# TARGET T0372 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.006 0.004 0.013 0.012 0.019 0.072 0.002 0.001 0.023 0.826 2 I 0.049 0.001 0.001 0.007 0.100 0.047 0.111 0.010 0.001 0.050 0.624 3 P 0.019 0.001 0.001 0.027 0.016 0.027 0.093 0.002 0.001 0.021 0.794 4 F 0.056 0.005 0.001 0.055 0.010 0.016 0.106 0.003 0.001 0.029 0.720 5 K 0.041 0.003 0.001 0.036 0.053 0.025 0.123 0.008 0.001 0.024 0.686 6 D 0.005 0.002 0.001 0.027 0.019 0.021 0.126 0.002 0.001 0.005 0.792 7 I 0.002 0.006 0.001 0.088 0.065 0.061 0.104 0.005 0.001 0.008 0.660 8 T 0.162 0.470 0.002 0.056 0.014 0.018 0.044 0.011 0.001 0.010 0.212 9 L 0.235 0.343 0.004 0.043 0.007 0.009 0.037 0.010 0.001 0.068 0.243 10 A 0.014 0.251 0.010 0.034 0.006 0.008 0.061 0.002 0.003 0.210 0.401 11 D 0.042 0.799 0.004 0.004 0.002 0.003 0.019 0.008 0.001 0.025 0.093 12 R 0.080 0.267 0.005 0.008 0.009 0.005 0.025 0.012 0.001 0.418 0.169 13 D 0.020 0.588 0.008 0.005 0.004 0.007 0.044 0.005 0.003 0.072 0.244 14 T 0.114 0.625 0.004 0.003 0.002 0.006 0.022 0.014 0.001 0.031 0.177 15 I 0.066 0.286 0.025 0.008 0.004 0.006 0.038 0.021 0.009 0.306 0.230 16 T 0.079 0.593 0.002 0.002 0.003 0.006 0.051 0.007 0.001 0.027 0.229 17 A 0.063 0.381 0.035 0.011 0.002 0.007 0.043 0.015 0.011 0.047 0.385 18 F 0.140 0.162 0.038 0.010 0.010 0.013 0.109 0.019 0.015 0.104 0.378 19 T 0.204 0.047 0.005 0.009 0.005 0.013 0.095 0.008 0.004 0.079 0.531 20 M 0.185 0.043 0.010 0.018 0.005 0.010 0.093 0.009 0.004 0.062 0.562 21 K 0.088 0.023 0.003 0.019 0.004 0.010 0.125 0.005 0.002 0.033 0.689 22 S 0.040 0.019 0.001 0.015 0.013 0.021 0.108 0.006 0.001 0.033 0.742 23 D 0.040 0.032 0.002 0.032 0.028 0.033 0.141 0.006 0.001 0.051 0.636 24 R 0.041 0.020 0.004 0.049 0.039 0.054 0.132 0.004 0.002 0.042 0.614 25 R 0.077 0.066 0.002 0.068 0.042 0.061 0.118 0.011 0.001 0.060 0.495 26 N 0.157 0.050 0.003 0.054 0.020 0.029 0.117 0.006 0.001 0.112 0.452 27 C 0.040 0.168 0.004 0.076 0.021 0.047 0.118 0.008 0.001 0.068 0.449 28 D 0.051 0.160 0.003 0.041 0.020 0.044 0.096 0.004 0.001 0.124 0.457 29 L 0.017 0.232 0.005 0.054 0.053 0.060 0.081 0.004 0.001 0.215 0.276 30 S 0.033 0.370 0.003 0.024 0.047 0.072 0.060 0.006 0.001 0.171 0.214 31 F 0.038 0.619 0.006 0.019 0.022 0.034 0.030 0.008 0.001 0.067 0.157 32 S 0.030 0.253 0.004 0.024 0.027 0.043 0.052 0.004 0.001 0.396 0.167 33 N 0.016 0.575 0.006 0.014 0.023 0.039 0.033 0.006 0.002 0.150 0.136 34 L 0.056 0.610 0.009 0.016 0.019 0.027 0.034 0.015 0.002 0.064 0.148 35 C 0.044 0.552 0.016 0.026 0.027 0.032 0.038 0.009 0.006 0.075 0.175 36 S 0.082 0.483 0.007 0.013 0.020 0.033 0.059 0.013 0.004 0.044 0.241 37 W 0.126 0.254 0.019 0.025 0.024 0.037 0.070 0.026 0.009 0.112 0.298 38 R 0.134 0.086 0.028 0.029 0.025 0.041 0.127 0.010 0.019 0.096 0.406 39 F 0.143 0.019 0.008 0.023 0.023 0.045 0.140 0.005 0.004 0.082 0.507 40 L 0.050 0.013 0.007 0.040 0.025 0.055 0.144 0.005 0.003 0.077 0.581 41 Y 0.082 0.019 0.004 0.041 0.037 0.073 