# TARGET T0372 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 108 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.002 0.001 0.003 0.005 0.003 0.972 2 I 0.074 0.030 0.004 0.011 0.011 0.013 0.858 3 P 0.142 0.041 0.010 0.013 0.085 0.033 0.677 4 F 0.099 0.018 0.033 0.013 0.078 0.032 0.726 5 K 0.147 0.023 0.045 0.030 0.171 0.092 0.491 6 D 0.082 0.030 0.039 0.011 0.169 0.087 0.582 7 I 0.040 0.020 0.005 0.003 0.086 0.007 0.840 8 T 0.055 0.051 0.009 0.002 0.022 0.011 0.850 9 L 0.028 0.031 0.316 0.063 0.081 0.188 0.293 10 A 0.013 0.013 0.215 0.088 0.130 0.329 0.211 11 D 0.013 0.012 0.084 0.095 0.273 0.072 0.452 12 R 0.001 0.001 0.065 0.867 0.008 0.043 0.016 13 D 0.001 0.001 0.041 0.911 0.006 0.034 0.007 14 T 0.001 0.001 0.032 0.942 0.002 0.015 0.006 15 I 0.002 0.001 0.007 0.978 0.001 0.006 0.005 16 T 0.005 0.001 0.007 0.966 0.003 0.012 0.007 17 A 0.007 0.001 0.009 0.953 0.003 0.021 0.006 18 F 0.009 0.001 0.009 0.933 0.004 0.032 0.012 19 T 0.026 0.005 0.017 0.860 0.013 0.055 0.024 20 M 0.016 0.002 0.026 0.766 0.017 0.137 0.035 21 K 0.010 0.002 0.030 0.648 0.036 0.202 0.072 22 S 0.013 0.005 0.031 0.330 0.155 0.265 0.200 23 D 0.015 0.006 0.031 0.098 0.213 0.327 0.310 24 R 0.033 0.010 0.050 0.082 0.307 0.166 0.353 25 R 0.066 0.018 0.053 0.126 0.199 0.176 0.362 26 N 0.089 0.028 0.064 0.157 0.170 0.140 0.352 27 C 0.102 0.023 0.053 0.167 0.161 0.102 0.391 28 D 0.095 0.021 0.045 0.247 0.169 0.110 0.313 29 L 0.074 0.016 0.051 0.355 0.150 0.104 0.249 30 S 0.068 0.015 0.042 0.449 0.103 0.089 0.234 31 F 0.022 0.003 0.054 0.820 0.020 0.047 0.034 32 S 0.023 0.003 0.081 0.796 0.022 0.048 0.027 33 N 0.025 0.002 0.073 0.794 0.015 0.060 0.031 34 L 0.029 0.004 0.066 0.805 0.017 0.053 0.025 35 C 0.046 0.006 0.053 0.740 0.025 0.078 0.052 36 S 0.050 0.004 0.058 0.672 0.026 0.120 0.071 37 W 0.070 0.006 0.064 0.630 0.041 0.116 0.073 38 R 0.093 0.007 0.088 0.470 0.058 0.203 0.082 39 F 0.093 0.008 0.098 0.366 0.087 0.246 0.102 40 L 0.135 0.016 0.072 0.169 0.159 0.212 0.237 41 Y 0.107 0.011 0.062 0.040 0.179 0.373 0.228 42 D 0.162 0.007 0.048 0.014 0.174 0.359 0.235 43 T 0.504 0.012 0.030 0.006 0.119 0.075 0.254 44 Q 0.826 0.008 0.009 0.006 0.043 0.018 0.090 45 F 0.933 0.004 0.003 0.006 0.015 0.006 0.034 46 A 0.940 0.004 0.002 0.006 0.008 0.004 0.037 47 V 0.906 0.008 0.002 0.011 0.008 0.008 0.057 48 I 0.695 0.010 0.008 0.018 0.028 0.056 0.185 49 D 0.063 0.001 0.011 0.007 0.149 0.715 0.054 50 D 0.080 0.001 0.007 0.003 0.251 0.622 0.037 51 F 0.818 0.011 0.001 0.003 0.037 0.012 0.117 52 L 0.974 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.018 53 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 54 F 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 55 K 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 56 F 0.981 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.013 57 W 0.969 0.002 0.001 0.006 0.003 0.003 0.017 58 A 0.878 0.006 0.004 0.015 0.008 0.032 0.056 59 G 0.270 0.003 0.021 0.006 0.086 0.514 0.100 60 E 0.032 0.001 0.009 0.001 0.176 0.744 0.038 61 Q 0.232 0.003 0.008 0.001 0.266 