# TARGET T0372 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.616 0.235 0.103 0.038 0.008 0.001 0.001 2 I 0.594 0.201 0.103 0.073 0.026 0.004 0.001 3 P 0.589 0.271 0.089 0.036 0.012 0.003 0.001 4 F 0.356 0.183 0.174 0.164 0.094 0.027 0.002 5 K 0.329 0.312 0.195 0.115 0.039 0.009 0.001 6 D 0.428 0.302 0.153 0.077 0.031 0.009 0.001 7 I 0.224 0.192 0.205 0.226 0.122 0.029 0.002 8 T 0.212 0.352 0.240 0.143 0.045 0.007 0.001 9 L 0.189 0.206 0.212 0.241 0.130 0.023 0.001 10 A 0.309 0.372 0.215 0.087 0.015 0.002 0.001 11 D 0.288 0.331 0.166 0.140 0.066 0.010 0.001 12 R 0.092 0.244 0.379 0.225 0.055 0.006 0.001 13 D 0.589 0.343 0.057 0.010 0.002 0.001 0.001 14 T 0.082 0.321 0.369 0.182 0.042 0.004 0.001 15 I 0.013 0.030 0.074 0.274 0.457 0.149 0.003 16 T 0.068 0.366 0.369 0.164 0.030 0.003 0.001 17 A 0.309 0.498 0.149 0.036 0.007 0.001 0.001 18 F 0.031 0.098 0.227 0.374 0.230 0.039 0.001 19 T 0.044 0.067 0.170 0.368 0.284 0.065 0.002 20 M 0.381 0.438 0.133 0.039 0.008 0.001 0.001 21 K 0.414 0.378 0.149 0.048 0.010 0.001 0.001 22 S 0.188 0.258 0.239 0.203 0.091 0.019 0.001 23 D 0.328 0.375 0.188 0.078 0.026 0.005 0.001 24 R 0.137 0.174 0.200 0.271 0.171 0.044 0.004 25 R 0.110 0.238 0.232 0.220 0.144 0.050 0.005 26 N 0.042 0.084 0.127 0.209 0.264 0.213 0.061 27 C 0.019 0.030 0.046 0.108 0.236 0.361 0.199 28 D 0.023 0.045 0.070 0.132 0.193 0.286 0.251 29 L 0.009 0.017 0.025 0.060 0.142 0.331 0.416 30 S 0.009 0.016 0.025 0.051 0.113 0.303 0.485 31 F 0.006 0.010 0.014 0.036 0.081 0.247 0.605 32 S 0.010 0.022 0.034 0.068 0.114 0.239 0.514 33 N 0.014 0.020 0.027 0.057 0.106 0.296 0.480 34 L 0.020 0.026 0.035 0.076 0.137 0.306 0.400 35 C 0.022 0.026 0.047 0.103 0.170 0.324 0.308 36 S 0.020 0.030 0.040 0.079 0.156 0.363 0.312 37 W 0.015 0.028 0.048 0.125 0.236 0.368 0.180 38 R 0.032 0.097 0.136 0.200 0.258 0.222 0.055 39 F 0.038 0.110 0.228 0.292 0.208 0.108 0.017 40 L 0.044 0.103 0.160 0.246 0.274 0.154 0.019 41 Y 0.085 0.184 0.239 0.256 0.164 0.065 0.007 42 D 0.231 0.303 0.205 0.151 0.077 0.029 0.004 43 T 0.037 0.068 0.117 0.219 0.315 0.215 0.030 44 Q 0.080 0.190 0.229 0.256 0.158 0.075 0.011 45 F 0.034 0.050 0.082 0.173 0.284 0.306 0.071 46 A 0.042 0.093 0.134 0.225 0.274 0.191 0.040 47 V 0.048 0.102 0.145 0.217 0.243 0.197 0.048 48 I 0.033 0.071 0.123 0.226 0.275 0.225 0.047 49 D 0.067 0.163 0.207 0.228 0.177 0.123 0.035 50 D 0.028 0.097 0.134 0.226 0.229 0.220 0.066 51 F 0.009 0.024 0.058 0.130 0.267 0.392 0.120 52 L 0.004 0.007 0.022 0.068 0.152 0.499 0.248 53 V 0.005 0.013 0.034 0.103 0.236 0.461 0.148 54 F 0.002 0.003 0.008 0.029 0.142 0.552 0.262 55 K 0.006 0.036 0.122 0.308 0.351 0.160 0.017 56 F 0.028 0.140 0.222 0.269 0.240 0.093 0.008 57 W 0.070 0.230 0.302 0.264 0.106 0.027 0.002 58 A 0.101 0.170 0.201 0.292 0.186 0.049 0.002 59 G 0.388 0.294 0.173 0.096 0.039 0.009 0.001 60 E 0.677 0.217 0.067 0.029 0.009 0.002 0.001 61 Q 0.390 0.310 0.185 0.085 