# TARGET T0372 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 112 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.002 0.001 0.005 0.006 0.004 0.971 2 I 0.059 0.026 0.005 0.017 0.010 0.017 0.865 3 P 0.110 0.029 0.017 0.022 0.110 0.059 0.653 4 F 0.097 0.018 0.047 0.023 0.113 0.062 0.641 5 K 0.147 0.023 0.043 0.040 0.195 0.094 0.458 6 D 0.093 0.031 0.033 0.014 0.155 0.084 0.590 7 I 0.050 0.022 0.006 0.004 0.087 0.008 0.823 8 T 0.068 0.057 0.009 0.003 0.025 0.013 0.825 9 L 0.032 0.030 0.287 0.077 0.084 0.189 0.301 10 A 0.013 0.012 0.202 0.095 0.125 0.334 0.220 11 D 0.014 0.012 0.087 0.110 0.271 0.087 0.419 12 R 0.001 0.001 0.062 0.863 0.011 0.043 0.019 13 D 0.001 0.001 0.038 0.911 0.007 0.034 0.009 14 T 0.001 0.001 0.030 0.943 0.002 0.016 0.007 15 I 0.003 0.001 0.007 0.975 0.002 0.006 0.006 16 T 0.007 0.001 0.007 0.964 0.003 0.011 0.008 17 A 0.009 0.001 0.008 0.954 0.004 0.019 0.006 18 F 0.012 0.001 0.008 0.938 0.004 0.027 0.010 19 T 0.030 0.005 0.016 0.874 0.011 0.045 0.019 20 M 0.019 0.002 0.025 0.793 0.013 0.121 0.027 21 K 0.011 0.002 0.029 0.663 0.030 0.201 0.063 22 S 0.014 0.007 0.028 0.347 0.150 0.266 0.188 23 D 0.015 0.006 0.025 0.089 0.211 0.338 0.317 24 R 0.027 0.009 0.041 0.064 0.326 0.180 0.353 25 R 0.052 0.019 0.043 0.091 0.228 0.188 0.379 26 N 0.060 0.028 0.053 0.124 0.205 0.137 0.393 27 C 0.061 0.021 0.048 0.152 0.166 0.083 0.468 28 D 0.055 0.020 0.051 0.320 0.136 0.111 0.306 29 L 0.039 0.012 0.055 0.505 0.101 0.105 0.182 30 S 0.043 0.013 0.042 0.585 0.074 0.084 0.160 31 F 0.020 0.003 0.039 0.842 0.018 0.046 0.032 32 S 0.026 0.002 0.057 0.814 0.022 0.047 0.030 33 N 0.032 0.002 0.054 0.795 0.019 0.058 0.039 34 L 0.036 0.004 0.051 0.804 0.020 0.057 0.028 35 C 0.082 0.007 0.037 0.710 0.032 0.071 0.060 36 S 0.102 0.006 0.043 0.635 0.027 0.098 0.089 37 W 0.125 0.007 0.052 0.592 0.040 0.107 0.077 38 R 0.148 0.009 0.068 0.421 0.061 0.193 0.099 39 F 0.124 0.009 0.077 0.285 0.103 0.277 0.125 40 L 0.141 0.014 0.061 0.102 0.169 0.259 0.254 41 Y 0.089 0.009 0.050 0.021 0.192 0.440 0.200 42 D 0.146 0.007 0.036 0.006 0.183 0.353 0.269 43 T 0.506 0.015 0.021 0.003 0.117 0.052 0.286 44 Q 0.837 0.007 0.007 0.004 0.039 0.013 0.093 45 F 0.942 0.004 0.003 0.004 0.013 0.004 0.031 46 A 0.948 0.004 0.001 0.004 0.006 0.003 0.033 47 V 0.914 0.007 0.002 0.006 0.007 0.007 0.057 48 I 0.692 0.009 0.011 0.014 0.031 0.076 0.167 49 D 0.067 0.001 0.014 0.005 0.155 0.703 0.056 50 D 0.100 0.001 0.010 0.002 0.281 0.565 0.042 51 F 0.808 0.012 0.002 0.002 0.034 0.011 0.131 52 L 0.967 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.023 53 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 54 F 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 55 K 0.985 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.010 56 F 0.970 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.020 57 W 0.937 0.004 0.002 0.011 0.006 0.007 0.033 58 A 0.763 0.006 0.007 0.014 0.028 0.077 0.105 59 G 0.092 0.001 0.014 0.005 0.169 0.653 0.067 60 E 0.191 0.003 0.016 0.004 0.293 0.383 0.109 61 Q 0.712 0.017 0.009 0.005 