# TARGET T0373 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0373.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1386 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.392 0.162 0.042 0.090 0.061 0.050 0.053 0.046 0.045 0.036 0.023 2 P 0.268 0.139 0.037 0.097 0.087 0.081 0.095 0.070 0.056 0.044 0.026 3 T 0.227 0.164 0.033 0.106 0.106 0.093 0.095 0.067 0.057 0.034 0.018 4 N 0.267 0.139 0.043 0.116 0.121 0.092 0.088 0.057 0.041 0.023 0.013 5 Q 0.079 0.120 0.067 0.168 0.153 0.119 0.118 0.067 0.053 0.034 0.021 6 D 0.047 0.086 0.081 0.140 0.124 0.121 0.148 0.097 0.081 0.049 0.026 7 L 0.052 0.041 0.056 0.129 0.152 0.185 0.200 0.092 0.058 0.026 0.010 8 Q 0.013 0.041 0.087 0.200 0.173 0.163 0.176 0.082 0.041 0.016 0.008 9 L 0.001 0.002 0.018 0.015 0.014 0.021 0.093 0.143 0.232 0.244 0.218 10 A 0.001 0.001 0.014 0.014 0.022 0.043 0.152 0.158 0.210 0.208 0.179 11 A 0.002 0.007 0.225 0.184 0.162 0.147 0.138 0.063 0.041 0.022 0.009 12 H 0.001 0.001 0.028 0.037 0.067 0.134 0.319 0.193 0.123 0.070 0.029 13 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.033 0.086 0.228 0.335 0.308 14 R 0.001 0.003 0.056 0.063 0.098 0.161 0.301 0.143 0.103 0.051 0.019 15 S 0.003 0.014 0.346 0.179 0.142 0.126 0.114 0.043 0.020 0.008 0.003 16 Q 0.001 0.002 0.020 0.011 0.014 0.044 0.225 0.198 0.221 0.174 0.090 17 V 0.002 0.002 0.028 0.016 0.015 0.033 0.166 0.203 0.235 0.194 0.107 18 T 0.009 0.024 0.496 0.177 0.110 0.081 0.061 0.023 0.011 0.005 0.002 19 T 0.010 0.026 0.288 0.145 0.147 0.153 0.148 0.047 0.023 0.010 0.003 20 L 0.002 0.003 0.039 0.012 0.010 0.021 0.107 0.139 0.246 0.254 0.167 21 T 0.002 0.005 0.081 0.059 0.084 0.164 0.344 0.136 0.078 0.036 0.012 22 R 0.009 0.019 0.740 0.124 0.055 0.028 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 23 R 0.010 0.017 0.253 0.120 0.140 0.165 0.177 0.060 0.033 0.018 0.007 24 L 0.002 0.004 0.066 0.013 0.013 0.028 0.138 0.155 0.244 0.210 0.127 25 R 0.002 0.007 0.207 0.146 0.183 0.177 0.169 0.061 0.031 0.013 0.004 26 R 0.015 0.027 0.828 0.072 0.033 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 27 E 0.012 0.025 0.138 0.084 0.120 0.168 0.266 0.092 0.055 0.026 0.013 28 A 0.010 0.007 0.039 0.016 0.018 0.035 0.136 0.146 0.213 0.217 0.162 29 Q 0.038 0.084 0.346 0.215 0.161 0.086 0.049 0.013 0.005 0.002 0.001 30 A 0.207 0.126 0.497 0.100 0.041 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 31 D 0.053 0.073 0.038 0.104 0.141 0.171 0.227 0.095 0.053 0.032 0.013 32 P 0.539 0.188 0.049 0.101 0.059 0.034 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 33 V 0.004 0.003 0.002 0.007 0.012 0.023 0.085 0.127 0.249 0.241 0.247 34 Q 0.092 0.337 0.118 0.230 0.114 0.058 0.032 0.009 0.005 0.002 0.001 35 F 0.086 0.048 0.022 0.112 0.165 0.178 0.186 0.092 0.064 0.030 0.017 36 S 0.048 0.060 