# TARGET T0372 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.201 0.116 0.076 0.133 0.100 0.092 0.097 0.067 0.056 0.037 0.027 2 I 0.086 0.071 0.038 0.074 0.080 0.106 0.156 0.131 0.116 0.099 0.044 3 P 0.420 0.251 0.071 0.144 0.070 0.025 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 4 F 0.079 0.026 0.013 0.039 0.063 0.070 0.146 0.169 0.182 0.126 0.087 5 K 0.243 0.228 0.142 0.197 0.103 0.046 0.027 0.008 0.004 0.002 0.001 6 D 0.139 0.166 0.116 0.335 0.152 0.059 0.024 0.005 0.002 0.001 0.001 7 I 0.013 0.007 0.006 0.010 0.020 0.041 0.122 0.167 0.237 0.228 0.151 8 T 0.051 0.375 0.273 0.234 0.051 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.063 0.036 0.031 0.058 0.077 0.112 0.256 0.153 0.121 0.066 0.028 10 A 0.468 0.226 0.132 0.106 0.044 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 11 D 0.022 0.215 0.101 0.196 0.126 0.107 0.131 0.052 0.030 0.014 0.006 12 R 0.040 0.051 0.039 0.153 0.249 0.217 0.139 0.056 0.034 0.015 0.007 13 D 0.681 0.123 0.143 0.037 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 T 0.004 0.019 0.050 0.196 0.204 0.205 0.217 0.066 0.026 0.011 0.003 15 I 0.002 0.002 0.010 0.005 0.006 0.013 0.070 0.128 0.240 0.275 0.248 16 T 0.008 0.023 0.177 0.323 0.242 0.139 0.061 0.016 0.007 0.002 0.001 17 A 0.018 0.057 0.682 0.138 0.058 0.028 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 18 F 0.001 0.002 0.010 0.018 0.032 0.080 0.259 0.205 0.185 0.134 0.074 19 T 0.006 0.010 0.016 0.022 0.030 0.062 0.245 0.210 0.198 0.130 0.070 20 M 0.029 0.080 0.337 0.219 0.140 0.091 0.055 0.023 0.014 0.008 0.004 21 K 0.149 0.141 0.291 0.169 0.101 0.069 0.049 0.016 0.009 0.004 0.002 22 S 0.194 0.092 0.063 0.091 0.085 0.091 0.145 0.093 0.075 0.047 0.022 23 D 0.255 0.163 0.092 0.151 0.099 0.081 0.078 0.036 0.025 0.014 0.007 24 R 0.080 0.109 0.131 0.190 0.162 0.135 0.103 0.044 0.027 0.013 0.006 25 R 0.113 0.114 0.140 0.179 0.139 0.109 0.101 0.048 0.029 0.017 0.010 26 N 0.054 0.063 0.042 0.133 0.155 0.152 0.177 0.097 0.070 0.038 0.020 27 C 0.043 0.026 0.018 0.039 0.053 0.078 0.167 0.167 0.187 0.135 0.087 28 D 0.089 0.077 0.067 0.165 0.152 0.142 0.141 0.069 0.049 0.031 0.019 29 L 0.025 0.030 0.046 0.087 0.093 0.107 0.182 0.136 0.132 0.101 0.062 30 S 0.028 0.033 0.037 0.080 0.086 0.097 0.172 0.143 0.152 0.109 0.063 31 F 0.016 0.012 0.022 0.034 0.036 0.057 0.159 0.158 0.185 0.180 0.139 32 S 0.009 0.018 0.045 0.067 0.072 0.089 0.177 0.168 0.164 0.125 0.066 33 N 0.007 0.017 0.035 0.052 0.054 0.080 0.192 0.174 0.171 0.137 0.081 34 L 0.004 0.006 0.020 0.026 0.023 0.033 0.089 0.134 0.206 0.256 0.202 35 C 0.004 0.006 0.016 0.027 0.038 0.061 0.193 0.192 0.223 0.157 0.083 36 S 0.006 0.015 0.045 0.059 0.047 0.054 0.142 0.159 0.205 0.164 0.104 37 W 0.004 0.008 0.017 0.047 0.056 0.078 0.161 0.169 0.206 0.161 0.093 38 R 0.027 0.045 0.053 0.154 0.159 0.167 0.180 0.106 0.071 0.028 0.009 39 F 0.029 0.045 0.052 0.131 0.131 0.133 0.185 0.130 0.095 0.050 0.018 40 L 0.025 0.033 0.031 0.091 0.091 0.098 0.165 0.153 0.157 0.099 0.056 41 Y 0.034 0.055 0.036 