# TARGET T0372 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.003 0.002 0.016 0.015 0.026 0.079 0.001 0.001 0.022 0.825 2 I 0.025 0.001 0.001 0.011 0.142 0.062 0.108 0.007 0.001 0.045 0.599 3 P 0.020 0.001 0.001 0.050 0.024 0.037 0.090 0.002 0.001 0.027 0.750 4 F 0.036 0.002 0.001 0.054 0.013 0.020 0.095 0.003 0.001 0.028 0.748 5 K 0.033 0.003 0.001 0.056 0.055 0.025 0.112 0.006 0.001 0.021 0.688 6 D 0.004 0.002 0.001 0.035 0.024 0.022 0.119 0.002 0.001 0.006 0.787 7 I 0.002 0.004 0.001 0.098 0.067 0.055 0.095 0.005 0.001 0.006 0.668 8 T 0.128 0.493 0.002 0.083 0.016 0.022 0.040 0.012 0.001 0.007 0.196 9 L 0.182 0.371 0.004 0.064 0.009 0.011 0.032 0.009 0.001 0.064 0.253 10 A 0.019 0.181 0.014 0.045 0.009 0.011 0.063 0.002 0.005 0.297 0.351 11 D 0.060 0.685 0.006 0.009 0.003 0.005 0.032 0.012 0.001 0.049 0.136 12 R 0.138 0.235 0.008 0.012 0.011 0.008 0.035 0.018 0.003 0.298 0.235 13 D 0.036 0.436 0.007 0.009 0.007 0.011 0.063 0.006 0.003 0.066 0.357 14 T 0.092 0.510 0.003 0.005 0.004 0.012 0.035 0.010 0.001 0.033 0.295 15 I 0.051 0.309 0.023 0.010 0.006 0.007 0.046 0.016 0.006 0.241 0.286 16 T 0.065 0.670 0.002 0.002 0.003 0.007 0.040 0.009 0.001 0.023 0.178 17 A 0.056 0.569 0.015 0.006 0.001 0.004 0.028 0.012 0.005 0.030 0.273 18 F 0.115 0.261 0.047 0.009 0.008 0.010 0.079 0.017 0.018 0.119 0.316 19 T 0.233 0.104 0.007 0.008 0.005 0.011 0.088 0.014 0.006 0.109 0.415 20 M 0.235 0.091 0.012 0.014 0.005 0.009 0.078 0.016 0.006 0.061 0.473 21 K 0.109 0.049 0.006 0.020 0.004 0.009 0.107 0.005 0.003 0.032 0.656 22 S 0.030 0.030 0.001 0.016 0.015 0.028 0.109 0.005 0.001 0.037 0.729 23 D 0.039 0.063 0.003 0.033 0.030 0.042 0.135 0.007 0.001 0.067 0.581 24 R 0.067 0.037 0.007 0.048 0.041 0.055 0.121 0.006 0.003 0.051 0.565 25 R 0.085 0.075 0.002 0.067 0.046 0.070 0.104 0.012 0.001 0.063 0.476 26 N 0.134 0.043 0.002 0.051 0.023 0.038 0.114 0.005 0.001 0.098 0.491 27 C 0.033 0.099 0.005 0.105 0.030 0.061 0.124 0.008 0.001 0.067 0.466 28 D 0.063 0.120 0.003 0.051 0.029 0.061 0.106 0.005 0.001 0.116 0.446 29 L 0.027 0.148 0.006 0.078 0.057 0.064 0.095 0.004 0.002 0.183 0.336 30 S 0.035 0.260 0.003 0.038 0.056 0.088 0.082 0.006 0.001 0.158 0.271 31 F 0.053 0.531 0.005 0.026 0.024 0.041 0.042 0.009 0.001 0.073 0.196 32 S 0.032 0.196 0.004 0.030 0.026 0.041 0.061 0.004 0.001 0.414 0.190 33 N 0.017 0.532 0.006 0.017 0.024 0.043 0.039 0.006 0.002 0.161 0.154 34 L 0.056 0.595 0.008 0.016 0.018 0.028 0.035 0.013 0.002 0.067 0.161 35 C 0.031 0.610 0.012 0.024 0.027 0.031 0.033 0.007 0.004 0.060 0.161 36 S 0.063 0.588 0.005 0.011 0.019 0.032 0.044 0.011 0.002 0.034 0.191 37 W 0.098 0.341 0.016 0.024 0.027 0.039 0.056 0.024 0.007 0.113 0.254 38 R 0.126 0.128 0.033 0.030 0.030 0.044 0.114 0.011 0.020 0.116 0.346 39 F 0.166 0.027 0.009 0.025 0.028 0.049 0.133 0.006 0.005 0.105 0.448 40 L 0.052 0.018 0.008 0.044 0.028 0.056 0.140 0.005 0.004 0.083 0.562 41 Y 0.090 0.024 0.004 0.044 0.037 