# TARGET T0372 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.019 0.013 0.002 0.005 0.273 0.688 2 I 0.083 0.111 0.003 0.012 0.301 0.490 3 P 0.055 0.018 0.003 0.007 0.290 0.628 4 F 0.067 0.012 0.004 0.010 0.400 0.508 5 K 0.132 0.022 0.002 0.005 0.166 0.673 6 D 0.193 0.067 0.004 0.007 0.076 0.653 7 I 0.129 0.032 0.003 0.005 0.089 0.742 8 T 0.076 0.009 0.005 0.009 0.064 0.837 9 L 0.072 0.009 0.155 0.151 0.236 0.377 10 A 0.018 0.005 0.282 0.255 0.247 0.192 11 D 0.027 0.010 0.228 0.364 0.198 0.174 12 R 0.009 0.002 0.122 0.675 0.138 0.054 13 D 0.003 0.001 0.069 0.836 0.055 0.036 14 T 0.006 0.003 0.078 0.854 0.040 0.019 15 I 0.005 0.001 0.023 0.928 0.026 0.017 16 T 0.006 0.001 0.021 0.925 0.027 0.020 17 A 0.006 0.001 0.022 0.915 0.039 0.017 18 F 0.005 0.001 0.025 0.889 0.057 0.023 19 T 0.007 0.001 0.033 0.813 0.102 0.044 20 M 0.005 0.001 0.036 0.758 0.133 0.068 21 K 0.006 0.002 0.040 0.632 0.183 0.137 22 S 0.016 0.005 0.027 0.247 0.303 0.403 23 D 0.036 0.007 0.023 0.062 0.291 0.581 24 R 0.126 0.017 0.036 0.061 0.313 0.448 25 R 0.187 0.021 0.045 0.053 0.347 0.348 26 N 0.278 0.018 0.051 0.055 0.315 0.283 27 C 0.227 0.013 0.054 0.057 0.371 0.278 28 D 0.204 0.009 0.059 0.110 0.362 0.257 29 L 0.281 0.017 0.039 0.155 0.282 0.225 30 S 0.387 0.029 0.021 0.113 0.218 0.231 31 F 0.375 0.014 0.054 0.199 0.218 0.140 32 S 0.363 0.012 0.061 0.219 0.211 0.135 33 N 0.481 0.009 0.054 0.174 0.152 0.131 34 L 0.592 0.009 0.032 0.189 0.098 0.081 35 C 0.744 0.009 0.013 0.108 0.062 0.064 36 S 0.687 0.008 0.018 0.124 0.083 0.080 37 W 0.451 0.010 0.063 0.217 0.164 0.096 38 R 0.401 0.010 0.102 0.171 0.223 0.093 39 F 0.356 0.009 0.113 0.167 0.267 0.089 40 L 0.291 0.015 0.112 0.141 0.361 0.080 41 Y 0.212 0.013 0.074 0.092 0.460 0.149 42 D 0.217 0.004 0.021 0.016 0.442 0.301 43 T 0.497 0.005 0.007 0.007 0.223 0.262 44 Q 0.814 0.005 0.004 0.003 0.050 0.123 45 F 0.963 0.003 0.002 0.002 0.009 0.021 46 A 0.978 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 47 V 0.965 0.002 0.001 0.001 0.015 0.016 48 I 0.867 0.004 0.003 0.001 0.089 0.036 49 D 0.237 0.002 0.015 0.004 0.688 0.055 50 D 0.134 0.002 0.037 0.006 0.764 0.057 51 F 0.829 0.006 0.004 0.001 0.128 0.031 52 L 0.979 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 53 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 54 F 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 55 K 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 56 F 0.949 0.001 0.001 0.001 0.017 0.032 57 W 0.780 0.010 0.002 0.001 0.087 0.121 58 A 0.353 0.021 0.007 0.002 0.509 0.108 59 G 0.060 0.006 0.015 0.004 0.829 0.086 60 E 0.047 0.004 0.014 0.003 0.818 