# TARGET T0372 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 108 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.011 0.008 0.006 0.116 0.820 2 I 0.110 0.018 0.008 0.006 0.122 0.735 3 P 0.109 0.016 0.009 0.005 0.164 0.697 4 F 0.114 0.025 0.027 0.008 0.231 0.595 5 K 0.160 0.018 0.016 0.007 0.218 0.580 6 D 0.183 0.011 0.018 0.011 0.176 0.601 7 I 0.219 0.045 0.010 0.012 0.142 0.572 8 T 0.192 0.035 0.009 0.011 0.200 0.554 9 L 0.045 0.010 0.326 0.092 0.337 0.191 10 A 0.029 0.010 0.164 0.083 0.444 0.271 11 D 0.016 0.008 0.089 0.119 0.431 0.338 12 R 0.002 0.001 0.049 0.855 0.056 0.036 13 D 0.003 0.001 0.029 0.919 0.032 0.016 14 T 0.003 0.001 0.020 0.948 0.021 0.008 15 I 0.010 0.001 0.005 0.960 0.011 0.013 16 T 0.010 0.001 0.004 0.968 0.009 0.008 17 A 0.007 0.001 0.003 0.977 0.007 0.006 18 F 0.009 0.001 0.003 0.971 0.008 0.007 19 T 0.013 0.001 0.004 0.960 0.012 0.010 20 M 0.017 0.001 0.007 0.931 0.020 0.023 21 K 0.023 0.003 0.009 0.840 0.049 0.076 22 S 0.018 0.006 0.012 0.618 0.121 0.226 23 D 0.020 0.007 0.021 0.271 0.285 0.397 24 R 0.033 0.013 0.042 0.250 0.356 0.305 25 R 0.067 0.025 0.049 0.281 0.276 0.302 26 N 0.071 0.022 0.060 0.279 0.306 0.262 27 C 0.072 0.015 0.045 0.310 0.268 0.291 28 D 0.081 0.011 0.036 0.373 0.201 0.299 29 L 0.052 0.008 0.017 0.799 0.069 0.055 30 S 0.039 0.006 0.011 0.852 0.044 0.049 31 F 0.029 0.003 0.014 0.916 0.022 0.016 32 S 0.014 0.001 0.012 0.951 0.013 0.009 33 N 0.012 0.001 0.015 0.942 0.019 0.011 34 L 0.014 0.002 0.016 0.932 0.024 0.012 35 C 0.020 0.002 0.026 0.899 0.036 0.017 36 S 0.023 0.006 0.044 0.840 0.060 0.026 37 W 0.027 0.005 0.097 0.724 0.120 0.027 38 R 0.032 0.005 0.063 0.663 0.161 0.077 39 F 0.022 0.008 0.081 0.377 0.263 0.249 40 L 0.033 0.025 0.081 0.115 0.481 0.264 41 Y 0.049 0.010 0.070 0.032 0.584 0.255 42 D 0.078 0.005 0.080 0.029 0.626 0.182 43 T 0.355 0.006 0.033 0.029 0.377 0.200 44 Q 0.741 0.006 0.009 0.021 0.102 0.120 45 F 0.939 0.003 0.002 0.010 0.016 0.031 46 A 0.972 0.004 0.001 0.005 0.004 0.015 47 V 0.966 0.004 0.001 0.002 0.018 0.010 48 I 0.712 0.005 0.002 0.003 0.268 0.010 49 D 0.139 0.002 0.004 0.001 0.838 0.016 50 D 0.048 0.002 0.004 0.001 0.933 0.012 51 F 0.544 0.007 0.003 0.001 0.381 0.065 52 L 0.970 0.003 0.001 0.001 0.009 0.018 53 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 54 F 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 55 K 0.981 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 56 F 0.954 0.001 0.001 0.004 0.012 0.028 57 W 0.890 0.005 0.002 0.007 0.038 0.059 58 A 0.680 0.015 0.009 0.012 0.182 0.102 59 G 0.254 0.007 0.038 0.010 0.587 0.103 60 E 0.108 0.005 0.053 0.008 0.715 0.111 61 Q 0.188 0.007 0.026 0.003 