0.159 0.005 0.002 0.061 0.516 42 D 0.017 0.011 0.002 0.085 0.077 0.203 0.118 0.005 0.001 0.055 0.426 43 T 0.007 0.013 0.001 0.044 0.088 0.206 0.087 0.002 0.001 0.067 0.484 44 Q 0.005 0.005 0.001 0.130 0.242 0.382 0.031 0.002 0.001 0.069 0.132 45 F 0.005 0.003 0.001 0.145 0.151 0.255 0.045 0.001 0.001 0.049 0.346 46 A 0.002 0.001 0.002 0.167 0.300 0.363 0.024 0.001 0.001 0.047 0.093 47 V 0.051 0.001 0.004 0.149 0.137 0.253 0.055 0.002 0.004 0.088 0.256 48 I 0.277 0.002 0.002 0.052 0.073 0.128 0.085 0.007 0.002 0.076 0.297 49 D 0.016 0.001 0.001 0.031 0.019 0.057 0.132 0.001 0.001 0.029 0.713 50 D 0.001 0.001 0.001 0.055 0.099 0.327 0.100 0.001 0.001 0.034 0.382 51 F 0.001 0.001 0.001 0.074 0.290 0.402 0.035 0.001 0.001 0.061 0.136 52 L 0.001 0.001 0.001 0.090 0.407 0.376 0.011 0.001 0.001 0.039 0.077 53 V 0.001 0.001 0.001 0.067 0.336 0.429 0.012 0.001 0.001 0.036 0.118 54 F 0.003 0.001 0.001 0.061 0.361 0.434 0.011 0.001 0.001 0.043 0.086 55 K 0.006 0.002 0.001 0.062 0.251 0.433 0.037 0.001 0.001 0.080 0.127 56 F 0.013 0.002 0.005 0.048 0.220 0.304 0.059 0.002 0.005 0.039 0.303 57 W 0.280 0.003 0.004 0.022 0.088 0.123 0.062 0.008 0.007 0.061 0.344 58 A 0.314 0.002 0.002 0.009 0.012 0.018 0.058 0.004 0.002 0.042 0.536 59 G 0.022 0.001 0.001 0.006 0.007 0.016 0.075 0.001 0.001 0.015 0.856 60 E 0.006 0.002 0.001 0.012 0.060 0.092 0.120 0.002 0.001 0.022 0.685 61 Q 0.005 0.003 0.001 0.043 0.184 0.294 0.097 0.002 0.001 0.065 0.305 62 L 0.003 0.003 0.001 0.067 0.249 0.337 0.042 0.001 0.001 0.052 0.246 63 A 0.003 0.001 0.001 0.057 0.296 0.364 0.035 0.001 0.001 0.031 0.213 64 Y 0.001 0.001 0.001 0.103 0.248 0.306 0.039 0.001 0.001 0.026 0.277 65 M 0.008 0.003 0.001 0.115 0.175 0.251 0.059 0.002 0.001 0.063 0.322 66 M 0.088 0.004 0.001 0.049 0.206 0.167 0.072 0.004 0.001 0.107 0.302 67 P 0.025 0.007 0.002 0.039 0.085 0.100 0.119 0.002 0.002 0.043 0.576 68 V 0.027 0.011 0.002 0.023 0.048 0.113 0.113 0.012 0.002 0.022 0.627 69 G 0.586 0.052 0.001 0.007 0.010 0.009 0.041 0.009 0.001 0.040 0.245 70 N 0.121 0.045 0.001 0.008 0.008 0.012 0.092 0.002 0.001 0.041 0.669 71 G 0.001 0.024 0.001 0.012 0.003 0.008 0.069 0.001 0.001 0.012 0.870 72 D 0.034 0.839 0.001 0.001 0.005 0.003 0.016 0.004 0.001 0.046 0.049 73 L 0.015 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.009 0.018 74 K 0.006 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 0.022 75 A 0.005 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.018 0.010 76 V 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.004 77 L 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 78 R 0.003 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.026 0.010 79 K 0.002 0.942 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.035 0.013 80 L 0.008 0.962 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.007 0.007 81 I 0.024 0.822 0.003 0.002 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.094 0.044 82 E 0.018 0.713 0.014 