0.395 0.097 62 L 0.854 0.006 0.001 0.001 0.017 0.003 0.120 63 A 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 64 Y 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 65 M 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 66 M 0.876 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.104 67 P 0.564 0.014 0.003 0.002 0.055 0.014 0.347 68 V 0.143 0.025 0.014 0.005 0.170 0.047 0.596 69 G 0.025 0.011 0.016 0.005 0.392 0.084 0.468 70 N 0.005 0.009 0.038 0.018 0.287 0.093 0.550 71 G 0.002 0.006 0.091 0.171 0.287 0.303 0.141 72 D 0.005 0.012 0.106 0.336 0.127 0.220 0.193 73 L 0.001 0.002 0.030 0.907 0.010 0.019 0.032 74 K 0.001 0.001 0.006 0.982 0.002 0.005 0.005 75 A 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.004 0.001 76 V 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.005 0.002 77 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 78 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 79 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 80 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 81 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 82 E 0.001 0.001 0.001 0.958 0.001 0.039 0.001 83 D 0.001 0.001 0.002 0.919 0.002 0.070 0.007 84 A 0.001 0.002 0.009 0.883 0.021 0.042 0.044 85 D 0.001 0.001 0.031 0.830 0.011 0.099 0.027 86 K 0.001 0.001 0.056 0.645 0.017 0.267 0.013 87 E 0.001 0.001 0.051 0.286 0.025 0.617 0.021 88 K 0.002 0.001 0.034 0.043 0.097 0.729 0.092 89 H 0.019 0.004 0.032 0.014 0.305 0.129 0.497 90 N 0.115 0.017 0.025 0.008 0.288 0.076 0.471 91 F 0.464 0.021 0.013 0.006 0.071 0.025 0.399 92 C 0.811 0.011 0.007 0.007 0.025 0.009 0.130 93 M 0.926 0.007 0.009 0.006 0.008 0.006 0.038 94 L 0.905 0.003 0.008 0.006 0.014 0.014 0.050 95 G 0.745 0.011 0.011 0.006 0.048 0.034 0.145 96 V 0.351 0.031 0.005 0.004 0.083 0.016 0.509 97 C 0.060 0.007 0.004 0.005 0.061 0.007 0.856 98 S 0.003 0.001 0.217 0.468 0.038 0.251 0.022 99 N 0.002 0.001 0.199 0.493 0.016 0.273 0.016 100 M 0.004 0.002 0.206 0.627 0.011 0.105 0.045 101 R 0.007 0.004 0.056 0.829 0.015 0.039 0.050 102 A 0.010 0.002 0.056 0.815 0.026 0.054 0.038 103 D 0.004 0.002 0.063 0.843 0.011 0.061 0.016 104 L 0.005 0.003 0.046 0.855 0.007 0.069 0.015 105 E 0.008 0.001 0.062 0.803 0.014 0.091 0.020 106 A 0.008 0.001 0.066 0.754 0.016 0.111 0.044 107 I 0.009 0.006 0.042 0.677 0.042 0.160 0.064 108 L 0.011 0.007 0.012 0.119 0.203 0.046 0.603 109 P 0.007 0.003 0.113 0.181 0.091 0.385 0.220 110 E 0.018 0.003 0.146 0.151 0.148 0.424 0.110 111 R 0.082 0.012 0.136 0.185 0.137 0.253 0.194 112 F 0.237 0.038 0.042 0.228 0.072 0.064 0.318 113 I 0.356 0.024 0.017 0.217 0.045 0.042 0.299 114 F 0.409 0.022 0.020 0.205 0.077 0.054 0.214 115 T 0.178 0.013 0.030 0.349 0.086 0.067 0.277 116 E 0.122 0.006 0.058 0.241 0.115 0.127 0.332 117 D 0.096 0.009 0.079 0.373 0.063 0.092 0.289 118 R 0.066 0.010 0.101 0.517 0.064 0.081 0.161 119 A 0.065 0.009 0.085 0.537 0.067 0.104 0.133 120 Y 0.039 0.005 0.038 0.713 0.038 0.087 0.079 121 A 0.035 0.006 0.021 0.765 0.057 0.036 0.080 122 D 0.040 0.003 0.034 0.760 0.042 