# TARGET T0372 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.124 0.042 0.134 0.084 0.085 0.012 0.159 0.270 0.011 0.077 0.001 2 I 0.079 0.304 0.482 0.003 0.040 0.011 0.006 0.001 0.067 0.005 0.001 3 P 0.139 0.006 0.738 0.028 0.001 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 4 F 0.071 0.238 0.248 0.144 0.069 0.078 0.078 0.023 0.047 0.003 0.001 5 K 0.035 0.567 0.223 0.009 0.101 0.014 0.010 0.001 0.038 0.002 0.001 6 D 0.022 0.075 0.742 0.021 0.002 0.112 0.005 0.001 0.013 0.001 0.007 7 I 0.004 0.564 0.336 0.005 0.032 0.035 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 8 T 0.005 0.503 0.359 0.001 0.027 0.070 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 9 L 0.437 0.156 0.235 0.055 0.010 0.075 0.006 0.002 0.024 0.001 0.001 10 A 0.720 0.058 0.070 0.091 0.017 0.016 0.011 0.003 0.010 0.004 0.001 11 D 0.248 0.049 0.136 0.260 0.030 0.156 0.024 0.005 0.087 0.004 0.003 12 R 0.934 0.006 0.027 0.020 0.001 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 13 D 0.984 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 T 0.945 0.002 0.002 0.045 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 I 0.963 0.004 0.007 0.021 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 T 0.986 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 A 0.987 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 F 0.912 0.001 0.002 0.082 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 T 0.761 0.024 0.045 0.146 0.002 0.010 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 20 M 0.720 0.044 0.129 0.063 0.008 0.013 0.013 0.002 0.004 0.003 0.001 21 K 0.544 0.023 0.073 0.287 0.006 0.026 0.021 0.007 0.012 0.001 0.001 22 S 0.279 0.174 0.240 0.150 0.051 0.028 0.025 0.007 0.041 0.005 0.001 23 D 0.286 0.058 0.224 0.143 0.021 0.117 0.100 0.010 0.032 0.006 0.002 24 R 0.321 0.175 0.264 0.140 0.022 0.041 0.012 0.006 0.016 0.002 0.001 25 R 0.372 0.191 0.164 0.153 0.044 0.026 0.018 0.009 0.015 0.006 0.001 26 N 0.284 0.202 0.149 0.163 0.061 0.051 0.040 0.010 0.034 0.007 0.001 27 C 0.313 0.241 0.185 0.071 0.116 0.024 0.012 0.008 0.020 0.011 0.001 28 D 0.734 0.033 0.054 0.103 0.015 0.024 0.018 0.006 0.007 0.004 0.001 29 L 0.769 0.063 0.038 0.091 0.010 0.014 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 30 S 0.817 0.065 0.044 0.038 0.017 0.008 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 31 F 0.941 0.012 0.007 0.020 0.004 0.005 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 32 S 0.955 0.012 0.006 0.019 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 N 0.952 0.009 0.004 0.026 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 L 0.963 0.009 0.005 0.016 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 35 C 0.932 0.012 0.006 0.044 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 S 0.917 0.012 0.008 0.046 0.004 0.004 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 37 W 0.791 0.037 0.032 0.111 0.007 0.009 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 38 R 0.811 0.030 0.033 0.095 0.008 0.009 0.007 0.002 0.003 0.002 0.001 39 F 0.625 0.037 0.043 0.195 0.012 0.025 0.037 0.015 0.009 0.003 0.001 40 L 0.434 0.131 0.097 0.233 0.017 0.039 0.020 0.005 0.022 0.002 0.001 41 Y 0.303 0.251 0.152 0.163 0.075 0.014 0.017 0.006 0.011 0.007 0.001 42 D 0.090 0.056 0.065 0.243 0.033 0.059 0.391 0.023 0.037 0.002 0.001 43 T 0.013 0.651 0.210 0.016 0.077 0.013 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 44 Q 0.018 0.704 0.180 0.010 0.043 0.029 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 45 F 0.005 0.858 0.085 0.002 0.025 0.010 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 46 A 0.006 0.848 0.052 0.002 0.059 0.014 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 47 V 0.005 0.849 0.102 0.002 0.018 0.014 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 48 I 0.038 0.565 0.213 0.013 0.025 0.072 0.004 0.001 0.069 0.001 0.001 49 D 0.568 0.072 0.103 0.147 0.025 0.017 0.025 0.002 0.015 0.027 0.001 50 D 0.114 0.095 0.018 0.293 0.130 0.019 0.301 0.011 0.015 0.001 0.004 51 F 0.012 0.795 0.085 0.025 0.065 0.004 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 52 L 0.003 0.715 0.220 0.001 0.023 0.018 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 53 V 0.002 0.827 0.104 0.001 0.012 0.026 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 54 F 0.009 0.676 0.197 0.005 0.029 0.045 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 55 K 0.026 0.637 0.206 0.022 0.041 0.043 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 56 F 0.037 0.388 0.243 0.021 0.210 0.037 0.025 0.004 0.028 0.006 0.001 57 W 0.062 0.518 0.298 0.019 0.043 0.023 0.004 0.001 0.029 0.002 0.001 58 A 0.089 0.206 0.472 0.068 0.032 0.034 