# TARGET T0373 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0373.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3196 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.056 0.010 0.009 0.020 0.024 0.149 0.034 0.697 2 P 0.111 0.049 0.009 0.013 0.015 0.114 0.053 0.636 3 T 0.106 0.133 0.005 0.004 0.007 0.095 0.032 0.617 4 N 0.100 0.386 0.008 0.005 0.006 0.081 0.052 0.361 5 Q 0.051 0.754 0.003 0.002 0.003 0.025 0.027 0.136 6 D 0.027 0.883 0.002 0.001 0.001 0.009 0.036 0.040 7 L 0.007 0.934 0.002 0.001 0.002 0.006 0.023 0.026 8 Q 0.006 0.901 0.004 0.002 0.002 0.007 0.054 0.025 9 L 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 10 A 0.004 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.005 11 A 0.004 0.689 0.004 0.002 0.001 0.004 0.283 0.013 12 H 0.003 0.884 0.002 0.001 0.001 0.002 0.103 0.005 13 L 0.011 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.005 14 R 0.009 0.224 0.003 0.001 0.001 0.008 0.727 0.027 15 S 0.001 0.091 0.002 0.001 0.001 0.006 0.888 0.013 16 Q 0.008 0.929 0.001 0.001 0.001 0.005 0.042 0.014 17 V 0.019 0.470 0.007 0.001 0.001 0.015 0.443 0.043 18 T 0.011 0.579 0.007 0.001 0.002 0.024 0.316 0.060 19 T 0.015 0.906 0.004 0.001 0.001 0.011 0.031 0.032 20 L 0.009 0.939 0.005 0.001 0.001 0.005 0.018 0.023 21 T 0.017 0.897 0.007 0.001 0.001 0.008 0.046 0.024 22 R 0.012 0.916 0.007 0.001 0.001 0.007 0.031 0.026 23 R 0.013 0.899 0.028 0.001 0.001 0.006 0.029 0.022 24 L 0.031 0.875 0.019 0.001 0.001 0.006 0.040 0.027 25 R 0.063 0.743 0.031 0.002 0.001 0.014 0.064 0.082 26 R 0.092 0.416 0.113 0.004 0.003 0.028 0.100 0.245 27 E 0.245 0.156 0.051 0.006 0.005 0.064 0.121 0.352 28 A 0.180 0.020 0.040 0.005 0.004 0.075 0.105 0.571 29 Q 0.084 0.010 0.007 0.002 0.003 0.067 0.018 0.809 30 A 0.038 0.004 0.004 0.001 0.002 0.056 0.016 0.877 31 D 0.048 0.020 0.012 0.006 0.008 0.161 0.030 0.715 32 P 0.023 0.024 0.016 0.005 0.011 0.134 0.033 0.754 33 V 0.013 0.055 0.024 0.010 0.008 0.109 0.055 0.726 34 Q 0.054 0.759 0.013 0.005 0.005 0.023 0.049 0.093 35 F 0.032 0.857 0.005 0.002 0.002 0.013 0.033 0.055 36 S 0.003 0.929 0.005 0.003 0.005 0.005 0.026 0.024 37 Q 0.002 0.950 0.002 0.001 0.003 0.002 0.034 0.006 38 L 0.001 0.915 0.004 0.005 0.005 0.002 0.061 0.006 39 V 0.002 0.955 0.003 0.008 0.008 0.001 0.019 0.003 40 V 0.006 0.956 0.003 0.002 0.005 0.002 0.021 0.006 41 L 0.008 0.844 0.012 0.010 0.012 0.005 0.098 0.012 42 G 0.012 0.807 0.020 0.031 0.024 0.007 0.067 0.031 43 A 0.075 0.619 0.034 0.019 0.027 0.029 0.094 0.104 44 I 0.140 0.075 0.200 0.083 0.042 0.038 0.302 0.119 45 D 0.277 0.028 0.025 0.015 0.016 0.061 0.066 0.511 46 R 0.153 0.003 0.009 0.002 0.003 0.050 0.026 0.755 47 L 0.039 0.002 0.005 0.004 0.004 0.116 0.010 0.820 48 G 0.015 0.001 0.004 0.002 0.005 0.060 0.013 0.900 49 G 0.024 