# TARGET T0372 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.353 0.079 0.025 0.017 0.011 0.020 0.033 0.013 0.001 0.007 0.440 2 I 0.106 0.031 0.044 0.058 0.067 0.071 0.087 0.007 0.001 0.005 0.524 3 P 0.005 0.001 0.004 0.010 0.005 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.957 4 F 0.029 0.003 0.007 0.106 0.058 0.136 0.071 0.001 0.001 0.003 0.586 5 K 0.051 0.006 0.001 0.211 0.077 0.125 0.090 0.001 0.001 0.004 0.433 6 D 0.027 0.008 0.001 0.070 0.025 0.047 0.041 0.001 0.001 0.002 0.778 7 I 0.035 0.010 0.002 0.316 0.121 0.211 0.072 0.001 0.001 0.004 0.228 8 T 0.053 0.017 0.002 0.165 0.046 0.085 0.151 0.001 0.001 0.005 0.476 9 L 0.049 0.024 0.005 0.124 0.048 0.071 0.075 0.001 0.001 0.005 0.597 10 A 0.027 0.021 0.004 0.060 0.028 0.077 0.205 0.001 0.001 0.006 0.570 11 D 0.096 0.023 0.002 0.020 0.015 0.028 0.214 0.003 0.001 0.013 0.585 12 R 0.135 0.087 0.007 0.019 0.007 0.014 0.110 0.002 0.001 0.011 0.607 13 D 0.029 0.089 0.002 0.005 0.005 0.006 0.233 0.002 0.001 0.004 0.627 14 T 0.114 0.216 0.003 0.007 0.008 0.011 0.164 0.005 0.001 0.008 0.462 15 I 0.092 0.631 0.003 0.007 0.010 0.025 0.065 0.007 0.001 0.007 0.152 16 T 0.054 0.779 0.004 0.002 0.004 0.010 0.031 0.005 0.001 0.002 0.108 17 A 0.031 0.742 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.007 0.001 0.001 0.202 18 F 0.100 0.762 0.003 0.002 0.005 0.005 0.012 0.019 0.001 0.002 0.091 19 T 0.124 0.710 0.018 0.004 0.008 0.013 0.028 0.021 0.001 0.003 0.072 20 M 0.049 0.774 0.010 0.010 0.013 0.018 0.010 0.022 0.001 0.001 0.092 21 K 0.178 0.487 0.008 0.006 0.007 0.012 0.013 0.034 0.001 0.002 0.252 22 S 0.298 0.302 0.025 0.008 0.015 0.015 0.039 0.031 0.001 0.004 0.262 23 D 0.172 0.117 0.030 0.023 0.014 0.017 0.079 0.037 0.001 0.008 0.501 24 R 0.121 0.066 0.106 0.036 0.025 0.033 0.117 0.009 0.001 0.011 0.477 25 R 0.089 0.053 0.012 0.075 0.049 0.075 0.198 0.006 0.001 0.010 0.432 26 N 0.109 0.048 0.017 0.070 0.044 0.070 0.101 0.004 0.001 0.009 0.528 27 C 0.062 0.061 0.012 0.135 0.103 0.150 0.099 0.002 0.001 0.006 0.369 28 D 0.024 0.037 0.003 0.064 0.063 0.103 0.115 0.002 0.001 0.004 0.584 29 L 0.054 0.051 0.004 0.098 0.097 0.122 0.101 0.003 0.001 0.010 0.461 30 S 0.041 0.078 0.004 0.038 0.030 0.061 0.348 0.003 0.001 0.011 0.386 31 F 0.071 0.142 0.005 0.048 0.051 0.077 0.207 0.008 0.001 0.025 0.364 32 S 0.100 0.355 0.011 0.028 0.030 0.058 0.180 0.005 0.001 0.026 0.208 33 N 0.054 0.409 0.006 0.011 0.024 0.030 0.154 0.009 0.001 0.009 0.293 34 L 0.065 0.615 0.006 0.009 0.013 0.016 0.033 0.006 0.001 0.004 0.233 35 C 0.051 0.679 0.010 0.009 0.025 0.042 0.061 0.008 0.001 0.007 0.107 36 S 0.028 0.770 0.009 0.009 0.024 0.055 0.031 0.006 0.001 0.002 0.066 37 W 0.025 0.795 0.003 0.010 0.027 0.043 0.005 0.011 0.001 0.001 0.079 38 R 0.055 0.719 0.006 0.006 0.018 0.024 0.011 0.012 0.001 0.001 0.149 39 F 0.087 0.543 0.014 0.008 0.028 0.039 0.034 0.034 0.001 0.003 0.212 40 L 0.140 0.507 0.034 0.024 0.029 0.043 0.027 0.038 0.001 0.005 0.152 41 Y 0.070 