# TARGET T0372 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.990 2 I 0.051 0.020 0.007 0.018 0.008 0.025 0.872 3 P 0.097 0.023 0.016 0.016 0.142 0.066 0.639 4 F 0.144 0.013 0.017 0.007 0.097 0.033 0.689 5 K 0.273 0.023 0.010 0.010 0.166 0.032 0.485 6 D 0.151 0.041 0.007 0.002 0.062 0.021 0.716 7 I 0.080 0.021 0.001 0.001 0.047 0.005 0.845 8 T 0.107 0.061 0.003 0.001 0.015 0.009 0.805 9 L 0.065 0.035 0.350 0.059 0.072 0.197 0.222 10 A 0.021 0.012 0.294 0.061 0.148 0.314 0.149 11 D 0.025 0.024 0.160 0.050 0.254 0.062 0.424 12 R 0.001 0.002 0.233 0.664 0.007 0.065 0.027 13 D 0.001 0.001 0.158 0.763 0.008 0.063 0.007 14 T 0.001 0.001 0.121 0.831 0.003 0.038 0.006 15 I 0.001 0.001 0.018 0.958 0.003 0.011 0.008 16 T 0.003 0.001 0.017 0.942 0.004 0.022 0.012 17 A 0.003 0.001 0.024 0.917 0.005 0.045 0.006 18 F 0.004 0.001 0.026 0.887 0.006 0.060 0.016 19 T 0.011 0.008 0.048 0.767 0.025 0.100 0.041 20 M 0.006 0.002 0.059 0.557 0.030 0.306 0.038 21 K 0.006 0.002 0.052 0.368 0.082 0.393 0.097 22 S 0.011 0.005 0.027 0.149 0.340 0.127 0.341 23 D 0.019 0.010 0.028 0.067 0.208 0.136 0.532 24 R 0.054 0.018 0.065 0.092 0.214 0.128 0.429 25 R 0.119 0.027 0.064 0.128 0.156 0.117 0.389 26 N 0.162 0.032 0.071 0.176 0.142 0.087 0.331 27 C 0.145 0.019 0.058 0.209 0.125 0.079 0.365 28 D 0.109 0.012 0.070 0.334 0.134 0.130 0.211 29 L 0.102 0.013 0.068 0.438 0.100 0.113 0.167 30 S 0.098 0.016 0.039 0.512 0.077 0.075 0.184 31 F 0.035 0.004 0.033 0.810 0.026 0.048 0.043 32 S 0.042 0.003 0.039 0.796 0.029 0.048 0.043 33 N 0.047 0.002 0.031 0.825 0.021 0.039 0.035 34 L 0.061 0.003 0.025 0.848 0.014 0.029 0.019 35 C 0.079 0.004 0.019 0.829 0.011 0.039 0.020 36 S 0.103 0.005 0.027 0.728 0.015 0.075 0.047 37 W 0.140 0.007 0.046 0.572 0.035 0.116 0.084 38 R 0.147 0.006 0.068 0.379 0.077 0.258 0.066 39 F 0.142 0.006 0.092 0.212 0.093 0.327 0.127 40 L 0.213 0.013 0.068 0.138 0.130 0.162 0.277 41 Y 0.240 0.010 0.048 0.053 0.180 0.258 0.212 42 D 0.352 0.007 0.018 0.015 0.170 0.267 0.171 43 T 0.659 0.006 0.005 0.005 0.049 0.028 0.248 44 Q 0.890 0.004 0.001 0.004 0.014 0.005 0.082 45 F 0.962 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.028 46 A 0.961 0.001 0.001 0.002 0.007 0.003 0.026 47 V 0.974 0.002 0.001 0.003 0.003 0.004 0.013 48 I 0.913 0.006 0.002 0.002 0.007 0.007 0.064 49 D 0.336 0.001 0.017 0.002 0.152 0.409 0.083 50 D 0.253 0.001 0.015 0.001 0.227 0.463 0.040 51 F 0.895 0.005 0.004 0.001 0.017 0.007 0.072 52 L 0.972 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.021 53 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 54 F 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 55 K 0.973 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.020 56 F 0.911 0.001 0.001 0.002 0.013 0.005 0.065 57 W 0.763 0.013 0.004 0.006 0.042 0.012 0.158 58 A 0.399 0.011 0.014 0.010 0.094 0.097 0.375 59 G 0.027 0.001 0.024 0.003 0.171 0.693 0.081 60 E 0.079 0.006 0.034 0.004 0.260 0.466 0.151 61 Q 0.350 0.025 0.015 0.003 0.201 0.039 0.366 62 L 0.671 0.015 0.007 