# TARGET T0373 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0373.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3196 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.036 0.005 0.030 0.021 0.028 0.054 0.004 0.822 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 3 T 0.010 0.002 0.009 0.008 0.025 0.069 0.002 0.874 4 N 0.089 0.005 0.007 0.004 0.007 0.073 0.004 0.811 5 Q 0.090 0.012 0.007 0.003 0.008 0.166 0.003 0.711 6 D 0.082 0.038 0.006 0.002 0.006 0.366 0.004 0.497 7 L 0.123 0.253 0.009 0.003 0.005 0.169 0.005 0.432 8 Q 0.058 0.474 0.004 0.003 0.005 0.194 0.005 0.257 9 L 0.039 0.798 0.004 0.003 0.005 0.037 0.003 0.111 10 A 0.007 0.952 0.002 0.001 0.003 0.006 0.001 0.028 11 A 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.017 12 H 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 13 L 0.009 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 14 R 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 15 S 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 16 Q 0.008 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 17 V 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 18 T 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 19 T 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 20 L 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 21 T 0.004 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 22 R 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 23 R 0.010 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 24 L 0.014 0.959 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.016 25 R 0.013 0.933 0.005 0.001 0.002 0.007 0.005 0.034 26 R 0.020 0.867 0.005 0.001 0.002 0.012 0.008 0.085 27 E 0.024 0.919 0.002 0.001 0.001 0.007 0.006 0.040 28 A 0.037 0.907 0.004 0.002 0.002 0.004 0.010 0.034 29 Q 0.136 0.667 0.016 0.005 0.007 0.017 0.044 0.109 30 A 0.178 0.327 0.050 0.006 0.007 0.019 0.060 0.353 31 D 0.241 0.228 0.064 0.018 0.014 0.029 0.046 0.360 32 P 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.992 33 V 0.046 0.018 0.169 0.025 0.036 0.183 0.010 0.513 34 Q 0.062 0.016 0.027 0.009 0.011 0.439 0.006 0.430 35 F 0.061 0.060 0.026 0.007 0.018 0.042 0.002 0.784 36 S 0.013 0.060 0.012 0.004 0.007 0.265 0.002 0.637 37 Q 0.093 0.107 0.007 0.003 0.005 0.336 0.010 0.439 38 L 0.030 0.862 0.004 0.003 0.004 0.020 0.002 0.074 39 V 0.008 0.908 0.003 0.005 0.007 0.019 0.002 0.049 40 V 0.003 0.964 0.002 0.002 0.003 0.004 0.001 0.021 41 L 0.001 0.989 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 42 G 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 43 A 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 44 I 0.013 0.964 0.001 0.002 0.004 0.001 0.005 0.010 45 D 0.018 0.956 0.002 0.003 0.003 0.001 0.005 0.013 46 R 0.050 0.861 0.008 0.006 0.005 0.003 0.030 0.036 47 L 0.155 0.613 0.021 0.007 0.006 0.018 0.100 0.080 48 G 0.273 0.220 0.033 0.009 0.006 0.015 0.117 0.325 49 G 0.159 0.094 0.152 0.018 0.011 0.063 0.076 0.427 50 D 0.085 0.007 0.039 0.004 0.006 0.063 0.013 0.783 51 V 0.088 0.008 0.068 0.008 0.015 0.136 0.005 0.672 52 T 0.026 0.010 0.023 0.018 0.023 0.427 0.003 0.470 53 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 54 S 0.003 0.007 0.004 0.003 0.016 0.445 0.001 0.520 55 E 0.036 0.018 0.001 0.001 0.002 0.779 0.002 0.162 56 L 0.015 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 57 A 0.005 0.967 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.019 58 A 0.033 0.929 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.027 59 A 0.167 0.800 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.013 60 E 0.162 0.751 0.007 0.006 0.003 0.002 0.050 0.018 61 R 0.386 0.262 0.036 0.009 0.007 0.008 0.128 0.163 62 M 0.102 0.145 0.490 0.021 0.025 0.029 0.021 0.167 63 R 0.027 0.120 0.081 0.017 0.025 0.157 0.010 0.564 64 S 0.021 0.059 0.061 0.004 0.010 0.040 0.006 0.800 65 S 0.043 0.087 0.040 0.005 0.005 0.124 0.007 0.689 66 N 0.131 0.055 0.025 0.003 0.004 0.312 0.016 0.454 67 L 0.121 0.422 0.040 0.009 0.013 0.115 0.009 0.271 68 A 0.017 0.671 0.023 0.006 0.015 0.088 0.003 0.176 69 A 0.029 0.640 0.006 0.004 0.008 0.103 0.004 0.205 70 L 0.020 0.899 0.002 0.001 0.002 0.016 0.002 0.057 71 L 0.008 0.954 0.002 0.001 0.003 0.005 0.002 0.026 72 R 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 73 E 