# TARGET T0372 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.154 0.056 0.124 0.183 0.042 0.027 0.305 0.073 0.022 0.014 0.001 2 I 0.047 0.522 0.347 0.005 0.026 0.010 0.003 0.001 0.038 0.001 0.001 3 P 0.079 0.038 0.714 0.019 0.001 0.127 0.004 0.001 0.009 0.001 0.010 4 F 0.123 0.299 0.360 0.079 0.040 0.047 0.014 0.006 0.028 0.002 0.001 5 K 0.037 0.550 0.225 0.004 0.108 0.008 0.010 0.001 0.053 0.003 0.001 6 D 0.046 0.029 0.766 0.018 0.002 0.079 0.002 0.001 0.004 0.001 0.054 7 I 0.010 0.583 0.280 0.010 0.062 0.031 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 8 T 0.009 0.465 0.358 0.003 0.013 0.107 0.002 0.001 0.040 0.001 0.001 9 L 0.281 0.215 0.306 0.034 0.017 0.111 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 10 A 0.785 0.032 0.034 0.117 0.012 0.007 0.005 0.001 0.005 0.002 0.001 11 D 0.172 0.101 0.168 0.231 0.065 0.133 0.035 0.003 0.087 0.002 0.004 12 R 0.786 0.038 0.085 0.058 0.006 0.012 0.005 0.002 0.006 0.001 0.001 13 D 0.930 0.004 0.019 0.034 0.001 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 14 T 0.872 0.018 0.014 0.079 0.007 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 15 I 0.933 0.012 0.013 0.034 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 T 0.971 0.008 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 A 0.983 0.002 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.877 0.002 0.004 0.114 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 T 0.715 0.040 0.072 0.141 0.006 0.011 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 20 M 0.704 0.066 0.116 0.068 0.013 0.011 0.009 0.002 0.006 0.004 0.001 21 K 0.636 0.029 0.120 0.168 0.005 0.020 0.010 0.004 0.006 0.001 0.001 22 S 0.441 0.101 0.150 0.189 0.045 0.015 0.022 0.011 0.021 0.005 0.001 23 D 0.309 0.050 0.179 0.165 0.026 0.105 0.109 0.013 0.037 0.007 0.002 24 R 0.416 0.154 0.197 0.145 0.025 0.032 0.010 0.005 0.012 0.002 0.001 25 R 0.469 0.150 0.137 0.164 0.033 0.017 0.013 0.004 0.009 0.004 0.001 26 N 0.268 0.193 0.150 0.193 0.065 0.042 0.045 0.011 0.029 0.004 0.001 27 C 0.244 0.263 0.225 0.072 0.120 0.023 0.015 0.006 0.024 0.009 0.001 28 D 0.518 0.066 0.107 0.183 0.025 0.043 0.031 0.009 0.011 0.006 0.001 29 L 0.381 0.289 0.111 0.103 0.063 0.025 0.006 0.001 0.019 0.001 0.001 30 S 0.449 0.293 0.101 0.060 0.066 0.012 0.003 0.004 0.007 0.005 0.001 31 F 0.597 0.175 0.050 0.059 0.037 0.030 0.012 0.004 0.031 0.004 0.001 32 S 0.647 0.175 0.075 0.046 0.028 0.016 0.003 0.001 0.006 0.002 0.001 33 N 0.772 0.043 0.031 0.046 0.017 0.034 0.038 0.005 0.013 0.002 0.001 34 L 0.851 0.050 0.029 0.045 0.006 0.011 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 35 C 0.860 0.048 0.026 0.042 0.012 0.004 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 36 S 0.838 0.032 0.015 0.088 0.008 0.006 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 37 W 0.732 0.073 0.058 0.090 0.014 0.012 0.008 0.003 0.007 0.002 0.001 38 R 0.804 0.039 0.034 0.091 0.012 0.006 0.009 0.002 0.003 0.002 0.001 39 F 0.667 0.068 0.058 0.104 0.028 0.019 0.034 0.011 0.009 0.002 0.001 40 L 0.503 0.149 0.095 0.183 0.015 0.026 0.009 0.002 0.016 0.001 0.001 41 Y 0.270 0.284 0.144 0.166 0.083 0.012 0.019 0.004 0.013 0.005 0.001 42 D 0.088 0.063 0.085 0.261 0.043 0.084 0.315 0.022 0.036 0.003 0.001 43 T 0.021 0.662 0.186 0.024 0.089 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 44 Q 0.025 0.735 0.127 0.018 0.059 0.022 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 45 F 0.005 0.849 0.068 0.003 0.057 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 46 A 0.005 0.846 0.040 0.001 0.080 0.010 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 47 V 0.007 0.826 0.115 0.002 0.026 0.015 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 48 I 0.031 0.630 0.164 0.014 0.028 0.064 0.002 0.001 0.067 0.001 0.001 49 D 0.326 0.176 0.139 0.144 0.087 0.039 0.042 0.004 0.022 0.022 0.001 50 D 0.123 0.113 0.020 0.356 0.119 0.017 0.228 0.006 0.015 0.002 0.002 51 F 0.005 0.846 0.054 0.010 0.067 0.004 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 52 L 0.001 0.730 0.229 0.001 0.015 0.013 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 53 V 0.001 0.895 0.053 0.001 0.017 0.012 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 54 F 0.003 0.720 0.192 0.002 0.024 0.041 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 55 K 0.015 0.706 0.147 0.018 0.027 0.049 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 56 F 0.018 0.379 0.276 0.012 0.219 0.043 0.026 0.004 0.019 0.003 0.001 57 W 0.046 0.565 0.257 0.020 0.041 0.022 0.004 0.001 0.043 0.001 0.001 58 A 0.091 0.154 0.535 0.084 0.031 0.032 0.021 0.005 0.029 0.015 0.003 59 G 0.065 