# TARGET T0372 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.632 0.235 0.095 0.031 0.006 0.001 0.001 2 I 0.602 0.187 0.099 0.078 0.029 0.004 0.001 3 P 0.598 0.244 0.090 0.045 0.018 0.005 0.001 4 F 0.487 0.182 0.145 0.109 0.057 0.018 0.002 5 K 0.358 0.291 0.184 0.113 0.042 0.011 0.001 6 D 0.431 0.274 0.146 0.087 0.045 0.016 0.001 7 I 0.262 0.177 0.195 0.217 0.117 0.031 0.002 8 T 0.250 0.355 0.221 0.131 0.037 0.005 0.001 9 L 0.367 0.255 0.174 0.135 0.058 0.010 0.001 10 A 0.427 0.331 0.161 0.066 0.013 0.002 0.001 11 D 0.321 0.330 0.161 0.126 0.054 0.008 0.001 12 R 0.109 0.251 0.369 0.214 0.052 0.006 0.001 13 D 0.683 0.271 0.038 0.006 0.001 0.001 0.001 14 T 0.085 0.335 0.374 0.170 0.033 0.003 0.001 15 I 0.011 0.023 0.061 0.241 0.471 0.188 0.004 16 T 0.044 0.291 0.392 0.221 0.047 0.005 0.001 17 A 0.299 0.488 0.151 0.045 0.013 0.003 0.001 18 F 0.022 0.089 0.234 0.376 0.228 0.050 0.002 19 T 0.026 0.040 0.118 0.335 0.359 0.118 0.004 20 M 0.287 0.460 0.175 0.059 0.016 0.003 0.001 21 K 0.337 0.402 0.181 0.064 0.013 0.002 0.001 22 S 0.092 0.176 0.242 0.291 0.161 0.037 0.002 23 D 0.305 0.393 0.195 0.076 0.025 0.005 0.001 24 R 0.131 0.156 0.181 0.283 0.190 0.054 0.005 25 R 0.150 0.257 0.227 0.198 0.122 0.042 0.005 26 N 0.063 0.107 0.148 0.215 0.240 0.181 0.047 27 C 0.037 0.061 0.086 0.168 0.258 0.281 0.109 28 D 0.055 0.102 0.131 0.178 0.199 0.215 0.120 29 L 0.016 0.028 0.042 0.101 0.219 0.348 0.247 30 S 0.021 0.042 0.067 0.118 0.191 0.309 0.253 31 F 0.012 0.016 0.020 0.050 0.110 0.305 0.489 32 S 0.022 0.038 0.057 0.108 0.157 0.272 0.347 33 N 0.026 0.034 0.044 0.080 0.135 0.310 0.372 34 L 0.023 0.029 0.043 0.085 0.140 0.309 0.370 35 C 0.022 0.027 0.043 0.091 0.161 0.362 0.294 36 S 0.018 0.027 0.041 0.085 0.178 0.381 0.270 37 W 0.023 0.035 0.055 0.129 0.247 0.365 0.146 38 R 0.051 0.120 0.150 0.209 0.240 0.188 0.042 39 F 0.077 0.157 0.227 0.269 0.178 0.080 0.012 40 L 0.100 0.179 0.201 0.228 0.188 0.092 0.012 41 Y 0.141 0.192 0.212 0.239 0.151 0.058 0.007 42 D 0.319 0.305 0.177 0.112 0.059 0.024 0.003 43 T 0.089 0.135 0.175 0.240 0.225 0.118 0.017 44 Q 0.120 0.208 0.220 0.220 0.146 0.074 0.012 45 F 0.044 0.057 0.095 0.184 0.277 0.278 0.065 46 A 0.052 0.081 0.115 0.206 0.267 0.223 0.056 47 V 0.080 0.130 0.164 0.211 0.207 0.163 0.045 48 I 0.050 0.067 0.102 0.207 0.273 0.235 0.066 49 D 0.128 0.187 0.182 0.182 0.152 0.123 0.046 50 D 0.082 0.150 0.174 0.212 0.176 0.150 0.056 51 F 0.033 0.059 0.097 0.172 0.264 