0.611 0.165 62 L 0.673 0.010 0.005 0.001 0.151 0.161 63 A 0.911 0.006 0.001 0.001 0.019 0.063 64 Y 0.969 0.004 0.001 0.001 0.006 0.020 65 M 0.954 0.003 0.001 0.001 0.010 0.032 66 M 0.825 0.004 0.001 0.001 0.037 0.133 67 P 0.621 0.004 0.002 0.001 0.109 0.265 68 V 0.337 0.018 0.005 0.001 0.145 0.493 69 G 0.085 0.016 0.005 0.003 0.292 0.598 70 N 0.030 0.016 0.014 0.016 0.418 0.506 71 G 0.008 0.009 0.029 0.075 0.399 0.481 72 D 0.007 0.008 0.029 0.331 0.290 0.334 73 L 0.001 0.001 0.016 0.935 0.027 0.020 74 K 0.001 0.001 0.005 0.971 0.011 0.012 75 A 0.001 0.001 0.006 0.985 0.006 0.003 76 V 0.001 0.001 0.007 0.983 0.006 0.003 77 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 78 R 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.002 79 K 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.003 80 L 0.001 0.001 0.004 0.984 0.004 0.007 81 I 0.001 0.001 0.006 0.983 0.005 0.005 82 E 0.001 0.001 0.007 0.980 0.007 0.005 83 D 0.001 0.001 0.010 0.964 0.013 0.012 84 A 0.001 0.001 0.020 0.915 0.030 0.033 85 D 0.001 0.001 0.060 0.777 0.096 0.063 86 K 0.002 0.002 0.099 0.649 0.171 0.077 87 E 0.003 0.002 0.104 0.498 0.249 0.145 88 K 0.006 0.005 0.047 0.147 0.357 0.437 89 H 0.017 0.007 0.020 0.043 0.351 0.561 90 N 0.078 0.007 0.010 0.016 0.266 0.623 91 F 0.443 0.011 0.014 0.026 0.171 0.335 92 C 0.798 0.009 0.011 0.027 0.053 0.102 93 M 0.926 0.003 0.009 0.018 0.017 0.027 94 L 0.902 0.004 0.009 0.029 0.018 0.038 95 G 0.671 0.007 0.014 0.048 0.071 0.189 96 V 0.286 0.023 0.007 0.054 0.133 0.496 97 C 0.081 0.013 0.013 0.052 0.322 0.518 98 S 0.004 0.001 0.201 0.527 0.221 0.047 99 N 0.002 0.001 0.256 0.575 0.142 0.025 100 M 0.003 0.004 0.145 0.754 0.076 0.019 101 R 0.003 0.003 0.024 0.881 0.033 0.055 102 A 0.001 0.001 0.017 0.952 0.017 0.012 103 D 0.001 0.001 0.022 0.953 0.017 0.007 104 L 0.001 0.001 0.024 0.953 0.016 0.006 105 E 0.001 0.001 0.037 0.921 0.028 0.012 106 A 0.001 0.001 0.030 0.905 0.039 0.024 107 I 0.002 0.002 0.036 0.775 0.088 0.097 108 L 0.005 0.007 0.044 0.244 0.308 0.391 109 P 0.005 0.003 0.186 0.249 0.398 0.159 110 E 0.010 0.002 0.288 0.278 0.334 0.087 111 R 0.023 0.002 0.246 0.397 0.252 0.080 112 F 0.134 0.008 0.099 0.472 0.158 0.129 113 I 0.279 0.011 0.025 0.472 0.065 0.148 114 F 0.433 0.015 0.016 0.297 0.087 0.152 115 T 0.310 0.015 0.018 0.295 0.143 0.219 116 E 0.160 0.009 0.049 0.316 0.229 0.238 117 D 0.130 0.011 0.136 0.307 0.233 0.182 118 R 0.121 0.011 0.182 0.307 0.238 0.141 119 A 0.166 0.012 0.122 0.380 0.172 0.148 120 Y 0.118 0.019 0.061 0.511 0.127 0.164 121 A 0.116 0.013 0.042 0.411 0.174 0.243 122 D 0.086 0.004 0.060 0.465 0.203 0.182 123 Y 0.122 0.007 0.083 0.556 0.138 0.094 124 I 0.177 0.013 