0.039 0.085 0.089 0.141 0.211 0.122 0.100 0.060 0.046 37 Q 0.001 0.005 0.011 0.044 0.066 0.098 0.235 0.196 0.180 0.110 0.053 38 L 0.009 0.007 0.025 0.027 0.028 0.041 0.110 0.147 0.197 0.220 0.188 39 V 0.002 0.007 0.056 0.131 0.163 0.182 0.207 0.120 0.072 0.040 0.021 40 V 0.001 0.001 0.014 0.007 0.006 0.007 0.049 0.111 0.253 0.321 0.230 41 L 0.001 0.001 0.006 0.010 0.016 0.040 0.131 0.135 0.199 0.232 0.231 42 G 0.001 0.004 0.102 0.068 0.089 0.129 0.254 0.152 0.119 0.058 0.025 43 A 0.001 0.002 0.018 0.024 0.043 0.097 0.277 0.214 0.163 0.107 0.055 44 I 0.001 0.001 0.005 0.005 0.004 0.008 0.048 0.105 0.254 0.335 0.236 45 D 0.004 0.010 0.023 0.086 0.172 0.206 0.265 0.127 0.068 0.027 0.013 46 R 0.033 0.074 0.205 0.163 0.131 0.141 0.132 0.058 0.038 0.018 0.008 47 L 0.019 0.023 0.015 0.052 0.075 0.115 0.243 0.176 0.127 0.097 0.057 48 G 0.476 0.214 0.036 0.077 0.056 0.042 0.048 0.023 0.016 0.008 0.005 49 G 0.539 0.141 0.054 0.091 0.064 0.044 0.034 0.016 0.009 0.006 0.002 50 D 0.585 0.171 0.036 0.109 0.049 0.024 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 51 V 0.004 0.010 0.005 0.026 0.054 0.095 0.207 0.219 0.190 0.123 0.066 52 T 0.046 0.593 0.078 0.148 0.069 0.034 0.016 0.007 0.004 0.003 0.002 53 P 0.015 0.009 0.007 0.033 0.079 0.170 0.229 0.174 0.148 0.087 0.049 54 S 0.513 0.158 0.056 0.098 0.079 0.045 0.034 0.009 0.005 0.001 0.001 55 E 0.008 0.050 0.079 0.497 0.206 0.091 0.047 0.013 0.005 0.002 0.001 56 L 0.007 0.006 0.022 0.015 0.015 0.021 0.068 0.118 0.198 0.266 0.265 57 A 0.003 0.002 0.067 0.050 0.078 0.150 0.288 0.165 0.110 0.057 0.031 58 A 0.002 0.013 0.579 0.242 0.094 0.040 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 59 A 0.002 0.009 0.073 0.068 0.123 0.221 0.294 0.103 0.055 0.032 0.020 60 E 0.023 0.015 0.045 0.044 0.045 0.067 0.185 0.180 0.184 0.135 0.076 61 R 0.148 0.158 0.193 0.168 0.122 0.091 0.075 0.022 0.012 0.007 0.004 62 M 0.011 0.026 0.094 0.064 0.070 0.072 0.136 0.131 0.152 0.136 0.107 63 R 0.152 0.357 0.201 0.127 0.073 0.042 0.031 0.009 0.004 0.002 0.001 64 S 0.168 0.136 0.103 0.160 0.133 0.111 0.102 0.038 0.027 0.014 0.008 65 S 0.248 0.124 0.073 0.099 0.092 0.091 0.120 0.063 0.049 0.026 0.014 66 N 0.017 0.089 0.082 0.224 0.193 0.175 0.130 0.047 0.025 0.011 0.007 67 L 0.001 0.002 0.004 0.006 0.009 0.019 0.102 0.160 0.244 0.256 0.198 68 A 0.009 0.009 0.038 0.106 0.152 0.255 0.247 0.094 0.052 0.026 0.012 69 A 0.011 0.043 0.350 0.348 0.149 0.052 0.030 0.010 0.004 0.001 0.001 70 L 0.001 0.001 0.007 0.009 0.014 0.035 0.150 0.186 0.217 0.218 0.164 71 L 0.001 0.001 0.005 0.003 0.006 0.014 0.098 0.139 0.234 0.267 0.234 72 R 0.002 0.007 0.377 0.233 0.184 0.109 0.065 0.016 0.006 0.002 0.001 73 E 0.002 0.019 0.144 0.235 0.237 0.225 0.112 0.019 0.005 0.001 0.001 74 L 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.004 