# TARGET T0373 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0373.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2372 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.036 0.005 0.027 0.020 0.026 0.054 0.003 0.829 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 3 T 0.010 0.002 0.009 0.008 0.024 0.069 0.002 0.876 4 N 0.099 0.005 0.007 0.004 0.007 0.073 0.004 0.801 5 Q 0.098 0.013 0.006 0.003 0.008 0.164 0.003 0.705 6 D 0.086 0.042 0.006 0.002 0.006 0.357 0.003 0.497 7 L 0.114 0.260 0.008 0.003 0.005 0.164 0.005 0.441 8 Q 0.058 0.486 0.004 0.003 0.005 0.189 0.005 0.251 9 L 0.035 0.814 0.004 0.003 0.005 0.032 0.003 0.105 10 A 0.006 0.954 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.028 11 A 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 12 H 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 13 L 0.008 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 14 R 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 15 S 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 16 Q 0.007 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 17 V 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 18 T 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 19 T 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 20 L 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 21 T 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 22 R 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 23 R 0.008 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 24 L 0.013 0.963 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.014 25 R 0.013 0.936 0.005 0.001 0.002 0.006 0.005 0.032 26 R 0.020 0.872 0.005 0.001 0.002 0.011 0.007 0.082 27 E 0.023 0.920 0.002 0.001 0.001 0.008 0.006 0.040 28 A 0.038 0.906 0.004 0.002 0.002 0.004 0.011 0.034 29 Q 0.142 0.664 0.016 0.005 0.007 0.016 0.045 0.107 30 A 0.165 0.304 0.055 0.006 0.007 0.019 0.057 0.387 31 D 0.232 0.211 0.069 0.018 0.014 0.028 0.046 0.383 32 P 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.989 33 V 0.048 0.016 0.219 0.026 0.033 0.173 0.010 0.474 34 Q 0.055 0.012 0.029 0.008 0.011 0.490 0.006 0.388 35 F 0.068 0.062 0.034 0.008 0.024 0.045 0.002 0.757 36 S 0.010 0.046 0.012 0.003 0.006 0.281 0.002 0.640 37 Q 0.083 0.083 0.006 0.003 0.004 0.374 0.009 0.440 38 L 0.033 0.858 0.004 0.003 0.004 0.020 0.002 0.077 39 V 0.007 0.909 0.003 0.004 0.007 0.018 0.002 0.051 40 V 0.003 0.962 0.002 0.002 0.003 0.004 0.001 0.023 41 L 0.001 0.989 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 42 G 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 43 A 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 44 I 0.013 0.963 0.002 0.003 0.004 0.001 0.005 0.010 45 D 0.016 0.959 0.002 0.003 0.003 0.001 0.005 0.012 46 R 0.049 0.870 0.008 0.006 0.005 0.003 0.028 0.031 47 L 0.156 0.603 0.022 0.007 0.006 0.017 0.106 0.082 48 G 0.328 0.206 0.033 0.009 0.006 0.014 0.119 0.284 49 G 0.156 0.082 0.160 0.016 0.011 0.074 0.068 0.434 50 D 0.079 0.008 0.039 0.004 0.006 0.065 0.014 0.785 51 V 0.121 0.009 0.078 0.008 0.015 0.157 0.006 0.605 52 T 0.025 0.011 0.024 0.015 0.020 0.424 0.003 0.478 53 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 54 S 0.003 0.008 0.004 0.003 0.014 0.442 0.001 0.526 55 E 0.028 0.016 0.001 0.001 0.002 0.807 0.002 0.145 56 L 0.012 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 57 A 0.004 0.972 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.017 58 A 0.024 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.022 59 A 0.135 0.838 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.010 60 E 0.116 0.819 0.006 0.005 0.003 0.001 0.038 0.013 61 R 0.330 0.372 0.031 0.009 0.008 0.007 0.112 0.132 62 M 0.102 0.209 0.449 0.022 0.026 0.026 0.024 0.143 63 R 0.034 0.189 0.082 0.019 0.026 0.129 0.013 0.508 64 S 0.024 0.088 0.071 0.005 0.011 0.037 0.008 0.756 65 S 0.046 0.105 0.042 0.005 0.006 0.110 0.009 0.676 66 N 0.129 0.065 0.028 0.004 0.005 0.285 0.018 0.466 67 L 0.113 0.406 0.044 0.011 0.016 0.117 0.010 0.284 68 A 0.018 0.670 0.026 0.008 0.017 0.077 0.003 0.182 69 A 0.030 0.645 0.008 0.006 0.010 0.099 0.005 0.197 70 L 0.020 0.899 0.002 0.002 0.003 0.015 0.002 0.058 71 L 0.008 0.949 0.002 0.001 0.004 0.005 0.002 0.029 72 R 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 73 E 0.008 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 