0.475 0.018 0.018 0.038 0.040 0.051 0.016 0.001 0.003 0.270 42 D 0.102 0.317 0.011 0.028 0.030 0.063 0.045 0.027 0.001 0.007 0.370 43 T 0.209 0.180 0.045 0.037 0.067 0.073 0.048 0.018 0.001 0.010 0.311 44 Q 0.086 0.103 0.032 0.090 0.122 0.130 0.155 0.009 0.001 0.012 0.262 45 F 0.052 0.058 0.037 0.073 0.153 0.226 0.073 0.004 0.001 0.006 0.317 46 A 0.013 0.024 0.003 0.186 0.359 0.337 0.024 0.001 0.001 0.002 0.050 47 V 0.008 0.032 0.002 0.099 0.218 0.283 0.080 0.001 0.001 0.003 0.272 48 I 0.011 0.028 0.002 0.165 0.287 0.413 0.032 0.001 0.001 0.003 0.058 49 D 0.011 0.030 0.002 0.078 0.150 0.260 0.114 0.002 0.001 0.007 0.346 50 D 0.054 0.013 0.003 0.063 0.120 0.169 0.156 0.004 0.001 0.038 0.380 51 F 0.187 0.012 0.044 0.097 0.109 0.178 0.140 0.004 0.001 0.044 0.186 52 L 0.016 0.006 0.012 0.230 0.377 0.244 0.050 0.001 0.001 0.004 0.060 53 V 0.002 0.003 0.003 0.171 0.285 0.447 0.025 0.001 0.001 0.001 0.063 54 F 0.001 0.001 0.001 0.144 0.327 0.508 0.004 0.001 0.001 0.001 0.016 55 K 0.001 0.002 0.001 0.126 0.296 0.462 0.011 0.001 0.001 0.001 0.102 56 F 0.002 0.001 0.001 0.077 0.280 0.471 0.018 0.001 0.001 0.001 0.150 57 W 0.004 0.001 0.001 0.124 0.226 0.352 0.053 0.001 0.001 0.003 0.234 58 A 0.003 0.001 0.001 0.042 0.079 0.139 0.072 0.001 0.001 0.003 0.660 59 G 0.012 0.002 0.001 0.029 0.056 0.101 0.150 0.001 0.001 0.011 0.638 60 E 0.168 0.004 0.002 0.011 0.024 0.028 0.132 0.001 0.001 0.027 0.604 61 Q 0.233 0.010 0.006 0.017 0.037 0.036 0.162 0.001 0.001 0.021 0.477 62 L 0.080 0.008 0.007 0.037 0.078 0.084 0.137 0.001 0.001 0.007 0.562 63 A 0.020 0.005 0.003 0.060 0.157 0.316 0.081 0.001 0.001 0.004 0.354 64 Y 0.012 0.003 0.001 0.066 0.234 0.462 0.043 0.001 0.001 0.002 0.175 65 M 0.016 0.005 0.002 0.068 0.188 0.323 0.036 0.001 0.001 0.003 0.358 66 M 0.009 0.001 0.001 0.055 0.298 0.346 0.041 0.001 0.001 0.002 0.246 67 P 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.018 0.007 0.001 0.001 0.001 0.953 68 V 0.004 0.001 0.001 0.082 0.105 0.248 0.133 0.001 0.001 0.004 0.423 69 G 0.043 0.001 0.001 0.024 0.021 0.050 0.125 0.001 0.001 0.010 0.725 70 N 0.064 0.005 0.001 0.018 0.009 0.014 0.132 0.001 0.001 0.009 0.749 71 G 0.218 0.005 0.002 0.013 0.004 0.006 0.253 0.001 0.001 0.023 0.476 72 D 0.190 0.011 0.004 0.007 0.003 0.003 0.353 0.001 0.001 0.012 0.417 73 L 0.042 0.036 0.006 0.007 0.005 0.011 0.189 0.001 0.001 0.006 0.698 74 K 0.024 0.124 0.001 0.009 0.008 0.021 0.238 0.001 0.001 0.005 0.568 75 A 0.017 0.181 0.001 0.002 0.002 0.004 0.120 0.001 0.001 0.001 0.671 76 V 0.030 0.763 0.001 0.001 0.003 0.005 0.029 0.001 0.001 0.001 0.168 77 L 0.010 0.948 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.024 78 R 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 79 K 0.010 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 80 L 0.007 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 81 I 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 82 E 0.012 0.968 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.014 