0.067 0.524 0.119 0.100 125 Y 0.177 0.017 0.051 0.534 0.102 0.119 126 L 0.103 0.010 0.038 0.434 0.130 0.285 127 R 0.046 0.008 0.075 0.302 0.243 0.326 128 S 0.024 0.005 0.184 0.211 0.386 0.190 129 D 0.012 0.006 0.325 0.218 0.351 0.087 130 L 0.017 0.010 0.346 0.198 0.359 0.069 131 A 0.035 0.007 0.292 0.165 0.362 0.138 132 T 0.062 0.017 0.195 0.162 0.354 0.210 133 L 0.065 0.045 0.041 0.120 0.331 0.398 134 K 0.038 0.019 0.012 0.097 0.273 0.560 135 G 0.006 0.002 0.072 0.657 0.149 0.114 136 K 0.005 0.001 0.069 0.847 0.056 0.022 137 K 0.006 0.002 0.046 0.895 0.037 0.014 138 F 0.007 0.003 0.017 0.914 0.028 0.031 139 Q 0.003 0.001 0.005 0.969 0.010 0.012 140 A 0.002 0.001 0.003 0.978 0.006 0.011 141 K 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.005 142 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 143 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 144 H 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 145 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 146 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 147 R 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 148 F 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.002 149 R 0.001 0.001 0.023 0.963 0.011 0.002 150 N 0.001 0.001 0.021 0.953 0.019 0.005 151 T 0.003 0.002 0.015 0.869 0.034 0.077 152 Y 0.009 0.009 0.004 0.022 0.318 0.638 153 P 0.040 0.005 0.014 0.008 0.459 0.474 154 D 0.218 0.008 0.016 0.006 0.486 0.267 155 Y 0.813 0.013 0.006 0.002 0.104 0.062 156 E 0.904 0.006 0.001 0.002 0.021 0.065 157 Y 0.944 0.004 0.002 0.002 0.019 0.030 158 T 0.846 0.007 0.002 0.004 0.041 0.100 159 P 0.417 0.008 0.004 0.005 0.146 0.419 160 I 0.082 0.014 0.005 0.005 0.178 0.716 161 T 0.017 0.007 0.003 0.004 0.149 0.821 162 P 0.004 0.003 0.256 0.351 0.268 0.119 163 D 0.002 0.001 0.284 0.534 0.141 0.038 164 R 0.002 0.002 0.318 0.584 0.079 0.017 165 I 0.003 0.002 0.047 0.865 0.050 0.033 166 Q 0.004 0.002 0.039 0.877 0.045 0.033 167 E 0.004 0.001 0.035 0.908 0.034 0.017 168 C 0.012 0.003 0.031 0.881 0.042 0.031 169 L 0.011 0.002 0.031 0.871 0.048 0.037 170 D 0.018 0.004 0.031 0.809 0.069 0.070 171 L 0.006 0.002 0.048 0.825 0.067 0.052 172 E 0.013 0.003 0.057 0.764 0.077 0.085 173 A 0.006 0.001 0.098 0.789 0.073 0.033 174 E 0.012 0.002 0.089 0.773 0.066 0.058 175 W 0.020 0.004 0.087 0.703 0.077 0.109 176 C 0.076 0.015 0.089 0.478 0.132 0.210 177 K 0.101 0.014 0.042 0.334 0.237 0.273 178 V 0.067 0.013 0.056 0.342 0.380 0.142 179 N 0.042 0.009 0.041 0.149 0.568 0.192 180 N 0.030 0.009 0.071 0.080 0.645 0.164 181 C 0.089 0.037 0.087 0.071 0.525 0.191 182 D 0.131 0.042 0.110 0.090 0.382 0.246 183 Q 0.103 0.018 0.134 0.100 0.425 0.219 184 