# TARGET T0372 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.011 0.869 0.003 0.013 0.007 0.001 0.001 0.003 0.058 0.019 0.005 0.012 2 I 0.001 0.016 0.781 0.004 0.044 0.009 0.001 0.001 0.007 0.054 0.058 0.004 0.023 3 P 0.002 0.022 0.302 0.013 0.080 0.025 0.002 0.001 0.030 0.191 0.242 0.047 0.043 4 F 0.008 0.014 0.396 0.020 0.033 0.014 0.006 0.001 0.047 0.185 0.116 0.017 0.142 5 K 0.004 0.011 0.380 0.006 0.002 0.007 0.004 0.001 0.094 0.080 0.009 0.360 0.042 6 D 0.005 0.011 0.426 0.017 0.001 0.005 0.008 0.002 0.103 0.027 0.007 0.020 0.367 7 I 0.012 0.044 0.322 0.008 0.002 0.008 0.018 0.007 0.189 0.037 0.005 0.282 0.064 8 T 0.007 0.013 0.541 0.003 0.001 0.005 0.009 0.004 0.205 0.036 0.002 0.034 0.140 9 L 0.005 0.018 0.408 0.012 0.063 0.048 0.011 0.005 0.237 0.055 0.031 0.016 0.093 10 A 0.005 0.023 0.374 0.018 0.057 0.045 0.004 0.002 0.069 0.290 0.041 0.052 0.020 11 D 0.001 0.024 0.520 0.001 0.066 0.075 0.001 0.001 0.036 0.183 0.037 0.003 0.055 12 R 0.001 0.001 0.024 0.001 0.201 0.660 0.001 0.001 0.001 0.022 0.090 0.001 0.001 13 D 0.001 0.001 0.011 0.001 0.167 0.674 0.001 0.001 0.001 0.016 0.130 0.001 0.001 14 T 0.001 0.001 0.018 0.001 0.111 0.804 0.001 0.001 0.001 0.014 0.050 0.001 0.001 15 I 0.001 0.002 0.027 0.001 0.015 0.924 0.001 0.001 0.001 0.014 0.017 0.001 0.001 16 T 0.001 0.001 0.011 0.001 0.013 0.951 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.001 0.001 17 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.023 0.943 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.001 0.001 18 F 0.001 0.001 0.009 0.001 0.028 0.923 0.001 0.001 0.001 0.006 0.031 0.001 0.001 19 T 0.001 0.002 0.023 0.001 0.033 0.866 0.001 0.001 0.001 0.013 0.059 0.001 0.001 20 M 0.001 0.001 0.035 0.001 0.023 0.752 0.001 0.001 0.001 0.031 0.153 0.001 0.001 21 K 0.001 0.002 0.080 0.001 0.024 0.555 0.001 0.001 0.001 0.076 0.259 0.001 0.003 22 S 0.001 0.011 0.313 0.002 0.030 0.288 0.001 0.001 0.003 0.189 0.151 0.006 0.006 23 D 0.001 0.010 0.554 0.008 0.054 0.123 0.001 0.001 0.008 0.128 0.084 0.011 0.018 24 R 0.003 0.015 0.474 0.007 0.077 0.126 0.001 0.003 0.027 0.115 0.075 0.018 0.058 25 R 0.008 0.037 0.293 0.014 0.070 0.144 0.003 0.011 0.064 0.114 0.099 0.087 0.056 26 N 0.015 0.032 0.278 0.010 0.054 0.185 0.006 0.012 0.064 0.098 0.081 0.019 0.148 27 C 0.011 0.027 0.301 0.047 0.029 0.185 0.005 0.015 0.065 0.126 0.076 0.076 0.038 28 D 0.010 0.009 0.213 0.033 0.042 0.224 0.004 0.008 0.028 0.201 0.143 0.020 0.066 29 L 0.028 0.015 0.202 0.008 0.058 0.291 0.009 0.016 0.035 0.117 0.114 0.049 0.059 30 S 0.088 0.022 0.120 0.005 0.051 0.350 0.023 0.029 0.032 0.065 0.081 0.051 0.082 31 F 0.152 0.015 0.084 0.010 0.025 0.389 0.020 0.022 0.032 0.048 0.048 0.064 0.090 32 S 0.092 0.010 0.119 0.011 0.023 0.469 0.007 0.008 0.024 0.068 0.050 0.066 0.053 33 N 0.066 0.017 0.104 0.014 0.034 0.525 0.004 0.002 0.010 0.074 0.073 0.020 0.057 34 L 0.074 0.005 0.055 0.006 0.095 0.590 0.004 0.001 0.004 0.037 0.079 0.013 0.037 35 C 0.113 0.006 0.035 0.002 0.107 0.573 0.006 0.002 0.009 0.019 0.090 0.015 0.024 36 S 0.103 0.004 0.053 0.003 0.099 0.564 0.005 0.002 0.005 0.025 0.090 0.019 0.027 37 W 0.069 0.007 0.081 0.006 0.060 0.539 0.004 0.001 0.005 0.061 0.091 0.029 0.046 38 R 0.056 0.010 0.094 0.003 0.072 0.426 0.003 0.002 0.002 0.071 0.184 0.034 0.044 39 F 0.027 0.009 0.079 0.008 0.093 0.298 0.002 0.002 0.003 0.081 0.341 0.013 0.042 40 L 0.022 0.008 