83 D 0.037 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.034 84 A 0.064 0.887 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.032 85 D 0.037 0.770 0.017 0.002 0.004 0.004 0.013 0.041 0.001 0.001 0.111 86 K 0.152 0.484 0.016 0.004 0.003 0.004 0.014 0.039 0.001 0.001 0.284 87 E 0.201 0.481 0.019 0.004 0.003 0.004 0.028 0.021 0.001 0.002 0.236 88 K 0.258 0.194 0.024 0.011 0.012 0.013 0.087 0.056 0.001 0.015 0.330 89 H 0.135 0.089 0.083 0.029 0.018 0.018 0.061 0.015 0.001 0.008 0.543 90 N 0.107 0.025 0.016 0.065 0.031 0.041 0.088 0.011 0.001 0.009 0.607 91 F 0.131 0.010 0.048 0.214 0.080 0.091 0.055 0.002 0.001 0.008 0.360 92 C 0.011 0.005 0.004 0.444 0.159 0.173 0.072 0.001 0.001 0.001 0.130 93 M 0.006 0.005 0.003 0.409 0.145 0.224 0.032 0.001 0.001 0.001 0.174 94 L 0.003 0.006 0.001 0.567 0.086 0.209 0.049 0.001 0.001 0.001 0.079 95 G 0.031 0.007 0.002 0.173 0.036 0.057 0.113 0.002 0.001 0.008 0.572 96 V 0.043 0.008 0.021 0.314 0.053 0.091 0.132 0.001 0.001 0.014 0.322 97 C 0.006 0.003 0.002 0.074 0.023 0.056 0.290 0.001 0.001 0.003 0.543 98 S 0.004 0.002 0.001 0.022 0.004 0.005 0.037 0.001 0.001 0.002 0.924 99 N 0.011 0.009 0.001 0.002 0.001 0.002 0.263 0.001 0.001 0.004 0.707 100 M 0.098 0.083 0.001 0.005 0.003 0.008 0.490 0.002 0.001 0.015 0.295 101 R 0.113 0.635 0.001 0.007 0.001 0.005 0.053 0.003 0.001 0.005 0.176 102 A 0.031 0.830 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.114 103 D 0.021 0.840 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.131 104 L 0.015 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.026 105 E 0.006 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.019 106 A 0.041 0.908 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.022 0.001 0.001 0.019 107 I 0.160 0.782 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 0.018 108 L 0.211 0.696 0.027 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.051 109 P 0.007 0.043 0.053 0.002 0.001 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.883 110 E 0.065 0.029 0.005 0.021 0.006 0.010 0.022 0.023 0.001 0.001 0.819 111 R 0.726 0.034 0.011 0.022 0.005 0.005 0.018 0.009 0.001 0.004 0.164 112 F 0.136 0.187 0.019 0.181 0.048 0.066 0.040 0.007 0.001 0.002 0.311 113 I 0.025 0.045 0.007 0.363 0.107 0.169 0.056 0.002 0.001 0.002 0.225 114 F 0.034 0.056 0.002 0.280 0.081 0.153 0.058 0.002 0.001 0.002 0.331 115 T 0.027 0.062 0.004 0.252 0.128 0.207 0.066 0.003 0.001 0.003 0.249 116 E 0.019 0.045 0.004 0.104 0.073 0.146 0.164 0.003 0.001 0.006 0.434 117 D 0.061 0.040 0.003 0.041 0.043 0.075 0.269 0.005 0.001 0.020 0.443 118 R 0.111 0.061 0.011 0.028 0.033 0.045 0.183 0.005 0.001 0.023 0.503 119 A 0.086 0.069 0.006 0.009 0.020 0.025 0.323 0.005 0.001 0.019 0.436 120 Y 0.189 0.104 0.018 0.011 0.024 0.034 0.163 0.007 0.001 0.021 0.429 121 A 0.115 0.218 0.013 0.019 0.044 0.057 0.124 0.008 0.001 0.012 0.391 122 D 0.097 0.125 0.006 0.008 0.026 0.032 0.239 0.010 0.001 0.012 0.445