0.051 0.069 123 Y 0.037 0.003 0.054 0.791 0.021 0.070 0.024 124 I 0.048 0.016 0.077 0.707 0.031 0.083 0.038 125 Y 0.050 0.018 0.094 0.489 0.059 0.223 0.068 126 L 0.042 0.016 0.049 0.273 0.078 0.315 0.227 127 R 0.009 0.007 0.169 0.451 0.045 0.119 0.199 128 S 0.003 0.001 0.387 0.343 0.057 0.151 0.058 129 D 0.007 0.005 0.381 0.362 0.034 0.162 0.049 130 L 0.004 0.005 0.538 0.342 0.013 0.071 0.027 131 A 0.005 0.002 0.415 0.340 0.024 0.172 0.041 132 T 0.005 0.002 0.283 0.366 0.048 0.244 0.053 133 L 0.015 0.019 0.031 0.152 0.419 0.058 0.307 134 K 0.015 0.016 0.014 0.111 0.175 0.104 0.565 135 G 0.012 0.005 0.028 0.299 0.203 0.145 0.307 136 K 0.007 0.003 0.042 0.678 0.084 0.093 0.092 137 K 0.008 0.005 0.058 0.744 0.033 0.080 0.072 138 F 0.004 0.002 0.021 0.885 0.008 0.032 0.047 139 Q 0.004 0.001 0.013 0.920 0.011 0.022 0.029 140 A 0.008 0.003 0.016 0.891 0.020 0.023 0.040 141 K 0.003 0.001 0.008 0.948 0.007 0.019 0.014 142 R 0.001 0.001 0.003 0.976 0.004 0.010 0.005 143 N 0.001 0.001 0.004 0.969 0.003 0.017 0.005 144 H 0.001 0.001 0.005 0.971 0.003 0.015 0.005 145 I 0.001 0.001 0.002 0.982 0.002 0.009 0.004 146 N 0.001 0.001 0.002 0.973 0.002 0.016 0.005 147 R 0.002 0.001 0.005 0.949 0.003 0.033 0.007 148 F 0.008 0.001 0.013 0.915 0.007 0.038 0.018 149 R 0.016 0.005 0.040 0.841 0.017 0.063 0.019 150 N 0.021 0.003 0.034 0.620 0.033 0.259 0.031 151 T 0.019 0.006 0.024 0.219 0.128 0.522 0.082 152 Y 0.029 0.005 0.007 0.010 0.299 0.047 0.604 153 P 0.035 0.003 0.022 0.004 0.271 0.210 0.456 154 D 0.315 0.009 0.027 0.002 0.161 0.190 0.297 155 Y 0.817 0.004 0.003 0.001 0.025 0.007 0.143 156 E 0.947 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.044 157 Y 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 158 T 0.922 0.003 0.001 0.001 0.010 0.001 0.063 159 P 0.614 0.017 0.001 0.001 0.032 0.006 0.329 160 I 0.076 0.014 0.001 0.001 0.215 0.015 0.679 161 T 0.013 0.009 0.001 0.001 0.109 0.005 0.864 162 P 0.001 0.001 0.354 0.439 0.026 0.155 0.026 163 D 0.001 0.001 0.278 0.574 0.010 0.131 0.007 164 R 0.001 0.001 0.178 0.757 0.004 0.049 0.011 165 I 0.001 0.001 0.009 0.977 0.002 0.006 0.005 166 Q 0.001 0.001 0.005 0.986 0.001 0.007 0.001 167 E 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.007 0.001 168 C 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.008 0.001 169 L 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.010 0.001 170 D 0.001 0.001 0.002 0.965 0.001 0.030 0.002 171 L 0.001 0.001 0.002 0.946 0.003 0.030 0.018 172 E 0.001 0.001 0.003 0.978 0.003 0.008 0.008 173 A 0.001 0.001 0.005 0.978 0.004 0.008 0.005 174 E 0.001 0.001 0.005 0.982 0.001 0.009 0.002 175 W 0.001 0.001 0.006 0.971 0.001 0.018 0.002 176 C 0.002 0.001 0.009 0.951 0.003 0.030 0.004 177 K 0.002 0.001 0.017 0.848 0.007 0.107 0.018 178 V 0.002 0.001 0.022 0.744 0.019 0.183 0.028 179 N 0.005 0.004 0.020 0.282 0.100 0.486 0.103 180 N 0.010 0.005 0.029 0.047 0.209 0.426 0.274 181 C 0.038 0.017 0.040 0.039 0.287 0.089 0.490 182 D 0.064 0.036 0.078 0.061 0.175 0.221 0.366 183 Q 0.053 0.015 0.092 0.064 0.180 0.273 0.323 184 