# TARGET T0373 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0373.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2372 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.692 0.193 0.069 0.033 0.010 0.002 0.001 2 P 0.694 0.198 0.068 0.030 0.009 0.002 0.001 3 T 0.640 0.235 0.084 0.032 0.008 0.001 0.001 4 N 0.748 0.180 0.046 0.018 0.007 0.002 0.001 5 Q 0.398 0.288 0.184 0.093 0.030 0.007 0.001 6 D 0.177 0.231 0.234 0.213 0.111 0.031 0.003 7 L 0.117 0.232 0.288 0.238 0.101 0.022 0.002 8 Q 0.094 0.235 0.271 0.220 0.134 0.041 0.004 9 L 0.025 0.030 0.057 0.140 0.288 0.375 0.085 10 A 0.019 0.047 0.078 0.185 0.289 0.321 0.060 11 A 0.017 0.092 0.233 0.316 0.215 0.110 0.016 12 H 0.008 0.019 0.066 0.211 0.367 0.288 0.040 13 L 0.006 0.004 0.004 0.011 0.068 0.507 0.400 14 R 0.022 0.061 0.140 0.300 0.283 0.174 0.020 15 S 0.038 0.162 0.290 0.276 0.169 0.055 0.009 16 Q 0.015 0.026 0.051 0.130 0.277 0.390 0.112 17 V 0.010 0.021 0.040 0.125 0.289 0.435 0.079 18 T 0.060 0.231 0.297 0.239 0.126 0.043 0.005 19 T 0.052 0.129 0.235 0.320 0.204 0.055 0.005 20 L 0.011 0.016 0.026 0.076 0.245 0.504 0.123 21 T 0.016 0.074 0.185 0.323 0.267 0.125 0.010 22 R 0.138 0.409 0.278 0.121 0.043 0.009 0.001 23 R 0.030 0.118 0.249 0.356 0.194 0.049 0.004 24 L 0.014 0.020 0.048 0.188 0.405 0.306 0.018 25 R 0.076 0.250 0.338 0.239 0.085 0.011 0.001 26 R 0.395 0.466 0.115 0.021 0.003 0.001 0.001 27 E 0.092 0.275 0.305 0.240 0.074 0.013 0.001 28 A 0.033 0.073 0.188 0.374 0.286 0.047 0.001 29 Q 0.465 0.363 0.134 0.033 0.005 0.001 0.001 30 A 0.768 0.184 0.038 0.009 0.001 0.001 0.001 31 D 0.248 0.314 0.265 0.134 0.034 0.005 0.001 32 P 0.432 0.353 0.144 0.055 0.014 0.002 0.001 33 V 0.027 0.043 0.113 0.279 0.383 0.145 0.010 34 Q 0.051 0.174 0.255 0.261 0.172 0.076 0.010 35 F 0.030 0.100 0.176 0.266 0.247 0.157 0.025 36 S 0.016 0.042 0.092 0.193 0.300 0.287 0.070 37 Q 0.004 0.021 0.045 0.098 0.191 0.379 0.262 38 L 0.001 0.006 0.020 0.076 0.196 0.417 0.282 39 V 0.001 0.011 0.042 0.140 0.289 0.341 0.176 40 V 0.001 0.001 0.004 0.014 0.063 0.394 0.524 41 L 0.001 0.001 0.002 0.010 0.059 0.396 0.532 42 G 0.001 0.020 0.074 0.181 0.273 0.324 0.126 43 A 0.001 0.006 0.053 0.252 0.417 0.239 0.032 44 I 0.001 0.002 0.006 0.037 0.228 0.618 0.108 45 D 0.008 0.081 0.209 0.387 0.261 0.053 0.001 46 R 0.093 0.350 0.320 0.169 0.058 0.010 0.001 47 L 0.079 0.264 0.386 0.216 0.050 0.005 