 209 M 0.016 0.008 0.042 0.331 0.112 0.107 0.384 210 R 0.014 0.007 0.053 0.334 0.079 0.140 0.373 211 S 0.009 0.004 0.055 0.565 0.086 0.153 0.128 212 S 0.014 0.002 0.028 0.546 0.118 0.196 0.096 213 N 0.065 0.005 0.014 0.594 0.098 0.110 0.114 214 L 0.228 0.009 0.004 0.646 0.015 0.013 0.085 215 A 0.416 0.005 0.005 0.507 0.010 0.005 0.051 216 A 0.496 0.003 0.014 0.438 0.011 0.007 0.031 217 L 0.536 0.004 0.036 0.335 0.019 0.021 0.050 218 L 0.418 0.010 0.081 0.260 0.047 0.066 0.119 219 R 0.188 0.004 0.101 0.168 0.150 0.281 0.109 220 E 0.091 0.003 0.063 0.057 0.170 0.521 0.095 221 L 0.280 0.008 0.016 0.010 0.282 0.113 0.290 222 E 0.382 0.010 0.007 0.002 0.093 0.026 0.480 223 R 0.838 0.009 0.002 0.001 0.023 0.007 0.120 224 G 0.878 0.003 0.002 0.001 0.024 0.007 0.085 225 G 0.945 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.036 226 L 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 227 I 0.973 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.019 228 V 0.960 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.030 229 R 0.918 0.004 0.001 0.002 0.014 0.003 0.059 230 H 0.738 0.010 0.003 0.004 0.035 0.016 0.193 231 A 0.293 0.024 0.005 0.005 0.326 0.054 0.291 232 D 0.065 0.008 0.002 0.001 0.271 0.008 0.645 233 P 0.012 0.003 0.055 0.025 0.172 0.660 0.074 234 Q 0.012 0.002 0.056 0.016 0.113 0.754 0.046 235 D 0.107 0.014 0.105 0.020 0.261 0.208 0.285 236 G 0.390 0.019 0.017 0.009 0.117 0.054 0.394 237 R 0.747 0.013 0.005 0.003 0.062 0.019 0.150 238 R 0.905 0.004 0.002 0.001 0.017 0.002 0.068 239 T 0.945 0.001 0.001 0.004 0.011 0.002 0.037 240 R 0.974 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.014 241 V 0.970 0.001 0.001 0.007 0.002 0.004 0.017 242 S 0.945 0.003 0.001 0.008 0.005 0.006 0.033 243 L 0.698 0.018 0.001 0.009 0.016 0.008 0.250 244 S 0.072 0.003 0.001 0.005 0.039 0.004 0.876 245 S 0.001 0.001 0.083 0.777 0.020 0.108 0.010 246 E 0.001 0.001 0.113 0.733 0.012 0.136 0.006 247 G 0.001 0.002 0.267 0.607 0.010 0.094 0.019 248 R 0.002 0.006 0.095 0.716 0.016 0.145 0.021 249 R 0.003 0.003 0.087 0.583 0.030 0.273 0.022 250 N 0.002 0.002 0.054 0.525 0.072 0.306 0.040 251 L 0.004 0.006 0.024 0.474 0.128 0.239 0.125 252 Y 0.010 0.013 0.030 0.578 0.075 0.110 0.185 253 G 0.008 0.003 0.052 0.734 0.030 0.072 0.101 254 N 0.004 0.001 0.042 0.837 0.029 0.050 0.036 255 R 0.005 0.002 0.026 0.907 0.014 0.025 0.021 256 A 0.005 0.002 0.009 0.948 0.004 0.015 0.018 257 K 0.004 0.001 0.004 0.962 0.005 0.013 0.011 258 R 0.004 0.001 0.003 0.969 0.005 0.011 0.008 259 E 0.003 0.001 0.002 0.978 0.003 0.009 0.005 260 E 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.006 0.003 261 W 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.004 0.002 262 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.002 263 V 0.002 0.001 0.002 0.987 0.001 0.005 0.002 264 R 0.003 0.001 0.004 0.979 0.002 0.010 0.002 265 A 0.004 0.001 0.012 0.933 0.005 0.040 0.005 266 M 0.003 0.001 0.024 0.804 0.007 0.153 0.008 267 H 0.003 0.001 0.064 0.623 0.021 0.261 0.027 268 A 0.010 0.006 0.132 0.387 0.113 0.248 0.104 269 C 0.009 0.006 0.143 0.334 0.110 0.231 0.167 270 L 0.009 0.012 0.062 0.335 0.216 0.125 0.241 271 D 0.005 0.007 0.034 0.394 0.092 0.088 0.379 272 E 0.001 0.002 0.022 0.819 0.029 0.099 0.030 273 S 0.001 0.001 0.009 0.908 0.015 0.044 0.022 274 E 0.001 0.001 0.006 0.969 0.003 0.014 0.007 275 R 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.007 0.002 276 A 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.007 0.003 277 L 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.009 0.001 278 L 0.001 0.001 0.006 0.976 0.001 0.016 0.001 279 A 0.001 0.001 0.025 0.937 0.002 0.035 0.001 280 A 0.001 0.001 0.059 0.746 0.003 0.188 0.003 281 A 0.001 0.002 0.046 0.508 0.024 0.406 0.014 282 G 0.003 0.004 0.056 0.277 0.291 0.165 0.204 283 P 0.004 0.005 0.210 0.328 0.079 0.268 0.106 284 L 0.010 0.006 0.228 0.369 0.055 0.291 0.042 285 L 0.040 0.016 0.176 0.525 0.052 0.126 0.065 286 T 0.062 0.006 0.125 0.655 0.031 0.055 0.066 287 R 0.053 0.003 0.088 0.722 0.021 0.080 0.033 288 L 0.049 0.004 0.088 0.705 0.009 0.114 0.030 289 A 0.105 0.005 0.076 0.639 0.014 0.091 0.070 290 Q 0.209 0.006 0.062 0.486 0.051 0.083 0.103 291 F 0.277 0.010 0.035 0.343 0.061 0.142 0.132 292 E 0.254 0.055 0.022 0.230 0.116 0.124 0.198 293 E 0.093 0.032 0.006 0.034 0.093 0.031 0.712 294 P 0.015 0.003 0.008 0.008 0.038 0.066 0.861