# TARGET T0373 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0373.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2372 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.065 0.012 0.008 0.018 0.021 0.145 0.036 0.696 2 P 0.120 0.051 0.008 0.012 0.013 0.111 0.053 0.632 3 T 0.103 0.137 0.005 0.004 0.007 0.097 0.031 0.615 4 N 0.092 0.398 0.008 0.005 0.006 0.079 0.051 0.361 5 Q 0.046 0.769 0.003 0.002 0.003 0.024 0.027 0.127 6 D 0.023 0.890 0.002 0.001 0.001 0.008 0.038 0.036 7 L 0.006 0.938 0.002 0.001 0.002 0.005 0.023 0.023 8 Q 0.005 0.904 0.003 0.002 0.002 0.006 0.056 0.021 9 L 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 10 A 0.003 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.004 11 A 0.003 0.675 0.004 0.001 0.001 0.004 0.302 0.010 12 H 0.003 0.883 0.002 0.001 0.001 0.002 0.106 0.004 13 L 0.009 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.004 14 R 0.007 0.206 0.003 0.001 0.001 0.007 0.753 0.023 15 S 0.001 0.081 0.001 0.001 0.001 0.005 0.902 0.010 16 Q 0.007 0.934 0.001 0.001 0.001 0.005 0.041 0.012 17 V 0.017 0.456 0.007 0.001 0.001 0.014 0.466 0.039 18 T 0.010 0.577 0.007 0.001 0.001 0.023 0.327 0.054 19 T 0.015 0.913 0.004 0.001 0.001 0.010 0.029 0.029 20 L 0.008 0.942 0.004 0.001 0.001 0.005 0.018 0.021 21 T 0.016 0.900 0.007 0.001 0.001 0.008 0.046 0.022 22 R 0.011 0.925 0.007 0.001 0.001 0.006 0.027 0.023 23 R 0.013 0.902 0.030 0.001 0.001 0.006 0.028 0.020 24 L 0.030 0.876 0.020 0.001 0.001 0.006 0.040 0.026 25 R 0.064 0.744 0.032 0.001 0.001 0.013 0.064 0.080 26 R 0.094 0.389 0.131 0.004 0.003 0.028 0.102 0.248 27 E 0.229 0.141 0.056 0.006 0.006 0.068 0.123 0.373 28 A 0.172 0.015 0.043 0.004 0.004 0.075 0.103 0.583 29 Q 0.109 0.008 0.007 0.002 0.003 0.067 0.017 0.787 30 A 0.037 0.003 0.004 0.001 0.002 0.051 0.013 0.890 31 D 0.032 0.014 0.013 0.006 0.009 0.170 0.026 0.731 32 P 0.018 0.019 0.020 0.006 0.014 0.139 0.031 0.753 33 V 0.011 0.048 0.029 0.013 0.009 0.104 0.050 0.736 34 Q 0.054 0.758 0.016 0.005 0.005 0.022 0.048 0.091 35 F 0.035 0.863 0.005 0.002 0.002 0.012 0.034 0.047 36 S 0.003 0.932 0.005 0.003 0.004 0.005 0.024 0.024 37 Q 0.002 0.952 0.002 0.001 0.003 0.002 0.033 0.006 38 L 0.002 0.918 0.004 0.005 0.005 0.002 0.057 0.006 39 V 0.002 0.954 0.003 0.007 0.008 0.002 0.019 0.004 40 V 0.007 0.952 0.003 0.002 0.005 0.003 0.022 0.007 41 L 0.009 0.827 0.013 0.011 0.013 0.005 0.108 0.014 42 G 0.014 0.776 0.023 0.034 0.027 0.009 0.078 0.039 43 A 0.086 0.570 0.038 0.021 0.030 0.033 0.105 0.117 44 I 0.158 0.069 0.193 0.080 0.041 0.041 0.285 0.132 45 D 0.275 0.025 0.022 0.014 0.016 0.062 0.059 0.528 46 R 0.110 0.002 0.009 0.002 0.003 0.052 0.024 0.798 47 L 0.036 0.002 0.006 0.004 0.005 0.125 0.010 0.813 48 G 0.019 0.001 0.004 