0.289 0.087 52 L 0.020 0.032 0.056 0.123 0.222 0.394 0.154 53 V 0.015 0.017 0.031 0.075 0.164 0.434 0.264 54 F 0.013 0.013 0.023 0.063 0.168 0.458 0.262 55 K 0.023 0.054 0.103 0.194 0.268 0.275 0.083 56 F 0.043 0.079 0.121 0.205 0.278 0.226 0.049 57 W 0.073 0.148 0.197 0.253 0.207 0.107 0.015 58 A 0.126 0.174 0.190 0.250 0.182 0.071 0.007 59 G 0.371 0.290 0.165 0.104 0.052 0.018 0.002 60 E 0.474 0.290 0.134 0.068 0.025 0.008 0.001 61 Q 0.155 0.214 0.225 0.220 0.133 0.048 0.004 62 L 0.059 0.117 0.181 0.253 0.235 0.138 0.016 63 A 0.024 0.044 0.090 0.195 0.293 0.291 0.063 64 Y 0.010 0.015 0.034 0.092 0.209 0.446 0.195 65 M 0.008 0.015 0.035 0.088 0.196 0.437 0.221 66 M 0.010 0.018 0.041 0.101 0.213 0.403 0.214 67 P 0.023 0.058 0.105 0.180 0.262 0.282 0.090 68 V 0.041 0.098 0.164 0.232 0.254 0.179 0.031 69 G 0.069 0.151 0.202 0.270 0.205 0.094 0.010 70 N 0.220 0.306 0.219 0.157 0.072 0.024 0.002 71 G 0.220 0.232 0.217 0.186 0.106 0.035 0.003 72 D 0.338 0.340 0.174 0.096 0.039 0.011 0.001 73 L 0.136 0.212 0.256 0.236 0.121 0.036 0.003 74 K 0.521 0.307 0.107 0.045 0.015 0.005 0.001 75 A 0.118 0.297 0.296 0.179 0.081 0.024 0.003 76 V 0.013 0.042 0.088 0.216 0.387 0.235 0.019 77 L 0.024 0.130 0.261 0.320 0.194 0.065 0.005 78 R 0.198 0.481 0.219 0.073 0.021 0.007 0.001 79 K 0.020 0.110 0.261 0.335 0.215 0.055 0.003 80 L 0.004 0.011 0.034 0.146 0.387 0.388 0.029 81 I 0.062 0.225 0.299 0.265 0.114 0.033 0.002 82 E 0.245 0.483 0.184 0.062 0.020 0.006 0.001 83 D 0.032 0.101 0.195 0.315 0.253 0.097 0.007 84 A 0.034 0.062 0.148 0.298 0.304 0.143 0.010 85 D 0.409 0.323 0.145 0.076 0.033 0.012 0.001 86 K 0.288 0.303 0.188 0.137 0.063 0.019 0.002 87 E 0.182 0.192 0.214 0.220 0.135 0.051 0.006 88 K 0.310 0.237 0.162 0.131 0.102 0.050 0.007 89 H 0.265 0.222 0.185 0.183 0.106 0.035 0.004 90 N 0.322 0.266 0.188 0.135 0.065 0.021 0.002 91 F 0.162 0.167 0.164 0.198 0.190 0.106 0.014 92 C 0.092 0.142 0.185 0.238 0.205 0.119 0.017 93 M 0.076 0.066 0.092 0.176 0.260 0.272 0.059 94 L 0.101 0.109 0.124 0.189 0.227 0.203 0.047 95 G 0.125 0.152 0.168 0.196 0.184 0.141 0.035 96 V 0.094 0.106 0.128 0.201 0.233 0.186 0.052 97 C 0.155 0.193 0.189 0.190 0.150 0.098 0.025 98 S 0.314 0.263 0.164 0.124 0.076 0.045 0.013 99 N 0.226 0.252 0.188 0.148 0.102 0.064 0.020 100 M 0.075 0.110 0.147 0.209 0.243 0.182 0.035 101 R 0.082 0.149 0.188 0.233 0.198 0.125 0.025 102 A 0.229 0.273 0.199 0.143 0.092 0.055 0.009 103 D 0.102 0.186 0.224 0.235 