0.126 0.140 0.158 0.212 0.120 0.074 0.034 0.012 42 D 0.097 0.167 0.110 0.252 0.162 0.104 0.060 0.025 0.014 0.006 0.003 43 T 0.016 0.016 0.014 0.033 0.036 0.047 0.123 0.165 0.217 0.196 0.137 44 Q 0.062 0.098 0.070 0.252 0.187 0.133 0.108 0.045 0.026 0.012 0.006 45 F 0.007 0.015 0.021 0.035 0.036 0.053 0.139 0.160 0.220 0.184 0.130 46 A 0.013 0.016 0.028 0.072 0.080 0.114 0.188 0.156 0.142 0.107 0.085 47 V 0.018 0.036 0.048 0.091 0.092 0.113 0.203 0.133 0.128 0.086 0.051 48 I 0.007 0.013 0.030 0.066 0.067 0.076 0.153 0.148 0.187 0.149 0.104 49 D 0.086 0.100 0.101 0.205 0.173 0.125 0.112 0.049 0.030 0.013 0.007 50 D 0.025 0.040 0.038 0.112 0.116 0.131 0.228 0.140 0.095 0.055 0.021 51 F 0.004 0.015 0.016 0.066 0.086 0.135 0.205 0.159 0.137 0.109 0.067 52 L 0.001 0.003 0.003 0.009 0.012 0.025 0.097 0.163 0.236 0.257 0.194 53 V 0.001 0.003 0.005 0.020 0.034 0.053 0.161 0.219 0.230 0.170 0.105 54 F 0.001 0.002 0.003 0.008 0.009 0.016 0.070 0.135 0.256 0.291 0.210 55 K 0.003 0.009 0.010 0.088 0.134 0.135 0.212 0.172 0.142 0.067 0.028 56 F 0.013 0.026 0.018 0.091 0.108 0.133 0.214 0.170 0.138 0.066 0.023 57 W 0.031 0.068 0.043 0.187 0.175 0.155 0.157 0.093 0.055 0.027 0.010 58 A 0.069 0.107 0.037 0.125 0.103 0.108 0.149 0.113 0.092 0.062 0.035 59 G 0.367 0.177 0.045 0.134 0.095 0.063 0.053 0.030 0.020 0.011 0.005 60 E 0.466 0.195 0.050 0.119 0.060 0.039 0.033 0.016 0.012 0.006 0.003 61 Q 0.095 0.112 0.046 0.144 0.124 0.124 0.134 0.085 0.069 0.043 0.024 62 L 0.034 0.050 0.030 0.125 0.133 0.146 0.174 0.131 0.093 0.056 0.027 63 A 0.011 0.023 0.030 0.083 0.116 0.151 0.203 0.151 0.121 0.073 0.040 64 Y 0.004 0.008 0.013 0.038 0.055 0.082 0.188 0.205 0.200 0.138 0.070 65 M 0.003 0.007 0.006 0.035 0.055 0.082 0.177 0.197 0.197 0.147 0.094 66 M 0.004 0.009 0.011 0.034 0.045 0.067 0.151 0.180 0.226 0.176 0.096 67 P 0.028 0.029 0.018 0.076 0.091 0.106 0.201 0.165 0.152 0.091 0.045 68 V 0.007 0.009 0.004 0.023 0.040 0.059 0.160 0.196 0.230 0.172 0.098 69 G 0.144 0.183 0.067 0.177 0.134 0.101 0.091 0.047 0.029 0.018 0.010 70 N 0.235 0.196 0.071 0.198 0.125 0.076 0.059 0.023 0.011 0.005 0.002 71 G 0.445 0.129 0.043 0.098 0.082 0.064 0.062 0.037 0.022 0.012 0.006 72 D 0.022 0.310 0.070 0.193 0.144 0.106 0.085 0.034 0.019 0.011 0.006 73 L 0.003 0.007 0.005 0.023 0.063 0.119 0.232 0.199 0.172 0.110 0.068 74 K 0.356 0.243 0.099 0.178 0.084 0.028 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 75 A 0.025 0.077 0.092 0.364 0.221 0.123 0.074 0.017 0.005 0.001 0.001 76 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.037 0.094 0.206 0.314 0.339 77 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.027 0.112 0.352 0.213 0.142 0.091 0.056 78 R 0.001 0.013 0.619 0.245 0.077 0.028 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 79 K 0.001 0.004 0.018 0.075 0.167 0.322 0.316 0.071 0.018 0.007 0.002 80 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.077 0.258 0.371 0.274 81 I 0.001 0.001 0.007 0.044 0.143 0.243 0.337 0.126 0.064 0.026 0.009 82 E 0.005 0.025 0.791 