Q 0.075 0.017 0.099 0.078 0.178 0.210 0.343 185 E 0.076 0.024 0.075 0.079 0.157 0.144 0.446 186 G 0.080 0.040 0.051 0.089 0.137 0.134 0.469 187 T 0.047 0.013 0.061 0.138 0.135 0.136 0.470 188 G 0.032 0.008 0.091 0.345 0.105 0.243 0.176 189 N 0.031 0.009 0.107 0.414 0.086 0.143 0.211 190 E 0.034 0.009 0.097 0.532 0.047 0.082 0.200 191 R 0.038 0.004 0.061 0.682 0.034 0.075 0.106 192 R 0.047 0.003 0.063 0.699 0.039 0.093 0.057 193 A 0.073 0.005 0.044 0.658 0.051 0.092 0.078 194 L 0.101 0.011 0.026 0.683 0.034 0.072 0.074 195 I 0.095 0.013 0.021 0.741 0.034 0.039 0.057 196 Y 0.064 0.006 0.031 0.762 0.029 0.051 0.057 197 A 0.040 0.003 0.044 0.762 0.024 0.059 0.069 198 L 0.011 0.002 0.058 0.840 0.011 0.042 0.037 199 H 0.008 0.003 0.047 0.782 0.029 0.098 0.034 200 N 0.011 0.003 0.052 0.776 0.018 0.086 0.055 201 F 0.008 0.004 0.070 0.856 0.010 0.036 0.016 202 E 0.004 0.001 0.133 0.739 0.006 0.108 0.010 203 A 0.004 0.001 0.104 0.681 0.014 0.190 0.006 204 L 0.010 0.006 0.045 0.384 0.036 0.494 0.025 205 G 0.015 0.005 0.016 0.019 0.079 0.749 0.118 206 L 0.179 0.031 0.022 0.005 0.107 0.096 0.560 207 T 0.380 0.026 0.020 0.003 0.137 0.075 0.359 208 G 0.585 0.005 0.015 0.001 0.175 0.063 0.157 209 G 0.860 0.003 0.004 0.001 0.025 0.006 0.100 210 I 0.972 0.003 0.001 0.001 0.006 0.002 0.015 211 L 0.970 0.003 0.001 0.002 0.003 0.002 0.019 212 H 0.863 0.004 0.002 0.003 0.006 0.011 0.110 213 V 0.599 0.011 0.019 0.009 0.041 0.212 0.109 214 N 0.022 0.001 0.004 0.001 0.081 0.869 0.023 215 G 0.049 0.001 0.002 0.001 0.342 0.558 0.048 216 K 0.734 0.014 0.001 0.001 0.024 0.005 0.223 217 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 218 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 219 A 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 220 F 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 221 T 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 222 F 0.899 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 0.082 223 G 0.789 0.004 0.003 0.001 0.065 0.017 0.120 224 M 0.661 0.010 0.005 0.003 0.152 0.009 0.159 225 P 0.511 0.020 0.008 0.003 0.056 0.025 0.377 226 I 0.302 0.035 0.018 0.008 0.146 0.089 0.401 227 N 0.152 0.010 0.014 0.004 0.151 0.071 0.598 228 H 0.016 0.001 0.045 0.006 0.278 0.575 0.080 229 E 0.063 0.001 0.023 0.004 0.203 0.587 0.119 230 T 0.672 0.009 0.008 0.003 0.056 0.021 0.232 231 F 0.961 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.031 232 G 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 233 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 234 H 0.919 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.070 235 V 0.675 0.002 0.015 0.023 0.021 0.027 0.238 236 E 0.577 0.008 0.052 0.042 0.091 0.046 0.183 237 K 0.367 0.018 0.099 0.073 0.086 0.098 0.259 238 A 0.162 0.050 0.059 0.083 0.237 0.169 0.239 239 D 0.028 0.013 0.006 0.007 0.355 0.022 0.569 240 T 0.006 0.006 0.026 0.013 0.198 0.532 0.218 241 S 0.006 0.009 0.032 0.025 0.223 0.492 0.212 242 I 0.010 0.007 0.029 0.126 0.398 0.103 0.327 243 D 0.006 0.006 0.022 0.551 0.121 0.130 0.163 244 G 0.007 0.017 