0.114 61 Q 0.280 0.018 0.009 0.005 0.503 0.185 62 L 0.636 0.014 0.003 0.004 0.092 0.252 63 A 0.869 0.018 0.002 0.003 0.025 0.083 64 Y 0.882 0.007 0.003 0.003 0.030 0.076 65 M 0.753 0.013 0.004 0.004 0.051 0.175 66 M 0.491 0.015 0.004 0.004 0.101 0.385 67 P 0.240 0.018 0.005 0.004 0.169 0.564 68 V 0.086 0.034 0.011 0.005 0.307 0.556 69 G 0.028 0.015 0.026 0.012 0.630 0.288 70 N 0.010 0.006 0.059 0.036 0.700 0.190 71 G 0.006 0.007 0.038 0.066 0.658 0.226 72 D 0.009 0.021 0.035 0.132 0.468 0.334 73 L 0.003 0.003 0.027 0.782 0.097 0.087 74 K 0.003 0.001 0.020 0.896 0.050 0.030 75 A 0.003 0.001 0.022 0.937 0.026 0.011 76 V 0.004 0.001 0.015 0.961 0.012 0.007 77 L 0.002 0.001 0.006 0.981 0.006 0.004 78 R 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.002 79 K 0.001 0.001 0.002 0.989 0.003 0.004 80 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.006 81 I 0.002 0.001 0.002 0.985 0.005 0.007 82 E 0.002 0.001 0.003 0.970 0.012 0.013 83 D 0.001 0.001 0.004 0.968 0.013 0.014 84 A 0.002 0.001 0.008 0.943 0.023 0.023 85 D 0.002 0.001 0.020 0.888 0.057 0.032 86 K 0.002 0.001 0.032 0.757 0.132 0.077 87 E 0.003 0.002 0.035 0.293 0.378 0.290 88 K 0.006 0.003 0.032 0.058 0.563 0.338 89 H 0.027 0.008 0.038 0.034 0.598 0.295 90 N 0.050 0.003 0.027 0.012 0.478 0.430 91 F 0.362 0.014 0.024 0.011 0.278 0.312 92 C 0.705 0.010 0.011 0.005 0.087 0.183 93 M 0.795 0.013 0.012 0.006 0.068 0.107 94 L 0.747 0.006 0.012 0.006 0.104 0.125 95 G 0.529 0.016 0.010 0.005 0.163 0.277 96 V 0.171 0.035 0.002 0.003 0.172 0.617 97 C 0.029 0.007 0.001 0.008 0.136 0.819 98 S 0.002 0.001 0.022 0.853 0.086 0.036 99 N 0.001 0.001 0.016 0.934 0.041 0.007 100 M 0.001 0.001 0.016 0.965 0.014 0.003 101 R 0.002 0.001 0.008 0.977 0.007 0.006 102 A 0.002 0.001 0.006 0.984 0.005 0.003 103 D 0.001 0.001 0.007 0.986 0.004 0.002 104 L 0.002 0.001 0.007 0.980 0.007 0.004 105 E 0.001 0.001 0.016 0.971 0.008 0.004 106 A 0.002 0.001 0.016 0.939 0.025 0.018 107 I 0.002 0.002 0.016 0.828 0.060 0.092 108 L 0.012 0.019 0.022 0.181 0.553 0.214 109 P 0.010 0.004 0.026 0.049 0.755 0.155 110 E 0.016 0.002 0.031 0.029 0.771 0.152 111 R 0.214 0.016 0.018 0.013 0.570 0.169 112 F 0.728 0.019 0.003 0.010 0.070 0.170 113 I 0.804 0.010 0.002 0.007 0.033 0.145 114 F 0.806 0.009 0.001 0.006 0.023 0.153 115 T 0.639 0.011 0.004 0.011 0.050 0.286 116 E 0.492 0.015 0.008 0.011 0.079 0.395 117 D 0.195 0.015 0.029 0.019 0.372 0.370 118 R 0.104 0.009 0.037 0.012 0.515 0.322 119 A 0.050 0.016 0.032 0.012 0.569 0.321 120 Y 0.045 0.037 0.022 0.013 0.442 0.441 121 A 0.034 0.024 0.008 0.022 0.157 0.754 122 D 0.001 0.003 0.001 0.002 0.023 0.970