0.001 48 G 0.647 0.245 0.076 0.026 0.005 0.001 0.001 49 G 0.465 0.293 0.150 0.069 0.020 0.003 0.001 50 D 0.486 0.321 0.130 0.047 0.013 0.002 0.001 51 V 0.071 0.149 0.237 0.291 0.200 0.050 0.003 52 T 0.046 0.249 0.316 0.238 0.112 0.036 0.004 53 P 0.008 0.024 0.069 0.255 0.417 0.209 0.018 54 S 0.136 0.382 0.307 0.136 0.033 0.006 0.001 55 E 0.039 0.285 0.395 0.224 0.049 0.008 0.001 56 L 0.008 0.011 0.032 0.187 0.432 0.310 0.020 57 A 0.024 0.105 0.253 0.360 0.211 0.044 0.003 58 A 0.291 0.458 0.174 0.058 0.014 0.004 0.001 59 A 0.099 0.243 0.294 0.235 0.097 0.030 0.003 60 E 0.056 0.095 0.189 0.270 0.256 0.118 0.015 61 R 0.293 0.338 0.194 0.104 0.047 0.020 0.003 62 M 0.146 0.130 0.166 0.224 0.210 0.110 0.014 63 R 0.266 0.246 0.191 0.141 0.088 0.055 0.013 64 S 0.316 0.248 0.171 0.140 0.081 0.038 0.006 65 S 0.308 0.190 0.156 0.138 0.113 0.076 0.018 66 N 0.187 0.181 0.172 0.190 0.140 0.100 0.029 67 L 0.066 0.057 0.075 0.146 0.226 0.306 0.123 68 A 0.108 0.163 0.186 0.236 0.186 0.098 0.023 69 A 0.134 0.280 0.274 0.184 0.085 0.036 0.008 70 L 0.035 0.065 0.145 0.250 0.309 0.180 0.016 71 L 0.033 0.032 0.059 0.162 0.360 0.321 0.035 72 R 0.200 0.403 0.244 0.116 0.031 0.006 0.001 73 E 0.129 0.412 0.303 0.130 0.023 0.003 0.001 74 L 0.019 0.034 0.083 0.319 0.399 0.141 0.004 75 E 0.099 0.232 0.293 0.256 0.104 0.016 0.001 76 R 0.605 0.297 0.076 0.018 0.003 0.001 0.001 77 G 0.317 0.326 0.253 0.087 0.015 0.001 0.001 78 G 0.305 0.373 0.208 0.085 0.023 0.005 0.001 79 L 0.070 0.131 0.214 0.293 0.223 0.067 0.002 80 I 0.045 0.063 0.127 0.266 0.353 0.139 0.006 81 V 0.163 0.265 0.262 0.206 0.084 0.020 0.001 82 R 0.195 0.215 0.218 0.222 0.121 0.027 0.001 83 H 0.315 0.323 0.224 0.103 0.030 0.004 0.001 84 A 0.485 0.306 0.137 0.056 0.013 0.002 0.001 85 D 0.655 0.224 0.079 0.030 0.009 0.002 0.001 86 P 0.764 0.168 0.045 0.017 0.005 0.001 0.001 87 Q 0.779 0.148 0.045 0.021 0.006 0.001 0.001 88 D 0.475 0.265 0.156 0.074 0.024 0.006 0.001 89 G 0.428 0.323 0.149 0.069 0.025 0.006 0.001 90 R 0.173 0.202 0.235 0.233 0.128 0.026 0.002 91 R 0.148 0.264 0.271 0.203 0.092 0.020 0.002 92 T 0.101 0.247 0.266 0.229 0.114 0.040 0.004 93 R 0.035 0.131 0.254 0.311 0.204 0.061 0.005 94 V 0.023 0.031 0.055 0.147 0.310 0.372 0.063 95 S 0.029 0.141 0.255 0.325 0.179 0.064 0.007 96 L 0.015 0.028 0.058 0.178 0.342 0.338 0.040 97 S 0.048 0.168 0.275 0.305 0.153 0.046 0.006 98 S 0.380 0.387 0.147 