# TARGET T0372 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.414 0.104 0.050 0.116 0.089 0.070 0.060 0.037 0.030 0.017 0.012 2 I 0.135 0.111 0.033 0.085 0.085 0.103 0.148 0.108 0.094 0.064 0.034 3 P 0.342 0.281 0.070 0.180 0.077 0.032 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 4 F 0.033 0.011 0.003 0.012 0.015 0.022 0.064 0.107 0.219 0.209 0.305 5 K 0.089 0.391 0.151 0.227 0.087 0.034 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 6 D 0.187 0.227 0.097 0.287 0.122 0.048 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 7 I 0.018 0.010 0.004 0.014 0.021 0.037 0.101 0.116 0.229 0.220 0.231 8 T 0.022 0.299 0.177 0.382 0.089 0.021 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 9 L 0.099 0.054 0.021 0.072 0.070 0.089 0.198 0.141 0.122 0.084 0.051 10 A 0.452 0.278 0.091 0.113 0.041 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 11 D 0.015 0.130 0.049 0.165 0.126 0.138 0.199 0.084 0.056 0.028 0.011 12 R 0.065 0.064 0.051 0.174 0.230 0.203 0.132 0.041 0.025 0.011 0.006 13 D 0.463 0.168 0.221 0.093 0.031 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 14 T 0.004 0.017 0.046 0.153 0.164 0.199 0.238 0.092 0.054 0.024 0.008 15 I 0.002 0.004 0.011 0.010 0.008 0.016 0.069 0.118 0.233 0.276 0.252 16 T 0.011 0.034 0.163 0.277 0.262 0.152 0.070 0.018 0.009 0.003 0.001 17 A 0.039 0.100 0.456 0.192 0.093 0.059 0.038 0.012 0.007 0.003 0.001 18 F 0.003 0.005 0.010 0.022 0.033 0.068 0.228 0.207 0.214 0.144 0.068 19 T 0.011 0.017 0.019 0.026 0.036 0.076 0.217 0.181 0.199 0.139 0.080 20 M 0.054 0.123 0.246 0.218 0.133 0.089 0.067 0.028 0.022 0.012 0.007 21 K 0.168 0.152 0.151 0.178 0.125 0.098 0.076 0.027 0.015 0.007 0.003 22 S 0.183 0.101 0.041 0.086 0.080 0.098 0.147 0.102 0.085 0.052 0.026 23 D 0.354 0.212 0.072 0.147 0.088 0.055 0.037 0.014 0.010 0.006 0.004 24 R 0.096 0.101 0.074 0.147 0.146 0.133 0.127 0.068 0.058 0.032 0.017 25 R 0.116 0.127 0.083 0.177 0.139 0.114 0.109 0.056 0.042 0.023 0.013 26 N 0.070 0.073 0.044 0.144 0.146 0.145 0.168 0.089 0.065 0.036 0.019 27 C 0.037 0.022 0.016 0.036 0.048 0.074 0.161 0.155 0.188 0.152 0.111 28 D 0.048 0.070 0.086 0.222 0.184 0.143 0.127 0.052 0.037 0.020 0.011 29 L 0.013 0.024 0.037 0.060 0.061 0.081 0.169 0.146 0.176 0.141 0.092 30 S 0.012 0.022 0.027 0.065 0.068 0.088 0.175 0.157 0.176 0.130 0.080 31 F 0.008 0.012 0.021 0.035 0.035 0.055 0.163 0.159 0.209 0.182 0.121 32 S 0.007 0.012 0.031 0.042 0.055 0.073 0.163 0.168 0.195 0.153 0.102 33 N 0.002 0.004 0.007 0.022 0.029 0.056 0.178 0.178 0.228 0.180 0.115 34 L 0.002 0.004 0.010 0.015 0.012 0.019 0.075 0.114 0.222 0.282 0.244 35 C 0.002 0.004 0.012 0.022 0.031 0.057 0.158 0.183 0.224 0.191 0.115 36 S 0.002 0.008 0.021 0.027 0.024 0.033 0.107 0.150 0.235 0.213 0.180 37 W 0.001 0.004 0.008 0.027 0.035 0.054 0.131 0.158 0.225 0.217 0.138 38 R 0.011 0.020 0.030 0.128 0.157 0.181 0.201 0.128 0.091 0.041 0.013 39 F 0.016 0.032 0.039 0.099 0.128 0.169 0.226 0.138 0.092 0.043 0.017 40 L 0.016 0.028 0.033 0.082 0.072 0.085 0.147 0.140 0.181 0.134 0.081 41 Y 0.024 0.043 