0.165 0.078 0.011 104 L 0.048 0.051 0.081 0.182 0.315 0.286 0.037 105 E 0.142 0.206 0.229 0.223 0.134 0.059 0.008 106 A 0.319 0.301 0.179 0.110 0.061 0.028 0.003 107 I 0.159 0.205 0.208 0.221 0.139 0.060 0.007 108 L 0.142 0.119 0.164 0.248 0.220 0.098 0.009 109 P 0.426 0.290 0.148 0.084 0.037 0.013 0.002 110 E 0.467 0.277 0.138 0.076 0.031 0.010 0.001 111 R 0.310 0.260 0.184 0.142 0.075 0.026 0.003 112 F 0.150 0.147 0.176 0.227 0.204 0.089 0.008 113 I 0.270 0.270 0.210 0.158 0.069 0.021 0.002 114 F 0.176 0.171 0.178 0.227 0.169 0.073 0.007 115 T 0.213 0.245 0.192 0.170 0.121 0.053 0.006 116 E 0.187 0.197 0.202 0.216 0.143 0.051 0.005 117 D 0.341 0.301 0.173 0.117 0.050 0.015 0.002 118 R 0.357 0.308 0.189 0.098 0.037 0.009 0.001 119 A 0.436 0.318 0.139 0.072 0.026 0.007 0.001 120 Y 0.127 0.178 0.219 0.231 0.167 0.070 0.008 121 A 0.142 0.154 0.162 0.216 0.217 0.098 0.011 122 D 0.166 0.329 0.267 0.161 0.059 0.015 0.001 123 Y 0.038 0.096 0.160 0.283 0.263 0.152 0.008 124 I 0.019 0.042 0.070 0.151 0.316 0.368 0.034 125 Y 0.039 0.116 0.208 0.306 0.244 0.081 0.006 126 L 0.138 0.381 0.316 0.131 0.030 0.004 0.001 127 R 0.159 0.262 0.253 0.233 0.082 0.011 0.001 128 S 0.551 0.349 0.081 0.016 0.002 0.001 0.001 129 D 0.292 0.392 0.214 0.080 0.019 0.002 0.001 130 L 0.039 0.094 0.220 0.368 0.247 0.032 0.001 131 A 0.225 0.414 0.242 0.094 0.022 0.003 0.001 132 T 0.517 0.396 0.074 0.012 0.002 0.001 0.001 133 L 0.058 0.114 0.302 0.386 0.129 0.012 0.001 134 K 0.521 0.307 0.121 0.042 0.008 0.001 0.001 135 G 0.661 0.254 0.063 0.018 0.003 0.001 0.001 136 K 0.764 0.190 0.037 0.007 0.001 0.001 0.001 137 K 0.641 0.265 0.070 0.020 0.004 0.001 0.001 138 F 0.204 0.270 0.233 0.215 0.070 0.008 0.001 139 Q 0.304 0.310 0.218 0.117 0.044 0.007 0.001 140 A 0.185 0.366 0.251 0.152 0.039 0.006 0.001 141 K 0.089 0.203 0.245 0.276 0.147 0.038 0.002 142 R 0.135 0.287 0.285 0.188 0.083 0.020 0.001 143 N 0.179 0.326 0.251 0.159 0.065 0.018 0.001 144 H 0.071 0.158 0.167 0.231 0.245 0.116 0.011 145 I 0.028 0.055 0.113 0.252 0.343 0.196 0.013 146 N 0.102 0.360 0.321 0.164 0.045 0.008 0.001 147 R 0.126 0.349 0.317 0.159 0.044 0.005 0.001 148 F 0.024 0.042 0.086 0.272 0.417 0.156 0.003 149 R 0.087 0.210 0.314 0.288 0.087 0.013 0.001 150 N 0.555 0.373 0.061 0.010 0.001 0.001 0.001 151 T 0.416 0.403 0.144 0.032 0.004 0.001 0.001 152 Y 0.091 0.148 0.287 0.343 0.120 0.010 0.001 153 P 0.610 0.299 0.072 0.016 0.003 0.001 0.001 154 D 0.588 0.309 