0.039 0.101 0.275 0.305 0.266 75 E 0.001 0.001 0.007 0.023 0.054 0.148 0.361 0.195 0.111 0.064 0.036 76 R 0.015 0.045 0.761 0.114 0.043 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 77 G 0.013 0.027 0.039 0.153 0.178 0.253 0.220 0.076 0.025 0.013 0.003 78 G 0.187 0.154 0.040 0.092 0.079 0.085 0.134 0.090 0.070 0.046 0.023 79 L 0.004 0.024 0.038 0.103 0.123 0.154 0.195 0.124 0.107 0.077 0.052 80 I 0.002 0.004 0.007 0.012 0.023 0.041 0.144 0.178 0.248 0.208 0.133 81 V 0.013 0.073 0.073 0.273 0.235 0.124 0.114 0.051 0.027 0.011 0.006 82 R 0.013 0.019 0.010 0.039 0.062 0.081 0.191 0.178 0.190 0.137 0.081 83 H 0.099 0.114 0.056 0.265 0.210 0.124 0.077 0.030 0.016 0.006 0.002 84 A 0.151 0.106 0.039 0.130 0.123 0.118 0.146 0.082 0.056 0.034 0.015 85 D 0.085 0.235 0.065 0.193 0.133 0.084 0.091 0.053 0.031 0.021 0.009 86 P 0.532 0.173 0.042 0.100 0.062 0.039 0.027 0.012 0.008 0.004 0.002 87 Q 0.586 0.170 0.055 0.092 0.042 0.024 0.017 0.006 0.004 0.002 0.001 88 D 0.110 0.121 0.053 0.161 0.116 0.108 0.140 0.085 0.059 0.031 0.015 89 G 0.306 0.201 0.078 0.155 0.096 0.066 0.048 0.021 0.015 0.008 0.005 90 R 0.075 0.057 0.058 0.142 0.136 0.146 0.170 0.098 0.065 0.036 0.016 91 R 0.035 0.061 0.121 0.229 0.202 0.146 0.105 0.048 0.030 0.015 0.008 92 T 0.026 0.039 0.056 0.172 0.160 0.153 0.192 0.103 0.060 0.027 0.011 93 R 0.016 0.042 0.078 0.200 0.197 0.180 0.150 0.070 0.039 0.021 0.008 94 V 0.002 0.003 0.017 0.012 0.014 0.022 0.087 0.143 0.250 0.258 0.193 95 S 0.013 0.049 0.147 0.303 0.243 0.123 0.079 0.026 0.010 0.004 0.002 96 L 0.001 0.008 0.011 0.012 0.016 0.027 0.100 0.140 0.226 0.258 0.200 97 S 0.003 0.023 0.021 0.077 0.123 0.135 0.225 0.154 0.142 0.063 0.035 98 S 0.654 0.144 0.080 0.069 0.028 0.013 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 99 E 0.284 0.162 0.146 0.221 0.110 0.044 0.023 0.006 0.002 0.001 0.001 100 G 0.010 0.019 0.023 0.029 0.028 0.061 0.156 0.173 0.228 0.162 0.110 101 R 0.006 0.011 0.041 0.120 0.171 0.229 0.229 0.098 0.058 0.026 0.010 102 R 0.049 0.055 0.774 0.077 0.025 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 103 N 0.005 0.016 0.082 0.100 0.128 0.213 0.248 0.104 0.061 0.030 0.012 104 L 0.005 0.003 0.011 0.008 0.010 0.024 0.106 0.153 0.243 0.258 0.179 105 Y 0.028 0.049 0.388 0.212 0.133 0.089 0.061 0.020 0.012 0.006 0.002 106 G 0.050 0.062 0.661 0.108 0.060 0.030 0.018 0.006 0.004 0.002 0.001 107 N 0.013 0.015 0.026 0.029 0.034 0.082 0.221 0.162 0.172 0.151 0.095 108 R 0.029 0.040 0.067 0.083 0.097 0.159 0.259 0.124 0.088 0.040 0.013 109 A 0.128 0.083 0.580 0.107 0.046 0.025 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 110 K 0.067 0.093 0.248 0.192 0.141 0.114 0.087 0.029 0.016 0.008 0.004 111 R 0.006 0.009 0.026 0.018 0.022 0.057 0.185 0.182 0.228 0.175 0.093 112 