# TARGET T0372 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.003 0.002 0.007 0.050 0.933 2 I 0.038 0.008 0.009 0.010 0.140 0.795 3 P 0.060 0.010 0.031 0.021 0.228 0.650 4 F 0.090 0.014 0.051 0.013 0.314 0.516 5 K 0.246 0.007 0.020 0.010 0.226 0.492 6 D 0.312 0.008 0.011 0.011 0.110 0.548 7 I 0.380 0.038 0.005 0.006 0.063 0.508 8 T 0.389 0.035 0.006 0.004 0.123 0.443 9 L 0.083 0.017 0.294 0.042 0.328 0.235 10 A 0.029 0.006 0.234 0.064 0.422 0.243 11 D 0.011 0.006 0.228 0.120 0.444 0.192 12 R 0.002 0.002 0.160 0.532 0.224 0.079 13 D 0.001 0.001 0.141 0.739 0.090 0.028 14 T 0.001 0.001 0.114 0.821 0.055 0.008 15 I 0.003 0.002 0.045 0.900 0.037 0.012 16 T 0.004 0.002 0.035 0.909 0.036 0.015 17 A 0.004 0.001 0.029 0.924 0.032 0.010 18 F 0.004 0.002 0.017 0.942 0.024 0.011 19 T 0.007 0.004 0.019 0.904 0.054 0.013 20 M 0.006 0.001 0.026 0.846 0.093 0.029 21 K 0.006 0.003 0.023 0.697 0.165 0.105 22 S 0.007 0.006 0.017 0.350 0.297 0.322 23 D 0.010 0.003 0.011 0.070 0.238 0.669 24 R 0.046 0.010 0.043 0.113 0.293 0.495 25 R 0.147 0.025 0.071 0.177 0.224 0.356 26 N 0.148 0.013 0.097 0.383 0.154 0.205 27 C 0.250 0.013 0.050 0.302 0.162 0.222 28 D 0.223 0.004 0.039 0.441 0.150 0.144 29 L 0.281 0.007 0.026 0.508 0.113 0.065 30 S 0.229 0.009 0.019 0.571 0.109 0.063 31 F 0.095 0.003 0.034 0.788 0.068 0.011 32 S 0.045 0.002 0.030 0.835 0.071 0.018 33 N 0.032 0.001 0.037 0.838 0.072 0.019 34 L 0.070 0.005 0.030 0.791 0.067 0.037 35 C 0.129 0.005 0.039 0.714 0.055 0.058 36 S 0.177 0.009 0.072 0.623 0.069 0.050 37 W 0.158 0.005 0.117 0.568 0.115 0.037 38 R 0.211 0.003 0.159 0.405 0.158 0.064 39 F 0.273 0.006 0.174 0.240 0.192 0.116 40 L 0.414 0.036 0.079 0.080 0.328 0.064 41 Y 0.347 0.009 0.045 0.032 0.471 0.096 42 D 0.225 0.003 0.017 0.015 0.568 0.173 43 T 0.760 0.006 0.002 0.004 0.139 0.089 44 Q 0.928 0.002 0.001 0.002 0.019 0.049 45 F 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 46 A 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 47 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 48 I 0.940 0.003 0.001 0.001 0.054 0.002 49 D 0.168 0.001 0.001 0.001 0.821 0.009 50 D 0.047 0.001 0.001 0.001 0.945 0.008 51 F 0.924 0.006 0.001 0.001 0.063 0.007 52 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 53 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 F 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 55 K 0.964 0.001 0.001 0.001 0.009 0.025 56 F 0.878 0.002 0.001 0.001 0.032 0.085 57 W 0.654 0.028 0.006 0.004 0.133 0.176 58 A 0.324 0.021 0.023 0.009 0.526 0.096 59 G 0.054 0.003 0.040 0.009 0.812 0.082 60 E 0.053 0.003 0.049 0.009 0.798 0.089 61 Q 0.387 0.030 