0.073 0.047 0.137 62 L 0.909 0.006 0.003 0.003 0.013 0.005 0.060 63 A 0.937 0.003 0.003 0.004 0.009 0.004 0.039 64 Y 0.891 0.008 0.005 0.007 0.014 0.011 0.065 65 M 0.634 0.017 0.009 0.011 0.058 0.026 0.245 66 M 0.325 0.015 0.013 0.013 0.125 0.035 0.475 67 P 0.110 0.022 0.035 0.016 0.135 0.207 0.474 68 V 0.045 0.041 0.047 0.024 0.215 0.251 0.377 69 G 0.014 0.015 0.022 0.017 0.413 0.138 0.381 70 N 0.004 0.008 0.028 0.029 0.239 0.097 0.594 71 G 0.002 0.006 0.071 0.193 0.257 0.321 0.150 72 D 0.004 0.014 0.080 0.362 0.124 0.222 0.193 73 L 0.001 0.002 0.018 0.928 0.009 0.015 0.028 74 K 0.001 0.001 0.005 0.984 0.001 0.004 0.005 75 A 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.004 0.001 76 V 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.005 0.002 77 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 78 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 79 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 80 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 81 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 82 E 0.001 0.001 0.001 0.964 0.001 0.033 0.001 83 D 0.001 0.001 0.002 0.934 0.002 0.056 0.007 84 A 0.001 0.001 0.007 0.908 0.015 0.036 0.032 85 D 0.001 0.001 0.023 0.867 0.009 0.078 0.021 86 K 0.001 0.001 0.047 0.679 0.015 0.246 0.012 87 E 0.001 0.001 0.040 0.287 0.021 0.636 0.016 88 K 0.002 0.001 0.029 0.040 0.092 0.745 0.091 89 H 0.018 0.004 0.027 0.010 0.289 0.111 0.542 90 N 0.113 0.014 0.022 0.006 0.308 0.063 0.473 91 F 0.529 0.019 0.012 0.005 0.065 0.024 0.346 92 C 0.849 0.008 0.006 0.005 0.020 0.007 0.105 93 M 0.946 0.004 0.006 0.004 0.006 0.004 0.029 94 L 0.932 0.002 0.006 0.005 0.009 0.009 0.038 95 G 0.797 0.009 0.008 0.005 0.036 0.024 0.122 96 V 0.403 0.029 0.004 0.004 0.082 0.015 0.463 97 C 0.069 0.007 0.003 0.003 0.069 0.006 0.842 98 S 0.004 0.001 0.216 0.470 0.039 0.247 0.024 99 N 0.002 0.001 0.198 0.501 0.017 0.265 0.016 100 M 0.003 0.002 0.201 0.644 0.010 0.099 0.041 101 R 0.005 0.003 0.058 0.845 0.012 0.036 0.040 102 A 0.008 0.002 0.061 0.823 0.022 0.050 0.033 103 D 0.004 0.002 0.069 0.843 0.010 0.059 0.014 104 L 0.005 0.003 0.046 0.854 0.007 0.071 0.015 105 E 0.008 0.001 0.059 0.796 0.014 0.101 0.021 106 A 0.008 0.001 0.062 0.749 0.017 0.117 0.046 107 I 0.010 0.006 0.039 0.666 0.045 0.163 0.072 108 L 0.011 0.006 0.011 0.106 0.186 0.044 0.636 109 P 0.008 0.003 0.114 0.178 0.094 0.382 0.221 110 E 0.020 0.003 0.139 0.147 0.164 0.402 0.125 111 R 0.092 0.013 0.125 0.180 0.145 0.235 0.210 112 F 0.273 0.040 0.036 0.226 0.067 0.056 0.302 113 I 0.403 0.023 0.015 0.206 0.041 0.036 0.276 114 F 0.459 0.020 0.018 0.186 0.072 0.047 0.198 115 T 0.203 0.014 0.031 0.341 0.084 0.067 0.260 116 E 0.136 0.006 0.060 0.224 0.118 0.131 0.326 117 D 0.107 0.009 0.079 0.341 0.068 0.093 0.303 118 R 0.076 0.011 0.102 0.485 0.067 0.086 0.173 119 A 0.075 0.010 0.087 0.510 0.072 0.111 0.135 120 Y 0.045 0.005 0.041 0.694 0.039 0.093 0.084 121 A 0.040 0.006 0.025 0.746 0.060 0.038 0.086 122 D 0.044 0.003 0.042 0.741 0.043 0.055 0.072 123 Y 0.042 0.003 0.068 0.763 0.022 0.077 0.025 