0.025 0.005 0.001 62 L 0.114 0.246 0.270 0.235 0.108 0.025 0.002 63 A 0.025 0.066 0.135 0.277 0.312 0.165 0.020 64 Y 0.012 0.032 0.071 0.168 0.294 0.351 0.072 65 M 0.006 0.011 0.032 0.092 0.209 0.485 0.166 66 M 0.007 0.012 0.030 0.093 0.224 0.443 0.191 67 P 0.017 0.047 0.094 0.170 0.271 0.303 0.097 68 V 0.029 0.079 0.149 0.237 0.294 0.186 0.026 69 G 0.097 0.237 0.247 0.256 0.121 0.038 0.005 70 N 0.294 0.357 0.198 0.104 0.037 0.009 0.001 71 G 0.376 0.304 0.177 0.092 0.037 0.012 0.001 72 D 0.218 0.315 0.219 0.157 0.071 0.019 0.002 73 L 0.054 0.145 0.258 0.293 0.187 0.058 0.004 74 K 0.314 0.407 0.189 0.069 0.018 0.004 0.001 75 A 0.054 0.275 0.352 0.221 0.079 0.018 0.002 76 V 0.003 0.013 0.036 0.145 0.426 0.357 0.020 77 L 0.004 0.037 0.137 0.349 0.342 0.125 0.007 78 R 0.071 0.455 0.324 0.108 0.031 0.010 0.001 79 K 0.008 0.076 0.281 0.414 0.188 0.032 0.001 80 L 0.002 0.004 0.011 0.071 0.352 0.524 0.037 81 I 0.028 0.160 0.293 0.337 0.148 0.034 0.002 82 E 0.217 0.590 0.146 0.035 0.009 0.002 0.001 83 D 0.018 0.113 0.331 0.381 0.134 0.022 0.001 84 A 0.037 0.085 0.168 0.350 0.291 0.068 0.002 85 D 0.511 0.338 0.103 0.037 0.010 0.002 0.001 86 K 0.624 0.290 0.061 0.019 0.004 0.001 0.001 87 E 0.170 0.240 0.280 0.226 0.072 0.012 0.001 88 K 0.445 0.310 0.139 0.065 0.033 0.008 0.001 89 H 0.104 0.219 0.249 0.273 0.127 0.027 0.001 90 N 0.098 0.263 0.305 0.231 0.086 0.016 0.001 91 F 0.013 0.029 0.063 0.186 0.384 0.296 0.030 92 C 0.010 0.050 0.133 0.270 0.319 0.201 0.018 93 M 0.005 0.006 0.020 0.075 0.222 0.530 0.141 94 L 0.022 0.066 0.100 0.199 0.271 0.286 0.056 95 G 0.025 0.085 0.158 0.208 0.240 0.231 0.053 96 V 0.008 0.030 0.074 0.210 0.355 0.277 0.046 97 C 0.049 0.242 0.311 0.243 0.112 0.037 0.005 98 S 0.408 0.369 0.148 0.052 0.016 0.005 0.001 99 N 0.237 0.414 0.229 0.083 0.026 0.008 0.002 100 M 0.012 0.038 0.096 0.240 0.408 0.195 0.011 101 R 0.015 0.100 0.265 0.369 0.205 0.044 0.002 102 A 0.260 0.541 0.155 0.033 0.008 0.002 0.001 103 D 0.021 0.145 0.373 0.343 0.103 0.014 0.001 104 L 0.008 0.016 0.042 0.193 0.477 0.256 0.008 105 E 0.113 0.317 0.316 0.194 0.051 0.008 0.001 106 A 0.448 0.425 0.100 0.021 0.004 0.001 0.001 107 I 0.091 0.244 0.312 0.247 0.087 0.017 0.001 108 L 0.081 0.119 0.202 0.330 0.222 0.045 0.002 109 P 0.539 0.292 0.105 0.046 0.015 0.003 0.001 110 E 0.504 0.323 0.117 0.043 0.010 0.002 0.001 111 R 0.276 0.330 0.225 0.124 0.039 0.006 0.001 112 F 0.079 0.130 0.185 0.269 0.252 0.080 0.004 113 I 0.224 0.293 0.266 0.165 0.046 0.007 0.001 114 F 0.149 0.116 0.156 0.266 0.226 0.081 0.006 115 T 0.341 0.337 0.191 0.094 0.031 0.006 0.001 116 E 0.199 0.175 0.220 0.233 0.144 0.027 0.001 117 D 0.494 0.287 0.130 0.062 0.021 0.005 0.001 118 R 0.581 0.233 0.114 0.054 0.015 0.003 0.001 119 A 0.714 0.185 0.060 0.027 0.011 0.003 0.001 120 Y 0.688 0.164 0.078 0.047 0.018 0.005 0.001 121 A 0.730 0.141 0.065 0.041 0.018 0.005 0.001 122 D 0.729 0.151 0.063 0.036 0.016 0.005 0.001