0.073 0.159 0.006 0.002 0.060 0.502 42 D 0.020 0.016 0.002 0.082 0.069 0.185 0.119 0.006 0.001 0.055 0.446 43 T 0.010 0.017 0.001 0.042 0.087 0.194 0.093 0.003 0.001 0.068 0.484 44 Q 0.008 0.008 0.001 0.134 0.211 0.342 0.041 0.003 0.001 0.072 0.178 45 F 0.007 0.005 0.002 0.140 0.142 0.236 0.052 0.001 0.001 0.050 0.365 46 A 0.004 0.001 0.003 0.166 0.274 0.352 0.030 0.001 0.002 0.054 0.115 47 V 0.063 0.001 0.004 0.131 0.130 0.232 0.062 0.003 0.004 0.088 0.282 48 I 0.246 0.002 0.002 0.056 0.070 0.128 0.094 0.007 0.002 0.074 0.319 49 D 0.015 0.001 0.001 0.040 0.024 0.079 0.136 0.001 0.001 0.032 0.669 50 D 0.001 0.001 0.001 0.057 0.105 0.360 0.090 0.001 0.001 0.042 0.343 51 F 0.001 0.001 0.001 0.064 0.308 0.396 0.033 0.001 0.001 0.055 0.142 52 L 0.001 0.001 0.001 0.076 0.400 0.392 0.012 0.001 0.001 0.034 0.083 53 V 0.001 0.001 0.001 0.059 0.331 0.418 0.014 0.001 0.001 0.037 0.137 54 F 0.006 0.001 0.001 0.046 0.357 0.423 0.014 0.001 0.001 0.046 0.105 55 K 0.007 0.003 0.001 0.042 0.241 0.430 0.045 0.001 0.001 0.061 0.168 56 F 0.015 0.004 0.007 0.035 0.180 0.258 0.067 0.002 0.007 0.027 0.399 57 W 0.337 0.005 0.006 0.012 0.090 0.103 0.051 0.013 0.009 0.058 0.316 58 A 0.315 0.002 0.002 0.005 0.010 0.016 0.048 0.005 0.002 0.041 0.555 59 G 0.028 0.001 0.001 0.005 0.007 0.020 0.067 0.001 0.001 0.016 0.853 60 E 0.004 0.001 0.001 0.012 0.049 0.094 0.109 0.001 0.001 0.021 0.709 61 Q 0.002 0.001 0.001 0.028 0.196 0.340 0.089 0.001 0.001 0.068 0.274 62 L 0.001 0.001 0.001 0.043 0.323 0.382 0.032 0.001 0.001 0.055 0.163 63 A 0.001 0.001 0.001 0.046 0.285 0.421 0.029 0.001 0.001 0.032 0.186 64 Y 0.001 0.001 0.001 0.057 0.316 0.452 0.017 0.001 0.001 0.030 0.127 65 M 0.002 0.001 0.001 0.079 0.217 0.342 0.038 0.001 0.001 0.050 0.271 66 M 0.010 0.001 0.001 0.029 0.409 0.315 0.035 0.001 0.001 0.058 0.142 67 P 0.018 0.006 0.003 0.049 0.133 0.151 0.096 0.001 0.003 0.045 0.496 68 V 0.047 0.007 0.004 0.019 0.061 0.089 0.090 0.013 0.004 0.025 0.641 69 G 0.692 0.044 0.001 0.003 0.004 0.004 0.024 0.012 0.001 0.030 0.186 70 N 0.171 0.045 0.001 0.004 0.003 0.006 0.068 0.003 0.001 0.029 0.669 71 G 0.008 0.062 0.001 0.010 0.004 0.010 0.067 0.001 0.001 0.013 0.825 72 D 0.030 0.639 0.001 0.003 0.018 0.012 0.042 0.006 0.001 0.067 0.181 73 L 0.016 0.926 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.003 0.001 0.011 0.035 74 K 0.007 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.009 0.022 75 A 0.004 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.024 0.013 76 V 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 77 L 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 78 R 0.004 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.033 0.011 79 K 0.002 0.940 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.032 0.016 80 L 0.012 0.944 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 0.009 0.010 81 I 0.036 0.731 0.007 0.002 0.001 0.001 0.009 0.008 0.003 0.137 0.067 82 E 0.023 0.655 0.013 