# TARGET T0372 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.010 0.945 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.025 0.006 0.002 0.006 2 I 0.001 0.011 0.888 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.068 0.010 0.009 0.006 3 P 0.001 0.016 0.791 0.003 0.008 0.003 0.001 0.001 0.003 0.082 0.074 0.003 0.017 4 F 0.001 0.029 0.566 0.002 0.044 0.005 0.001 0.001 0.004 0.197 0.118 0.008 0.025 5 K 0.001 0.007 0.384 0.003 0.024 0.007 0.001 0.001 0.010 0.462 0.053 0.038 0.012 6 D 0.004 0.019 0.655 0.009 0.011 0.004 0.002 0.001 0.019 0.124 0.040 0.004 0.107 7 I 0.009 0.037 0.774 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.020 0.033 0.001 0.094 0.025 8 T 0.006 0.061 0.630 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.058 0.006 0.001 0.013 0.219 9 L 0.009 0.012 0.205 0.006 0.443 0.138 0.002 0.001 0.018 0.022 0.095 0.013 0.036 10 A 0.003 0.009 0.166 0.002 0.284 0.073 0.002 0.001 0.016 0.171 0.217 0.040 0.017 11 D 0.001 0.006 0.423 0.001 0.169 0.154 0.001 0.001 0.008 0.149 0.047 0.002 0.041 12 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 13 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 14 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 15 I 0.001 0.001 0.006 0.001 0.011 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 16 T 0.001 0.001 0.004 0.001 0.029 0.953 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 17 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.050 0.899 0.001 0.001 0.001 0.004 0.039 0.001 0.002 18 F 0.001 0.001 0.010 0.001 0.043 0.864 0.001 0.001 0.001 0.008 0.072 0.001 0.001 19 T 0.001 0.007 0.046 0.001 0.042 0.684 0.001 0.001 0.001 0.039 0.176 0.001 0.002 20 M 0.001 0.006 0.101 0.001 0.053 0.497 0.001 0.001 0.001 0.061 0.272 0.003 0.004 21 K 0.001 0.004 0.192 0.001 0.055 0.325 0.001 0.001 0.001 0.093 0.321 0.001 0.006 22 S 0.001 0.005 0.401 0.002 0.049 0.141 0.001 0.001 0.002 0.241 0.150 0.004 0.006 23 D 0.001 0.007 0.481 0.003 0.059 0.122 0.001 0.001 0.003 0.155 0.158 0.004 0.008 24 R 0.001 0.015 0.372 0.003 0.099 0.199 0.001 0.001 0.010 0.149 0.122 0.011 0.019 25 R 0.002 0.032 0.289 0.008 0.071 0.191 0.001 0.004 0.023 0.152 0.181 0.017 0.029 26 N 0.007 0.036 0.269 0.008 0.057 0.152 0.004 0.009 0.033 0.140 0.216 0.019 0.052 27 C 0.011 0.026 0.339 0.016 0.039 0.130 0.005 0.010 0.039 0.185 0.110 0.038 0.051 28 D 0.020 0.022 0.244 0.012 0.039 0.184 0.005 0.004 0.024 0.203 0.122 0.051 0.070 29 L 0.027 0.018 0.263 0.008 0.024 0.226 0.006 0.005 0.027 0.177 0.084 0.059 0.074 30 S 0.044 0.023 0.295 0.007 0.019 0.293 0.011 0.008 0.032 0.080 0.076 0.028 0.083 31 F 0.064 0.013 0.125 0.003 0.027 0.509 0.012 0.008 0.015 0.071 0.074 0.042 0.038 32 S 0.048 0.008 0.121 0.004 0.032 0.584 0.008 0.004 0.011 0.052 0.062 0.018 0.050 33 N 0.051 0.004 0.067 0.007 0.044 0.634 0.005 0.002 0.005 0.055 0.062 0.038 0.026 34 L 0.050 0.003 0.046 0.004 0.028 0.708 0.004 0.001 0.003 0.033 0.069 0.009 0.041 35 C 0.060 0.006 0.038 0.002 0.021 0.724 0.006 0.004 0.005 0.015 0.073 0.024 0.020 36 S 0.088 0.009 0.047 0.002 0.024 0.634 0.008 0.003 0.005 0.019 0.090 0.030 0.043 37 W 0.080 0.007 0.075 0.008 0.046 0.545 0.005 0.002 0.003 0.042 0.090 0.021 0.077 38 R 0.050 0.007 0.056 0.018 0.076 0.454 0.003 0.001 0.003 0.060 0.170 0.061 0.040 39 F 0.035 0.007 0.069 0.008 0.073 0.262 0.003 0.001 0.003 0.076 