0.058 0.019 0.007 0.001 99 E 0.247 0.291 0.235 0.150 0.057 0.017 0.003 100 G 0.137 0.132 0.170 0.244 0.222 0.088 0.007 101 R 0.224 0.309 0.250 0.146 0.056 0.014 0.001 102 R 0.421 0.397 0.129 0.039 0.011 0.003 0.001 103 N 0.121 0.198 0.241 0.254 0.140 0.043 0.003 104 L 0.096 0.121 0.187 0.303 0.221 0.069 0.004 105 Y 0.406 0.328 0.172 0.072 0.018 0.004 0.001 106 G 0.355 0.349 0.193 0.081 0.019 0.003 0.001 107 N 0.116 0.107 0.154 0.265 0.255 0.098 0.006 108 R 0.246 0.311 0.233 0.142 0.053 0.014 0.001 109 A 0.590 0.291 0.084 0.026 0.007 0.001 0.001 110 K 0.206 0.303 0.244 0.168 0.062 0.016 0.001 111 R 0.072 0.123 0.190 0.291 0.235 0.085 0.006 112 E 0.277 0.359 0.239 0.093 0.026 0.005 0.001 113 E 0.484 0.345 0.122 0.039 0.009 0.002 0.001 114 W 0.078 0.138 0.190 0.257 0.221 0.106 0.010 115 L 0.054 0.091 0.137 0.240 0.267 0.188 0.023 116 V 0.049 0.101 0.189 0.307 0.241 0.100 0.012 117 R 0.265 0.385 0.216 0.095 0.030 0.009 0.001 118 A 0.111 0.218 0.278 0.237 0.118 0.035 0.002 119 M 0.047 0.037 0.076 0.219 0.383 0.226 0.012 120 H 0.082 0.144 0.256 0.303 0.178 0.036 0.001 121 A 0.443 0.371 0.128 0.044 0.011 0.002 0.001 122 C 0.111 0.285 0.321 0.204 0.064 0.013 0.001 123 L 0.021 0.054 0.159 0.348 0.337 0.079 0.002 124 D 0.348 0.401 0.171 0.057 0.019 0.004 0.001 125 E 0.755 0.193 0.040 0.009 0.002 0.001 0.001 126 S 0.502 0.323 0.112 0.046 0.014 0.003 0.001 127 E 0.056 0.144 0.231 0.353 0.184 0.032 0.001 128 R 0.041 0.191 0.345 0.298 0.109 0.015 0.001 129 A 0.430 0.431 0.112 0.023 0.004 0.001 0.001 130 L 0.048 0.169 0.328 0.310 0.122 0.021 0.001 131 L 0.022 0.022 0.045 0.201 0.435 0.264 0.011 132 A 0.055 0.221 0.345 0.266 0.095 0.019 0.001 133 A 0.205 0.361 0.236 0.137 0.046 0.015 0.001 134 A 0.033 0.061 0.098 0.158 0.280 0.321 0.048 135 G 0.038 0.063 0.150 0.294 0.297 0.147 0.010 136 P 0.095 0.316 0.328 0.181 0.065 0.015 0.001 137 L 0.023 0.031 0.089 0.244 0.384 0.215 0.014 138 L 0.030 0.035 0.046 0.115 0.302 0.418 0.054 139 T 0.131 0.273 0.280 0.211 0.084 0.020 0.001 140 R 0.076 0.210 0.339 0.277 0.088 0.010 0.001 141 L 0.050 0.043 0.070 0.199 0.373 0.250 0.015 142 A 0.124 0.199 0.247 0.276 0.131 0.023 0.001 143 Q 0.418 0.401 0.137 0.036 0.007 0.001 0.001 144 F 0.342 0.293 0.217 0.113 0.031 0.004 0.001 145 E 0.561 0.236 0.111 0.065 0.022 0.004 0.001 146 E 0.814 0.135 0.035 0.013 0.003 0.001 0.001 147 P 0.851 0.104 0.030 0.010 0.003 0.001 0.001