74 L 0.038 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.017 75 E 0.034 0.911 0.005 0.003 0.005 0.003 0.014 0.024 76 R 0.053 0.840 0.010 0.007 0.007 0.005 0.031 0.048 77 G 0.129 0.405 0.045 0.013 0.008 0.010 0.216 0.175 78 G 0.577 0.036 0.042 0.016 0.005 0.013 0.178 0.133 79 L 0.034 0.011 0.695 0.041 0.031 0.036 0.008 0.144 80 I 0.017 0.005 0.195 0.212 0.346 0.061 0.004 0.161 81 V 0.013 0.003 0.277 0.241 0.251 0.029 0.002 0.184 82 R 0.004 0.004 0.194 0.297 0.239 0.037 0.002 0.222 83 H 0.005 0.003 0.222 0.206 0.298 0.027 0.001 0.238 84 A 0.002 0.001 0.014 0.047 0.134 0.032 0.001 0.769 85 D 0.017 0.004 0.014 0.070 0.207 0.113 0.003 0.572 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.993 87 Q 0.011 0.001 0.001 0.003 0.007 0.899 0.003 0.076 88 D 0.727 0.006 0.001 0.004 0.004 0.161 0.017 0.079 89 G 0.232 0.168 0.033 0.046 0.030 0.110 0.025 0.355 90 R 0.118 0.016 0.031 0.037 0.080 0.517 0.018 0.181 91 R 0.180 0.020 0.046 0.118 0.199 0.163 0.018 0.257 92 T 0.045 0.014 0.050 0.309 0.486 0.034 0.006 0.058 93 R 0.007 0.003 0.087 0.245 0.395 0.025 0.002 0.237 94 V 0.003 0.002 0.081 0.365 0.476 0.012 0.001 0.060 95 S 0.005 0.002 0.066 0.316 0.482 0.019 0.001 0.110 96 L 0.007 0.004 0.107 0.283 0.369 0.035 0.001 0.194 97 S 0.008 0.005 0.049 0.078 0.322 0.127 0.002 0.409 98 S 0.009 0.005 0.009 0.009 0.043 0.065 0.002 0.857 99 E 0.010 0.006 0.001 0.001 0.003 0.616 0.002 0.361 100 G 0.165 0.044 0.002 0.002 0.003 0.416 0.014 0.355 101 R 0.030 0.851 0.005 0.002 0.003 0.020 0.002 0.087 102 R 0.002 0.901 0.003 0.002 0.003 0.009 0.001 0.079 103 N 0.016 0.901 0.002 0.002 0.004 0.008 0.004 0.063 104 L 0.022 0.952 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.016 105 Y 0.014 0.943 0.003 0.001 0.003 0.004 0.004 0.027 106 G 0.027 0.907 0.002 0.001 0.001 0.004 0.009 0.048 107 N 0.055 0.871 0.005 0.001 0.001 0.005 0.013 0.048 108 R 0.057 0.767 0.011 0.003 0.004 0.012 0.015 0.131 109 A 0.041 0.535 0.017 0.003 0.005 0.047 0.013 0.339 110 K 0.055 0.565 0.008 0.002 0.003 0.074 0.011 0.281 111 R 0.053 0.748 0.006 0.001 0.002 0.029 0.007 0.153 112 E 0.029 0.688 0.008 0.001 0.003 0.049 0.008 0.214 113 E 0.020 0.806 0.004 0.001 0.001 0.030 0.004 0.135 114 W 0.009 0.951 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.031 115 L 0.006 0.952 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.032 116 V 0.004 0.965 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.022 117 R 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 118 A 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 119 M 0.012 0.967 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 120 H 0.012 0.968 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 121 A 0.072 0.867 0.005 0.002 0.002 0.003 0.024 0.026 122 C 0.613 0.184 0.010 0.002 0.001 0.003 0.128 0.059 123 L 0.429 0.175 0.202 0.005 0.003 0.019 0.046 0.120 124 D 0.054 0.053 0.103 0.006 0.012 0.314 0.020 0.438 125 E 0.009 0.025 0.013 0.001 0.005 0.024 0.001 0.922 126 S 0.005 0.026 0.005 0.001 0.001 0.315 0.001 0.646 127 E 0.006 0.013 0.001 0.001 0.001 0.929 0.001 0.050 128 R 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 129 A 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 130 L 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 131 L 0.017 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 132 A 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 133 A 0.019 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.020 134 A 0.064 0.854 0.008 0.001 0.001 0.004 0.025 0.043 135 G 0.037 0.864 0.007 0.001 0.001 0.004 0.007 0.078 136 P 0.003 0.347 0.006 0.001 0.001 0.010 0.002 0.631 137 L 0.017 0.750 0.004 0.001 0.002 0.032 0.006 0.187 138 L 0.023 0.916 0.006 0.001 0.001 0.005 0.005 0.043 139 T 0.007 0.953 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.028 140 R 0.011 0.951 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.028 141 L 0.019 0.947 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.022 142 A 0.015 0.953 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.020 143 Q 0.117 0.777 0.006 0.002 0.002 0.004 0.034 0.058 144 F 0.394 0.402 0.022 0.003 0.002 0.005 0.087 0.084 145 E 0.329 0.231 0.051 0.006 0.006 0.016 0.144 0.216 146 E 0.097 0.074 0.123 0.021 0.020 0.089 0.026 0.549 147 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999