0.352 0.023 0.088 40 L 0.041 0.011 0.199 0.007 0.070 0.234 0.004 0.001 0.004 0.085 0.203 0.039 0.101 41 Y 0.023 0.019 0.129 0.060 0.048 0.105 0.003 0.001 0.003 0.180 0.317 0.075 0.038 42 D 0.020 0.003 0.123 0.034 0.032 0.031 0.003 0.001 0.003 0.175 0.458 0.027 0.091 43 T 0.148 0.009 0.258 0.033 0.014 0.017 0.015 0.001 0.019 0.083 0.048 0.117 0.239 44 Q 0.208 0.008 0.070 0.004 0.005 0.010 0.022 0.002 0.025 0.020 0.010 0.443 0.173 45 F 0.257 0.002 0.042 0.028 0.003 0.005 0.038 0.002 0.019 0.013 0.004 0.023 0.564 46 A 0.135 0.001 0.013 0.004 0.001 0.001 0.015 0.001 0.008 0.003 0.001 0.795 0.023 47 V 0.083 0.005 0.018 0.002 0.001 0.001 0.017 0.001 0.007 0.004 0.001 0.009 0.852 48 I 0.059 0.009 0.098 0.185 0.006 0.005 0.009 0.001 0.005 0.018 0.019 0.493 0.093 49 D 0.017 0.002 0.098 0.162 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.182 0.345 0.022 0.144 50 D 0.037 0.001 0.080 0.082 0.022 0.001 0.002 0.001 0.001 0.245 0.407 0.068 0.054 51 F 0.277 0.003 0.103 0.017 0.002 0.001 0.015 0.001 0.002 0.031 0.011 0.112 0.427 52 L 0.698 0.001 0.013 0.003 0.001 0.001 0.034 0.001 0.002 0.003 0.001 0.128 0.118 53 V 0.870 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.043 54 F 0.886 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.057 55 K 0.762 0.001 0.007 0.017 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.080 56 F 0.498 0.001 0.019 0.002 0.001 0.001 0.017 0.001 0.003 0.006 0.002 0.198 0.253 57 W 0.294 0.007 0.101 0.015 0.001 0.001 0.014 0.001 0.005 0.036 0.018 0.062 0.446 58 A 0.069 0.023 0.139 0.010 0.011 0.003 0.005 0.001 0.004 0.104 0.133 0.369 0.128 59 G 0.002 0.001 0.052 0.006 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.152 0.746 0.006 0.019 60 E 0.009 0.002 0.105 0.012 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.292 0.528 0.018 0.019 61 Q 0.086 0.025 0.248 0.002 0.007 0.002 0.010 0.001 0.005 0.099 0.022 0.274 0.219 62 L 0.170 0.012 0.150 0.012 0.006 0.003 0.034 0.002 0.012 0.031 0.007 0.092 0.470 63 A 0.348 0.005 0.067 0.072 0.003 0.002 0.078 0.003 0.009 0.009 0.004 0.236 0.164 64 Y 0.408 0.006 0.033 0.006 0.002 0.003 0.108 0.003 0.011 0.010 0.004 0.144 0.262 65 M 0.194 0.014 0.131 0.023 0.004 0.010 0.057 0.003 0.035 0.041 0.008 0.204 0.275 66 M 0.046 0.006 0.369 0.030 0.007 0.011 0.010 0.001 0.026 0.142 0.024 0.203 0.125 67 P 0.012 0.018 0.586 0.011 0.010 0.011 0.005 0.001 0.021 0.117 0.058 0.013 0.138 68 V 0.008 0.051 0.484 0.006 0.022 0.018 0.004 0.001 0.018 0.182 0.111 0.064 0.031 69 G 0.001 0.029 0.533 0.002 0.023 0.016 0.001 0.001 0.011 0.263 0.075 0.008 0.037 70 N 0.001 0.006 0.213 0.001 0.104 0.063 0.001 0.001 0.003 0.179 0.419 0.002 0.008 71 G 0.001 0.020 0.183 0.001 0.035 0.050 0.001 0.001 0.001 0.411 0.286 0.009 0.004 72 D 0.001 0.047 0.570 0.001 0.008 0.066 0.001 0.001 0.002 0.272 0.024 0.001 0.009 73 L 0.001 0.001 0.011 0.001 0.006 0.961 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.001 0.001 74 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 80 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 81 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.001 0.001 82 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.954 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.001 0.001 83 D 0.001 0.001 0.011 0.001 0.004 0.944 0.001 0.001 0.001 0.006 0.033 0.001 0.001 84 A 0.001 