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 0.008 0.079 0.143 83 D 0.079 0.675 0.014 0.001 0.001 0.001 0.023 0.012 0.007 0.064 0.124 84 A 0.117 0.237 0.157 0.002 0.001 0.002 0.029 0.024 0.129 0.099 0.204 85 D 0.293 0.111 0.004 0.001 0.001 0.001 0.049 0.006 0.004 0.024 0.507 86 K 0.112 0.017 0.006 0.003 0.001 0.003 0.046 0.003 0.005 0.042 0.762 87 E 0.084 0.017 0.003 0.006 0.001 0.003 0.101 0.003 0.001 0.036 0.744 88 K 0.033 0.020 0.001 0.012 0.003 0.007 0.086 0.001 0.001 0.030 0.806 89 H 0.028 0.037 0.002 0.027 0.022 0.026 0.147 0.006 0.001 0.058 0.648 90 N 0.023 0.032 0.001 0.103 0.050 0.092 0.131 0.006 0.001 0.098 0.463 91 F 0.022 0.024 0.003 0.175 0.069 0.093 0.105 0.003 0.001 0.084 0.423 92 C 0.026 0.017 0.001 0.318 0.095 0.126 0.082 0.005 0.001 0.098 0.231 93 M 0.043 0.017 0.001 0.240 0.060 0.128 0.103 0.003 0.001 0.077 0.327 94 L 0.019 0.004 0.001 0.227 0.069 0.125 0.109 0.001 0.001 0.039 0.405 95 G 0.012 0.010 0.001 0.121 0.059 0.120 0.154 0.001 0.001 0.053 0.469 96 V 0.018 0.080 0.003 0.036 0.031 0.031 0.123 0.004 0.002 0.058 0.614 97 C 0.123 0.737 0.001 0.003 0.002 0.003 0.018 0.009 0.001 0.022 0.081 98 S 0.053 0.544 0.004 0.005 0.001 0.002 0.031 0.004 0.001 0.156 0.199 99 N 0.009 0.839 0.002 0.002 0.001 0.002 0.015 0.003 0.001 0.055 0.071 100 M 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.015 101 R 0.016 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.012 0.018 102 A 0.006 0.913 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.039 0.033 103 D 0.035 0.574 0.132 0.001 0.001 0.001 0.015 0.018 0.062 0.108 0.053 104 L 0.364 0.376 0.022 0.001 0.001 0.001 0.014 0.097 0.012 0.056 0.056 105 E 0.210 0.037 0.002 0.003 0.002 0.005 0.055 0.003 0.004 0.053 0.627 106 A 0.009 0.016 0.003 0.007 0.001 0.005 0.084 0.001 0.001 0.013 0.863 107 I 0.012 0.010 0.019 0.019 0.005 0.012 0.116 0.002 0.006 0.046 0.752 108 L 0.592 0.023 0.002 0.004 0.005 0.006 0.059 0.028 0.001 0.072 0.208 109 P 0.197 0.017 0.001 0.009 0.001 0.003 0.085 0.003 0.001 0.033 0.651 110 E 0.014 0.013 0.001 0.047 0.009 0.039 0.115 0.003 0.001 0.037 0.721 111 R 0.015 0.009 0.001 0.135 0.041 0.102 0.114 0.002 0.001 0.083 0.498 112 F 0.005 0.005 0.001 0.177 0.187 0.122 0.065 0.001 0.001 0.038 0.399 113 I 0.017 0.016 0.001 0.161 0.170 0.175 0.059 0.002 0.001 0.042 0.357 114 F 0.023 0.025 0.001 0.064 0.083 0.078 0.082 0.006 0.001 0.032 0.605 115 T 0.205 0.075 0.005 0.052 0.053 0.083 0.092 0.012 0.005 0.061 0.357 116 E 0.051 0.119 0.007 0.031 0.019 0.043 0.087 0.010 0.004 0.032 0.596 117 D 0.333 0.096 0.005 0.010 0.034 0.044 0.051 0.008 0.003 0.031 0.386 118 R 0.109 0.097 0.007 0.017 0.026 0.029 0.068 0.006 0.002 0.045 0.592 119 A 0.034 0.051 0.002 0.007 0.016 0.027 0.078 0.003 0.001 0.021 0.759 120 Y 0.206 0.095 0.006 0.012 0.028 0.026 0.069 0.007 0.002 0.058 0.489 121 A 0.048 0.048 0.002 0.008 0.015 0.020 0.099 0.005 0.001 0.035 0.719 122 D 0.108 0.084 0.004 0.011 0.015 0.025 0.089 0.007 0.002 0.046 0.609