0.028 0.112 0.132 0.158 0.233 0.131 0.086 0.040 0.012 42 D 0.082 0.162 0.118 0.274 0.177 0.097 0.054 0.020 0.011 0.004 0.002 43 T 0.008 0.007 0.006 0.018 0.020 0.030 0.095 0.145 0.252 0.235 0.183 44 Q 0.026 0.058 0.041 0.206 0.186 0.161 0.170 0.073 0.048 0.023 0.010 45 F 0.004 0.010 0.014 0.035 0.037 0.059 0.156 0.173 0.224 0.179 0.109 46 A 0.007 0.011 0.021 0.051 0.061 0.084 0.163 0.158 0.178 0.143 0.123 47 V 0.007 0.019 0.023 0.083 0.097 0.119 0.207 0.154 0.146 0.093 0.051 48 I 0.004 0.011 0.015 0.064 0.081 0.098 0.187 0.160 0.183 0.124 0.073 49 D 0.087 0.123 0.105 0.268 0.190 0.112 0.072 0.025 0.012 0.005 0.002 50 D 0.055 0.082 0.050 0.210 0.206 0.150 0.145 0.059 0.030 0.010 0.003 51 F 0.001 0.006 0.005 0.035 0.051 0.084 0.196 0.183 0.199 0.154 0.088 52 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.014 0.077 0.155 0.267 0.279 0.197 53 V 0.001 0.003 0.003 0.013 0.020 0.037 0.149 0.211 0.245 0.179 0.139 54 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.030 0.091 0.225 0.334 0.309 55 K 0.001 0.005 0.004 0.074 0.140 0.166 0.237 0.172 0.130 0.054 0.015 56 F 0.006 0.013 0.008 0.047 0.071 0.114 0.196 0.209 0.191 0.103 0.041 57 W 0.010 0.035 0.029 0.161 0.181 0.173 0.186 0.108 0.073 0.032 0.012 58 A 0.051 0.104 0.034 0.150 0.153 0.141 0.164 0.094 0.065 0.032 0.012 59 G 0.496 0.166 0.044 0.128 0.071 0.040 0.027 0.013 0.009 0.004 0.002 60 E 0.452 0.193 0.046 0.110 0.065 0.045 0.040 0.020 0.016 0.009 0.005 61 Q 0.104 0.092 0.040 0.129 0.113 0.117 0.143 0.097 0.087 0.052 0.026 62 L 0.039 0.052 0.030 0.113 0.122 0.140 0.180 0.120 0.107 0.065 0.033 63 A 0.017 0.032 0.043 0.100 0.123 0.137 0.180 0.137 0.120 0.074 0.036 64 Y 0.006 0.009 0.012 0.039 0.054 0.084 0.187 0.183 0.204 0.143 0.079 65 M 0.007 0.011 0.011 0.045 0.066 0.090 0.175 0.174 0.185 0.143 0.093 66 M 0.004 0.009 0.010 0.034 0.048 0.075 0.194 0.191 0.214 0.150 0.072 67 P 0.017 0.020 0.018 0.047 0.059 0.079 0.171 0.183 0.197 0.136 0.073 68 V 0.006 0.007 0.003 0.017 0.025 0.041 0.118 0.159 0.245 0.214 0.165 69 G 0.049 0.064 0.034 0.103 0.118 0.124 0.175 0.112 0.105 0.070 0.046 70 N 0.125 0.160 0.060 0.238 0.158 0.107 0.087 0.034 0.019 0.008 0.004 71 G 0.106 0.073 0.036 0.113 0.124 0.129 0.175 0.110 0.074 0.040 0.019 72 D 0.026 0.435 0.078 0.186 0.121 0.069 0.046 0.018 0.012 0.005 0.004 73 L 0.001 0.002 0.001 0.015 0.068 0.134 0.255 0.206 0.164 0.098 0.054 74 K 0.426 0.227 0.058 0.164 0.087 0.026 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 75 A 0.008 0.060 0.076 0.458 0.228 0.116 0.045 0.006 0.001 0.001 0.001 76 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.088 0.246 0.308 0.324 77 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.029 0.172 0.215 0.244 0.200 0.133 78 R 0.001 0.005 0.461 0.325 0.148 0.041 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 79 K 0.001 0.004 0.024 0.063 0.146 0.307 0.319 0.083 0.032 0.015 0.006 80 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.084 0.274 0.370 0.246 81 I 0.001 0.001 0.003 0.013 0.036 0.118 0.357 0.216 0.150 0.077 0.029 82 E 0.006 0.027 0.700 0.196 