# TARGET T0373 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0373.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1386 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.576 0.248 0.115 0.046 0.011 0.003 0.001 2 P 0.468 0.189 0.129 0.114 0.068 0.027 0.004 3 T 0.252 0.136 0.120 0.161 0.188 0.118 0.026 4 N 0.413 0.231 0.154 0.101 0.065 0.029 0.008 5 Q 0.215 0.147 0.142 0.171 0.145 0.119 0.060 6 D 0.216 0.133 0.107 0.151 0.147 0.157 0.089 7 L 0.120 0.156 0.181 0.202 0.204 0.104 0.032 8 Q 0.121 0.113 0.134 0.206 0.221 0.160 0.045 9 L 0.051 0.041 0.039 0.077 0.157 0.408 0.228 10 A 0.026 0.031 0.050 0.116 0.214 0.372 0.192 11 A 0.042 0.098 0.149 0.260 0.238 0.173 0.040 12 H 0.019 0.023 0.044 0.142 0.305 0.360 0.108 13 L 0.013 0.010 0.010 0.026 0.098 0.459 0.383 14 R 0.029 0.064 0.131 0.286 0.279 0.183 0.027 15 S 0.017 0.077 0.175 0.285 0.271 0.149 0.026 16 Q 0.012 0.015 0.022 0.076 0.235 0.506 0.134 17 V 0.007 0.021 0.047 0.155 0.315 0.389 0.065 18 T 0.054 0.236 0.291 0.229 0.128 0.054 0.007 19 T 0.046 0.121 0.205 0.297 0.221 0.096 0.014 20 L 0.016 0.033 0.056 0.152 0.328 0.364 0.052 21 T 0.063 0.170 0.238 0.272 0.180 0.069 0.008 22 R 0.218 0.382 0.219 0.112 0.047 0.019 0.003 23 R 0.069 0.156 0.225 0.271 0.193 0.076 0.009 24 L 0.061 0.086 0.125 0.228 0.299 0.185 0.017 25 R 0.198 0.268 0.229 0.194 0.086 0.023 0.002 26 R 0.382 0.371 0.150 0.066 0.024 0.007 0.001 27 E 0.116 0.181 0.230 0.264 0.154 0.050 0.003 28 A 0.084 0.102 0.161 0.277 0.273 0.097 0.006 29 Q 0.389 0.336 0.167 0.080 0.023 0.005 0.001 30 A 0.501 0.294 0.121 0.059 0.020 0.005 0.001 31 D 0.138 0.227 0.251 0.237 0.114 0.031 0.002 32 P 0.235 0.333 0.226 0.130 0.057 0.017 0.002 33 V 0.033 0.034 0.074 0.212 0.360 0.248 0.040 34 Q 0.090 0.228 0.257 0.247 0.135 0.041 0.003 35 F 0.025 0.085 0.157 0.257 0.280 0.165 0.031 36 S 0.006 0.033 0.068 0.173 0.288 0.322 0.110 37 Q 0.001 0.005 0.018 0.061 0.208 0.444 0.262 38 L 0.001 0.004 0.011 0.040 0.150 0.455 0.339 39 V 0.002 0.015 0.049 0.167 0.249 0.324 0.194 40 V 0.001 0.002 0.004 0.014 0.050 0.328 0.601 41 L 0.001 0.001 0.002 0.015 0.066 0.394 0.522 42 G 0.001 0.015 0.052 0.163 0.284 0.381 0.104 43 A 0.001 0.004 0.021 0.120 0.376 0.412 0.067 44 I 0.001 0.003 0.007 0.030 0.185 0.619 0.156 45 D 0.007 0.059 0.164 0.330 0.296 0.132 0.012 46 R 0.051 0.305 0.344 0.220 0.068 0.013 0.001 47 L 0.051 0.139 0.267 0.348 0.168 0.026 