0.081 0.020 0.003 0.001 0.001 155 Y 0.195 0.222 0.254 0.245 0.076 0.007 0.001 156 E 0.428 0.397 0.124 0.038 0.011 0.002 0.001 157 Y 0.051 0.077 0.172 0.372 0.269 0.056 0.002 158 T 0.315 0.381 0.185 0.092 0.023 0.004 0.001 159 P 0.358 0.361 0.172 0.076 0.027 0.005 0.001 160 I 0.068 0.128 0.217 0.357 0.198 0.030 0.001 161 T 0.381 0.369 0.166 0.066 0.015 0.002 0.001 162 P 0.580 0.293 0.090 0.030 0.006 0.001 0.001 163 D 0.593 0.309 0.074 0.018 0.005 0.001 0.001 164 R 0.055 0.170 0.256 0.304 0.180 0.033 0.001 165 I 0.014 0.086 0.256 0.369 0.228 0.046 0.002 166 Q 0.303 0.492 0.160 0.036 0.007 0.001 0.001 167 E 0.027 0.200 0.388 0.287 0.086 0.012 0.001 168 C 0.003 0.008 0.025 0.124 0.458 0.366 0.016 169 L 0.012 0.095 0.262 0.367 0.212 0.050 0.003 170 D 0.130 0.528 0.262 0.066 0.011 0.002 0.001 171 L 0.013 0.044 0.151 0.355 0.347 0.088 0.002 172 E 0.012 0.028 0.062 0.194 0.391 0.294 0.017 173 A 0.218 0.352 0.236 0.136 0.046 0.012 0.001 174 E 0.255 0.437 0.221 0.069 0.016 0.003 0.001 175 W 0.039 0.101 0.223 0.343 0.235 0.058 0.002 176 C 0.058 0.124 0.256 0.315 0.205 0.041 0.001 177 K 0.473 0.329 0.133 0.050 0.013 0.002 0.001 178 V 0.430 0.305 0.158 0.084 0.021 0.002 0.001 179 N 0.578 0.245 0.114 0.049 0.012 0.002 0.001 180 N 0.600 0.253 0.093 0.040 0.012 0.002 0.001 181 C 0.460 0.236 0.147 0.112 0.039 0.005 0.001 182 D 0.745 0.178 0.053 0.019 0.005 0.001 0.001 183 Q 0.627 0.234 0.084 0.041 0.011 0.002 0.001 184 Q 0.371 0.310 0.171 0.103 0.038 0.007 0.001 185 E 0.278 0.353 0.210 0.118 0.035 0.005 0.001 186 G 0.104 0.211 0.243 0.242 0.143 0.052 0.006 187 T 0.017 0.043 0.082 0.217 0.366 0.249 0.025 188 G 0.024 0.128 0.238 0.322 0.216 0.066 0.005 189 N 0.012 0.047 0.110 0.280 0.343 0.188 0.020 190 E 0.002 0.008 0.013 0.044 0.167 0.541 0.225 191 R 0.001 0.012 0.059 0.204 0.377 0.310 0.038 192 R 0.003 0.055 0.224 0.390 0.249 0.075 0.003 193 A 0.001 0.002 0.006 0.044 0.272 0.573 0.102 194 L 0.001 0.001 0.001 0.011 0.095 0.601 0.291 195 I 0.001 0.040 0.193 0.390 0.267 0.104 0.005 196 Y 0.002 0.032 0.154 0.395 0.328 0.086 0.003 197 A 0.001 0.002 0.006 0.032 0.225 0.634 0.100 198 L 0.002 0.013 0.075 0.294 0.393 0.212 0.013 199 H 0.078 0.475 0.300 0.116 0.026 0.006 0.001 200 N 0.038 0.140 0.218 0.340 0.215 0.045 0.003 201 F 0.018 0.060 0.152 0.316 0.335 0.112 0.007 202 E 0.281 0.418 0.201 0.078 0.018 0.003 0.001 203 A 0.180 0.388 0.236 0.146 0.044 0.006 0.001 204 L 0.015 0.063 0.141 0.304 0.347 0.125 0.005 205 G 0.043 