# TARGET T0372 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.135 0.147 0.092 0.053 0.229 0.032 0.040 0.071 0.056 0.096 0.049 2 I 0.140 0.253 0.039 0.008 0.432 0.008 0.010 0.027 0.017 0.036 0.032 3 P 0.199 0.087 0.030 0.013 0.308 0.008 0.016 0.025 0.028 0.175 0.111 4 F 0.115 0.301 0.163 0.045 0.237 0.005 0.006 0.016 0.019 0.055 0.038 5 K 0.005 0.435 0.419 0.024 0.062 0.014 0.017 0.014 0.006 0.003 0.001 6 D 0.277 0.204 0.058 0.001 0.369 0.001 0.003 0.005 0.006 0.014 0.064 7 I 0.092 0.461 0.070 0.007 0.332 0.006 0.006 0.003 0.002 0.006 0.015 8 T 0.018 0.685 0.139 0.003 0.141 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.005 9 L 0.028 0.011 0.007 0.005 0.034 0.010 0.014 0.410 0.441 0.028 0.012 10 A 0.002 0.009 0.007 0.004 0.005 0.010 0.039 0.670 0.222 0.028 0.004 11 D 0.061 0.061 0.022 0.003 0.075 0.002 0.006 0.241 0.127 0.354 0.047 12 R 0.003 0.006 0.002 0.001 0.010 0.001 0.003 0.539 0.424 0.011 0.001 13 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.798 0.161 0.003 0.001 14 T 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 0.658 0.154 0.148 0.002 15 I 0.011 0.007 0.003 0.001 0.007 0.001 0.003 0.678 0.172 0.102 0.016 16 T 0.001 0.008 0.003 0.002 0.005 0.002 0.009 0.788 0.175 0.006 0.002 17 A 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.003 0.034 0.837 0.104 0.009 0.001 18 F 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.052 0.714 0.160 0.059 0.002 19 T 0.018 0.018 0.002 0.001 0.021 0.002 0.016 0.582 0.239 0.086 0.015 20 M 0.005 0.025 0.007 0.008 0.014 0.014 0.074 0.609 0.191 0.049 0.004 21 K 0.012 0.017 0.009 0.011 0.020 0.022 0.162 0.393 0.150 0.189 0.015 22 S 0.058 0.199 0.118 0.022 0.135 0.014 0.037 0.138 0.102 0.130 0.047 23 D 0.105 0.184 0.054 0.014 0.150 0.010 0.030 0.174 0.116 0.098 0.065 24 R 0.080 0.125 0.026 0.008 0.177 0.015 0.033 0.254 0.174 0.077 0.031 25 R 0.045 0.053 0.026 0.018 0.094 0.030 0.109 0.399 0.145 0.059 0.022 26 N 0.156 0.065 0.025 0.013 0.129 0.013 0.022 0.182 0.129 0.193 0.074 27 C 0.091 0.200 0.050 0.021 0.282 0.012 0.018 0.175 0.084 0.041 0.026 28 D 0.091 0.047 0.015 0.011 0.130 0.020 0.062 0.351 0.157 0.080 0.036 29 L 0.134 0.082 0.026 0.017 0.201 0.022 0.048 0.221 0.091 0.111 0.049 30 S 0.116 0.194 0.056 0.020 0.212 0.018 0.044 0.199 0.055 0.048 0.038 31 F 0.123 0.054 0.023 0.014 0.138 0.008 0.011 0.296 0.151 0.109 0.075 32 S 0.035 0.085 0.031 0.021 0.088 0.025 0.063 0.489 0.124 0.025 0.014 33 N 0.076 0.036 0.014 0.009 0.120 0.010 0.035 0.509 0.124 0.049 0.019 34 L 0.071 0.024 0.006 0.008 0.097 0.014 0.051 0.509 0.156 0.044 0.021 35 C 0.115 0.069 0.017 0.011 0.185 0.015 0.036 0.383 0.098 0.042 0.028 36 S 0.096 0.056 0.019 0.008 0.140 0.015 0.039 0.437 0.092 0.066 0.032 37 W 0.116 0.066 0.020 0.015 0.138 0.019 0.041 0.357 0.119 0.068 0.043 38 R 0.059 0.086 0.049 0.036 0.113 0.031 0.073 0.371 0.123 0.039 0.020 39 F 0.075 0.054 0.024 0.013 0.102 0.026 0.102 0.406 0.121 0.054 0.024 40 L 0.100 0.049 0.020 0.032 0.106 0.067 0.126 0.247 0.112 0.101 0.041 41 Y 0.055 0.171 0.057 