0.005 0.810 0.061 0.038 0.062 245 A 0.001 0.001 0.001 0.977 0.003 0.005 0.011 246 Y 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.002 0.003 247 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 248 M 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 249 I 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.014 0.001 250 N 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.013 0.003 251 Y 0.001 0.001 0.001 0.982 0.003 0.009 0.004 252 E 0.001 0.001 0.003 0.981 0.001 0.012 0.003 253 F 0.001 0.001 0.011 0.965 0.002 0.019 0.003 254 A 0.001 0.001 0.055 0.901 0.006 0.034 0.003 255 N 0.001 0.001 0.057 0.749 0.005 0.181 0.006 256 R 0.002 0.001 0.060 0.611 0.029 0.273 0.024 257 I 0.008 0.009 0.004 0.039 0.530 0.018 0.392 258 P 0.012 0.007 0.054 0.037 0.070 0.125 0.695 259 E 0.009 0.001 0.094 0.035 0.101 0.733 0.027 260 Q 0.059 0.004 0.100 0.030 0.077 0.667 0.062 261 Y 0.517 0.016 0.026 0.011 0.049 0.018 0.363 262 I 0.718 0.012 0.007 0.010 0.051 0.015 0.187 263 Y 0.913 0.010 0.005 0.005 0.017 0.011 0.039 264 I 0.738 0.031 0.002 0.004 0.028 0.004 0.194 265 N 0.238 0.015 0.001 0.003 0.096 0.006 0.642 266 R 0.025 0.005 0.142 0.435 0.080 0.151 0.163 267 E 0.008 0.002 0.223 0.553 0.033 0.123 0.058 268 E 0.007 0.002 0.309 0.491 0.025 0.088 0.078 269 D 0.013 0.017 0.146 0.623 0.031 0.107 0.063 270 L 0.011 0.013 0.066 0.529 0.029 0.318 0.035 271 G 0.004 0.004 0.031 0.376 0.053 0.414 0.117 272 I 0.007 0.009 0.026 0.511 0.094 0.095 0.258 273 E 0.006 0.004 0.058 0.664 0.051 0.125 0.092 274 G 0.008 0.005 0.082 0.594 0.037 0.189 0.086 275 L 0.008 0.005 0.121 0.638 0.032 0.092 0.104 276 R 0.007 0.004 0.107 0.575 0.026 0.247 0.035 277 K 0.007 0.004 0.085 0.336 0.031 0.485 0.053 278 A 0.022 0.012 0.085 0.201 0.098 0.215 0.368 279 K 0.036 0.020 0.083 0.164 0.151 0.211 0.334 280 L 0.054 0.017 0.068 0.119 0.135 0.154 0.453 281 S 0.048 0.017 0.043 0.110 0.182 0.202 0.400 282 Y 0.035 0.012 0.017 0.073 0.415 0.098 0.350 283 Q 0.040 0.012 0.005 0.040 0.256 0.022 0.626 284 P 0.035 0.013 0.009 0.067 0.042 0.016 0.818 285 V 0.053 0.010 0.036 0.410 0.100 0.034 0.356 286 T 0.059 0.012 0.038 0.658 0.049 0.034 0.150 287 I 0.023 0.002 0.019 0.916 0.003 0.010 0.026 288 L 0.020 0.001 0.009 0.948 0.003 0.006 0.013 289 E 0.028 0.001 0.007 0.950 0.003 0.005 0.006 290 K 0.037 0.001 0.007 0.938 0.003 0.009 0.006 291 Y 0.048 0.001 0.005 0.921 0.002 0.015 0.007 292 M 0.063 0.001 0.005 0.900 0.005 0.016 0.009 293 A 0.039 0.001 0.007 0.919 0.004 0.023 0.007 294 C 0.038 0.001 0.008 0.891 0.005 0.047 0.009 295 L 0.055 0.004 0.015 0.816 0.016 0.070 0.024 296 K 0.081 0.006 0.025 0.591 0.054 0.172 0.071 297 D 0.047 0.006 0.017 0.424 0.160 0.221 0.126 298 H 0.030 0.007 0.007 0.102 0.223 0.054 0.577 299 P 0.009 0.003 0.066 0.553 0.031 0.244 0.094 300 M 0.023 0.002 0.194 0.430 0.057 0.237 0.057 301 D 0.099 0.010 0.229 0.437 0.051 0.098 0.076 302 M 0.202 0.018 0.128 0.456 0.037 0.082 0.077 303 V 0.273 0.026 0.046 0.318 0.094 0.145 0.097 304 R 0.182 0.029 0.025 0.256 0.022 0.264 0.222 305 W 0.011 0.001 0.001 0.009 0.008 0.003 0.966