0.217 0.297 0.272 0.133 0.036 0.002 206 L 0.006 0.009 0.024 0.093 0.292 0.477 0.100 207 T 0.007 0.058 0.159 0.330 0.283 0.144 0.019 208 G 0.002 0.007 0.021 0.063 0.195 0.466 0.247 209 G 0.001 0.004 0.009 0.033 0.112 0.400 0.442 210 I 0.001 0.004 0.013 0.041 0.108 0.469 0.363 211 L 0.001 0.003 0.010 0.030 0.094 0.387 0.475 212 H 0.005 0.022 0.063 0.150 0.276 0.382 0.101 213 V 0.003 0.012 0.038 0.152 0.415 0.345 0.035 214 N 0.049 0.239 0.327 0.274 0.095 0.014 0.001 215 G 0.113 0.447 0.238 0.137 0.053 0.012 0.001 216 K 0.014 0.175 0.375 0.319 0.100 0.017 0.001 217 I 0.001 0.004 0.017 0.109 0.394 0.455 0.021 218 V 0.001 0.006 0.026 0.094 0.286 0.502 0.085 219 A 0.001 0.001 0.002 0.009 0.049 0.409 0.530 220 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.238 0.731 221 T 0.001 0.001 0.004 0.014 0.047 0.236 0.698 222 F 0.001 0.004 0.010 0.032 0.084 0.283 0.587 223 G 0.001 0.004 0.010 0.040 0.133 0.425 0.387 224 M 0.005 0.026 0.055 0.130 0.281 0.378 0.125 225 P 0.020 0.083 0.167 0.259 0.250 0.180 0.042 226 I 0.010 0.026 0.059 0.157 0.327 0.371 0.051 227 N 0.046 0.165 0.225 0.306 0.200 0.054 0.004 228 H 0.137 0.313 0.263 0.178 0.079 0.028 0.003 229 E 0.119 0.348 0.291 0.163 0.062 0.015 0.001 230 T 0.008 0.067 0.174 0.316 0.317 0.112 0.007 231 F 0.001 0.008 0.027 0.117 0.329 0.455 0.063 232 G 0.001 0.007 0.025 0.094 0.245 0.429 0.199 233 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.027 0.280 0.687 234 H 0.001 0.003 0.012 0.046 0.105 0.311 0.522 235 V 0.001 0.001 0.003 0.012 0.043 0.254 0.687 236 E 0.001 0.004 0.009 0.030 0.094 0.341 0.520 237 K 0.002 0.008 0.018 0.055 0.155 0.403 0.359 238 A 0.007 0.020 0.041 0.108 0.250 0.396 0.178 239 D 0.020 0.092 0.180 0.226 0.247 0.191 0.043 240 T 0.104 0.189 0.181 0.234 0.175 0.097 0.020 241 S 0.064 0.182 0.254 0.246 0.149 0.081 0.024 242 I 0.014 0.040 0.083 0.190 0.358 0.277 0.039 243 D 0.017 0.126 0.230 0.305 0.223 0.081 0.018 244 G 0.019 0.049 0.104 0.183 0.258 0.294 0.094 245 A 0.003 0.005 0.008 0.025 0.102 0.456 0.401 246 Y 0.004 0.013 0.034 0.137 0.272 0.397 0.143 247 A 0.009 0.050 0.130 0.235 0.268 0.233 0.076 248 M 0.010 0.025 0.049 0.111 0.242 0.394 0.168 249 I 0.002 0.004 0.008 0.032 0.112 0.463 0.380 250 N 0.008 0.032 0.075 0.192 0.328 0.301 0.064 251 Y 0.026 0.121 0.218 0.295 0.229 0.098 0.012 252 E 0.038 0.133 0.224 0.288 0.203 0.099 0.014 253 F 0.016 0.044 0.091 0.214 0.339 0.268 0.027 254 A 0.049 0.119 0.160 0.278 0.284 0.105 0.006 255 N 