0.006 0.011 0.008 0.010 0.137 0.026 0.779 50 D 0.015 0.011 0.032 0.023 0.025 0.142 0.052 0.700 51 V 0.012 0.021 0.017 0.014 0.009 0.079 0.025 0.822 52 T 0.079 0.696 0.011 0.007 0.007 0.024 0.049 0.127 53 P 0.048 0.871 0.004 0.002 0.002 0.009 0.015 0.050 54 S 0.012 0.924 0.007 0.003 0.003 0.006 0.015 0.029 55 E 0.011 0.965 0.004 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 56 L 0.071 0.857 0.015 0.002 0.003 0.007 0.026 0.019 57 A 0.094 0.424 0.114 0.015 0.011 0.021 0.227 0.094 58 A 0.385 0.259 0.018 0.005 0.005 0.027 0.046 0.256 59 A 0.292 0.040 0.021 0.004 0.005 0.050 0.080 0.509 60 E 0.033 0.025 0.008 0.006 0.008 0.081 0.045 0.794 61 R 0.011 0.013 0.004 0.002 0.006 0.076 0.021 0.865 62 M 0.014 0.015 0.010 0.006 0.004 0.151 0.074 0.726 63 R 0.234 0.451 0.007 0.005 0.004 0.043 0.103 0.153 64 S 0.074 0.591 0.004 0.001 0.002 0.036 0.028 0.265 65 S 0.011 0.740 0.017 0.004 0.005 0.034 0.043 0.146 66 N 0.006 0.933 0.005 0.001 0.002 0.006 0.030 0.018 67 L 0.003 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.005 68 A 0.002 0.960 0.003 0.001 0.001 0.001 0.028 0.003 69 A 0.002 0.977 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 70 L 0.003 0.970 0.003 0.001 0.001 0.001 0.018 0.004 71 L 0.003 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 72 R 0.005 0.946 0.003 0.002 0.001 0.002 0.024 0.018 73 E 0.028 0.685 0.031 0.008 0.006 0.012 0.175 0.056 74 L 0.183 0.150 0.097 0.017 0.010 0.040 0.409 0.095 75 E 0.842 0.012 0.007 0.002 0.001 0.012 0.022 0.101 76 R 0.082 0.007 0.001 0.001 0.001 0.021 0.006 0.882 77 G 0.003 0.003 0.006 0.001 0.008 0.110 0.004 0.866 78 G 0.012 0.007 0.070 0.061 0.206 0.122 0.068 0.454 79 L 0.010 0.004 0.050 0.336 0.207 0.050 0.053 0.290 80 I 0.011 0.002 0.130 0.315 0.253 0.028 0.018 0.242 81 V 0.005 0.001 0.050 0.333 0.368 0.024 0.016 0.204 82 R 0.025 0.003 0.053 0.193 0.192 0.059 0.024 0.451 83 H 0.010 0.002 0.030 0.195 0.202 0.089 0.019 0.454 84 A 0.013 0.001 0.005 0.026 0.023 0.062 0.013 0.858 85 D 0.819 0.012 0.002 0.011 0.007 0.018 0.049 0.081 86 P 0.371 0.009 0.002 0.006 0.008 0.064 0.022 0.518 87 Q 0.096 0.002 0.002 0.004 0.013 0.045 0.011 0.827 88 D 0.046 0.003 0.008 0.018 0.072 0.108 0.074 0.671 89 G 0.008 0.001 0.021 0.058 0.160 0.141 0.046 0.565 90 R 0.009 0.001 0.058 0.179 0.375 0.049 0.025 0.305 91 R 0.001 0.001 0.061 0.200 0.358 0.038 0.027 0.314 92 T 0.001 0.001 0.175 0.239 0.496 0.012 0.013 0.065 93 R 0.001 0.001 0.088 0.354 0.483 0.006 0.019 0.049 94 V 0.001 0.001 0.192 0.406 0.285 0.013 0.016 0.086 95 S 0.001 0.004 0.203 0.282 0.416 0.015 0.013 0.065 96 L 0.006 0.031 0.134 0.252 0.211 0.040 0.030 0.295 97 S 0.151 0.596 0.047 0.035 0.027 0.020 0.057 0.068 98 S 0.104 0.692 0.017 0.014 0.013 0.024 0.035 0.099 99 E 0.027 0.478 0.023 0.008 0.013 0.044 0.147 