# TARGET T0373 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0373.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3196 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.751 0.162 0.055 0.023 0.007 0.002 0.001 2 P 0.691 0.187 0.076 0.032 0.010 0.003 0.001 3 T 0.680 0.207 0.075 0.029 0.007 0.001 0.001 4 N 0.671 0.216 0.071 0.029 0.010 0.002 0.001 5 Q 0.436 0.273 0.162 0.087 0.032 0.009 0.001 6 D 0.218 0.202 0.206 0.192 0.124 0.053 0.007 7 L 0.195 0.234 0.246 0.205 0.093 0.026 0.002 8 Q 0.211 0.290 0.224 0.154 0.084 0.033 0.004 9 L 0.054 0.063 0.086 0.167 0.267 0.306 0.057 10 A 0.037 0.057 0.094 0.180 0.266 0.307 0.059 11 A 0.080 0.173 0.243 0.248 0.161 0.082 0.013 12 H 0.044 0.045 0.099 0.236 0.311 0.228 0.038 13 L 0.032 0.018 0.013 0.026 0.112 0.519 0.280 14 R 0.050 0.074 0.175 0.305 0.245 0.134 0.017 15 S 0.078 0.190 0.257 0.250 0.147 0.068 0.010 16 Q 0.058 0.053 0.068 0.154 0.267 0.325 0.074 17 V 0.029 0.045 0.082 0.175 0.277 0.328 0.064 18 T 0.134 0.248 0.264 0.202 0.103 0.042 0.007 19 T 0.094 0.174 0.234 0.265 0.164 0.059 0.010 20 L 0.030 0.047 0.064 0.151 0.288 0.354 0.064 21 T 0.030 0.107 0.198 0.259 0.235 0.149 0.023 22 R 0.210 0.343 0.230 0.135 0.059 0.020 0.004 23 R 0.036 0.154 0.287 0.305 0.154 0.057 0.007 24 L 0.016 0.027 0.059 0.180 0.372 0.319 0.027 25 R 0.087 0.246 0.326 0.234 0.087 0.018 0.001 26 R 0.496 0.385 0.092 0.022 0.004 0.001 0.001 27 E 0.175 0.330 0.291 0.159 0.039 0.006 0.001 28 A 0.084 0.108 0.183 0.343 0.244 0.037 0.001 29 Q 0.535 0.338 0.100 0.023 0.003 0.001 0.001 30 A 0.826 0.146 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 31 D 0.280 0.329 0.252 0.113 0.023 0.003 0.001 32 P 0.457 0.327 0.142 0.057 0.015 0.002 0.001 33 V 0.038 0.065 0.142 0.300 0.323 0.126 0.006 34 Q 0.099 0.238 0.245 0.201 0.137 0.069 0.010 35 F 0.040 0.105 0.180 0.257 0.260 0.139 0.017 36 S 0.025 0.072 0.125 0.213 0.258 0.250 0.057 37 Q 0.008 0.027 0.064 0.141 0.252 0.343 0.166 38 L 0.003 0.008 0.024 0.083 0.231 0.448 0.203 39 V 0.003 0.016 0.058 0.176 0.300 0.321 0.127 40 V 0.001 0.001 0.003 0.012 0.066 0.401 0.517 41 L 0.001 0.003 0.006 0.017 0.083 0.484 0.405 42 G 0.004 0.022 0.069 0.185 0.283 0.347 0.091 43 A 0.001 0.007 0.057 0.222 0.389 0.289 0.036 44 I 0.001 0.002 0.005 0.036 0.235 0.603 0.118 45 D 0.015 0.105 0.235 0.351 0.233 0.059 0.002 46 R 0.102 0.359 0.310 0.177 0.046 0.006 0.001 47 L 0.080 0.267 0.343 0.245 