0.002 0.020 0.001 0.014 0.924 0.001 0.001 0.001 0.009 0.031 0.001 0.001 85 D 0.001 0.002 0.030 0.001 0.029 0.852 0.001 0.001 0.001 0.014 0.070 0.001 0.001 86 K 0.001 0.001 0.016 0.001 0.038 0.747 0.001 0.001 0.001 0.013 0.183 0.001 0.001 87 E 0.001 0.002 0.069 0.001 0.041 0.491 0.001 0.001 0.001 0.047 0.347 0.001 0.001 88 K 0.001 0.006 0.219 0.001 0.051 0.225 0.001 0.001 0.001 0.107 0.387 0.002 0.003 89 H 0.001 0.007 0.293 0.006 0.035 0.095 0.001 0.001 0.003 0.240 0.312 0.004 0.005 90 N 0.001 0.007 0.273 0.021 0.025 0.021 0.001 0.001 0.008 0.255 0.374 0.005 0.009 91 F 0.007 0.034 0.517 0.005 0.007 0.013 0.006 0.015 0.132 0.130 0.022 0.052 0.060 92 C 0.015 0.053 0.305 0.013 0.007 0.013 0.021 0.055 0.369 0.023 0.006 0.049 0.070 93 M 0.037 0.029 0.146 0.012 0.015 0.038 0.058 0.149 0.378 0.010 0.010 0.033 0.086 94 L 0.028 0.014 0.063 0.102 0.053 0.055 0.044 0.114 0.198 0.076 0.151 0.060 0.043 95 G 0.017 0.010 0.210 0.028 0.023 0.011 0.018 0.012 0.133 0.167 0.216 0.066 0.085 96 V 0.004 0.037 0.561 0.003 0.004 0.006 0.004 0.003 0.080 0.173 0.010 0.042 0.071 97 C 0.001 0.016 0.724 0.001 0.005 0.062 0.001 0.002 0.028 0.110 0.014 0.006 0.031 98 S 0.001 0.001 0.007 0.001 0.030 0.908 0.001 0.001 0.001 0.013 0.042 0.001 0.001 99 N 0.001 0.001 0.011 0.001 0.045 0.895 0.001 0.001 0.001 0.007 0.041 0.001 0.001 100 M 0.001 0.001 0.010 0.001 0.037 0.928 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.001 0.001 101 R 0.001 0.001 0.007 0.001 0.009 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 103 D 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.971 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 104 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.010 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 105 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.040 0.911 0.001 0.001 0.001 0.004 0.037 0.001 0.001 106 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.058 0.813 0.001 0.001 0.001 0.009 0.110 0.001 0.001 107 I 0.001 0.001 0.023 0.001 0.063 0.638 0.001 0.001 0.001 0.023 0.247 0.001 0.002 108 L 0.001 0.019 0.325 0.004 0.027 0.135 0.001 0.001 0.006 0.291 0.180 0.003 0.008 109 P 0.001 0.007 0.585 0.015 0.082 0.028 0.001 0.001 0.003 0.096 0.172 0.004 0.008 110 E 0.001 0.002 0.084 0.014 0.120 0.015 0.001 0.001 0.004 0.308 0.443 0.004 0.004 111 R 0.005 0.004 0.199 0.030 0.076 0.010 0.003 0.001 0.031 0.147 0.425 0.013 0.054 112 F 0.031 0.013 0.366 0.008 0.003 0.004 0.035 0.023 0.219 0.042 0.005 0.097 0.155 113 I 0.054 0.013 0.104 0.003 0.001 0.004 0.051 0.018 0.312 0.008 0.002 0.373 0.058 114 F 0.052 0.009 0.077 0.004 0.001 0.003 0.063 0.026 0.246 0.004 0.001 0.011 0.502 115 T 0.041 0.008 0.162 0.106 0.003 0.008 0.032 0.014 0.250 0.015 0.006 0.315 0.038 116 E 0.029 0.009 0.159 0.007 0.014 0.014 0.020 0.009 0.179 0.131 0.030 0.051 0.348 117 D 0.013 0.020 0.373 0.023 0.043 0.027 0.006 0.003 0.083 0.147 0.044 0.103 0.115 118 R 0.006 0.019 0.139 0.016 0.233 0.126 0.002 0.001 0.011 0.110 0.270 0.024 0.043 119 A 0.004 0.007 0.131 0.006 0.185 0.105 0.001 0.001 0.003 0.141 0.384 0.011 0.020 120 Y 0.006 0.021 0.227 0.012 0.156 0.104 0.001 0.001 0.003 0.147 0.292 0.015 0.017 121 A 0.006 0.039 0.324 0.002 0.087 0.093 0.001 0.001 0.002 0.161 0.239 0.009 0.035 122 D 0.002 0.016 0.506 0.004 0.076 0.069 0.001 0.001 0.001 0.179 0.114 0.014 0.020