# TARGET T0373 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0373.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1386 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.092 0.140 0.133 0.078 0.147 0.059 0.063 0.119 0.072 0.053 0.045 2 P 0.083 0.206 0.169 0.041 0.147 0.028 0.027 0.095 0.057 0.092 0.056 3 T 0.083 0.243 0.115 0.032 0.168 0.026 0.026 0.109 0.063 0.080 0.055 4 N 0.041 0.229 0.153 0.034 0.084 0.014 0.018 0.158 0.101 0.120 0.048 5 Q 0.027 0.127 0.059 0.015 0.051 0.012 0.019 0.397 0.162 0.107 0.025 6 D 0.017 0.044 0.013 0.006 0.025 0.008 0.020 0.637 0.175 0.044 0.011 7 L 0.003 0.014 0.009 0.006 0.006 0.009 0.030 0.724 0.145 0.049 0.006 8 Q 0.005 0.017 0.005 0.001 0.012 0.001 0.009 0.846 0.086 0.016 0.003 9 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.890 0.093 0.007 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.940 0.055 0.001 0.001 11 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.033 0.001 0.001 12 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.025 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.039 0.001 0.001 14 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.030 0.001 0.001 15 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.968 0.026 0.002 0.001 16 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.957 0.037 0.002 0.001 17 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.948 0.045 0.002 0.001 18 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.944 0.040 0.004 0.001 19 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.938 0.041 0.007 0.001 20 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.898 0.079 0.009 0.001 21 T 0.001 0.006 0.002 0.001 0.003 0.002 0.016 0.878 0.078 0.013 0.001 22 R 0.001 0.006 0.002 0.002 0.003 0.009 0.043 0.833 0.075 0.024 0.002 23 R 0.005 0.010 0.002 0.001 0.008 0.004 0.030 0.855 0.063 0.017 0.004 24 L 0.008 0.014 0.005 0.001 0.008 0.004 0.010 0.710 0.143 0.086 0.012 25 R 0.003 0.009 0.002 0.001 0.009 0.002 0.008 0.813 0.130 0.021 0.002 26 R 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.013 0.875 0.090 0.008 0.001 27 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.014 0.839 0.116 0.020 0.001 28 A 0.005 0.004 0.002 0.002 0.007 0.003 0.022 0.778 0.122 0.050 0.006 29 Q 0.003 0.008 0.006 0.002 0.005 0.006 0.064 0.678 0.212 0.015 0.002 30 A 0.002 0.011 0.003 0.004 0.004 0.012 0.167 0.639 0.135 0.022 0.001 31 D 0.002 0.653 0.258 0.004 0.060 0.004 0.004 0.005 0.005 0.004 0.001 32 P 0.096 0.005 0.003 0.004 0.013 0.002 0.003 0.003 0.015 0.472 0.384 33 V 0.082 0.448 0.126 0.003 0.268 0.001 0.002 0.003 0.006 0.035 0.026 34 Q 0.011 0.614 0.278 0.015 0.065 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.006 35 F 0.005 0.009 0.007 0.005 0.013 0.010 0.010 0.550 0.373 0.012 0.004 36 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.870 0.109 0.008 0.001 37 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.878 0.096 0.020 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.055 0.001 0.001 39 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.969 0.026 0.001 0.001 40 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.027 0.001 0.001 41 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.049 0.001 0.001 42 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.944 0.051 0.001 0.001 43 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.943 0.046 0.003 0.001 44 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 0.813 0.144 0.013 0.001 45 D 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.072 0.710 0.183 0.019 0.001 46 R 0.003 0.012 0.003 0.005 0.007 0.020 0.176 0.465 0.151 0.153 0.006 47 L 0.035 0.288 0.111 0.021 0.141 0.021 0.064 0.107 0.071 0.102 0.038 48 G 0.073 0.120 0.050 0.055 0.079 0.043 0.057 