0.001 48 G 0.355 0.391 0.168 0.065 0.018 0.003 0.001 49 G 0.432 0.377 0.136 0.044 0.009 0.001 0.001 50 D 0.413 0.357 0.147 0.061 0.018 0.003 0.001 51 V 0.073 0.155 0.247 0.270 0.198 0.053 0.004 52 T 0.116 0.284 0.284 0.212 0.085 0.017 0.001 53 P 0.047 0.120 0.186 0.288 0.241 0.105 0.012 54 S 0.194 0.362 0.233 0.141 0.054 0.015 0.002 55 E 0.081 0.247 0.286 0.224 0.115 0.041 0.007 56 L 0.008 0.021 0.054 0.172 0.388 0.326 0.031 57 A 0.019 0.075 0.188 0.326 0.269 0.111 0.013 58 A 0.169 0.413 0.228 0.117 0.048 0.022 0.004 59 A 0.031 0.104 0.238 0.347 0.205 0.067 0.008 60 E 0.024 0.049 0.086 0.204 0.336 0.262 0.039 61 R 0.143 0.299 0.254 0.170 0.096 0.034 0.005 62 M 0.164 0.174 0.194 0.223 0.168 0.069 0.008 63 R 0.283 0.326 0.200 0.128 0.047 0.014 0.002 64 S 0.293 0.312 0.205 0.120 0.052 0.016 0.002 65 S 0.313 0.287 0.177 0.129 0.067 0.021 0.004 66 N 0.146 0.231 0.220 0.220 0.130 0.044 0.009 67 L 0.086 0.073 0.095 0.169 0.250 0.259 0.067 68 A 0.094 0.186 0.223 0.237 0.155 0.085 0.020 69 A 0.130 0.254 0.224 0.201 0.122 0.059 0.009 70 L 0.036 0.066 0.118 0.244 0.297 0.207 0.033 71 L 0.030 0.046 0.069 0.183 0.313 0.308 0.051 72 R 0.135 0.332 0.256 0.175 0.075 0.023 0.004 73 E 0.130 0.267 0.284 0.208 0.084 0.025 0.002 74 L 0.135 0.184 0.188 0.235 0.186 0.067 0.004 75 E 0.139 0.234 0.247 0.230 0.117 0.031 0.003 76 R 0.347 0.279 0.167 0.122 0.063 0.020 0.002 77 G 0.169 0.309 0.290 0.163 0.056 0.012 0.001 78 G 0.258 0.292 0.198 0.144 0.076 0.028 0.003 79 L 0.046 0.085 0.182 0.281 0.277 0.118 0.010 80 I 0.062 0.089 0.126 0.234 0.285 0.185 0.019 81 V 0.159 0.260 0.265 0.186 0.094 0.033 0.003 82 R 0.157 0.181 0.195 0.239 0.170 0.054 0.004 83 H 0.359 0.333 0.187 0.092 0.024 0.004 0.001 84 A 0.552 0.259 0.116 0.057 0.014 0.002 0.001 85 D 0.643 0.238 0.078 0.032 0.008 0.001 0.001 86 P 0.727 0.190 0.058 0.021 0.004 0.001 0.001 87 Q 0.733 0.195 0.050 0.017 0.004 0.001 0.001 88 D 0.397 0.253 0.169 0.117 0.053 0.011 0.001 89 G 0.295 0.318 0.194 0.122 0.054 0.016 0.001 90 R 0.159 0.218 0.239 0.233 0.119 0.030 0.002 91 R 0.147 0.250 0.254 0.211 0.106 0.030 0.002 92 T 0.068 0.178 0.201 0.242 0.219 0.085 0.006 93 R 0.041 0.144 0.270 0.313 0.180 0.050 0.002 94 V 0.019 0.038 0.067 0.215 0.353 0.285 0.023 95 S 0.035 0.207 0.348 0.267 0.115 0.027 0.001 96 L 0.005 0.015 0.057 0.268 0.459 0.191 0.005 97 S 0.092 0.363 0.319 0.171 0.049 0.006 0.001 98 S 0.622 0.288 0.072 