124 I 0.054 0.017 0.094 0.664 0.034 0.095 0.043 125 Y 0.053 0.019 0.103 0.442 0.063 0.247 0.073 126 L 0.045 0.017 0.051 0.240 0.083 0.324 0.240 127 R 0.011 0.009 0.168 0.382 0.057 0.114 0.259 128 S 0.004 0.001 0.409 0.301 0.060 0.159 0.065 129 D 0.007 0.005 0.392 0.321 0.039 0.183 0.052 130 L 0.005 0.006 0.551 0.316 0.015 0.077 0.030 131 A 0.006 0.003 0.410 0.321 0.028 0.181 0.051 132 T 0.007 0.002 0.282 0.354 0.054 0.238 0.062 133 L 0.018 0.020 0.034 0.164 0.391 0.062 0.311 134 K 0.017 0.017 0.013 0.118 0.176 0.103 0.555 135 G 0.012 0.005 0.024 0.307 0.206 0.122 0.324 136 K 0.006 0.003 0.035 0.730 0.071 0.081 0.075 137 K 0.006 0.004 0.047 0.787 0.028 0.070 0.058 138 F 0.003 0.002 0.018 0.904 0.006 0.027 0.039 139 Q 0.003 0.001 0.011 0.935 0.009 0.018 0.022 140 A 0.006 0.002 0.015 0.908 0.015 0.021 0.032 141 K 0.003 0.001 0.008 0.951 0.006 0.019 0.012 142 R 0.001 0.001 0.003 0.977 0.004 0.010 0.004 143 N 0.001 0.001 0.004 0.969 0.003 0.018 0.004 144 H 0.001 0.001 0.004 0.970 0.002 0.017 0.005 145 I 0.001 0.001 0.001 0.981 0.002 0.009 0.005 146 N 0.001 0.001 0.002 0.974 0.002 0.015 0.005 147 R 0.001 0.001 0.005 0.953 0.003 0.031 0.006 148 F 0.007 0.001 0.013 0.922 0.006 0.035 0.016 149 R 0.014 0.005 0.041 0.850 0.015 0.058 0.016 150 N 0.020 0.003 0.036 0.635 0.029 0.250 0.027 151 T 0.017 0.006 0.026 0.240 0.115 0.524 0.072 152 Y 0.028 0.005 0.008 0.011 0.305 0.044 0.600 153 P 0.032 0.003 0.024 0.004 0.268 0.220 0.449 154 D 0.302 0.008 0.029 0.002 0.167 0.208 0.283 155 Y 0.819 0.004 0.003 0.001 0.024 0.007 0.141 156 E 0.946 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.045 157 Y 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 158 T 0.921 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.065 159 P 0.623 0.015 0.001 0.001 0.033 0.007 0.320 160 I 0.087 0.016 0.001 0.001 0.207 0.013 0.675 161 T 0.015 0.009 0.001 0.001 0.103 0.004 0.869 162 P 0.001 0.001 0.344 0.457 0.023 0.150 0.025 163 D 0.001 0.001 0.268 0.591 0.010 0.125 0.007 164 R 0.001 0.001 0.168 0.768 0.004 0.047 0.011 165 I 0.001 0.001 0.009 0.977 0.002 0.006 0.005 166 Q 0.001 0.001 0.005 0.985 0.001 0.007 0.001 167 E 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.008 0.001 168 C 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.008 0.001 169 L 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.010 0.001 170 D 0.001 0.001 0.002 0.965 0.001 0.030 0.002 171 L 0.001 0.001 0.002 0.946 0.003 0.028 0.019 172 E 0.001 0.001 0.003 0.977 0.003 0.008 0.009 173 A 0.001 0.001 0.005 0.977 0.005 0.008 0.005 174 E 0.001 0.001 0.006 0.979 0.002 0.010 0.002 175 W 0.001 0.001 0.007 0.967 0.002 0.020 0.003 176 C 0.002 0.001 0.011 0.942 0.004 0.035 0.005 177 K 0.003 0.001 0.021 0.830 0.008 0.120 0.018 178 V 0.003 0.002 0.029 0.727 0.024 0.177 0.039 179 N 0.008 0.006 0.027 0.340 0.130 0.344 0.145 180 N 0.015 0.009 0.037 0.082 0.197 0.364 0.297 181 C 0.034 0.016 0.043 0.049 0.258 0.101 0.498 182 D 0.049 0.024 0.086 0.076 0.164 0.246 0.357 183 Q 0.044 0.013 0.105 0.081 0.178 0.300 0.281 184 Q 0.061 0.015 0.111 0.091 0.185 0.232 