0.054 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 83 D 0.002 0.005 0.014 0.026 0.070 0.225 0.425 0.143 0.063 0.022 0.005 84 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.014 0.082 0.149 0.273 0.273 0.199 85 D 0.015 0.057 0.191 0.185 0.174 0.151 0.140 0.046 0.025 0.012 0.006 86 K 0.075 0.120 0.452 0.188 0.083 0.044 0.022 0.007 0.005 0.002 0.001 87 E 0.082 0.060 0.039 0.088 0.084 0.133 0.210 0.109 0.092 0.062 0.043 88 K 0.354 0.173 0.069 0.135 0.082 0.059 0.057 0.028 0.022 0.014 0.008 89 H 0.115 0.117 0.109 0.191 0.151 0.116 0.103 0.046 0.030 0.016 0.007 90 N 0.090 0.146 0.108 0.246 0.185 0.112 0.069 0.022 0.014 0.006 0.003 91 F 0.003 0.005 0.005 0.022 0.036 0.064 0.153 0.209 0.229 0.176 0.100 92 C 0.005 0.020 0.023 0.146 0.224 0.217 0.216 0.081 0.043 0.017 0.008 93 M 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.007 0.035 0.088 0.202 0.271 0.385 94 L 0.004 0.008 0.012 0.057 0.092 0.130 0.296 0.179 0.130 0.065 0.027 95 G 0.041 0.069 0.062 0.098 0.092 0.095 0.153 0.123 0.133 0.084 0.050 96 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.020 0.046 0.155 0.288 0.480 97 C 0.008 0.068 0.043 0.151 0.170 0.182 0.209 0.086 0.052 0.020 0.012 98 S 0.417 0.168 0.081 0.169 0.079 0.035 0.030 0.011 0.006 0.003 0.001 99 N 0.305 0.164 0.074 0.180 0.119 0.072 0.049 0.019 0.010 0.005 0.003 100 M 0.001 0.003 0.002 0.009 0.024 0.069 0.182 0.184 0.231 0.174 0.122 101 R 0.003 0.008 0.012 0.069 0.170 0.255 0.270 0.109 0.065 0.028 0.012 102 A 0.146 0.121 0.540 0.120 0.038 0.016 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 103 D 0.002 0.011 0.028 0.124 0.156 0.208 0.259 0.101 0.064 0.032 0.016 104 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.020 0.063 0.193 0.325 0.389 105 E 0.002 0.009 0.102 0.239 0.335 0.198 0.086 0.019 0.007 0.002 0.001 106 A 0.010 0.047 0.559 0.165 0.096 0.065 0.039 0.011 0.006 0.002 0.001 107 I 0.002 0.002 0.003 0.016 0.037 0.119 0.320 0.210 0.162 0.092 0.037 108 L 0.006 0.009 0.007 0.015 0.020 0.041 0.157 0.186 0.232 0.190 0.137 109 P 0.016 0.053 0.072 0.100 0.113 0.117 0.140 0.112 0.120 0.087 0.069 110 E 0.525 0.165 0.115 0.118 0.043 0.019 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 111 R 0.097 0.120 0.051 0.241 0.192 0.142 0.104 0.032 0.014 0.005 0.002 112 F 0.003 0.002 0.003 0.006 0.009 0.019 0.077 0.134 0.248 0.266 0.234 113 I 0.067 0.286 0.132 0.287 0.140 0.059 0.021 0.004 0.002 0.001 0.001 114 F 0.002 0.004 0.005 0.008 0.012 0.025 0.086 0.140 0.264 0.258 0.195 115 T 0.122 0.196 0.079 0.256 0.176 0.090 0.054 0.015 0.007 0.003 0.002 116 E 0.172 0.140 0.074 0.158 0.115 0.100 0.114 0.056 0.038 0.020 0.011 117 D 0.126 0.126 0.098 0.172 0.125 0.111 0.106 0.052 0.040 0.026 0.017 118 R 0.063 0.050 0.052 0.105 0.120 0.154 0.190 0.105 0.083 0.052 0.025 119 A 0.234 0.180 0.150 0.148 0.085 0.061 0.057 0.031 0.027 0.018 0.010 120 Y 0.141 0.122 0.112 0.185 0.128 0.103 0.094 0.047 0.036 0.022 0.011 121 A 0.195 0.095 0.048 0.072 0.063 0.074 0.106 0.086 0.103 0.088 0.071 122 D 0.141 0.185 0.103 0.195 0.130 0.086 0.071 0.036 0.029 0.016 0.009