0.058 0.006 0.001 48 G 0.621 0.268 0.078 0.027 0.005 0.001 0.001 49 G 0.484 0.314 0.130 0.055 0.014 0.002 0.001 50 D 0.430 0.374 0.140 0.044 0.011 0.002 0.001 51 V 0.051 0.110 0.201 0.314 0.249 0.071 0.004 52 T 0.032 0.172 0.299 0.275 0.156 0.062 0.005 53 P 0.009 0.031 0.092 0.221 0.373 0.247 0.027 54 S 0.113 0.329 0.308 0.174 0.060 0.016 0.001 55 E 0.052 0.286 0.352 0.212 0.077 0.019 0.002 56 L 0.015 0.020 0.040 0.192 0.412 0.300 0.021 57 A 0.043 0.139 0.255 0.344 0.180 0.038 0.001 58 A 0.353 0.419 0.158 0.055 0.012 0.003 0.001 59 A 0.169 0.264 0.269 0.198 0.078 0.020 0.001 60 E 0.127 0.148 0.212 0.257 0.169 0.079 0.007 61 R 0.419 0.343 0.141 0.062 0.025 0.009 0.001 62 M 0.231 0.164 0.181 0.226 0.138 0.056 0.004 63 R 0.405 0.299 0.160 0.081 0.035 0.017 0.003 64 S 0.371 0.290 0.173 0.099 0.044 0.019 0.003 65 S 0.433 0.210 0.139 0.111 0.067 0.033 0.006 66 N 0.271 0.280 0.199 0.143 0.076 0.028 0.004 67 L 0.047 0.061 0.107 0.201 0.272 0.267 0.045 68 A 0.095 0.197 0.250 0.246 0.142 0.061 0.008 69 A 0.164 0.364 0.259 0.134 0.054 0.021 0.004 70 L 0.022 0.047 0.122 0.282 0.324 0.189 0.013 71 L 0.022 0.031 0.052 0.138 0.354 0.366 0.038 72 R 0.179 0.369 0.270 0.140 0.035 0.007 0.001 73 E 0.080 0.406 0.348 0.138 0.024 0.004 0.001 74 L 0.014 0.027 0.069 0.286 0.442 0.157 0.005 75 E 0.066 0.216 0.302 0.283 0.114 0.018 0.001 76 R 0.583 0.320 0.075 0.019 0.003 0.001 0.001 77 G 0.190 0.379 0.293 0.118 0.019 0.002 0.001 78 G 0.158 0.365 0.290 0.142 0.038 0.006 0.001 79 L 0.034 0.087 0.169 0.291 0.298 0.117 0.004 80 I 0.012 0.033 0.076 0.203 0.372 0.284 0.019 81 V 0.086 0.226 0.280 0.238 0.125 0.042 0.004 82 R 0.068 0.125 0.192 0.298 0.236 0.077 0.005 83 H 0.203 0.302 0.272 0.159 0.051 0.012 0.001 84 A 0.406 0.281 0.178 0.101 0.029 0.006 0.001 85 D 0.545 0.269 0.118 0.051 0.013 0.003 0.001 86 P 0.742 0.174 0.055 0.022 0.006 0.001 0.001 87 Q 0.777 0.162 0.042 0.014 0.004 0.001 0.001 88 D 0.461 0.281 0.158 0.076 0.020 0.003 0.001 89 G 0.377 0.307 0.181 0.094 0.034 0.007 0.001 90 R 0.200 0.214 0.222 0.213 0.121 0.029 0.002 91 R 0.208 0.325 0.245 0.145 0.057 0.018 0.002 92 T 0.056 0.117 0.184 0.267 0.244 0.121 0.011 93 R 0.026 0.123 0.246 0.303 0.206 0.088 0.009 94 V 0.013 0.030 0.053 0.131 0.287 0.403 0.084 95 S 0.016 0.097 0.249 0.338 0.199 0.089 0.012 96 L 0.007 0.019 0.045 0.159 0.365 0.357 0.049 97 S 0.039 0.181 0.298 0.289 0.143 0.047 0.004 98 S 0.332 