Q 0.113 0.014 0.053 0.065 0.421 0.334 185 E 0.167 0.027 0.040 0.073 0.322 0.371 186 G 0.135 0.045 0.022 0.082 0.260 0.456 187 T 0.089 0.034 0.027 0.166 0.264 0.421 188 G 0.041 0.011 0.047 0.444 0.215 0.242 189 N 0.026 0.006 0.052 0.660 0.157 0.099 190 E 0.012 0.003 0.033 0.847 0.071 0.034 191 R 0.015 0.002 0.024 0.891 0.039 0.030 192 R 0.012 0.002 0.017 0.919 0.030 0.021 193 A 0.016 0.002 0.014 0.925 0.022 0.021 194 L 0.017 0.002 0.009 0.936 0.016 0.020 195 I 0.015 0.002 0.010 0.940 0.016 0.017 196 Y 0.012 0.001 0.022 0.912 0.029 0.025 197 A 0.009 0.002 0.067 0.848 0.039 0.035 198 L 0.011 0.003 0.114 0.748 0.075 0.050 199 H 0.009 0.004 0.113 0.707 0.103 0.064 200 N 0.009 0.006 0.083 0.625 0.145 0.132 201 F 0.006 0.007 0.142 0.427 0.307 0.111 202 E 0.006 0.002 0.264 0.331 0.309 0.088 203 A 0.017 0.004 0.345 0.258 0.289 0.088 204 L 0.057 0.016 0.179 0.169 0.316 0.264 205 G 0.085 0.017 0.036 0.026 0.267 0.571 206 L 0.196 0.010 0.014 0.007 0.214 0.559 207 T 0.615 0.007 0.005 0.004 0.126 0.243 208 G 0.870 0.003 0.003 0.002 0.045 0.077 209 G 0.918 0.002 0.002 0.002 0.021 0.055 210 I 0.961 0.001 0.001 0.001 0.007 0.028 211 L 0.951 0.004 0.001 0.001 0.005 0.039 212 H 0.856 0.008 0.001 0.001 0.125 0.009 213 V 0.234 0.004 0.004 0.002 0.749 0.007 214 N 0.013 0.001 0.002 0.001 0.978 0.005 215 G 0.081 0.003 0.001 0.001 0.905 0.011 216 K 0.898 0.010 0.001 0.001 0.038 0.054 217 I 0.992 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 218 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 219 A 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 220 F 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 221 T 0.965 0.001 0.001 0.001 0.009 0.024 222 F 0.890 0.002 0.002 0.001 0.030 0.077 223 G 0.708 0.002 0.007 0.001 0.083 0.199 224 M 0.687 0.005 0.010 0.002 0.119 0.177 225 P 0.714 0.011 0.007 0.001 0.128 0.138 226 I 0.549 0.061 0.007 0.001 0.166 0.216 227 N 0.203 0.027 0.012 0.002 0.715 0.041 228 H 0.049 0.003 0.060 0.002 0.855 0.032 229 E 0.052 0.001 0.060 0.001 0.842 0.044 230 T 0.672 0.012 0.013 0.001 0.278 0.025 231 F 0.929 0.003 0.001 0.001 0.012 0.055 232 G 0.992 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 233 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 234 H 0.963 0.001 0.001 0.001 0.005 0.030 235 V 0.868 0.002 0.002 0.001 0.029 0.097 236 E 0.755 0.006 0.009 0.003 0.053 0.173 237 K 0.590 0.023 0.024 0.007 0.169 0.188 238 A 0.234 0.040 0.025 0.012 0.324 0.366 239 D 0.035 0.019 0.009 0.005 0.693 0.238 240 T 0.007 0.011 0.023 0.010 0.751 0.198 241 S 0.005 0.007 0.029 0.018 0.707 0.235 242 I 0.006 0.013 0.066 0.072 0.652 0.191 243 D 0.009 0.011 0.036 0.186 0.287 0.471 244 G 0.015 0.022 0.029 