# TARGET T0373 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0373.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3196 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.047 0.406 0.289 0.013 0.174 0.004 0.017 0.028 0.008 0.005 0.010 2 P 0.065 0.348 0.106 0.011 0.173 0.014 0.034 0.127 0.061 0.036 0.026 3 T 0.037 0.190 0.100 0.019 0.091 0.026 0.049 0.206 0.143 0.112 0.027 4 N 0.072 0.098 0.064 0.014 0.134 0.012 0.021 0.318 0.111 0.106 0.050 5 Q 0.016 0.047 0.026 0.005 0.025 0.006 0.015 0.613 0.165 0.066 0.015 6 D 0.034 0.028 0.008 0.002 0.052 0.004 0.015 0.744 0.060 0.037 0.015 7 L 0.007 0.022 0.006 0.002 0.017 0.003 0.005 0.811 0.084 0.037 0.006 8 Q 0.006 0.005 0.002 0.001 0.006 0.001 0.003 0.924 0.034 0.014 0.004 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.030 0.003 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.023 0.001 0.001 11 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.982 0.014 0.001 0.001 12 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.012 0.002 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.033 0.003 0.001 14 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.028 0.001 0.001 15 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.980 0.017 0.001 0.001 16 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.022 0.002 0.001 17 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.030 0.001 0.001 18 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.022 0.001 0.001 19 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.980 0.016 0.002 0.001 20 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.038 0.005 0.001 21 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.033 0.002 0.001 22 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.964 0.026 0.001 0.001 23 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.960 0.025 0.004 0.001 24 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.901 0.068 0.020 0.001 25 R 0.002 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.868 0.105 0.007 0.001 26 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.879 0.088 0.005 0.001 27 E 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.004 0.057 0.795 0.107 0.026 0.001 28 A 0.024 0.039 0.009 0.003 0.035 0.005 0.021 0.541 0.192 0.120 0.012 29 Q 0.017 0.056 0.044 0.016 0.023 0.020 0.049 0.507 0.182 0.071 0.015 30 A 0.018 0.050 0.030 0.015 0.038 0.026 0.105 0.282 0.197 0.216 0.023 31 D 0.043 0.410 0.208 0.014 0.214 0.006 0.019 0.031 0.019 0.018 0.018 32 P 0.043 0.062 0.031 0.009 0.031 0.009 0.020 0.089 0.139 0.479 0.088 33 V 0.087 0.341 0.102 0.013 0.258 0.008 0.015 0.034 0.026 0.077 0.037 34 Q 0.006 0.465 0.419 0.019 0.030 0.004 0.002 0.027 0.007 0.019 0.003 35 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.790 0.202 0.002 0.001 36 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.905 0.088 0.003 0.001 37 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.879 0.111 0.009 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.051 0.001 0.001 39 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.954 0.043 0.001 0.001 40 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.022 0.001 0.001 41 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.039 0.001 0.001 42 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.951 0.040 0.001 0.001 43 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.928 0.052 0.006 0.001 44 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.020 0.830 0.128 0.012 0.001 45 D 0.003 0.017 0.008 0.001 0.005 0.003 0.048 0.757 0.145 0.011 0.002 46 R 0.011 0.005 0.004 0.002 0.006 0.013 0.173 0.564 0.127 0.085 0.011 47 L 0.016 0.511 0.268 0.023 0.148 0.005 0.008 0.008 0.002 0.006 0.006 48 G 0.034 0.049 0.063 0.206 0.023 0.072 0.072 0.061 0.049 0.244 0.127 49 G 0.020 0.158 0.249 0.115 0.051 0.031 0.021 0.051 0.065 0.190 0.049 50 D 0.120 0.224 0.062 0.007 0.266 0.008 0.013 0.052 0.048 0.130 0.070 51 V 0.042 0.484 0.182 0.007 0.232 0.004 0.006 0.009 0.004 0.014 0.015 52 T 0.004 0.712 0.257 0.001 0.024 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 53 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.785 0.212 0.002 0.001 54 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.022 0.001 0.001 55 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.022 0.003 0.001 56 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.024 0.001 0.001 57 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.045 0.005 0.001 58 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.829 0.137 0.014 0.001 59 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.078 0.786 0.117 0.010 0.001 60 E 0.003 0.761 0.118 0.007 0.054 0.003 0.006 0.025 0.014 0.010 0.001 61 R 0.060 0.003 0.001 0.001 0.007 0.002 0.005 0.024 0.034 0.603 0.261 62 M 0.110 0.381 0.126 0.007 0.292 0.004 0.005 0.013 0.006 0.019 0.037 63 R 0.008 0.321 0.310 0.113 0.050 0.030 0.020 0.091 0.020 0.031 0.006 64 S 0.025 0.030 0.022 0.008 0.034 0.004 0.006 0.639 0.195 0.021 0.015 65 S 0.003 0.010 0.003 0.001 0.011 0.002 0.007 0.828 0.114 0.016 0.005 66 N 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.862 0.080 0.042 0.002 67 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.873 0.103 0.020 0.001 68 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.045 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.015 0.001 0.001 70 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.012 0.001 0.001 71 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.046 0.001 0.001 72 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.045 0.001 0.001 73 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.960 0.033 0.003 0.001 74 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.926 