# TARGET T0373 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0373.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1386 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.002 0.001 0.021 0.062 0.039 0.191 0.006 0.001 0.039 0.626 2 P 0.038 0.012 0.001 0.019 0.009 0.010 0.168 0.004 0.001 0.034 0.707 3 T 0.075 0.073 0.001 0.019 0.007 0.011 0.135 0.009 0.001 0.052 0.617 4 N 0.234 0.298 0.004 0.010 0.002 0.003 0.066 0.004 0.002 0.054 0.324 5 Q 0.044 0.571 0.002 0.006 0.002 0.003 0.044 0.004 0.001 0.066 0.258 6 D 0.018 0.895 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.021 0.052 7 L 0.017 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.014 0.024 8 Q 0.005 0.934 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.028 0.022 9 L 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.007 10 A 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 11 A 0.002 0.765 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.221 0.005 12 H 0.001 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.004 13 L 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 14 R 0.004 0.181 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.802 0.007 15 S 0.002 0.547 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.410 0.031 16 Q 0.007 0.947 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.014 0.017 17 V 0.016 0.314 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.630 0.026 18 T 0.003 0.857 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.051 0.076 19 T 0.014 0.926 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.005 0.031 20 L 0.008 0.923 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.004 0.018 0.022 21 T 0.010 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.038 22 R 0.013 0.907 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.001 0.015 0.046 23 R 0.024 0.720 0.034 0.001 0.001 0.001 0.019 0.018 0.014 0.116 0.053 24 L 0.069 0.728 0.009 0.001 0.001 0.001 0.026 0.014 0.005 0.046 0.102 25 R 0.073 0.549 0.023 0.002 0.001 0.001 0.032 0.017 0.012 0.084 0.206 26 R 0.187 0.161 0.040 0.005 0.001 0.003 0.085 0.015 0.019 0.157 0.327 27 E 0.155 0.077 0.012 0.010 0.002 0.009 0.062 0.009 0.007 0.086 0.573 28 A 0.146 0.020 0.007 0.007 0.002 0.006 0.070 0.004 0.003 0.056 0.679 29 Q 0.103 0.017 0.003 0.015 0.004 0.008 0.089 0.003 0.001 0.038 0.719 30 A 0.027 0.012 0.001 0.005 0.002 0.004 0.071 0.003 0.001 0.014 0.861 31 D 0.042 0.007 0.001 0.012 0.014 0.015 0.132 0.012 0.001 0.041 0.724 32 P 0.045 0.015 0.001 0.039 0.010 0.015 0.127 0.002 0.001 0.061 0.685 33 V 0.008 0.050 0.002 0.061 0.013 0.025 0.106 0.002 0.001 0.049 0.681 34 Q 0.124 0.622 0.001 0.018 0.008 0.010 0.035 0.006 0.001 0.048 0.128 35 F 0.047 0.717 0.003 0.020 0.002 0.003 0.029 0.003 0.001 0.052 0.124 36 S 0.008 0.718 0.001 0.009 0.005 0.008 0.026 0.001 0.001 0.111 0.113 37 Q 0.005 0.912 0.001 0.003 0.003 0.005 0.006 0.001 0.001 0.038 0.026 38 L 0.005 0.905 0.001 0.004 0.004 0.005 0.004 0.001 0.001 0.055 0.016 39 V 0.001 0.951 0.001 0.003 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.022 0.010 40 V 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 41 L 0.008 0.923 0.003 0.004 0.003 0.003 0.003 0.004 0.001 0.033 0.016 42 G 0.023 0.744 0.010 0.005 0.003 0.004 0.016 0.006 0.004 0.129 0.054 43 A 0.091 0.445 0.020 0.008 0.005 0.006 0.042 0.015 0.009 0.215 0.144 44 I 0.079 0.114 0.151 0.021 0.007 0.011 0.081 0.015 0.097 0.200 0.226 45 D 0.206 0.031 0.020 0.013 0.008 0.017 0.107 0.007 0.018 0.075 0.498 46 R 0.072 0.005 0.005 0.009 0.003 0.010 0.072 0.003 0.005 0.036 0.781 47 L 0.182 0.004 0.001 0.005 0.002 0.005 0.090 0.006 0.001 0.040 0.663 48 G 0.044 0.007 0.001 0.008 0.001 0.005 0.091 0.003 0.001 0.028 0.812 