0.666 0.096 0.172 245 A 0.013 0.006 0.016 0.885 0.028 0.052 246 Y 0.006 0.001 0.005 0.972 0.006 0.009 247 A 0.003 0.001 0.004 0.983 0.005 0.005 248 M 0.001 0.001 0.004 0.991 0.002 0.002 249 I 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 250 N 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 251 Y 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 252 E 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 253 F 0.001 0.001 0.008 0.982 0.006 0.004 254 A 0.001 0.001 0.035 0.937 0.019 0.007 255 N 0.002 0.001 0.022 0.934 0.023 0.019 256 R 0.005 0.004 0.022 0.677 0.062 0.231 257 I 0.007 0.014 0.010 0.078 0.312 0.578 258 P 0.006 0.005 0.038 0.040 0.785 0.127 259 E 0.007 0.001 0.059 0.041 0.835 0.057 260 Q 0.034 0.004 0.040 0.036 0.818 0.069 261 Y 0.353 0.017 0.015 0.020 0.417 0.178 262 I 0.729 0.010 0.004 0.014 0.056 0.188 263 Y 0.924 0.009 0.001 0.004 0.013 0.049 264 I 0.858 0.010 0.001 0.002 0.014 0.115 265 N 0.523 0.007 0.001 0.003 0.024 0.443 266 R 0.059 0.002 0.146 0.682 0.053 0.058 267 E 0.022 0.001 0.204 0.658 0.078 0.037 268 E 0.008 0.001 0.236 0.676 0.065 0.014 269 D 0.002 0.002 0.135 0.811 0.035 0.014 270 L 0.001 0.001 0.032 0.932 0.021 0.013 271 G 0.002 0.001 0.039 0.621 0.077 0.260 272 I 0.004 0.007 0.049 0.523 0.077 0.340 273 E 0.007 0.016 0.116 0.403 0.154 0.304 274 G 0.005 0.009 0.287 0.339 0.205 0.155 275 L 0.005 0.006 0.239 0.358 0.314 0.077 276 R 0.002 0.001 0.288 0.376 0.276 0.056 277 K 0.003 0.001 0.214 0.321 0.309 0.152 278 A 0.014 0.014 0.073 0.147 0.378 0.374 279 K 0.025 0.013 0.026 0.045 0.224 0.667 280 L 0.107 0.030 0.023 0.035 0.236 0.569 281 S 0.150 0.023 0.023 0.041 0.284 0.478 282 Y 0.119 0.044 0.042 0.100 0.247 0.448 283 Q 0.047 0.021 0.023 0.111 0.199 0.600 284 P 0.021 0.005 0.043 0.232 0.151 0.548 285 V 0.012 0.003 0.049 0.725 0.061 0.149 286 T 0.021 0.007 0.034 0.795 0.051 0.092 287 I 0.013 0.002 0.020 0.933 0.015 0.016 288 L 0.009 0.001 0.007 0.969 0.009 0.005 289 E 0.010 0.001 0.009 0.968 0.011 0.003 290 K 0.007 0.001 0.005 0.981 0.005 0.002 291 Y 0.003 0.001 0.002 0.990 0.002 0.002 292 M 0.002 0.001 0.003 0.988 0.003 0.004 293 A 0.004 0.001 0.005 0.982 0.005 0.005 294 C 0.010 0.001 0.007 0.961 0.010 0.011 295 L 0.029 0.003 0.016 0.887 0.037 0.028 296 K 0.042 0.005 0.014 0.788 0.091 0.060 297 D 0.035 0.006 0.016 0.585 0.159 0.199 298 H 0.014 0.009 0.028 0.144 0.351 0.454 299 P 0.011 0.011 0.231 0.179 0.398 0.170 300 M 0.027 0.007 0.254 0.166 0.433 0.114 301 D 0.068 0.004 0.190 0.073 0.467 0.198 302 M 0.333 0.041 0.059 0.116 0.270 0.180 303 V 0.458 0.058 0.017 0.096 0.134 0.237 304 R 0.293 0.028 0.008 0.069 0.146 0.456 305 W 0.144 0.009 0.004 0.024 0.131 0.689