0.002 0.005 0.064 0.017 0.887 49 G 0.028 0.007 0.012 0.008 0.010 0.141 0.028 0.767 50 D 0.016 0.013 0.031 0.019 0.023 0.139 0.057 0.702 51 V 0.013 0.026 0.017 0.013 0.009 0.082 0.031 0.809 52 T 0.077 0.718 0.010 0.005 0.006 0.023 0.051 0.110 53 P 0.041 0.880 0.004 0.001 0.002 0.009 0.015 0.048 54 S 0.012 0.929 0.006 0.002 0.003 0.006 0.015 0.026 55 E 0.010 0.968 0.003 0.001 0.001 0.002 0.006 0.009 56 L 0.055 0.879 0.013 0.002 0.002 0.007 0.025 0.017 57 A 0.078 0.505 0.092 0.011 0.008 0.017 0.215 0.074 58 A 0.308 0.369 0.018 0.004 0.005 0.025 0.054 0.217 59 A 0.282 0.066 0.024 0.004 0.005 0.050 0.106 0.463 60 E 0.042 0.042 0.009 0.008 0.009 0.080 0.064 0.747 61 R 0.015 0.017 0.005 0.003 0.007 0.080 0.030 0.843 62 M 0.017 0.019 0.012 0.006 0.004 0.158 0.095 0.689 63 R 0.242 0.406 0.008 0.005 0.005 0.049 0.103 0.181 64 S 0.073 0.520 0.004 0.001 0.002 0.043 0.031 0.327 65 S 0.011 0.706 0.020 0.004 0.006 0.042 0.049 0.162 66 N 0.006 0.917 0.007 0.002 0.003 0.007 0.035 0.024 67 L 0.003 0.965 0.002 0.001 0.001 0.002 0.020 0.007 68 A 0.003 0.953 0.004 0.001 0.001 0.001 0.032 0.005 69 A 0.002 0.972 0.002 0.002 0.002 0.001 0.014 0.005 70 L 0.004 0.966 0.003 0.001 0.001 0.001 0.019 0.005 71 L 0.004 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 72 R 0.006 0.943 0.003 0.002 0.001 0.002 0.025 0.018 73 E 0.030 0.665 0.031 0.009 0.007 0.013 0.182 0.063 74 L 0.161 0.161 0.087 0.021 0.012 0.044 0.407 0.108 75 E 0.825 0.014 0.007 0.002 0.002 0.014 0.025 0.111 76 R 0.091 0.008 0.001 0.001 0.001 0.023 0.007 0.868 77 G 0.003 0.003 0.007 0.002 0.009 0.110 0.004 0.862 78 G 0.011 0.008 0.067 0.060 0.217 0.120 0.071 0.445 79 L 0.009 0.005 0.049 0.347 0.227 0.047 0.056 0.259 80 I 0.012 0.002 0.121 0.338 0.263 0.027 0.018 0.219 81 V 0.004 0.001 0.048 0.339 0.389 0.021 0.015 0.182 82 R 0.024 0.003 0.053 0.205 0.209 0.058 0.023 0.425 83 H 0.009 0.002 0.030 0.203 0.211 0.092 0.018 0.434 84 A 0.010 0.001 0.004 0.021 0.017 0.060 0.010 0.877 85 D 0.848 0.018 0.002 0.007 0.005 0.015 0.044 0.062 86 P 0.405 0.017 0.002 0.005 0.007 0.064 0.022 0.479 87 Q 0.129 0.005 0.002 0.005 0.015 0.046 0.015 0.784 88 D 0.046 0.005 0.008 0.021 0.088 0.110 0.106 0.615 89 G 0.006 0.002 0.021 0.064 0.196 0.142 0.050 0.518 90 R 0.009 0.001 0.052 0.203 0.435 0.040 0.024 0.235 91 R 0.001 0.001 0.053 0.221 0.360 0.037 0.027 0.301 92 T 0.001 0.001 0.166 0.224 0.525 0.013 0.012 0.060 93 R 0.001 0.001 0.070 0.357 0.513 0.006 0.017 0.038 94 V 0.001 0.001 0.170 0.420 0.292 0.014 0.016 0.086 95 S 0.001 0.004 0.182 0.292 0.440 0.013 0.012 0.055 96 L 0.006 0.034 0.126 0.266 0.225 0.038 0.030 0.276 97 S 0.137 0.624 0.047 0.035 0.026 0.017 0.054 0.059 98 S 0.093 0.717 0.017 0.014 0.013 0.022 0.033 0.091 99 E 0.026 0.505 0.021 0.007 0.012 