0.261 100 G 0.034 0.833 0.004 0.002 0.002 0.007 0.096 0.022 101 R 0.032 0.887 0.002 0.002 0.003 0.008 0.036 0.029 102 R 0.028 0.760 0.006 0.006 0.008 0.015 0.044 0.133 103 N 0.026 0.205 0.009 0.005 0.007 0.024 0.630 0.093 104 L 0.048 0.442 0.009 0.005 0.004 0.025 0.395 0.072 105 Y 0.087 0.635 0.008 0.004 0.006 0.029 0.054 0.177 106 G 0.029 0.544 0.008 0.003 0.003 0.041 0.044 0.326 107 N 0.039 0.770 0.005 0.001 0.001 0.018 0.071 0.094 108 R 0.048 0.827 0.003 0.001 0.001 0.011 0.059 0.050 109 A 0.014 0.868 0.004 0.001 0.001 0.012 0.037 0.065 110 K 0.008 0.926 0.002 0.001 0.001 0.005 0.033 0.026 111 R 0.005 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.004 112 E 0.002 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.004 113 E 0.002 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.006 114 W 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 115 L 0.008 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 116 V 0.013 0.904 0.009 0.001 0.001 0.003 0.055 0.014 117 R 0.018 0.895 0.010 0.001 0.001 0.006 0.032 0.038 118 A 0.101 0.402 0.155 0.005 0.003 0.032 0.175 0.128 119 M 0.433 0.191 0.038 0.004 0.002 0.047 0.062 0.224 120 H 0.305 0.033 0.021 0.001 0.002 0.044 0.082 0.511 121 A 0.035 0.052 0.009 0.001 0.001 0.080 0.017 0.804 122 C 0.011 0.026 0.012 0.002 0.002 0.107 0.028 0.812 123 L 0.015 0.087 0.010 0.002 0.001 0.116 0.031 0.737 124 D 0.085 0.859 0.002 0.001 0.001 0.005 0.026 0.022 125 E 0.035 0.928 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.025 126 S 0.005 0.953 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.024 127 E 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 128 R 0.005 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.003 129 A 0.003 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 130 L 0.031 0.804 0.012 0.001 0.001 0.004 0.129 0.018 131 L 0.079 0.576 0.012 0.001 0.001 0.006 0.305 0.021 132 A 0.109 0.453 0.010 0.001 0.001 0.017 0.256 0.154 133 A 0.008 0.628 0.004 0.001 0.001 0.017 0.045 0.297 134 A 0.016 0.904 0.001 0.001 0.001 0.008 0.013 0.058 135 G 0.015 0.083 0.002 0.001 0.001 0.004 0.883 0.012 136 P 0.011 0.693 0.004 0.001 0.001 0.011 0.247 0.033 137 L 0.023 0.952 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.014 138 L 0.012 0.937 0.012 0.001 0.001 0.004 0.015 0.018 139 T 0.032 0.757 0.069 0.001 0.001 0.013 0.056 0.072 140 R 0.103 0.602 0.060 0.001 0.001 0.030 0.086 0.117 141 L 0.247 0.185 0.271 0.003 0.002 0.033 0.170 0.089 142 A 0.283 0.068 0.055 0.003 0.003 0.060 0.065 0.463 143 Q 0.044 0.010 0.016 0.001 0.001 0.049 0.016 0.863 144 F 0.022 0.007 0.034 0.003 0.003 0.090 0.047 0.795 145 E 0.072 0.006 0.011 0.004 0.005 0.131 0.041 0.729 146 E 0.134 0.008 0.007 0.004 0.006 0.105 0.030 0.707 147 P 0.024 0.006 0.013 0.004 0.008 0.099 0.019 0.827