0.064 0.146 0.084 0.118 0.146 0.073 0.068 0.018 42 D 0.262 0.039 0.013 0.014 0.196 0.013 0.020 0.050 0.044 0.182 0.169 43 T 0.242 0.170 0.020 0.011 0.427 0.012 0.007 0.018 0.013 0.038 0.042 44 Q 0.387 0.047 0.008 0.008 0.418 0.009 0.010 0.012 0.006 0.022 0.073 45 F 0.413 0.086 0.007 0.002 0.416 0.002 0.001 0.003 0.002 0.010 0.057 46 A 0.096 0.309 0.022 0.001 0.558 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 47 V 0.615 0.049 0.009 0.001 0.257 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.060 48 I 0.038 0.026 0.035 0.234 0.051 0.403 0.102 0.060 0.021 0.012 0.018 49 D 0.006 0.108 0.095 0.563 0.021 0.098 0.049 0.036 0.013 0.010 0.002 50 D 0.012 0.009 0.010 0.036 0.011 0.025 0.064 0.122 0.124 0.512 0.074 51 F 0.042 0.446 0.076 0.003 0.412 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.006 52 L 0.280 0.042 0.003 0.001 0.656 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 53 V 0.167 0.126 0.010 0.001 0.672 0.003 0.003 0.003 0.001 0.002 0.012 54 F 0.484 0.041 0.006 0.004 0.365 0.003 0.002 0.004 0.002 0.004 0.087 55 K 0.159 0.156 0.050 0.039 0.296 0.078 0.064 0.037 0.020 0.049 0.052 56 F 0.119 0.367 0.113 0.007 0.285 0.002 0.005 0.008 0.007 0.034 0.052 57 W 0.157 0.273 0.137 0.022 0.273 0.013 0.014 0.033 0.014 0.021 0.043 58 A 0.032 0.174 0.317 0.183 0.065 0.070 0.043 0.056 0.026 0.020 0.014 59 G 0.009 0.041 0.051 0.141 0.016 0.141 0.258 0.215 0.098 0.023 0.006 60 E 0.030 0.055 0.052 0.063 0.040 0.038 0.043 0.062 0.091 0.445 0.081 61 Q 0.068 0.307 0.139 0.042 0.211 0.017 0.015 0.026 0.040 0.082 0.054 62 L 0.176 0.194 0.078 0.017 0.349 0.013 0.023 0.035 0.031 0.037 0.048 63 A 0.217 0.174 0.042 0.009 0.417 0.008 0.013 0.023 0.023 0.027 0.049 64 Y 0.224 0.149 0.035 0.007 0.454 0.006 0.008 0.016 0.015 0.030 0.055 65 M 0.180 0.233 0.094 0.011 0.371 0.004 0.006 0.014 0.011 0.026 0.051 66 M 0.055 0.423 0.195 0.013 0.248 0.006 0.009 0.016 0.009 0.009 0.015 67 P 0.126 0.327 0.174 0.012 0.255 0.006 0.010 0.024 0.014 0.021 0.032 68 V 0.058 0.254 0.196 0.043 0.123 0.031 0.064 0.103 0.056 0.044 0.027 69 G 0.022 0.189 0.287 0.132 0.060 0.057 0.051 0.083 0.038 0.064 0.017 70 N 0.025 0.153 0.088 0.071 0.068 0.092 0.144 0.193 0.088 0.060 0.018 71 G 0.013 0.049 0.071 0.087 0.025 0.083 0.039 0.102 0.079 0.347 0.105 72 D 0.226 0.109 0.036 0.007 0.237 0.004 0.010 0.106 0.070 0.114 0.083 73 L 0.035 0.165 0.100 0.012 0.061 0.009 0.010 0.341 0.153 0.092 0.022 74 K 0.009 0.084 0.022 0.006 0.027 0.009 0.028 0.682 0.113 0.014 0.005 75 A 0.007 0.021 0.007 0.001 0.013 0.001 0.008 0.788 0.112 0.035 0.006 76 V 0.002 0.005 0.003 0.001 0.003 0.002 0.006 0.885 0.074 0.017 0.002 77 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.916 0.068 0.004 0.001 78 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.950 0.039 0.001 0.001 79 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.963 0.028 0.003 0.001 80 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.048 0.004 0.001 81 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.927 0.065 0.003 