0.232 0.460 0.197 0.082 0.023 0.005 0.001 256 R 0.244 0.291 0.247 0.159 0.049 0.010 0.001 257 I 0.203 0.246 0.213 0.200 0.113 0.024 0.001 258 P 0.354 0.275 0.196 0.124 0.044 0.007 0.001 259 E 0.636 0.249 0.079 0.028 0.006 0.001 0.001 260 Q 0.548 0.269 0.114 0.049 0.016 0.004 0.001 261 Y 0.120 0.174 0.227 0.262 0.172 0.042 0.003 262 I 0.225 0.310 0.231 0.155 0.062 0.016 0.002 263 Y 0.081 0.138 0.155 0.232 0.240 0.139 0.015 264 I 0.098 0.103 0.168 0.237 0.229 0.141 0.024 265 N 0.225 0.249 0.181 0.179 0.114 0.044 0.007 266 R 0.199 0.165 0.174 0.197 0.161 0.090 0.015 267 E 0.322 0.195 0.129 0.152 0.115 0.069 0.018 268 E 0.235 0.298 0.215 0.148 0.070 0.029 0.005 269 D 0.334 0.232 0.174 0.133 0.096 0.029 0.002 270 L 0.378 0.272 0.148 0.114 0.065 0.021 0.002 271 G 0.383 0.254 0.175 0.126 0.046 0.015 0.002 272 I 0.321 0.308 0.197 0.113 0.047 0.013 0.001 273 E 0.528 0.296 0.107 0.048 0.017 0.004 0.001 274 G 0.341 0.249 0.203 0.133 0.056 0.015 0.002 275 L 0.306 0.170 0.148 0.163 0.144 0.064 0.005 276 R 0.184 0.239 0.239 0.237 0.084 0.016 0.001 277 K 0.307 0.293 0.192 0.125 0.058 0.021 0.004 278 A 0.135 0.126 0.196 0.250 0.200 0.083 0.012 279 K 0.240 0.153 0.119 0.176 0.178 0.113 0.021 280 L 0.245 0.227 0.181 0.182 0.110 0.047 0.008 281 S 0.297 0.239 0.169 0.139 0.094 0.053 0.008 282 Y 0.173 0.212 0.220 0.183 0.123 0.076 0.013 283 Q 0.221 0.269 0.191 0.180 0.107 0.029 0.003 284 P 0.291 0.212 0.155 0.156 0.122 0.059 0.004 285 V 0.559 0.290 0.097 0.043 0.010 0.002 0.001 286 T 0.430 0.368 0.147 0.044 0.009 0.002 0.001 287 I 0.204 0.127 0.160 0.256 0.202 0.050 0.001 288 L 0.305 0.246 0.202 0.167 0.067 0.012 0.001 289 E 0.507 0.349 0.103 0.033 0.007 0.002 0.001 290 K 0.140 0.297 0.315 0.188 0.052 0.008 0.001 291 Y 0.032 0.064 0.146 0.297 0.320 0.131 0.010 292 M 0.127 0.287 0.273 0.192 0.093 0.026 0.002 293 A 0.071 0.091 0.131 0.253 0.300 0.145 0.010 294 C 0.138 0.274 0.270 0.207 0.085 0.024 0.002 295 L 0.224 0.252 0.209 0.185 0.103 0.026 0.002 296 K 0.489 0.274 0.134 0.071 0.024 0.006 0.001 297 D 0.596 0.252 0.093 0.041 0.014 0.003 0.001 298 H 0.318 0.256 0.207 0.141 0.059 0.017 0.002 299 P 0.374 0.203 0.147 0.145 0.093 0.035 0.003 300 M 0.385 0.255 0.199 0.108 0.042 0.010 0.001 301 D 0.465 0.270 0.138 0.086 0.032 0.009 0.001 302 M 0.246 0.189 0.188 0.186 0.136 0.052 0.003 303 V 0.310 0.186 0.179 0.181 0.104 0.037 0.003 304 R 0.507 0.288 0.128 0.059 0.014 0.003 0.001 305 W 0.550 0.199 0.118 0.081 0.042 0.010 0.001