0.307 185 E 0.072 0.022 0.081 0.092 0.160 0.159 0.415 186 G 0.085 0.040 0.057 0.095 0.141 0.148 0.433 187 T 0.055 0.015 0.068 0.126 0.148 0.152 0.436 188 G 0.045 0.010 0.092 0.285 0.121 0.258 0.189 189 N 0.047 0.010 0.104 0.346 0.100 0.159 0.234 190 E 0.053 0.011 0.097 0.432 0.059 0.097 0.252 191 R 0.065 0.006 0.065 0.583 0.047 0.084 0.150 192 R 0.081 0.004 0.067 0.608 0.053 0.100 0.086 193 A 0.114 0.006 0.046 0.575 0.061 0.093 0.105 194 L 0.144 0.012 0.027 0.616 0.039 0.069 0.093 195 I 0.128 0.015 0.022 0.695 0.037 0.038 0.065 196 Y 0.083 0.006 0.028 0.733 0.034 0.049 0.067 197 A 0.054 0.003 0.039 0.734 0.027 0.062 0.080 198 L 0.016 0.002 0.046 0.829 0.014 0.046 0.048 199 H 0.011 0.005 0.035 0.776 0.036 0.094 0.044 200 N 0.015 0.003 0.043 0.760 0.023 0.081 0.076 201 F 0.008 0.003 0.065 0.865 0.010 0.036 0.013 202 E 0.004 0.001 0.129 0.748 0.007 0.099 0.011 203 A 0.005 0.001 0.103 0.691 0.015 0.178 0.007 204 L 0.011 0.006 0.040 0.362 0.039 0.516 0.027 205 G 0.014 0.004 0.014 0.014 0.074 0.756 0.123 206 L 0.166 0.025 0.019 0.004 0.110 0.088 0.588 207 T 0.388 0.025 0.017 0.002 0.139 0.060 0.369 208 G 0.638 0.005 0.011 0.001 0.151 0.046 0.148 209 G 0.879 0.003 0.003 0.001 0.021 0.005 0.089 210 I 0.977 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.012 211 L 0.975 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.016 212 H 0.896 0.003 0.002 0.003 0.005 0.010 0.081 213 V 0.695 0.010 0.015 0.007 0.030 0.149 0.094 214 N 0.028 0.001 0.004 0.001 0.083 0.859 0.025 215 G 0.056 0.001 0.002 0.001 0.314 0.585 0.043 216 K 0.773 0.012 0.001 0.001 0.021 0.005 0.189 217 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 218 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 219 A 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 220 F 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 221 T 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 222 F 0.909 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.075 223 G 0.805 0.004 0.003 0.001 0.056 0.016 0.116 224 M 0.662 0.008 0.008 0.003 0.145 0.012 0.161 225 P 0.533 0.019 0.014 0.004 0.064 0.038 0.327 226 I 0.326 0.035 0.028 0.010 0.144 0.108 0.349 227 N 0.178 0.011 0.019 0.005 0.174 0.080 0.534 228 H 0.021 0.001 0.047 0.005 0.274 0.550 0.101 229 E 0.082 0.002 0.027 0.004 0.207 0.522 0.157 230 T 0.639 0.009 0.009 0.003 0.072 0.027 0.242 231 F 0.956 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.034 232 G 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 233 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 234 H 0.914 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.073 235 V 0.645 0.003 0.021 0.027 0.024 0.034 0.247 236 E 0.538 0.009 0.066 0.048 0.097 0.054 0.188 237 K 0.326 0.020 0.121 0.079 0.089 0.105 0.261 238 A 0.153 0.050 0.068 0.087 0.230 0.174 0.239 239 D 0.028 0.014 0.007 0.008 0.356 0.023 0.564 240 T 0.007 0.006 0.026 0.012 0.201 0.519 0.229 241 S 0.007 0.010 0.030 0.021 0.232 0.472 0.229 242 I 0.010 0.006 0.028 0.115 0.405 0.102 0.334 243 D 0.006 0.006 0.024 0.536 0.123 0.149 0.157 244 G 0.006 0.019 