0.403 0.168 0.068 0.021 0.007 0.001 99 E 0.243 0.350 0.233 0.123 0.038 0.010 0.001 100 G 0.051 0.082 0.157 0.324 0.282 0.101 0.004 101 R 0.154 0.304 0.301 0.174 0.055 0.011 0.001 102 R 0.438 0.417 0.108 0.028 0.006 0.001 0.001 103 N 0.083 0.181 0.301 0.281 0.123 0.029 0.001 104 L 0.068 0.089 0.155 0.286 0.301 0.099 0.003 105 Y 0.341 0.377 0.191 0.070 0.017 0.003 0.001 106 G 0.422 0.339 0.164 0.060 0.013 0.003 0.001 107 N 0.206 0.188 0.200 0.218 0.139 0.047 0.002 108 R 0.309 0.326 0.215 0.109 0.033 0.007 0.001 109 A 0.676 0.228 0.060 0.024 0.008 0.003 0.001 110 K 0.246 0.322 0.232 0.140 0.047 0.012 0.001 111 R 0.058 0.099 0.197 0.323 0.235 0.083 0.006 112 E 0.224 0.343 0.265 0.126 0.035 0.007 0.001 113 E 0.330 0.409 0.179 0.063 0.016 0.003 0.001 114 W 0.032 0.066 0.131 0.277 0.326 0.159 0.009 115 L 0.025 0.050 0.098 0.228 0.338 0.242 0.019 116 V 0.129 0.292 0.302 0.198 0.063 0.015 0.001 117 R 0.214 0.362 0.249 0.127 0.039 0.009 0.001 118 A 0.034 0.065 0.138 0.269 0.311 0.173 0.011 119 M 0.062 0.091 0.152 0.277 0.295 0.119 0.005 120 H 0.267 0.370 0.235 0.102 0.023 0.003 0.001 121 A 0.478 0.305 0.137 0.061 0.016 0.003 0.001 122 C 0.207 0.252 0.256 0.184 0.078 0.022 0.001 123 L 0.103 0.126 0.239 0.311 0.174 0.045 0.002 124 D 0.495 0.347 0.115 0.033 0.007 0.002 0.001 125 E 0.784 0.161 0.034 0.013 0.006 0.003 0.001 126 S 0.686 0.218 0.060 0.025 0.009 0.003 0.001 127 E 0.079 0.150 0.261 0.334 0.149 0.026 0.001 128 R 0.107 0.267 0.372 0.205 0.045 0.005 0.001 129 A 0.334 0.490 0.143 0.028 0.004 0.001 0.001 130 L 0.039 0.123 0.281 0.340 0.178 0.038 0.001 131 L 0.005 0.008 0.019 0.123 0.426 0.397 0.022 132 A 0.030 0.170 0.340 0.315 0.119 0.024 0.001 133 A 0.160 0.293 0.244 0.195 0.079 0.027 0.002 134 A 0.026 0.066 0.071 0.099 0.209 0.417 0.113 135 G 0.017 0.030 0.112 0.308 0.332 0.182 0.019 136 P 0.049 0.253 0.367 0.223 0.085 0.021 0.002 137 L 0.030 0.037 0.082 0.216 0.341 0.263 0.031 138 L 0.065 0.047 0.039 0.083 0.237 0.450 0.079 139 T 0.137 0.258 0.306 0.218 0.067 0.014 0.001 140 R 0.106 0.260 0.315 0.228 0.078 0.014 0.001 141 L 0.042 0.047 0.071 0.201 0.356 0.264 0.019 142 A 0.111 0.159 0.263 0.289 0.145 0.032 0.001 143 Q 0.449 0.362 0.138 0.041 0.008 0.001 0.001 144 F 0.310 0.304 0.233 0.119 0.029 0.005 0.001 145 E 0.606 0.212 0.103 0.055 0.018 0.005 0.001 146 E 0.819 0.136 0.030 0.010 0.003 0.001 0.001 147 P 0.844 0.110 0.031 0.011 0.003 0.001 0.001