0.147 0.008 0.124 0.224 0.001 0.002 0.004 0.089 0.289 0.022 0.060 41 Y 0.011 0.017 0.095 0.026 0.069 0.095 0.001 0.001 0.003 0.164 0.469 0.021 0.026 42 D 0.014 0.003 0.161 0.054 0.038 0.022 0.001 0.001 0.003 0.167 0.447 0.045 0.046 43 T 0.101 0.011 0.244 0.016 0.004 0.018 0.009 0.001 0.018 0.059 0.017 0.079 0.424 44 Q 0.168 0.006 0.067 0.009 0.001 0.009 0.019 0.002 0.026 0.009 0.005 0.544 0.136 45 F 0.347 0.004 0.019 0.012 0.001 0.006 0.025 0.003 0.004 0.002 0.001 0.031 0.545 46 A 0.406 0.001 0.011 0.004 0.001 0.003 0.038 0.002 0.002 0.001 0.001 0.477 0.054 47 V 0.389 0.001 0.013 0.025 0.005 0.006 0.053 0.001 0.004 0.003 0.008 0.006 0.485 48 I 0.208 0.004 0.016 0.003 0.002 0.003 0.022 0.001 0.003 0.007 0.012 0.681 0.038 49 D 0.024 0.004 0.045 0.010 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.063 0.784 0.013 0.049 50 D 0.017 0.001 0.028 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.803 0.016 0.009 51 F 0.574 0.001 0.019 0.002 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.010 0.005 0.134 0.220 52 L 0.822 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.110 53 V 0.855 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.036 54 F 0.751 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.170 55 K 0.535 0.001 0.018 0.139 0.001 0.001 0.026 0.001 0.004 0.004 0.001 0.143 0.128 56 F 0.411 0.005 0.050 0.008 0.002 0.001 0.010 0.001 0.008 0.018 0.004 0.243 0.239 57 W 0.223 0.021 0.178 0.012 0.007 0.003 0.013 0.001 0.020 0.044 0.014 0.080 0.383 58 A 0.036 0.037 0.351 0.005 0.010 0.003 0.006 0.001 0.021 0.069 0.046 0.207 0.210 59 G 0.002 0.007 0.086 0.010 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.167 0.670 0.007 0.028 60 E 0.001 0.002 0.068 0.026 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.374 0.508 0.006 0.004 61 Q 0.004 0.010 0.354 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.492 0.050 0.027 0.041 62 L 0.022 0.045 0.464 0.004 0.005 0.003 0.008 0.001 0.022 0.078 0.025 0.050 0.273 63 A 0.129 0.030 0.210 0.040 0.006 0.003 0.043 0.010 0.021 0.034 0.015 0.192 0.267 64 Y 0.241 0.025 0.119 0.014 0.008 0.004 0.052 0.006 0.018 0.024 0.012 0.189 0.288 65 M 0.194 0.025 0.160 0.022 0.012 0.008 0.047 0.004 0.022 0.051 0.026 0.185 0.245 66 M 0.060 0.016 0.347 0.011 0.006 0.006 0.010 0.002 0.033 0.090 0.014 0.258 0.146 67 P 0.010 0.025 0.632 0.007 0.008 0.003 0.002 0.001 0.026 0.050 0.022 0.036 0.178 68 V 0.009 0.058 0.413 0.006 0.067 0.008 0.001 0.001 0.011 0.174 0.187 0.022 0.044 69 G 0.002 0.020 0.357 0.002 0.073 0.010 0.001 0.001 0.005 0.195 0.309 0.009 0.017 70 N 0.001 0.004 0.205 0.001 0.080 0.022 0.001 0.001 0.001 0.304 0.377 0.002 0.004 71 G 0.001 0.009 0.190 0.001 0.026 0.049 0.001 0.001 0.001 0.400 0.320 0.002 0.003 72 D 0.001 0.020 0.559 0.001 0.015 0.113 0.001 0.001 0.001 0.218 0.063 0.001 0.010 73 L 0.001 0.003 0.124 0.001 0.012 0.787 0.001 0.001 0.001 0.046 0.026 0.001 0.002 74 K 0.001 0.001 0.010 0.001 0.009 0.963 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 75 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.974 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 76 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 78 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 79 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 80 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 81 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 82 