0.006 0.800 0.064 0.043 0.063 245 A 0.001 0.002 0.001 0.978 0.003 0.005 0.011 246 Y 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.002 0.003 247 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 248 M 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 249 I 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.014 0.001 250 N 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.012 0.003 251 Y 0.001 0.001 0.001 0.983 0.002 0.009 0.004 252 E 0.001 0.001 0.003 0.981 0.001 0.012 0.003 253 F 0.001 0.001 0.011 0.965 0.002 0.019 0.003 254 A 0.001 0.001 0.051 0.904 0.006 0.035 0.003 255 N 0.001 0.001 0.053 0.762 0.005 0.172 0.006 256 R 0.002 0.001 0.056 0.627 0.028 0.262 0.024 257 I 0.008 0.010 0.004 0.040 0.520 0.018 0.399 258 P 0.013 0.007 0.055 0.035 0.071 0.131 0.688 259 E 0.010 0.002 0.093 0.033 0.106 0.726 0.030 260 Q 0.064 0.004 0.095 0.027 0.083 0.662 0.065 261 Y 0.542 0.015 0.022 0.010 0.045 0.017 0.349 262 I 0.750 0.013 0.006 0.009 0.041 0.012 0.170 263 Y 0.918 0.010 0.004 0.004 0.016 0.009 0.038 264 I 0.734 0.028 0.002 0.004 0.031 0.004 0.197 265 N 0.222 0.015 0.001 0.002 0.104 0.006 0.649 266 R 0.026 0.006 0.135 0.389 0.093 0.154 0.198 267 E 0.007 0.002 0.230 0.531 0.036 0.129 0.064 268 E 0.006 0.002 0.317 0.480 0.026 0.094 0.074 269 D 0.012 0.017 0.153 0.615 0.032 0.112 0.060 270 L 0.010 0.013 0.066 0.517 0.028 0.333 0.033 271 G 0.004 0.004 0.030 0.365 0.052 0.426 0.119 272 I 0.006 0.010 0.027 0.508 0.096 0.093 0.261 273 E 0.006 0.004 0.058 0.665 0.051 0.123 0.093 274 G 0.008 0.005 0.081 0.593 0.038 0.188 0.086 275 L 0.008 0.006 0.135 0.593 0.036 0.103 0.119 276 R 0.008 0.006 0.115 0.528 0.031 0.264 0.049 277 K 0.007 0.004 0.090 0.325 0.037 0.464 0.073 278 A 0.016 0.010 0.083 0.186 0.104 0.223 0.378 279 K 0.023 0.015 0.077 0.151 0.157 0.262 0.315 280 L 0.035 0.015 0.069 0.096 0.162 0.169 0.454 281 S 0.035 0.015 0.038 0.072 0.196 0.191 0.453 282 Y 0.024 0.011 0.021 0.065 0.403 0.136 0.341 283 Q 0.029 0.011 0.004 0.031 0.285 0.015 0.625 284 P 0.027 0.012 0.008 0.080 0.033 0.015 0.825 285 V 0.050 0.010 0.031 0.480 0.097 0.032 0.301 286 T 0.053 0.010 0.029 0.739 0.038 0.023 0.107 287 I 0.017 0.001 0.012 0.943 0.002 0.007 0.018 288 L 0.014 0.001 0.006 0.964 0.002 0.005 0.009 289 E 0.019 0.001 0.005 0.965 0.002 0.004 0.005 290 K 0.023 0.001 0.005 0.957 0.002 0.008 0.004 291 Y 0.033 0.001 0.004 0.941 0.002 0.014 0.006 292 M 0.042 0.001 0.004 0.927 0.004 0.014 0.007 293 A 0.026 0.001 0.006 0.938 0.003 0.020 0.006 294 C 0.026 0.001 0.007 0.912 0.004 0.043 0.007 295 L 0.040 0.003 0.013 0.843 0.014 0.066 0.020 296 K 0.065 0.005 0.025 0.625 0.050 0.167 0.062 297 D 0.041 0.005 0.017 0.465 0.146 0.216 0.111 298 H 0.029 0.007 0.007 0.116 0.212 0.055 0.574 299 P 0.008 0.003 0.064 0.583 0.028 0.228 0.087 300 M 0.021 0.001 0.192 0.455 0.053 0.225 0.053 301 D 0.091 0.010 0.230 0.456 0.047 0.096 0.071 302 M 0.185 0.017 0.127 0.476 0.036 0.082 0.076 303 V 0.250 0.025 0.047 0.335 0.097 0.149 0.098 304 R 0.164 0.027 0.025 0.269 0.022 0.273 0.220 305 W 0.010 0.001 0.001 0.009 0.008 0.003 0.968