0.001 82 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.935 0.045 0.003 0.001 83 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 0.869 0.092 0.014 0.001 84 A 0.008 0.004 0.001 0.001 0.009 0.001 0.015 0.770 0.136 0.045 0.008 85 D 0.004 0.020 0.005 0.003 0.010 0.009 0.044 0.672 0.193 0.037 0.003 86 K 0.019 0.061 0.023 0.014 0.037 0.015 0.091 0.478 0.114 0.134 0.015 87 E 0.032 0.266 0.129 0.022 0.112 0.027 0.084 0.182 0.084 0.048 0.014 88 K 0.110 0.026 0.015 0.029 0.039 0.021 0.027 0.075 0.074 0.392 0.191 89 H 0.037 0.406 0.145 0.050 0.163 0.025 0.020 0.060 0.041 0.038 0.015 90 N 0.134 0.058 0.025 0.042 0.147 0.029 0.044 0.098 0.092 0.200 0.132 91 F 0.167 0.244 0.065 0.012 0.379 0.005 0.007 0.029 0.024 0.032 0.035 92 C 0.146 0.171 0.034 0.005 0.499 0.006 0.018 0.054 0.019 0.020 0.028 93 M 0.363 0.080 0.019 0.008 0.363 0.007 0.008 0.031 0.017 0.036 0.070 94 L 0.037 0.115 0.046 0.083 0.119 0.151 0.209 0.119 0.056 0.045 0.020 95 G 0.154 0.132 0.081 0.009 0.219 0.003 0.004 0.016 0.026 0.198 0.157 96 V 0.114 0.318 0.153 0.017 0.231 0.005 0.006 0.026 0.023 0.058 0.049 97 C 0.022 0.504 0.259 0.022 0.123 0.009 0.009 0.024 0.009 0.011 0.008 98 S 0.006 0.023 0.011 0.010 0.018 0.013 0.026 0.624 0.252 0.013 0.004 99 N 0.003 0.004 0.002 0.001 0.004 0.002 0.011 0.803 0.130 0.037 0.004 100 M 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.816 0.123 0.045 0.002 101 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.907 0.078 0.005 0.001 102 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.929 0.051 0.002 0.001 103 D 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.911 0.060 0.011 0.001 104 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.789 0.163 0.036 0.003 105 E 0.002 0.007 0.001 0.001 0.003 0.002 0.014 0.688 0.270 0.011 0.001 106 A 0.001 0.009 0.001 0.002 0.006 0.004 0.127 0.729 0.107 0.014 0.001 107 I 0.014 0.026 0.025 0.010 0.026 0.042 0.240 0.267 0.127 0.208 0.014 108 L 0.304 0.065 0.031 0.014 0.138 0.006 0.009 0.062 0.041 0.110 0.220 109 P 0.010 0.057 0.027 0.046 0.029 0.117 0.100 0.320 0.244 0.044 0.007 110 E 0.020 0.034 0.036 0.039 0.042 0.027 0.053 0.244 0.213 0.264 0.028 111 R 0.140 0.082 0.022 0.007 0.163 0.012 0.036 0.108 0.121 0.236 0.073 112 F 0.199 0.169 0.022 0.006 0.461 0.003 0.005 0.021 0.020 0.043 0.049 113 I 0.206 0.174 0.048 0.014 0.440 0.008 0.011 0.022 0.013 0.026 0.040 114 F 0.210 0.190 0.050 0.010 0.413 0.004 0.005 0.032 0.016 0.021 0.048 115 T 0.181 0.184 0.055 0.016 0.332 0.021 0.028 0.093 0.034 0.018 0.038 116 E 0.110 0.165 0.079 0.043 0.193 0.068 0.049 0.110 0.053 0.061 0.069 117 D 0.193 0.166 0.091 0.026 0.251 0.009 0.013 0.078 0.037 0.043 0.092 118 R 0.052 0.099 0.070 0.042 0.074 0.048 0.050 0.251 0.176 0.107 0.031 119 A 0.060 0.272 0.077 0.026 0.177 0.016 0.031 0.136 0.087 0.086 0.031 120 Y 0.060 0.118 0.072 0.043 0.114 0.019 0.039 0.217 0.143 0.133 0.042 121 A 0.037 0.109 0.067 0.032 0.078 0.060 0.102 0.172 0.094 0.193 0.057 122 D 0.218 0.088 0.025 0.006 0.355 0.004 0.009 0.088 0.069 0.059 0.079