0.028 0.004 0.051 0.014 0.001 59 G 0.087 0.011 0.061 0.026 0.056 0.004 0.098 0.257 0.002 0.396 0.001 60 E 0.210 0.092 0.142 0.247 0.058 0.042 0.132 0.046 0.019 0.008 0.002 61 Q 0.099 0.470 0.287 0.041 0.038 0.024 0.009 0.002 0.029 0.002 0.001 62 L 0.092 0.320 0.458 0.027 0.018 0.057 0.006 0.001 0.019 0.001 0.002 63 A 0.125 0.505 0.194 0.050 0.065 0.030 0.005 0.002 0.023 0.002 0.001 64 Y 0.070 0.521 0.186 0.045 0.101 0.032 0.011 0.001 0.032 0.001 0.001 65 M 0.064 0.483 0.252 0.046 0.041 0.049 0.009 0.001 0.054 0.001 0.001 66 M 0.038 0.251 0.519 0.002 0.036 0.036 0.014 0.001 0.101 0.003 0.001 67 P 0.143 0.011 0.716 0.011 0.001 0.065 0.001 0.001 0.002 0.001 0.051 68 V 0.216 0.196 0.326 0.171 0.025 0.033 0.006 0.004 0.020 0.001 0.002 69 G 0.088 0.048 0.145 0.024 0.185 0.006 0.025 0.081 0.006 0.391 0.001 70 N 0.330 0.085 0.222 0.256 0.039 0.021 0.015 0.006 0.008 0.012 0.005 71 G 0.165 0.041 0.098 0.075 0.150 0.012 0.046 0.200 0.005 0.210 0.001 72 D 0.039 0.047 0.358 0.047 0.037 0.315 0.010 0.001 0.132 0.005 0.008 73 L 0.962 0.001 0.003 0.029 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 K 0.990 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 A 0.989 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 V 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 K 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 L 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 I 0.987 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 E 0.986 0.002 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 D 0.917 0.002 0.005 0.069 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 84 A 0.933 0.004 0.009 0.043 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 85 D 0.880 0.006 0.012 0.074 0.002 0.012 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 86 K 0.813 0.020 0.021 0.126 0.003 0.008 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 87 E 0.386 0.030 0.069 0.455 0.007 0.012 0.028 0.005 0.008 0.002 0.001 88 K 0.152 0.031 0.058 0.152 0.015 0.046 0.465 0.032 0.042 0.007 0.001 89 H 0.212 0.182 0.241 0.171 0.045 0.038 0.074 0.008 0.020 0.009 0.001 90 N 0.101 0.091 0.160 0.268 0.025 0.111 0.181 0.016 0.043 0.003 0.001 91 F 0.026 0.500 0.298 0.025 0.095 0.019 0.008 0.001 0.026 0.001 0.001 92 C 0.054 0.449 0.384 0.016 0.021 0.051 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 93 M 0.047 0.564 0.239 0.027 0.031 0.047 0.003 0.001 0.040 0.001 0.001 94 L 0.083 0.459 0.231 0.054 0.067 0.044 0.014 0.002 0.044 0.002 0.001 95 G 0.043 0.165 0.197 0.040 0.311 0.034 0.065 0.088 0.018 0.037 0.001 96 V 0.023 0.570 0.275 0.032 0.060 0.023 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 97 C 0.007 0.123 0.756 0.002 0.027 0.051 0.001 0.001 0.028 0.007 0.001 98 S 0.972 0.001 0.007 0.013 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 99 N 0.880 0.001 0.008 0.093 0.001 0.006 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 100 M 0.881 0.003 0.004 0.101 0.001 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 101 R 0.971 0.002 0.009 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 102 A 0.979 0.002 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 D 0.948 0.003 0.007 0.034 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 L 0.979 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 E 0.980 0.003 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 A 0.975 0.002 0.003 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 I 0.829 0.005 0.013 0.148 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 L 0.225 0.069 0.130 0.029 0.019 0.032 0.060 0.004 0.428 0.005 0.001 109 P 0.549 0.003 0.380 0.029 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 110 E 0.691 0.014 0.031 0.236 0.008 0.004 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 111 R 0.170 0.307 0.089 0.265 0.122 0.017 0.012 0.002 0.015 0.002 0.001 112 F 0.008 0.699 0.171 0.013 0.047 0.022 0.004 0.001 0.036 0.001 0.001 113 I 0.011 0.798 0.078 0.008 0.031 0.033 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 114 F 0.011 0.630 0.259 0.007 0.027 0.048 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 115 T 0.013 0.670 0.113 0.006 0.079 0.025 0.003 0.001 0.090 0.001 0.001 116 E 0.160 0.144 0.593 0.016 0.020 0.043 0.006 0.002 0.009 0.006 0.002 117 D 0.135 0.234 0.295 0.068 0.052 0.109 0.018 0.003 0.080 0.004 0.002 118 R 0.599 0.089 0.104 0.104 0.022 0.031 0.023 0.006 0.017 0.005 0.001 119 A 0.548 0.073 0.109 0.177 0.024 0.024 0.022 0.007 0.012 0.003 0.001 120 Y 0.402 0.088 0.086 0.314 0.027 0.027 0.026 0.007 0.021 0.001 0.001 121 A 0.303 0.107 0.184 0.206 0.042 0.033 0.056 0.028 0.024 0.016 0.001 122 D 0.220 0.124 0.255 0.107 0.058 0.100 0.058 0.007 0.061 0.009 0.001