# TARGET T0373 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0373.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2372 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.332 0.139 0.042 0.089 0.070 0.063 0.077 0.062 0.059 0.042 0.024 2 P 0.328 0.151 0.046 0.105 0.080 0.070 0.083 0.052 0.039 0.029 0.015 3 T 0.297 0.145 0.041 0.103 0.095 0.087 0.087 0.058 0.045 0.028 0.014 4 N 0.426 0.223 0.051 0.104 0.073 0.042 0.034 0.022 0.014 0.008 0.003 5 Q 0.149 0.153 0.085 0.171 0.140 0.108 0.084 0.044 0.034 0.021 0.011 6 D 0.088 0.120 0.074 0.133 0.114 0.108 0.139 0.091 0.071 0.042 0.021 7 L 0.045 0.045 0.070 0.185 0.212 0.189 0.151 0.057 0.032 0.011 0.004 8 Q 0.045 0.102 0.202 0.261 0.154 0.105 0.080 0.029 0.014 0.005 0.003 9 L 0.001 0.004 0.020 0.025 0.029 0.055 0.171 0.185 0.214 0.176 0.120 10 A 0.001 0.001 0.011 0.014 0.026 0.064 0.216 0.196 0.209 0.160 0.102 11 A 0.005 0.016 0.332 0.269 0.160 0.106 0.064 0.025 0.014 0.007 0.003 12 H 0.001 0.003 0.053 0.063 0.109 0.184 0.297 0.143 0.086 0.044 0.017 13 L 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.004 0.030 0.077 0.213 0.328 0.341 14 R 0.002 0.003 0.070 0.093 0.152 0.211 0.281 0.099 0.059 0.023 0.007 15 S 0.005 0.018 0.484 0.201 0.127 0.086 0.054 0.016 0.006 0.002 0.001 16 Q 0.001 0.001 0.013 0.008 0.013 0.048 0.261 0.207 0.211 0.157 0.079 17 V 0.001 0.001 0.014 0.009 0.010 0.027 0.162 0.212 0.241 0.203 0.119 18 T 0.010 0.027 0.539 0.193 0.108 0.064 0.037 0.013 0.006 0.003 0.001 19 T 0.006 0.023 0.225 0.155 0.184 0.187 0.151 0.042 0.018 0.007 0.002 20 L 0.001 0.001 0.015 0.005 0.004 0.008 0.058 0.103 0.244 0.310 0.250 21 T 0.001 0.002 0.035 0.042 0.083 0.183 0.392 0.142 0.075 0.033 0.012 22 R 0.008 0.019 0.780 0.118 0.044 0.018 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 23 R 0.004 0.010 0.107 0.092 0.145 0.220 0.265 0.087 0.041 0.022 0.009 24 L 0.001 0.001 0.020 0.005 0.005 0.011 0.082 0.136 0.274 0.278 0.189 25 R 0.001 0.004 0.123 0.143 0.223 0.217 0.184 0.060 0.029 0.012 0.004 26 R 0.017 0.031 0.834 0.075 0.027 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.006 0.014 0.049 0.055 0.101 0.188 0.353 0.124 0.067 0.029 0.014 28 A 0.004 0.003 0.011 0.006 0.007 0.017 0.091 0.131 0.225 0.267 0.239 29 Q 0.030 0.089 0.313 0.240 0.181 0.087 0.043 0.011 0.004 0.001 0.001 30 A 0.280 0.135 0.445 0.092 0.031 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 31 D 0.039 0.055 0.027 0.092 0.135 0.181 0.258 0.110 0.057 0.033 0.012 32 P 0.513 0.202 0.047 0.105 0.062 0.038 0.021 0.006 0.004 0.002 0.001 33 V 0.003 0.002 0.001 0.005 0.009 0.018 0.070 0.117 0.248 0.255 0.272 34 Q 0.084 0.332 0.104 0.226 0.123 0.069 0.040 0.012 0.006 0.003 0.002 35 F 0.061 0.040 0.019 0.107 0.164 0.185 0.198 0.102 0.072 0.034 0.019 36 S 0.039 0.051 0.029 0.077 0.085 