0.002 0.039 0.012 0.254 63 A 0.884 0.006 0.005 0.002 0.016 0.009 0.078 64 Y 0.923 0.012 0.004 0.004 0.009 0.006 0.043 65 M 0.843 0.017 0.003 0.005 0.015 0.008 0.109 66 M 0.586 0.008 0.005 0.006 0.068 0.018 0.308 67 P 0.303 0.035 0.010 0.010 0.111 0.072 0.459 68 V 0.086 0.037 0.013 0.013 0.203 0.073 0.574 69 G 0.024 0.008 0.012 0.012 0.339 0.061 0.544 70 N 0.007 0.007 0.051 0.102 0.283 0.308 0.242 71 G 0.005 0.011 0.040 0.241 0.342 0.226 0.135 72 D 0.012 0.027 0.036 0.337 0.133 0.069 0.386 73 L 0.001 0.001 0.011 0.960 0.003 0.014 0.011 74 K 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.004 0.001 75 A 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.002 0.001 76 V 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 77 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 78 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 79 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 80 L 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.016 0.002 81 I 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.011 0.002 82 E 0.001 0.001 0.004 0.964 0.003 0.025 0.004 83 D 0.001 0.001 0.006 0.931 0.004 0.045 0.014 84 A 0.001 0.002 0.018 0.898 0.008 0.053 0.020 85 D 0.003 0.003 0.043 0.740 0.021 0.139 0.052 86 K 0.004 0.001 0.082 0.609 0.030 0.229 0.044 87 E 0.004 0.002 0.067 0.356 0.054 0.455 0.062 88 K 0.009 0.003 0.060 0.085 0.139 0.503 0.201 89 H 0.030 0.004 0.052 0.029 0.311 0.263 0.311 90 N 0.160 0.013 0.038 0.012 0.190 0.243 0.343 91 F 0.502 0.016 0.009 0.004 0.054 0.018 0.396 92 C 0.782 0.014 0.005 0.005 0.022 0.008 0.164 93 M 0.914 0.008 0.008 0.004 0.009 0.007 0.050 94 L 0.855 0.004 0.009 0.004 0.023 0.013 0.093 95 G 0.679 0.012 0.012 0.004 0.065 0.030 0.198 96 V 0.206 0.024 0.005 0.004 0.094 0.014 0.652 97 C 0.038 0.006 0.003 0.007 0.055 0.006 0.885 98 S 0.003 0.001 0.096 0.654 0.046 0.164 0.035 99 N 0.002 0.002 0.087 0.717 0.016 0.153 0.023 100 M 0.002 0.001 0.069 0.850 0.005 0.047 0.025 101 R 0.002 0.001 0.015 0.944 0.005 0.016 0.016 102 A 0.002 0.001 0.009 0.950 0.007 0.022 0.010 103 D 0.001 0.001 0.006 0.968 0.003 0.017 0.005 104 L 0.001 0.001 0.009 0.966 0.002 0.020 0.003 105 E 0.002 0.001 0.020 0.950 0.004 0.022 0.002 106 A 0.003 0.001 0.035 0.880 0.003 0.071 0.007 107 I 0.008 0.005 0.040 0.648 0.050 0.222 0.028 108 L 0.015 0.011 0.004 0.020 0.347 0.036 0.566 109 P 0.009 0.003 0.133 0.031 0.096 0.461 0.268 110 E 0.043 0.002 0.186 0.019 0.211 0.467 0.072 111 R 0.420 0.007 0.125 0.019 0.081 0.151 0.198 112 F 0.850 0.007 0.003 0.009 0.007 0.004 0.119 113 I 0.925 0.006 0.001 0.006 0.003 0.002 0.058 114 F 0.920 0.006 0.001 0.005 0.007 0.001 0.060 115 T 0.778 0.004 0.001 0.007 0.036 0.005 0.167 116 E 0.516 0.014 0.003 0.012 0.117 0.022 0.317 117 D 0.218 0.016 0.007 0.015 0.159 0.028 0.557 118 R 0.101 0.011 0.061 0.054 0.266 0.170 0.336 119 A 0.075 0.016 0.089 0.053 0.172 0.301 0.293 120 Y 0.072 0.030 0.091 0.083 0.181 0.265 0.279 121 A 0.053 0.029 0.045 0.083 0.161 0.166 0.462 122 D 0.048 0.021 0.023 0.043 0.128 0.064 0.673