49 G 0.018 0.003 0.001 0.008 0.005 0.013 0.123 0.003 0.001 0.032 0.795 50 D 0.017 0.004 0.001 0.034 0.020 0.023 0.129 0.001 0.001 0.167 0.605 51 V 0.002 0.036 0.001 0.041 0.023 0.023 0.098 0.001 0.001 0.065 0.710 52 T 0.031 0.847 0.001 0.005 0.006 0.005 0.015 0.008 0.001 0.015 0.065 53 P 0.015 0.927 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 0.007 0.001 0.004 0.036 54 S 0.006 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.005 0.033 55 E 0.019 0.918 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.021 0.024 56 L 0.039 0.743 0.013 0.003 0.001 0.001 0.012 0.017 0.007 0.114 0.050 57 A 0.071 0.346 0.089 0.005 0.002 0.002 0.041 0.013 0.046 0.211 0.175 58 A 0.198 0.255 0.011 0.007 0.002 0.003 0.072 0.014 0.005 0.107 0.324 59 A 0.106 0.131 0.007 0.016 0.002 0.006 0.095 0.013 0.004 0.133 0.488 60 E 0.069 0.044 0.004 0.024 0.003 0.009 0.130 0.003 0.002 0.079 0.632 61 R 0.045 0.041 0.004 0.029 0.004 0.016 0.118 0.003 0.002 0.081 0.657 62 M 0.080 0.047 0.003 0.017 0.004 0.008 0.117 0.004 0.001 0.091 0.626 63 R 0.126 0.309 0.002 0.017 0.003 0.006 0.072 0.007 0.001 0.101 0.354 64 S 0.078 0.449 0.003 0.011 0.002 0.004 0.054 0.004 0.001 0.076 0.318 65 S 0.025 0.627 0.003 0.015 0.004 0.009 0.043 0.005 0.001 0.062 0.207 66 N 0.015 0.831 0.001 0.004 0.003 0.004 0.015 0.003 0.001 0.059 0.066 67 L 0.004 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 0.016 68 A 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 69 A 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 70 L 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 71 L 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 72 R 0.005 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.008 73 E 0.005 0.785 0.026 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.016 0.133 0.024 74 L 0.035 0.012 0.508 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.321 0.091 0.018 75 E 0.705 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.022 0.012 0.005 0.047 0.186 76 R 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 0.009 0.923 77 G 0.005 0.007 0.001 0.010 0.001 0.003 0.090 0.001 0.001 0.012 0.871 78 G 0.005 0.005 0.001 0.018 0.029 0.081 0.131 0.005 0.001 0.116 0.609 79 L 0.019 0.012 0.002 0.064 0.040 0.086 0.086 0.001 0.001 0.126 0.562 80 I 0.025 0.007 0.003 0.221 0.056 0.137 0.067 0.001 0.001 0.113 0.370 81 V 0.040 0.008 0.001 0.154 0.066 0.133 0.083 0.003 0.001 0.076 0.435 82 R 0.043 0.003 0.001 0.109 0.055 0.089 0.101 0.002 0.001 0.051 0.547 83 H 0.005 0.001 0.001 0.035 0.057 0.076 0.111 0.001 0.001 0.023 0.692 84 A 0.002 0.002 0.001 0.022 0.022 0.043 0.113 0.002 0.001 0.010 0.782 85 D 0.377 0.090 0.009 0.010 0.023 0.018 0.063 0.014 0.009 0.056 0.330 86 P 0.457 0.016 0.009 0.003 0.004 0.004 0.038 0.006 0.004 0.065 0.396 87 Q 0.061 0.010 0.001 0.003 0.004 0.009 0.065 0.004 0.001 0.032 0.812 88 D 0.049 0.004 0.002 0.012 0.015 0.043 0.117 0.001 0.001 0.080 0.677 89 G 0.010 0.004 0.002 0.032 0.070 0.139 0.121 0.001 0.001 0.105 0.515 90 R 0.004 0.001 0.001 0.021 0.196 0.285 0.090 0.001 0.001 0.064 0.336 91 R 0.001 0.002 0.001 0.057 0.212 0.263 0.074 0.001 0.001 0.051 0.340 92 T 0.001 0.001 0.001 0.100 0.232 0.475 0.025 0.001 0.001 0.090 0.076 93 R 0.001 0.001 0.001 0.136 0.239 0.358 0.025 0.001 0.001 0.083 0.156 94 V 0.001 0.001 0.001 0.158 0.366 0.332 0.017 0.001 0.001 0.035 0.092 95 S 0.007 0.002 0.001 0.123 0.262 0.340 0.036 0.001 0.001 0.087 0.141 96 L 0.017 0.013 0.002 0.126 0.118 0.130 0.075 0.003 0.002 0.098 0.418 97 S 0.123 0.353 0.002 0.029 0.023 0.033 0.066 0.010 0.002 0.089 0.270 98 S 0.125 0.421 0.005 0.013 0.004 0.007 0.046 0.007 0.002 0.133 0.238 99 E 0.014 0.307 0.004 0.010 0.007 0.007 0.038 0.003 0.001 0.420 