0.140 0.213 0.131 0.111 0.069 0.054 37 Q 0.001 0.004 0.007 0.035 0.056 0.086 0.225 0.207 0.194 0.123 0.063 38 L 0.006 0.005 0.016 0.021 0.023 0.036 0.101 0.143 0.202 0.235 0.212 39 V 0.001 0.006 0.044 0.121 0.155 0.176 0.216 0.132 0.081 0.045 0.023 40 V 0.001 0.001 0.007 0.006 0.005 0.006 0.045 0.111 0.255 0.331 0.234 41 L 0.001 0.001 0.003 0.006 0.011 0.032 0.117 0.127 0.199 0.247 0.257 42 G 0.001 0.003 0.063 0.056 0.079 0.126 0.271 0.171 0.139 0.065 0.025 43 A 0.001 0.001 0.009 0.019 0.040 0.106 0.297 0.228 0.157 0.098 0.045 44 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.006 0.037 0.098 0.252 0.360 0.239 45 D 0.002 0.006 0.012 0.071 0.164 0.203 0.279 0.146 0.074 0.029 0.014 46 R 0.021 0.064 0.205 0.185 0.147 0.145 0.126 0.054 0.033 0.014 0.006 47 L 0.015 0.020 0.011 0.056 0.085 0.142 0.283 0.176 0.107 0.071 0.034 48 G 0.605 0.194 0.028 0.062 0.037 0.024 0.025 0.012 0.008 0.004 0.002 49 G 0.464 0.165 0.052 0.103 0.075 0.051 0.043 0.022 0.013 0.009 0.003 50 D 0.529 0.186 0.036 0.128 0.060 0.030 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 51 V 0.004 0.008 0.004 0.021 0.048 0.092 0.206 0.220 0.204 0.126 0.066 52 T 0.029 0.554 0.087 0.176 0.080 0.039 0.018 0.008 0.005 0.003 0.002 53 P 0.012 0.007 0.005 0.026 0.066 0.144 0.208 0.181 0.171 0.111 0.068 54 S 0.487 0.168 0.062 0.108 0.086 0.045 0.031 0.008 0.004 0.001 0.001 55 E 0.007 0.049 0.076 0.494 0.211 0.094 0.049 0.013 0.005 0.001 0.001 56 L 0.004 0.003 0.012 0.010 0.010 0.015 0.057 0.110 0.199 0.280 0.301 57 A 0.002 0.002 0.039 0.040 0.071 0.146 0.301 0.180 0.122 0.063 0.034 58 A 0.002 0.016 0.615 0.235 0.081 0.031 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 59 A 0.001 0.008 0.058 0.067 0.125 0.240 0.307 0.100 0.049 0.028 0.016 60 E 0.023 0.013 0.035 0.037 0.038 0.058 0.172 0.186 0.201 0.151 0.087 61 R 0.154 0.157 0.179 0.172 0.125 0.094 0.075 0.022 0.012 0.006 0.004 62 M 0.013 0.027 0.104 0.069 0.073 0.074 0.136 0.129 0.149 0.129 0.097 63 R 0.144 0.336 0.194 0.137 0.081 0.049 0.037 0.011 0.005 0.003 0.002 64 S 0.163 0.134 0.099 0.163 0.137 0.114 0.104 0.038 0.027 0.014 0.008 65 S 0.208 0.105 0.067 0.091 0.089 0.095 0.138 0.080 0.068 0.038 0.021 66 N 0.017 0.089 0.079 0.217 0.192 0.175 0.134 0.050 0.027 0.012 0.007 67 L 0.001 0.002 0.004 0.006 0.009 0.020 0.103 0.162 0.246 0.255 0.192 68 A 0.011 0.011 0.042 0.119 0.166 0.254 0.231 0.086 0.048 0.023 0.010 69 A 0.014 0.047 0.352 0.344 0.148 0.051 0.030 0.010 0.004 0.001 0.001 70 L 0.001 0.001 0.005 0.008 0.012 0.031 0.142 0.184 0.222 0.227 0.169 71 L 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.016 0.108 0.144 0.230 0.260 0.231 72 R 0.002 0.008 0.417 0.234 0.167 0.096 0.056 0.014 0.005 0.002 0.001 73 E 0.001 0.018 0.115 0.230 0.248 0.239 0.123 0.020 0.005 0.001 0.001 74 