0.001 0.001 0.001 0.027 0.004 0.009 0.071 0.197 83 D 0.090 0.613 0.019 0.001 0.001 0.001 0.025 0.013 0.010 0.056 0.171 84 A 0.182 0.257 0.085 0.002 0.001 0.002 0.036 0.024 0.059 0.093 0.259 85 D 0.184 0.152 0.003 0.001 0.001 0.002 0.051 0.005 0.002 0.022 0.577 86 K 0.126 0.032 0.010 0.004 0.001 0.003 0.050 0.003 0.006 0.047 0.718 87 E 0.101 0.041 0.004 0.009 0.003 0.006 0.113 0.005 0.001 0.046 0.670 88 K 0.036 0.035 0.001 0.014 0.004 0.011 0.094 0.002 0.001 0.036 0.766 89 H 0.031 0.087 0.003 0.043 0.034 0.043 0.142 0.008 0.001 0.065 0.544 90 N 0.025 0.052 0.002 0.109 0.072 0.139 0.117 0.007 0.001 0.101 0.376 91 F 0.023 0.025 0.006 0.157 0.080 0.112 0.093 0.003 0.002 0.084 0.416 92 C 0.038 0.015 0.002 0.244 0.116 0.145 0.076 0.007 0.001 0.117 0.239 93 M 0.065 0.019 0.001 0.149 0.055 0.117 0.109 0.004 0.001 0.080 0.401 94 L 0.023 0.004 0.001 0.159 0.062 0.113 0.115 0.002 0.001 0.035 0.486 95 G 0.014 0.010 0.001 0.075 0.058 0.112 0.151 0.001 0.001 0.044 0.533 96 V 0.011 0.047 0.002 0.028 0.038 0.031 0.119 0.004 0.001 0.030 0.690 97 C 0.136 0.687 0.001 0.005 0.005 0.005 0.025 0.013 0.001 0.017 0.106 98 S 0.060 0.522 0.003 0.008 0.002 0.002 0.035 0.005 0.001 0.123 0.239 99 N 0.012 0.797 0.004 0.003 0.002 0.003 0.019 0.004 0.001 0.064 0.090 100 M 0.011 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.003 0.026 101 R 0.029 0.898 0.002 0.001 0.002 0.003 0.005 0.008 0.001 0.016 0.036 102 A 0.009 0.885 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.032 0.059 103 D 0.035 0.569 0.122 0.001 0.001 0.002 0.017 0.016 0.068 0.100 0.071 104 L 0.415 0.347 0.022 0.001 0.001 0.001 0.016 0.077 0.010 0.048 0.062 105 E 0.243 0.034 0.002 0.003 0.002 0.006 0.047 0.004 0.003 0.043 0.613 106 A 0.012 0.015 0.002 0.007 0.001 0.005 0.077 0.001 0.001 0.012 0.869 107 I 0.011 0.021 0.012 0.019 0.006 0.013 0.109 0.002 0.004 0.033 0.772 108 L 0.443 0.040 0.003 0.005 0.009 0.007 0.079 0.032 0.002 0.073 0.306 109 P 0.239 0.045 0.001 0.010 0.002 0.004 0.078 0.005 0.001 0.034 0.581 110 E 0.034 0.035 0.001 0.039 0.009 0.033 0.110 0.005 0.001 0.036 0.697 111 R 0.027 0.025 0.002 0.104 0.033 0.074 0.109 0.002 0.001 0.067 0.558 112 F 0.012 0.022 0.002 0.128 0.160 0.121 0.087 0.002 0.001 0.045 0.421 113 I 0.031 0.058 0.002 0.108 0.116 0.116 0.073 0.005 0.001 0.042 0.448 114 F 0.077 0.123 0.003 0.053 0.064 0.064 0.086 0.013 0.002 0.043 0.471 115 T 0.230 0.138 0.006 0.028 0.039 0.071 0.083 0.012 0.004 0.055 0.332 116 E 0.055 0.205 0.007 0.021 0.020 0.048 0.078 0.008 0.004 0.027 0.527 117 D 0.278 0.137 0.007 0.008 0.036 0.045 0.054 0.009 0.004 0.033 0.389 118 R 0.106 0.126 0.007 0.015 0.024 0.029 0.073 0.009 0.003 0.044 0.566 119 A 0.052 0.055 0.002 0.008 0.014 0.025 0.073 0.003 0.001 0.025 0.741 120 Y 0.148 0.080 0.005 0.015 0.028 0.029 0.078 0.005 0.002 0.062 0.548 121 A 0.023 0.040 0.002 0.010 0.014 0.020 0.105 0.003 0.001 0.029 0.753 122 D 0.152 0.114 0.004 0.013 0.018 0.023 0.092 0.010 0.002 0.056 0.517