0.051 0.002 0.001 75 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.822 0.137 0.018 0.002 76 R 0.002 0.040 0.021 0.010 0.009 0.041 0.229 0.555 0.066 0.026 0.001 77 G 0.003 0.664 0.220 0.038 0.034 0.004 0.005 0.007 0.002 0.016 0.005 78 G 0.073 0.017 0.026 0.051 0.021 0.021 0.010 0.016 0.020 0.383 0.362 79 L 0.081 0.335 0.055 0.022 0.331 0.022 0.031 0.052 0.029 0.023 0.019 80 I 0.350 0.075 0.010 0.002 0.460 0.002 0.003 0.007 0.006 0.012 0.073 81 V 0.121 0.257 0.080 0.008 0.448 0.010 0.026 0.020 0.009 0.009 0.012 82 R 0.312 0.086 0.020 0.005 0.365 0.007 0.020 0.032 0.020 0.036 0.096 83 H 0.136 0.293 0.086 0.004 0.421 0.001 0.003 0.013 0.006 0.014 0.023 84 A 0.059 0.444 0.110 0.013 0.260 0.012 0.019 0.017 0.015 0.026 0.027 85 D 0.173 0.124 0.040 0.001 0.637 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.018 86 P 0.003 0.009 0.008 0.002 0.003 0.005 0.022 0.502 0.428 0.016 0.002 87 Q 0.007 0.019 0.016 0.014 0.014 0.066 0.345 0.214 0.101 0.194 0.011 88 D 0.095 0.389 0.114 0.016 0.292 0.004 0.007 0.005 0.003 0.034 0.041 89 G 0.095 0.052 0.080 0.060 0.063 0.033 0.017 0.080 0.090 0.225 0.204 90 R 0.170 0.190 0.030 0.008 0.410 0.018 0.032 0.024 0.027 0.063 0.028 91 R 0.439 0.068 0.008 0.005 0.417 0.005 0.006 0.004 0.002 0.009 0.036 92 T 0.194 0.082 0.010 0.008 0.667 0.011 0.010 0.003 0.001 0.002 0.013 93 R 0.307 0.042 0.002 0.001 0.630 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 94 V 0.213 0.059 0.001 0.001 0.689 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.031 95 S 0.234 0.144 0.014 0.001 0.544 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.049 96 L 0.176 0.309 0.048 0.006 0.304 0.002 0.002 0.003 0.003 0.047 0.099 97 S 0.003 0.452 0.498 0.006 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.876 0.112 0.002 0.001 99 E 0.001 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.006 0.916 0.057 0.007 0.001 100 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.037 0.021 0.001 101 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.055 0.007 0.001 102 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.942 0.044 0.003 0.001 103 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.925 0.041 0.018 0.001 104 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.892 0.079 0.013 0.001 105 Y 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.007 0.030 0.853 0.092 0.006 0.001 106 G 0.004 0.003 0.003 0.003 0.003 0.005 0.032 0.794 0.097 0.051 0.005 107 N 0.008 0.023 0.015 0.004 0.014 0.006 0.019 0.653 0.133 0.119 0.006 108 R 0.005 0.025 0.007 0.001 0.012 0.001 0.003 0.836 0.093 0.015 0.003 109 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.910 0.066 0.005 0.001 110 K 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.930 0.047 0.010 0.001 111 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.932 0.050 0.012 0.001 112 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.956 0.038 0.001 0.001 113 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.974 0.018 0.002 0.001 114 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.968 0.025 0.004 0.001 115 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.045 0.004 0.001 116 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.944 0.047 0.001 0.001 117 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.944 0.032 0.005 0.001 118 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.883 0.075 0.019 0.001 119 M 0.004 0.007 0.003 0.002 0.003 0.003 0.012 0.754 0.178 0.030 0.004 120 H 0.003 0.012 0.006 0.004 0.005 0.008 0.057 0.642 0.237 0.022 0.002 121 A 0.004 0.167 0.148 0.023 0.033 0.028 0.155 0.288 0.101 0.047 0.005 122 C 0.038 0.016 0.005 0.001 0.013 0.003 0.024 0.088 0.072 0.640 0.100 123 L 0.077 0.417 0.103 0.006 0.275 0.006 0.008 0.013 0.008 0.048 0.039 124 D 0.008 0.639 0.267 0.002 0.078 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 125 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.774 0.223 0.002 0.001 126 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.028 0.002 0.001 127 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.030 0.016 0.001 128 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.022 0.001 0.001 129 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.026 0.001 0.001 130 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.965 0.028 0.004 0.001 131 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.898 0.088 0.012 0.001 132 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.051 0.819 0.118 0.003 0.001 133 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.051 0.682 0.145 0.114 0.002 134 A 0.004 0.032 0.024 0.006 0.009 0.008 0.033 0.493 0.197 0.190 0.005 135 G 0.001 0.009 0.003 0.001 0.004 0.001 0.002 0.861 0.112 0.004 0.001 136 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.954 0.037 0.001 0.001 137 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.023 0.010 0.001 138 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.058 0.003 0.001 139 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.962 0.036 0.001 0.001 140 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.956 0.032 0.007 0.001 141 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.854 0.124 0.014 0.001 142 A 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.002 0.014 0.774 0.183 0.015 0.001 143 Q 0.002 0.005 0.003 0.003 0.004 0.012 0.129 0.598 0.176 0.064 0.003 144 F 0.015 0.033 0.013 0.006 0.030 0.015 0.143 0.360 0.150 0.215 0.020 145 E 0.146 0.081 0.028 0.009 0.125 0.011 0.043 0.112 0.099 0.226 0.120 146 E 0.045 0.191 0.198 0.085 0.117 0.033 0.057 0.144 0.067 0.041 0.022 147 P 0.023 0.136 0.092 0.027 0.067 0.022 0.050 0.307 0.185 0.073 0.019