0.067 0.107 0.274 0.075 49 G 0.022 0.190 0.183 0.053 0.092 0.058 0.076 0.113 0.121 0.077 0.015 50 D 0.093 0.167 0.086 0.011 0.096 0.008 0.016 0.026 0.058 0.308 0.131 51 V 0.047 0.517 0.129 0.004 0.234 0.004 0.007 0.007 0.008 0.026 0.016 52 T 0.006 0.715 0.241 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.755 0.234 0.005 0.001 54 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.057 0.001 0.001 55 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.944 0.042 0.008 0.001 56 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.043 0.002 0.001 57 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.903 0.084 0.004 0.001 58 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.829 0.133 0.010 0.001 59 A 0.002 0.008 0.003 0.002 0.005 0.002 0.047 0.727 0.168 0.033 0.001 60 E 0.010 0.604 0.055 0.004 0.114 0.009 0.024 0.073 0.061 0.041 0.005 61 R 0.071 0.007 0.002 0.002 0.022 0.001 0.004 0.020 0.043 0.623 0.205 62 M 0.071 0.300 0.180 0.016 0.203 0.009 0.017 0.034 0.040 0.081 0.049 63 R 0.025 0.490 0.229 0.044 0.131 0.007 0.007 0.017 0.012 0.022 0.016 64 S 0.042 0.102 0.039 0.010 0.119 0.011 0.023 0.279 0.307 0.047 0.018 65 S 0.003 0.009 0.008 0.006 0.009 0.014 0.052 0.651 0.203 0.039 0.005 66 N 0.006 0.031 0.009 0.001 0.019 0.001 0.019 0.688 0.125 0.095 0.005 67 L 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.813 0.147 0.027 0.002 68 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.927 0.060 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.957 0.036 0.002 0.001 70 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.948 0.043 0.005 0.001 71 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.925 0.065 0.005 0.001 72 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.939 0.048 0.002 0.001 73 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.949 0.038 0.004 0.001 74 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.923 0.056 0.006 0.001 75 E 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.809 0.145 0.012 0.004 76 R 0.002 0.008 0.003 0.002 0.006 0.005 0.034 0.836 0.080 0.023 0.001 77 G 0.003 0.643 0.263 0.019 0.032 0.003 0.005 0.016 0.006 0.009 0.001 78 G 0.050 0.036 0.033 0.027 0.023 0.007 0.007 0.028 0.014 0.546 0.228 79 L 0.094 0.245 0.038 0.009 0.274 0.025 0.040 0.145 0.049 0.054 0.028 80 I 0.234 0.124 0.017 0.005 0.492 0.007 0.009 0.039 0.019 0.018 0.036 81 V 0.176 0.180 0.058 0.011 0.429 0.017 0.016 0.044 0.023 0.017 0.029 82 R 0.181 0.147 0.089 0.017 0.350 0.017 0.017 0.029 0.027 0.060 0.067 83 H 0.045 0.426 0.247 0.004 0.241 0.001 0.005 0.009 0.006 0.008 0.008 84 A 0.076 0.416 0.121 0.007 0.239 0.015 0.023 0.019 0.013 0.033 0.038 85 D 0.068 0.396 0.127 0.006 0.384 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.007 86 P 0.005 0.006 0.005 0.006 0.012 0.007 0.028 0.421 0.497 0.010 0.002 87 Q 0.005 0.038 0.020 0.007 0.013 0.019 0.165 0.163 0.121 0.438 0.012 88 D 0.150 0.105 0.012 0.003 0.365 0.003 0.015 0.048 0.040 0.160 0.099 89 G 0.070 0.076 0.029 0.009 0.085 0.017 0.073 0.237 0.198 0.144 0.060 90 R 0.098 0.157 0.050 0.013 0.223 0.018 0.090 0.092 0.047 0.171 0.041 91 R 0.383 0.103 0.005 0.002 0.431 0.003 0.008 0.010 0.003 0.011 0.041 92 T 0.179 0.112 0.007 0.005 0.646 0.016 0.013 0.007 0.002 0.003 0.012 93 R 0.291 0.029 0.002 0.001 0.649 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 94 V 0.338 0.051 0.004 0.002 0.555 0.008 0.004 0.002 0.001 0.003 0.033 95 S 0.188 0.185 0.016 0.001 0.563 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.040 96 L 0.229 0.196 0.051 0.012 0.304 0.005 0.002 0.004 0.004 0.054 0.140 97 S 0.001 0.280 0.680 0.029 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 S 0.001 0.002 0.003 0.006 0.001 0.012 0.024 0.660 0.286 0.005 0.001 99 E 0.001 0.048 0.029 0.002 