0.031 0.006 0.422 0.124 62 L 0.692 0.021 0.010 0.004 0.104 0.169 63 A 0.795 0.013 0.008 0.003 0.062 0.120 64 Y 0.856 0.011 0.005 0.002 0.037 0.088 65 M 0.751 0.017 0.005 0.003 0.075 0.149 66 M 0.534 0.015 0.007 0.003 0.132 0.308 67 P 0.297 0.023 0.009 0.004 0.244 0.423 68 V 0.166 0.042 0.015 0.004 0.271 0.502 69 G 0.072 0.024 0.012 0.006 0.502 0.384 70 N 0.035 0.019 0.042 0.027 0.475 0.402 71 G 0.015 0.015 0.025 0.040 0.428 0.478 72 D 0.015 0.020 0.005 0.029 0.264 0.666 73 L 0.001 0.001 0.011 0.953 0.018 0.018 74 K 0.001 0.001 0.005 0.980 0.009 0.006 75 A 0.001 0.001 0.005 0.988 0.006 0.001 76 V 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 77 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 78 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 79 K 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.003 80 L 0.001 0.001 0.004 0.980 0.006 0.008 81 I 0.002 0.001 0.006 0.970 0.011 0.010 82 E 0.003 0.001 0.007 0.959 0.016 0.015 83 D 0.003 0.001 0.012 0.862 0.045 0.077 84 A 0.002 0.002 0.040 0.805 0.078 0.073 85 D 0.004 0.004 0.074 0.695 0.148 0.076 86 K 0.004 0.003 0.090 0.601 0.240 0.062 87 E 0.005 0.002 0.097 0.479 0.277 0.140 88 K 0.010 0.005 0.053 0.135 0.441 0.355 89 H 0.026 0.004 0.031 0.031 0.523 0.385 90 N 0.078 0.004 0.011 0.009 0.265 0.633 91 F 0.574 0.018 0.005 0.007 0.103 0.293 92 C 0.815 0.016 0.003 0.007 0.035 0.123 93 M 0.865 0.014 0.011 0.009 0.040 0.061 94 L 0.716 0.007 0.023 0.023 0.110 0.121 95 G 0.432 0.012 0.048 0.029 0.235 0.244 96 V 0.234 0.031 0.019 0.021 0.274 0.422 97 C 0.109 0.023 0.012 0.030 0.255 0.571 98 S 0.017 0.005 0.087 0.430 0.312 0.149 99 N 0.009 0.004 0.087 0.590 0.222 0.087 100 M 0.002 0.001 0.058 0.887 0.038 0.014 101 R 0.003 0.001 0.018 0.927 0.028 0.024 102 A 0.001 0.001 0.014 0.958 0.018 0.009 103 D 0.001 0.001 0.013 0.962 0.016 0.007 104 L 0.001 0.001 0.020 0.954 0.018 0.006 105 E 0.003 0.001 0.045 0.919 0.026 0.006 106 A 0.003 0.001 0.023 0.927 0.027 0.020 107 I 0.006 0.004 0.020 0.791 0.043 0.137 108 L 0.012 0.007 0.010 0.056 0.204 0.711 109 P 0.012 0.002 0.269 0.048 0.447 0.221 110 E 0.036 0.001 0.312 0.026 0.487 0.139 111 R 0.243 0.007 0.235 0.041 0.365 0.109 112 F 0.723 0.008 0.009 0.010 0.092 0.157 113 I 0.924 0.005 0.001 0.002 0.014 0.052 114 F 0.925 0.007 0.001 0.002 0.015 0.050 115 T 0.791 0.005 0.003 0.003 0.050 0.148 116 E 0.427 0.011 0.008 0.005 0.102 0.447 117 D 0.147 0.029 0.023 0.011 0.257 0.533 118 R 0.024 0.006 0.412 0.061 0.348 0.148 119 A 0.025 0.004 0.450 0.070 0.328 0.123 120 Y 0.013 0.003 0.508 0.084 0.306 0.087 121 A 0.018 0.015 0.070 0.102 0.262 0.534 122 D 0.002 0.001 0.001 0.003 0.056 0.937