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 74 L 0.034 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.016 75 E 0.030 0.920 0.005 0.003 0.005 0.003 0.012 0.022 76 R 0.049 0.848 0.010 0.006 0.006 0.005 0.030 0.046 77 G 0.125 0.425 0.043 0.012 0.007 0.009 0.215 0.163 78 G 0.577 0.036 0.039 0.016 0.005 0.012 0.185 0.129 79 L 0.035 0.010 0.678 0.042 0.033 0.038 0.008 0.155 80 I 0.016 0.004 0.174 0.228 0.355 0.059 0.004 0.160 81 V 0.013 0.002 0.247 0.254 0.274 0.029 0.002 0.179 82 R 0.004 0.004 0.166 0.322 0.254 0.033 0.002 0.216 83 H 0.005 0.002 0.195 0.225 0.315 0.027 0.001 0.230 84 A 0.002 0.001 0.013 0.056 0.151 0.028 0.001 0.749 85 D 0.014 0.003 0.014 0.083 0.228 0.103 0.003 0.552 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.992 87 Q 0.016 0.001 0.001 0.006 0.012 0.853 0.004 0.106 88 D 0.680 0.005 0.002 0.006 0.006 0.179 0.021 0.100 89 G 0.239 0.090 0.033 0.047 0.029 0.099 0.031 0.432 90 R 0.102 0.007 0.031 0.031 0.064 0.535 0.016 0.214 91 R 0.140 0.010 0.044 0.114 0.178 0.196 0.015 0.303 92 T 0.050 0.008 0.049 0.272 0.499 0.047 0.005 0.069 93 R 0.007 0.002 0.089 0.259 0.407 0.027 0.001 0.208 94 V 0.003 0.002 0.075 0.373 0.473 0.012 0.001 0.062 95 S 0.004 0.001 0.065 0.314 0.494 0.016 0.001 0.104 96 L 0.006 0.003 0.099 0.279 0.390 0.034 0.001 0.188 97 S 0.007 0.004 0.047 0.082 0.347 0.120 0.002 0.389 98 S 0.009 0.004 0.009 0.009 0.044 0.066 0.002 0.857 99 E 0.010 0.006 0.001 0.001 0.003 0.632 0.002 0.344 100 G 0.185 0.043 0.002 0.002 0.003 0.400 0.015 0.352 101 R 0.034 0.836 0.006 0.003 0.004 0.023 0.002 0.092 102 R 0.002 0.884 0.003 0.002 0.004 0.011 0.001 0.092 103 N 0.020 0.884 0.003 0.002 0.004 0.009 0.005 0.073 104 L 0.028 0.939 0.002 0.001 0.003 0.003 0.003 0.021 105 Y 0.017 0.926 0.004 0.002 0.004 0.006 0.004 0.038 106 G 0.026 0.890 0.003 0.001 0.001 0.006 0.008 0.064 107 N 0.052 0.867 0.005 0.001 0.001 0.007 0.012 0.056 108 R 0.053 0.798 0.008 0.002 0.003 0.011 0.013 0.112 109 A 0.036 0.611 0.014 0.003 0.004 0.045 0.011 0.276 110 K 0.049 0.605 0.007 0.002 0.003 0.068 0.010 0.256 111 R 0.041 0.799 0.005 0.001 0.002 0.023 0.006 0.122 112 E 0.017 0.809 0.005 0.001 0.002 0.028 0.005 0.132 113 E 0.011 0.864 0.002 0.001 0.001 0.020 0.003 0.097 114 W 0.009 0.951 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.033 115 L 0.006 0.961 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.026 116 V 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 117 R 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 118 A 0.010 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 119 M 0.025 0.919 0.010 0.003 0.005 0.003 0.011 0.024 120 H 0.038 0.858 0.026 0.007 0.008 0.007 0.011 0.045 121 A 0.098 0.675 0.028 0.009 0.009 0.018 0.032 0.131 122 C 0.183 0.304 0.036 0.012 0.008 0.018 0.067 0.372 123 L 0.316 0.109 0.158 0.014 0.012 0.061 0.035 0.295 124 D 0.060 0.036 0.059 0.009 0.014 0.279 0.013 0.529 125 E 0.010 0.016 0.006 0.001 0.007 0.020 0.001 0.939 126 S 0.006 0.021 0.003 0.001 0.002 0.302 0.001 0.664 127 E 0.010 0.016 0.001 0.001 0.001 0.895 0.001 0.077 128 R 0.010 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 129 A 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 130 L 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 131 L 0.014 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 132 A 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 133 A 0.017 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 134 A 0.072 0.853 0.007 0.001 0.001 0.003 0.028 0.035 135 G 0.048 0.851 0.008 0.001 0.001 0.004 0.008 0.078 136 P 0.002 0.225 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.758 137 L 0.013 0.741 0.004 0.001 0.002 0.033 0.005 0.201 138 L 0.021 0.918 0.005 0.001 0.001 0.005 0.004 0.045 139 T 0.006 0.958 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.026 140 R 0.010 0.962 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.021 141 L 0.020 0.950 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 142 A 0.019 0.948 0.003 0.001 0.002 0.002 0.005 0.019 143 Q 0.140 0.738 0.007 0.002 0.002 0.005 0.039 0.066 144 F 0.383 0.394 0.026 0.003 0.002 0.006 0.086 0.100 145 E 0.296 0.233 0.054 0.006 0.007 0.020 0.136 0.248 146 E 0.095 0.072 0.110 0.020 0.019 0.091 0.025 0.568 147 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999