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 83 D 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.951 0.001 0.001 0.001 0.005 0.035 0.001 0.001 84 A 0.001 0.001 0.030 0.001 0.008 0.903 0.001 0.001 0.001 0.013 0.044 0.001 0.001 85 D 0.001 0.001 0.042 0.001 0.024 0.823 0.001 0.001 0.001 0.016 0.091 0.001 0.001 86 K 0.001 0.001 0.048 0.001 0.037 0.691 0.001 0.001 0.001 0.035 0.184 0.001 0.001 87 E 0.001 0.001 0.084 0.001 0.040 0.418 0.001 0.001 0.001 0.099 0.354 0.001 0.001 88 K 0.001 0.003 0.184 0.001 0.042 0.115 0.001 0.001 0.002 0.132 0.517 0.001 0.002 89 H 0.001 0.006 0.413 0.003 0.044 0.061 0.001 0.001 0.009 0.306 0.148 0.004 0.003 90 N 0.001 0.002 0.350 0.020 0.046 0.021 0.001 0.001 0.035 0.339 0.168 0.004 0.012 91 F 0.006 0.016 0.269 0.002 0.017 0.025 0.022 0.104 0.383 0.059 0.020 0.031 0.048 92 C 0.008 0.029 0.120 0.009 0.010 0.016 0.043 0.183 0.492 0.018 0.008 0.026 0.037 93 M 0.011 0.015 0.137 0.012 0.017 0.011 0.041 0.100 0.565 0.020 0.010 0.017 0.046 94 L 0.008 0.009 0.174 0.096 0.025 0.009 0.022 0.101 0.406 0.062 0.043 0.026 0.020 95 G 0.010 0.028 0.267 0.012 0.035 0.007 0.020 0.018 0.273 0.142 0.084 0.025 0.078 96 V 0.003 0.031 0.586 0.001 0.007 0.006 0.003 0.002 0.069 0.226 0.008 0.031 0.028 97 C 0.001 0.010 0.754 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 0.017 0.159 0.007 0.001 0.027 98 S 0.001 0.001 0.009 0.001 0.020 0.904 0.001 0.001 0.001 0.016 0.049 0.001 0.001 99 N 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.958 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.001 0.001 100 M 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 101 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 103 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 104 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.010 0.957 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.001 0.001 105 E 0.001 0.001 0.013 0.001 0.028 0.918 0.001 0.001 0.001 0.009 0.028 0.002 0.001 106 A 0.001 0.001 0.009 0.001 0.026 0.837 0.001 0.001 0.001 0.012 0.114 0.001 0.001 107 I 0.001 0.003 0.055 0.001 0.022 0.627 0.001 0.001 0.001 0.052 0.237 0.001 0.002 108 L 0.001 0.009 0.459 0.001 0.032 0.130 0.001 0.001 0.002 0.223 0.135 0.003 0.005 109 P 0.001 0.003 0.236 0.003 0.103 0.042 0.001 0.001 0.002 0.149 0.456 0.001 0.004 110 E 0.001 0.004 0.092 0.004 0.124 0.024 0.001 0.001 0.005 0.197 0.536 0.008 0.005 111 R 0.004 0.010 0.408 0.012 0.084 0.018 0.005 0.003 0.106 0.140 0.121 0.014 0.075 112 F 0.016 0.011 0.202 0.009 0.003 0.006 0.031 0.025 0.486 0.033 0.005 0.094 0.077 113 I 0.022 0.011 0.116 0.021 0.002 0.006 0.038 0.079 0.514 0.014 0.004 0.059 0.114 114 F 0.025 0.012 0.127 0.008 0.002 0.010 0.044 0.113 0.430 0.016 0.005 0.095 0.113 115 T 0.027 0.018 0.220 0.032 0.005 0.017 0.037 0.093 0.286 0.031 0.016 0.090 0.129 116 E 0.019 0.026 0.299 0.022 0.010 0.020 0.017 0.018 0.148 0.106 0.021 0.092 0.200 117 D 0.005 0.015 0.566 0.018 0.020 0.020 0.005 0.001 0.054 0.104 0.028 0.061 0.104 118 R 0.002 0.013 0.310 0.009 0.104 0.054 0.002 0.001 0.012 0.223 0.221 0.012 0.038 119 A 0.001 0.016 0.339 0.004 0.108 0.059 0.001 0.001 0.004 0.196 0.239 0.018 0.016 120 Y 0.001 0.020 0.315 0.001 0.112 0.073 0.001 0.001 0.002 0.254 0.198 0.005 0.020 121 A 0.001 0.030 0.524 0.001 0.050 0.087 0.001 0.001 0.003 0.102 0.179 0.008 0.014 122 D 0.001 0.004 0.918 0.001 0.008 0.021 0.001 0.001 0.001 0.032 0.010 0.001 0.005