0.015 0.080 0.025 0.070 0.003 0.080 0.262 0.002 0.397 0.001 60 E 0.158 0.065 0.129 0.316 0.052 0.035 0.146 0.066 0.016 0.015 0.002 61 Q 0.071 0.336 0.341 0.066 0.075 0.032 0.037 0.006 0.032 0.004 0.001 62 L 0.075 0.340 0.475 0.026 0.024 0.039 0.005 0.001 0.012 0.001 0.002 63 A 0.098 0.539 0.212 0.040 0.069 0.020 0.003 0.001 0.016 0.002 0.001 64 Y 0.044 0.610 0.138 0.039 0.119 0.021 0.005 0.001 0.022 0.001 0.001 65 M 0.042 0.536 0.231 0.039 0.069 0.037 0.007 0.001 0.036 0.002 0.001 66 M 0.018 0.377 0.378 0.004 0.039 0.028 0.008 0.001 0.147 0.001 0.001 67 P 0.051 0.021 0.833 0.003 0.001 0.050 0.001 0.001 0.005 0.001 0.036 68 V 0.180 0.091 0.614 0.059 0.007 0.029 0.003 0.002 0.009 0.001 0.003 69 G 0.091 0.051 0.156 0.039 0.120 0.008 0.025 0.097 0.005 0.407 0.001 70 N 0.401 0.051 0.235 0.216 0.027 0.010 0.032 0.004 0.010 0.014 0.001 71 G 0.058 0.001 0.015 0.021 0.017 0.001 0.042 0.685 0.001 0.160 0.001 72 D 0.133 0.037 0.323 0.105 0.008 0.296 0.013 0.001 0.077 0.001 0.005 73 L 0.871 0.021 0.049 0.038 0.001 0.012 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 74 K 0.981 0.002 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 A 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 V 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 K 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 L 0.984 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 I 0.986 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 E 0.976 0.002 0.005 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 D 0.693 0.004 0.016 0.270 0.002 0.006 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 84 A 0.826 0.013 0.047 0.071 0.004 0.007 0.014 0.007 0.007 0.003 0.001 85 D 0.670 0.014 0.046 0.175 0.006 0.032 0.043 0.006 0.005 0.003 0.001 86 K 0.670 0.034 0.051 0.193 0.009 0.014 0.010 0.003 0.015 0.001 0.001 87 E 0.560 0.041 0.103 0.209 0.014 0.018 0.040 0.007 0.005 0.004 0.001 88 K 0.335 0.051 0.065 0.289 0.013 0.045 0.158 0.013 0.027 0.002 0.001 89 H 0.165 0.273 0.215 0.198 0.049 0.026 0.040 0.007 0.022 0.003 0.001 90 N 0.104 0.086 0.143 0.210 0.021 0.101 0.281 0.011 0.039 0.002 0.001 91 F 0.033 0.453 0.311 0.035 0.119 0.020 0.008 0.004 0.014 0.004 0.001 92 C 0.058 0.651 0.200 0.022 0.032 0.021 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 93 M 0.067 0.477 0.277 0.036 0.034 0.060 0.006 0.001 0.039 0.001 0.001 94 L 0.090 0.395 0.264 0.082 0.059 0.034 0.027 0.003 0.044 0.002 0.001 95 G 0.043 0.052 0.111 0.045 0.231 0.016 0.140 0.282 0.005 0.071 0.001 96 V 0.051 0.456 0.339 0.062 0.054 0.024 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 97 C 0.015 0.192 0.638 0.006 0.051 0.043 0.002 0.001 0.042 0.010 0.001 98 S 0.970 0.001 0.011 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 N 0.814 0.001 0.013 0.149 0.002 0.006 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 100 M 0.856 0.004 0.006 0.120 0.001 0.006 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 101 R 0.959 0.004 0.012 0.021 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 102 A 0.972 0.003 0.009 0.011 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 103 D 0.941 0.003 0.009 0.039 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 L 0.983 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 E 0.989 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 A 0.981 0.002 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 I 0.729 0.006 0.010 0.251 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 L 0.144 0.078 0.160 0.014 0.013 0.019 0.036 0.002 0.531 0.003 0.001 109 P 0.675 0.002 0.246 0.036 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 110 E 0.439 0.057 0.113 0.237 0.048 0.013 0.049 0.033 0.005 0.006 0.001 111 R 0.179 0.301 0.165 0.227 0.067 0.025 0.012 0.003 0.020 0.001 0.001 112 F 0.025 0.614 0.185 0.021 0.092 0.028 0.005 0.001 0.028 0.001 0.001 113 I 0.018 0.803 0.100 0.011 0.025 0.022 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 114 F 0.016 0.655 0.209 0.008 0.050 0.039 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 115 T 0.035 0.733 0.104 0.016 0.062 0.021 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 116 E 0.081 0.441 0.264 0.016 0.136 0.027 0.008 0.002 0.020 0.005 0.001 117 D 0.113 0.237 0.298 0.050 0.055 0.129 0.018 0.002 0.092 0.003 0.002 118 R 0.680 0.098 0.090 0.054 0.023 0.019 0.015 0.002 0.016 0.002 0.001 119 A 0.678 0.050 0.102 0.116 0.010 0.019 0.010 0.005 0.006 0.002 0.001 120 Y 0.447 0.135 0.100 0.215 0.040 0.016 0.020 0.005 0.020 0.002 0.001 121 A 0.409 0.118 0.144 0.196 0.039 0.031 0.029 0.008 0.017 0.008 0.001 122 D 0.147 0.129 0.234 0.128 0.042 0.156 0.041 0.002 0.116 0.004 0.001