E 0.020 0.027 0.200 0.216 0.179 0.176 0.124 0.035 0.016 0.006 0.002 113 E 0.034 0.049 0.761 0.105 0.032 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 114 W 0.008 0.009 0.106 0.063 0.074 0.137 0.257 0.144 0.109 0.063 0.029 115 L 0.001 0.002 0.034 0.012 0.015 0.040 0.176 0.182 0.243 0.196 0.100 116 V 0.001 0.006 0.476 0.147 0.145 0.117 0.073 0.021 0.010 0.003 0.001 117 R 0.007 0.020 0.667 0.155 0.083 0.042 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 118 A 0.010 0.010 0.057 0.033 0.046 0.106 0.270 0.167 0.160 0.096 0.046 119 M 0.007 0.009 0.080 0.030 0.032 0.063 0.205 0.183 0.192 0.127 0.072 120 H 0.006 0.026 0.448 0.151 0.156 0.090 0.075 0.027 0.013 0.006 0.002 121 A 0.082 0.110 0.509 0.141 0.075 0.040 0.027 0.008 0.005 0.002 0.001 122 C 0.068 0.047 0.064 0.065 0.097 0.130 0.248 0.115 0.090 0.053 0.021 123 L 0.005 0.009 0.008 0.012 0.019 0.045 0.100 0.121 0.169 0.231 0.281 124 D 0.033 0.625 0.160 0.105 0.047 0.017 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 125 E 0.928 0.036 0.020 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 S 0.910 0.050 0.022 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 E 0.001 0.002 0.023 0.025 0.027 0.132 0.390 0.204 0.127 0.050 0.019 128 R 0.001 0.002 0.054 0.080 0.149 0.285 0.277 0.097 0.038 0.013 0.003 129 A 0.005 0.010 0.945 0.025 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 130 L 0.001 0.005 0.120 0.169 0.241 0.247 0.146 0.044 0.018 0.009 0.002 131 L 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.003 0.044 0.088 0.213 0.294 0.342 132 A 0.002 0.005 0.289 0.237 0.263 0.138 0.053 0.009 0.003 0.001 0.001 133 A 0.005 0.019 0.867 0.063 0.032 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 134 A 0.001 0.002 0.016 0.011 0.016 0.045 0.197 0.171 0.221 0.187 0.134 135 G 0.001 0.001 0.005 0.003 0.008 0.027 0.201 0.215 0.244 0.180 0.116 136 P 0.069 0.066 0.664 0.140 0.041 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 137 L 0.001 0.010 0.052 0.092 0.191 0.283 0.274 0.061 0.024 0.009 0.003 138 L 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.002 0.013 0.042 0.168 0.302 0.459 139 T 0.003 0.003 0.028 0.065 0.134 0.261 0.337 0.095 0.050 0.018 0.007 140 R 0.008 0.021 0.766 0.129 0.045 0.020 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 141 L 0.001 0.002 0.010 0.011 0.034 0.128 0.401 0.200 0.119 0.066 0.029 142 A 0.009 0.005 0.014 0.009 0.009 0.016 0.092 0.157 0.252 0.255 0.183 143 Q 0.063 0.143 0.385 0.205 0.117 0.048 0.025 0.008 0.004 0.002 0.001 144 F 0.091 0.135 0.238 0.177 0.124 0.100 0.078 0.030 0.017 0.009 0.003 145 E 0.473 0.137 0.083 0.080 0.059 0.046 0.052 0.028 0.021 0.014 0.007 146 E 0.370 0.160 0.060 0.081 0.065 0.063 0.083 0.046 0.035 0.024 0.014 147 P 0.360 0.176 0.056 0.090 0.072 0.053 0.058 0.045 0.042 0.032 0.017