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.030 0.086 0.268 0.315 0.292 75 E 0.001 0.001 0.006 0.027 0.070 0.183 0.383 0.176 0.087 0.044 0.023 76 R 0.014 0.041 0.812 0.091 0.030 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 77 G 0.007 0.018 0.028 0.145 0.184 0.272 0.234 0.078 0.022 0.010 0.002 78 G 0.352 0.228 0.043 0.092 0.066 0.059 0.072 0.039 0.026 0.015 0.008 79 L 0.003 0.022 0.036 0.104 0.127 0.160 0.202 0.123 0.105 0.070 0.046 80 I 0.001 0.003 0.006 0.010 0.021 0.039 0.147 0.181 0.250 0.211 0.131 81 V 0.014 0.087 0.079 0.303 0.242 0.115 0.093 0.038 0.019 0.007 0.004 82 R 0.014 0.021 0.011 0.042 0.065 0.084 0.196 0.175 0.185 0.133 0.075 83 H 0.085 0.093 0.047 0.246 0.219 0.143 0.096 0.039 0.021 0.007 0.003 84 A 0.150 0.120 0.039 0.136 0.125 0.117 0.143 0.077 0.050 0.030 0.013 85 D 0.088 0.234 0.067 0.189 0.131 0.083 0.091 0.054 0.032 0.022 0.009 86 P 0.628 0.159 0.038 0.080 0.042 0.023 0.015 0.006 0.004 0.002 0.001 87 Q 0.619 0.159 0.052 0.085 0.038 0.021 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 88 D 0.108 0.109 0.051 0.149 0.109 0.111 0.150 0.094 0.066 0.034 0.017 89 G 0.267 0.222 0.089 0.177 0.103 0.065 0.041 0.017 0.011 0.005 0.003 90 R 0.078 0.053 0.063 0.128 0.126 0.142 0.173 0.106 0.073 0.040 0.018 91 R 0.032 0.061 0.125 0.256 0.217 0.141 0.092 0.039 0.022 0.010 0.005 92 T 0.022 0.037 0.053 0.166 0.155 0.153 0.200 0.111 0.065 0.028 0.011 93 R 0.014 0.042 0.080 0.225 0.215 0.184 0.134 0.057 0.029 0.015 0.006 94 V 0.001 0.003 0.012 0.009 0.012 0.020 0.086 0.148 0.259 0.260 0.190 95 S 0.013 0.053 0.150 0.327 0.248 0.113 0.066 0.019 0.007 0.003 0.001 96 L 0.001 0.007 0.009 0.012 0.015 0.026 0.101 0.141 0.232 0.260 0.196 97 S 0.002 0.016 0.014 0.063 0.115 0.136 0.235 0.164 0.152 0.065 0.037 98 S 0.711 0.131 0.066 0.056 0.020 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 99 E 0.218 0.162 0.139 0.248 0.134 0.057 0.030 0.008 0.003 0.001 0.001 100 G 0.007 0.014 0.015 0.020 0.021 0.050 0.141 0.174 0.247 0.182 0.128 101 R 0.006 0.011 0.039 0.144 0.202 0.239 0.208 0.080 0.045 0.019 0.007 102 R 0.051 0.056 0.791 0.067 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 103 N 0.003 0.009 0.047 0.072 0.103 0.208 0.296 0.132 0.078 0.037 0.014 104 L 0.003 0.002 0.006 0.005 0.008 0.020 0.100 0.157 0.245 0.271 0.183 105 Y 0.019 0.045 0.427 0.219 0.132 0.079 0.048 0.015 0.009 0.004 0.002 106 G 0.048 0.061 0.640 0.115 0.066 0.035 0.020 0.006 0.004 0.002 0.001 107 N 0.011 0.010 0.016 0.021 0.026 0.067 0.201 0.161 0.190 0.180 0.116 108 R 0.038 0.050 0.066 0.100 0.107 0.158 0.241 0.115 0.080 0.034 0.011 109 A 0.123 0.082 0.573 0.115 0.049 0.026 0.017 0.007 0.005 0.002 0.001 110 K 0.100 0.091 0.241 0.162 0.125 0.112 0.098 0.035 0.021 0.011 0.005 111 R 0.014 0.016 0.027 0.027 0.034 0.078 0.203 0.183 