0.006 0.001 0.010 0.759 0.132 0.011 0.001 100 G 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.002 0.002 0.714 0.111 0.151 0.008 101 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.932 0.054 0.001 0.001 102 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.926 0.060 0.002 0.001 103 N 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.904 0.068 0.011 0.001 104 L 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.857 0.118 0.010 0.001 105 Y 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.008 0.049 0.825 0.103 0.005 0.001 106 G 0.005 0.007 0.004 0.001 0.008 0.005 0.059 0.748 0.078 0.076 0.010 107 N 0.009 0.021 0.014 0.003 0.012 0.007 0.011 0.534 0.206 0.163 0.019 108 R 0.005 0.038 0.009 0.003 0.015 0.003 0.013 0.779 0.116 0.014 0.005 109 A 0.001 0.006 0.003 0.003 0.002 0.006 0.018 0.864 0.083 0.013 0.001 110 K 0.002 0.005 0.003 0.002 0.004 0.005 0.026 0.859 0.065 0.025 0.002 111 R 0.005 0.008 0.002 0.001 0.007 0.001 0.004 0.851 0.088 0.027 0.006 112 E 0.001 0.009 0.003 0.001 0.004 0.003 0.006 0.898 0.062 0.011 0.002 113 E 0.001 0.005 0.002 0.001 0.004 0.003 0.010 0.926 0.037 0.008 0.002 114 W 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.003 0.009 0.913 0.047 0.015 0.002 115 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.909 0.064 0.014 0.002 116 V 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.921 0.058 0.008 0.001 117 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.894 0.078 0.008 0.001 118 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.043 0.855 0.076 0.014 0.001 119 M 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.030 0.749 0.167 0.036 0.005 120 H 0.004 0.009 0.002 0.003 0.008 0.013 0.066 0.543 0.232 0.117 0.004 121 A 0.007 0.114 0.055 0.013 0.043 0.042 0.189 0.332 0.160 0.040 0.006 122 C 0.032 0.020 0.005 0.003 0.014 0.003 0.027 0.020 0.040 0.768 0.068 123 L 0.008 0.471 0.399 0.011 0.088 0.002 0.003 0.001 0.001 0.011 0.003 124 D 0.003 0.603 0.377 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.782 0.206 0.002 0.001 126 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.059 0.002 0.001 127 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.915 0.062 0.019 0.001 128 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.033 0.001 0.001 129 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.951 0.042 0.001 0.001 130 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.944 0.045 0.008 0.001 131 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.919 0.071 0.008 0.001 132 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.928 0.064 0.001 0.001 133 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.960 0.029 0.001 0.001 134 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.935 0.049 0.007 0.001 135 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.922 0.072 0.004 0.001 136 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.956 0.040 0.001 0.001 137 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.962 0.030 0.003 0.001 138 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.927 0.066 0.004 0.001 139 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.870 0.116 0.005 0.001 140 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.864 0.098 0.007 0.001 141 L 0.006 0.007 0.003 0.001 0.007 0.005 0.061 0.550 0.191 0.163 0.007 142 A 0.070 0.175 0.016 0.002 0.120 0.003 0.015 0.209 0.186 0.151 0.053 143 Q 0.012 0.031 0.014 0.015 0.017 0.030 0.101 0.424 0.271 0.071 0.014 144 F 0.018 0.030 0.027 0.029 0.031 0.022 0.062 0.262 0.164 0.327 0.027 145 E 0.071 0.150 0.098 0.043 0.133 0.032 0.079 0.158 0.096 0.103 0.038 146 E 0.047 0.205 0.194 0.067 0.115 0.036 0.051 0.132 0.068 0.051 0.035 147 P 0.065 0.191 0.068 0.016 0.181 0.017 0.044 0.169 0.106 0.104 0.040