0.041 0.149 0.239 100 G 0.031 0.843 0.003 0.002 0.002 0.006 0.094 0.018 101 R 0.027 0.898 0.002 0.002 0.002 0.007 0.036 0.026 102 R 0.026 0.780 0.006 0.005 0.008 0.014 0.041 0.120 103 N 0.031 0.225 0.010 0.006 0.008 0.025 0.603 0.092 104 L 0.058 0.422 0.010 0.006 0.005 0.026 0.395 0.078 105 Y 0.099 0.565 0.009 0.005 0.007 0.034 0.065 0.215 106 G 0.032 0.456 0.009 0.004 0.004 0.049 0.044 0.402 107 N 0.057 0.670 0.007 0.002 0.002 0.028 0.085 0.150 108 R 0.076 0.740 0.005 0.001 0.001 0.017 0.080 0.080 109 A 0.028 0.774 0.005 0.001 0.001 0.021 0.050 0.120 110 K 0.015 0.838 0.005 0.001 0.001 0.013 0.059 0.070 111 R 0.006 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.009 112 E 0.004 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.006 113 E 0.002 0.943 0.001 0.001 0.001 0.002 0.045 0.006 114 W 0.003 0.975 0.002 0.001 0.001 0.002 0.014 0.004 115 L 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 116 V 0.013 0.872 0.010 0.001 0.001 0.003 0.091 0.010 117 R 0.011 0.920 0.006 0.001 0.001 0.004 0.036 0.022 118 A 0.076 0.557 0.117 0.003 0.002 0.020 0.138 0.087 119 M 0.442 0.254 0.041 0.003 0.002 0.040 0.062 0.157 120 H 0.361 0.051 0.027 0.001 0.001 0.039 0.123 0.397 121 A 0.047 0.076 0.007 0.001 0.001 0.059 0.018 0.792 122 C 0.012 0.038 0.013 0.001 0.002 0.111 0.034 0.789 123 L 0.015 0.116 0.012 0.002 0.001 0.117 0.039 0.699 124 D 0.079 0.876 0.002 0.001 0.001 0.004 0.021 0.018 125 E 0.031 0.937 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.022 126 S 0.005 0.954 0.002 0.001 0.001 0.003 0.013 0.023 127 E 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 128 R 0.007 0.955 0.002 0.001 0.001 0.002 0.030 0.004 129 A 0.004 0.970 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 0.007 130 L 0.035 0.786 0.015 0.001 0.001 0.006 0.130 0.026 131 L 0.083 0.573 0.014 0.001 0.001 0.008 0.293 0.028 132 A 0.122 0.446 0.011 0.001 0.001 0.020 0.228 0.173 133 A 0.011 0.596 0.004 0.001 0.001 0.019 0.048 0.320 134 A 0.022 0.871 0.001 0.001 0.001 0.011 0.018 0.077 135 G 0.018 0.080 0.003 0.001 0.001 0.005 0.878 0.016 136 P 0.012 0.679 0.005 0.001 0.001 0.013 0.248 0.042 137 L 0.021 0.953 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.015 138 L 0.011 0.942 0.010 0.001 0.001 0.004 0.014 0.018 139 T 0.027 0.783 0.060 0.001 0.001 0.012 0.054 0.061 140 R 0.104 0.620 0.059 0.001 0.001 0.027 0.090 0.098 141 L 0.241 0.181 0.272 0.003 0.002 0.030 0.195 0.076 142 A 0.296 0.076 0.059 0.003 0.003 0.057 0.066 0.441 143 Q 0.043 0.010 0.017 0.001 0.001 0.048 0.015 0.864 144 F 0.019 0.007 0.034 0.003 0.003 0.091 0.047 0.796 145 E 0.079 0.007 0.012 0.004 0.005 0.133 0.043 0.718 146 E 0.138 0.008 0.007 0.004 0.005 0.107 0.029 0.702 147 P 0.024 0.006 0.013 0.004 0.007 0.096 0.019 0.832