0.125 0.039 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 83 D 0.003 0.011 0.024 0.064 0.108 0.247 0.376 0.112 0.038 0.014 0.003 84 A 0.007 0.006 0.006 0.010 0.011 0.028 0.130 0.206 0.259 0.214 0.123 85 D 0.100 0.172 0.217 0.224 0.134 0.075 0.048 0.017 0.008 0.004 0.002 86 K 0.210 0.198 0.302 0.140 0.067 0.042 0.025 0.008 0.005 0.002 0.001 87 E 0.165 0.088 0.049 0.119 0.104 0.123 0.153 0.083 0.056 0.037 0.022 88 K 0.296 0.200 0.080 0.140 0.087 0.071 0.063 0.028 0.018 0.010 0.007 89 H 0.031 0.053 0.075 0.144 0.163 0.167 0.170 0.097 0.059 0.028 0.011 90 N 0.101 0.165 0.103 0.269 0.174 0.100 0.055 0.018 0.009 0.004 0.002 91 F 0.002 0.003 0.004 0.012 0.021 0.041 0.120 0.190 0.253 0.214 0.140 92 C 0.006 0.018 0.023 0.116 0.176 0.187 0.224 0.116 0.075 0.035 0.022 93 M 0.002 0.003 0.005 0.010 0.012 0.022 0.082 0.150 0.222 0.238 0.253 94 L 0.005 0.010 0.016 0.082 0.121 0.157 0.243 0.159 0.115 0.063 0.030 95 G 0.062 0.095 0.078 0.122 0.114 0.110 0.155 0.102 0.077 0.055 0.029 96 V 0.001 0.002 0.002 0.005 0.006 0.009 0.033 0.068 0.171 0.299 0.405 97 C 0.018 0.124 0.077 0.170 0.185 0.146 0.161 0.060 0.036 0.014 0.007 98 S 0.462 0.160 0.102 0.152 0.065 0.027 0.019 0.006 0.004 0.002 0.001 99 N 0.523 0.160 0.096 0.105 0.054 0.030 0.018 0.006 0.004 0.002 0.001 100 M 0.002 0.007 0.005 0.017 0.028 0.090 0.224 0.197 0.204 0.143 0.083 101 R 0.005 0.013 0.024 0.082 0.164 0.252 0.270 0.105 0.053 0.023 0.010 102 A 0.127 0.098 0.645 0.088 0.024 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 103 D 0.006 0.021 0.053 0.187 0.224 0.214 0.181 0.063 0.030 0.014 0.006 104 L 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.005 0.032 0.078 0.214 0.314 0.348 105 E 0.004 0.010 0.128 0.254 0.304 0.192 0.084 0.016 0.006 0.001 0.001 106 A 0.019 0.045 0.776 0.104 0.034 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 107 I 0.002 0.004 0.008 0.022 0.049 0.157 0.389 0.183 0.104 0.057 0.024 108 L 0.008 0.012 0.009 0.016 0.021 0.049 0.181 0.214 0.210 0.164 0.117 109 P 0.076 0.194 0.325 0.190 0.123 0.052 0.025 0.008 0.004 0.002 0.001 110 E 0.659 0.110 0.110 0.074 0.027 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 111 R 0.067 0.080 0.053 0.169 0.167 0.156 0.173 0.070 0.039 0.019 0.008 112 F 0.014 0.011 0.015 0.025 0.033 0.080 0.201 0.196 0.198 0.140 0.086 113 I 0.040 0.117 0.165 0.312 0.187 0.104 0.049 0.016 0.007 0.003 0.001 114 F 0.009 0.016 0.038 0.028 0.037 0.072 0.163 0.178 0.208 0.163 0.088 115 T 0.077 0.125 0.124 0.284 0.190 0.089 0.064 0.025 0.013 0.005 0.003 116 E 0.061 0.052 0.054 0.078 0.092 0.099 0.206 0.132 0.110 0.073 0.041 117 D 0.063 0.101 0.165 0.263 0.146 0.102 0.082 0.039 0.022 0.012 0.006 118 R 0.054 0.070 0.107 0.159 0.160 0.145 0.146 0.072 0.049 0.027 0.010 119 A 0.181 0.143 0.189 0.150 0.085 0.065 0.073 0.045 0.034 0.024 0.012 120 Y 0.167 0.130 0.122 0.166 0.119 0.090 0.105 0.047 0.031 0.017 0.006 121 A 0.210 0.109 0.073 0.088 0.072 0.079 0.104 0.081 0.083 0.060 0.041 122 D 0.077 0.135 0.082 0.169 0.137 0.098 0.105 0.075 0.060 0.039 0.024