0.199 0.146 0.072 112 E 0.036 0.048 0.198 0.215 0.176 0.157 0.108 0.035 0.018 0.007 0.002 113 E 0.085 0.088 0.633 0.117 0.044 0.019 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 114 W 0.032 0.029 0.101 0.102 0.101 0.142 0.211 0.120 0.088 0.050 0.023 115 L 0.004 0.007 0.031 0.021 0.026 0.060 0.176 0.166 0.219 0.186 0.104 116 V 0.002 0.010 0.206 0.094 0.130 0.182 0.205 0.087 0.054 0.022 0.008 117 R 0.017 0.033 0.573 0.207 0.099 0.041 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 118 A 0.018 0.026 0.096 0.094 0.117 0.171 0.230 0.108 0.077 0.041 0.022 119 M 0.005 0.006 0.043 0.021 0.021 0.038 0.132 0.166 0.244 0.190 0.134 120 H 0.005 0.015 0.149 0.134 0.210 0.184 0.189 0.067 0.030 0.013 0.004 121 A 0.055 0.090 0.593 0.148 0.061 0.027 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 122 C 0.027 0.027 0.047 0.056 0.099 0.161 0.317 0.125 0.081 0.044 0.017 123 L 0.003 0.005 0.004 0.006 0.009 0.022 0.064 0.102 0.165 0.266 0.355 124 D 0.029 0.642 0.140 0.103 0.049 0.020 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 125 E 0.916 0.038 0.026 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 S 0.924 0.043 0.016 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 E 0.001 0.001 0.009 0.015 0.022 0.109 0.373 0.220 0.158 0.066 0.025 128 R 0.001 0.002 0.036 0.073 0.138 0.290 0.265 0.112 0.054 0.022 0.006 129 A 0.004 0.012 0.932 0.031 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 130 L 0.001 0.008 0.140 0.155 0.197 0.227 0.170 0.059 0.027 0.013 0.003 131 L 0.001 0.001 0.015 0.002 0.002 0.005 0.041 0.077 0.191 0.301 0.364 132 A 0.005 0.011 0.257 0.224 0.248 0.145 0.081 0.020 0.007 0.002 0.001 133 A 0.006 0.034 0.797 0.083 0.047 0.019 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 134 A 0.002 0.010 0.018 0.023 0.034 0.076 0.235 0.172 0.186 0.149 0.096 135 G 0.040 0.024 0.019 0.029 0.048 0.112 0.257 0.171 0.158 0.092 0.051 136 P 0.206 0.154 0.272 0.152 0.092 0.056 0.036 0.014 0.009 0.005 0.004 137 L 0.002 0.015 0.023 0.060 0.074 0.123 0.232 0.161 0.146 0.104 0.060 138 L 0.002 0.001 0.005 0.004 0.005 0.010 0.041 0.079 0.201 0.292 0.362 139 T 0.027 0.026 0.161 0.233 0.198 0.169 0.112 0.040 0.022 0.009 0.004 140 R 0.002 0.016 0.197 0.186 0.188 0.190 0.136 0.048 0.024 0.009 0.003 141 L 0.001 0.001 0.006 0.004 0.005 0.011 0.059 0.107 0.208 0.289 0.310 142 A 0.004 0.004 0.022 0.048 0.072 0.119 0.299 0.188 0.142 0.074 0.029 143 Q 0.015 0.051 0.628 0.169 0.078 0.034 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 144 F 0.006 0.012 0.027 0.037 0.061 0.147 0.328 0.165 0.112 0.073 0.033 145 E 0.243 0.092 0.049 0.061 0.047 0.052 0.113 0.105 0.112 0.085 0.041 146 E 0.449 0.224 0.090 0.085 0.052 0.037 0.029 0.014 0.010 0.007 0.004 147 P 0.509 0.180 0.058 0.091 0.056 0.035 0.029 0.017 0.013 0.008 0.004