0.016 0.002 0.001 0.001 99 E 0.458 0.398 0.110 0.027 0.005 0.001 0.001 100 G 0.069 0.157 0.228 0.301 0.206 0.038 0.001 101 R 0.094 0.322 0.384 0.168 0.030 0.002 0.001 102 R 0.297 0.566 0.117 0.018 0.002 0.001 0.001 103 N 0.027 0.099 0.251 0.369 0.221 0.031 0.001 104 L 0.016 0.059 0.134 0.337 0.360 0.092 0.002 105 Y 0.194 0.488 0.227 0.076 0.013 0.002 0.001 106 G 0.189 0.369 0.295 0.120 0.023 0.003 0.001 107 N 0.016 0.041 0.072 0.185 0.382 0.283 0.020 108 R 0.045 0.131 0.266 0.320 0.184 0.050 0.004 109 A 0.299 0.424 0.188 0.067 0.016 0.004 0.001 110 K 0.067 0.175 0.282 0.299 0.147 0.028 0.002 111 R 0.019 0.043 0.080 0.200 0.355 0.274 0.029 112 E 0.088 0.248 0.267 0.236 0.120 0.037 0.003 113 E 0.213 0.421 0.226 0.101 0.031 0.007 0.001 114 W 0.031 0.091 0.195 0.323 0.260 0.093 0.007 115 L 0.036 0.079 0.119 0.237 0.326 0.184 0.019 116 V 0.113 0.257 0.255 0.218 0.116 0.037 0.004 117 R 0.315 0.404 0.188 0.070 0.019 0.004 0.001 118 A 0.106 0.178 0.255 0.262 0.156 0.039 0.003 119 M 0.057 0.075 0.123 0.237 0.335 0.164 0.009 120 H 0.121 0.191 0.262 0.269 0.123 0.033 0.002 121 A 0.414 0.377 0.127 0.058 0.018 0.006 0.001 122 C 0.236 0.312 0.231 0.137 0.063 0.019 0.002 123 L 0.033 0.074 0.196 0.370 0.278 0.047 0.002 124 D 0.305 0.427 0.202 0.058 0.008 0.001 0.001 125 E 0.662 0.270 0.055 0.012 0.002 0.001 0.001 126 S 0.671 0.270 0.049 0.008 0.001 0.001 0.001 127 E 0.042 0.146 0.248 0.343 0.192 0.028 0.001 128 R 0.010 0.090 0.307 0.379 0.193 0.021 0.001 129 A 0.174 0.555 0.218 0.046 0.006 0.001 0.001 130 L 0.013 0.122 0.335 0.375 0.131 0.023 0.001 131 L 0.001 0.002 0.007 0.048 0.335 0.565 0.042 132 A 0.002 0.039 0.229 0.444 0.245 0.039 0.001 133 A 0.022 0.287 0.409 0.228 0.048 0.006 0.001 134 A 0.002 0.008 0.022 0.114 0.397 0.431 0.025 135 G 0.001 0.003 0.010 0.068 0.351 0.532 0.035 136 P 0.015 0.269 0.466 0.213 0.034 0.003 0.001 137 L 0.018 0.111 0.337 0.404 0.118 0.011 0.001 138 L 0.002 0.006 0.012 0.064 0.369 0.516 0.030 139 T 0.020 0.116 0.314 0.387 0.147 0.016 0.001 140 R 0.250 0.530 0.178 0.037 0.005 0.001 0.001 141 L 0.042 0.131 0.319 0.369 0.128 0.011 0.001 142 A 0.077 0.111 0.192 0.351 0.240 0.028 0.001 143 Q 0.583 0.331 0.073 0.011 0.001 0.001 0.001 144 F 0.722 0.220 0.045 0.011 0.001 0.001 0.001 145 E 0.453 0.251 0.167 0.099 0.027 0.003 0.001 146 E 0.749 0.178 0.056 0.014 0.002 0.001 0.001 147 P 0.826 0.130 0.031 0.011 0.002 0.001 0.001