0.189 100 G 0.006 0.924 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.004 0.001 0.013 0.040 101 R 0.012 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.005 0.017 102 R 0.015 0.848 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.074 0.044 103 N 0.033 0.490 0.007 0.001 0.001 0.001 0.019 0.005 0.003 0.363 0.076 104 L 0.025 0.779 0.024 0.001 0.001 0.001 0.011 0.025 0.007 0.075 0.052 105 Y 0.071 0.722 0.009 0.002 0.001 0.001 0.020 0.008 0.004 0.030 0.135 106 G 0.017 0.619 0.006 0.003 0.001 0.001 0.036 0.003 0.003 0.040 0.272 107 N 0.021 0.848 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.007 0.001 0.019 0.086 108 R 0.023 0.877 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.042 0.041 109 A 0.018 0.849 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.057 0.059 110 K 0.007 0.880 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.058 0.042 111 R 0.004 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.013 0.013 112 E 0.008 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.033 0.013 113 E 0.006 0.620 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.339 0.025 114 W 0.006 0.756 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.199 0.024 115 L 0.004 0.961 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.010 0.014 116 V 0.011 0.950 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.008 0.024 117 R 0.015 0.858 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.002 0.039 0.072 118 A 0.057 0.394 0.132 0.002 0.001 0.001 0.029 0.024 0.070 0.198 0.094 119 M 0.499 0.158 0.032 0.003 0.001 0.001 0.033 0.050 0.024 0.087 0.112 120 H 0.217 0.054 0.002 0.006 0.001 0.002 0.090 0.007 0.003 0.046 0.571 121 A 0.025 0.010 0.001 0.008 0.001 0.001 0.121 0.001 0.001 0.014 0.820 122 C 0.006 0.007 0.001 0.021 0.002 0.005 0.189 0.001 0.001 0.123 0.645 123 L 0.004 0.039 0.001 0.006 0.002 0.003 0.126 0.006 0.001 0.104 0.709 124 D 0.044 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.020 0.034 125 E 0.029 0.881 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.053 0.028 126 S 0.009 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.051 0.032 127 E 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 128 R 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.005 129 A 0.006 0.882 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.085 0.020 130 L 0.015 0.570 0.013 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 0.003 0.335 0.044 131 L 0.080 0.496 0.039 0.002 0.001 0.001 0.013 0.030 0.012 0.286 0.043 132 A 0.086 0.169 0.013 0.003 0.001 0.001 0.040 0.005 0.007 0.488 0.188 133 A 0.010 0.499 0.002 0.002 0.001 0.001 0.044 0.002 0.001 0.034 0.405 134 A 0.037 0.805 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.010 0.001 0.011 0.121 135 G 0.019 0.148 0.005 0.002 0.001 0.001 0.015 0.007 0.001 0.729 0.072 136 P 0.019 0.803 0.004 0.001 0.001 0.001 0.017 0.004 0.002 0.058 0.094 137 L 0.067 0.799 0.011 0.001 0.001 0.001 0.008 0.024 0.002 0.015 0.073 138 L 0.040 0.758 0.019 0.002 0.001 0.001 0.017 0.016 0.012 0.030 0.105 139 T 0.187 0.323 0.010 0.002 0.001 0.002 0.062 0.009 0.008 0.040 0.355 140 R 0.097 0.237 0.029 0.009 0.001 0.003 0.059 0.034 0.013 0.109 0.409 141 L 0.250 0.050 0.018 0.008 0.002 0.004 0.120 0.018 0.012 0.094 0.425 142 A 0.089 0.028 0.005 0.021 0.003 0.008 0.109 0.004 0.002 0.048 0.684 143 Q 0.035 0.006 0.001 0.009 0.004 0.008 0.108 0.001 0.001 0.034 0.794 144 F 0.018 0.002 0.001 0.022 0.013 0.021 0.156 0.004 0.001 0.056 0.705 145 E 0.028 0.007 0.001 0.017 0.006 0.010 0.107 0.002 0.001 0.026 0.796 146 E 0.101 0.009 0.001 0.014 0.014 0.016 0.134 0.014 0.001 0.059 0.637 147 P 0.096 0.017 0.002 0.015 0.004 0.007 0.109 0.005 0.001 0.039 0.705