# TARGET T0372 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.134 0.177 0.076 0.016 0.234 0.016 0.063 0.084 0.081 0.078 0.043 2 I 0.081 0.415 0.138 0.009 0.243 0.007 0.014 0.042 0.025 0.010 0.016 3 P 0.114 0.231 0.066 0.009 0.241 0.011 0.037 0.102 0.088 0.062 0.039 4 F 0.192 0.120 0.059 0.013 0.180 0.009 0.014 0.056 0.107 0.153 0.095 5 K 0.015 0.312 0.207 0.064 0.107 0.050 0.054 0.116 0.053 0.016 0.006 6 D 0.253 0.123 0.022 0.002 0.317 0.003 0.014 0.043 0.042 0.089 0.091 7 I 0.184 0.225 0.036 0.001 0.485 0.001 0.002 0.007 0.011 0.014 0.033 8 T 0.103 0.319 0.068 0.002 0.447 0.001 0.003 0.015 0.008 0.012 0.022 9 L 0.180 0.110 0.027 0.006 0.200 0.008 0.016 0.121 0.150 0.091 0.091 10 A 0.009 0.022 0.021 0.032 0.019 0.094 0.236 0.262 0.184 0.103 0.016 11 D 0.169 0.155 0.065 0.002 0.273 0.001 0.002 0.019 0.023 0.213 0.080 12 R 0.007 0.061 0.014 0.001 0.025 0.001 0.002 0.556 0.316 0.016 0.003 13 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 0.742 0.224 0.008 0.001 14 T 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.801 0.132 0.048 0.002 15 I 0.006 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.630 0.169 0.174 0.006 16 T 0.001 0.008 0.004 0.002 0.004 0.003 0.012 0.836 0.123 0.006 0.001 17 A 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.021 0.846 0.097 0.022 0.002 18 F 0.002 0.006 0.004 0.003 0.005 0.010 0.083 0.710 0.129 0.044 0.002 19 T 0.028 0.030 0.006 0.003 0.029 0.005 0.025 0.554 0.183 0.119 0.018 20 M 0.018 0.066 0.032 0.012 0.041 0.022 0.071 0.467 0.170 0.089 0.011 21 K 0.041 0.070 0.037 0.018 0.067 0.026 0.098 0.240 0.115 0.245 0.043 22 S 0.043 0.270 0.162 0.046 0.118 0.021 0.041 0.127 0.071 0.071 0.030 23 D 0.112 0.134 0.060 0.020 0.160 0.016 0.034 0.168 0.099 0.122 0.076 24 R 0.071 0.102 0.025 0.010 0.129 0.011 0.027 0.256 0.211 0.119 0.040 25 R 0.047 0.076 0.033 0.022 0.085 0.044 0.112 0.343 0.135 0.073 0.028 26 N 0.074 0.083 0.046 0.021 0.098 0.013 0.035 0.242 0.126 0.203 0.058 27 C 0.082 0.143 0.049 0.013 0.152 0.011 0.018 0.298 0.119 0.076 0.041 28 D 0.033 0.047 0.017 0.010 0.056 0.022 0.047 0.548 0.148 0.051 0.021 29 L 0.045 0.042 0.019 0.012 0.062 0.011 0.038 0.466 0.151 0.123 0.031 30 S 0.025 0.051 0.021 0.013 0.045 0.010 0.036 0.606 0.123 0.057 0.013 31 F 0.011 0.008 0.002 0.002 0.015 0.004 0.014 0.720 0.185 0.030 0.010 32 S 0.009 0.011 0.003 0.003 0.017 0.006 0.024 0.794 0.115 0.014 0.004 33 N 0.008 0.009 0.003 0.003 0.014 0.005 0.018 0.802 0.101 0.032 0.003 34 L 0.013 0.009 0.002 0.003 0.020 0.006 0.027 0.777 0.112 0.024 0.006 35 C 0.019 0.018 0.004 0.004 0.027 0.008 0.047 0.683 0.132 0.045 0.013 36 S 0.042 0.040 0.010 0.005 0.053 0.008 0.038 0.531 0.143 0.104 0.026 37 W 0.061 0.046 0.013 0.007 0.082 0.008 0.026 0.433 0.221 0.076 0.027 38 R 0.018 0.069 0.025 0.021 0.039 0.047 0.128 0.469 0.162 0.017 0.005 39 F 0.082 0.043 0.028 0.013 0.061 0.015 0.111 0.349 0.135 0.116 0.048 40 L 0.080 0.085 0.030 0.052 0.088 0.095 0.135 0.203 0.116 0.077 0.040 41 Y 0.033 0.239 0.090 0.086 0.108 0.081 0.077 0.134 0.072 0.057 0.023 42 D 0.263 0.018 0.007 0.006 0.102 0.008 0.019 0.020 0.033 0.294 0.231 43 T 0.161 0.270 0.050 0.006 0.423 0.003 0.003 0.006 0.010 0.027 0.042 44 Q 0.306 0.076 0.012 0.002 0.507 0.005 0.010 0.008 0.008 0.019 0.046 45 F 0.533 0.035 0.006 0.002 0.332 0.003 0.003 0.002 0.004 0.010 0.069 46 A 0.103 0.326 0.019 0.003 0.531 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.009 47 V 0.574 0.043 0.008 0.001 0.302 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.063 48 I 0.066 0.013 0.013 0.431 0.036 0.343 0.035 0.013 0.013 0.009 0.028 49 D 0.001 0.004 0.006 0.334 0.002 0.282 0.215 0.129 0.026 0.002 0.001 50 D 0.028 0.018 0.013 0.015 0.029 0.006 0.017 0.097 0.123 0.589 0.064 51 F 0.124 0.230 0.023 0.006 0.582 0.001 0.002 0.005 0.006 0.007 0.013 52 L 0.307 0.037 0.003 0.001 0.630 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 53 V 0.220 0.151 0.011 0.001 0.589 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 54 F 0.468 0.030 0.009 0.007 0.293 0.010 0.013 0.004 0.002 0.017 0.148 55 K 0.130 0.074 0.026 0.045 0.204 0.159 0.187 0.036 0.032 0.040 0.067 56 F 0.281 0.174 0.044 0.003 0.361 0.002 0.003 0.006 0.009 0.034 0.085 57 W 0.263 0.133 0.068 0.053 0.265 0.026 0.017 0.024 0.023 0.041 0.087 58 A 0.028 0.124 0.087 0.380 0.058 0.139 0.070 0.043 0.039 0.018 0.015 59 G 0.009 0.049 0.074 0.377 0.018 0.148 0.053 0.060 0.100 0.093 0.018 60 E 0.049 0.070 0.037 0.031 0.073 0.026 0.056 0.104 0.143 0.354 0.057 61 Q 0.181 0.187 0.045 0.010 0.295 0.010 0.027 0.070 0.051 0.068 0.056 62 L 0.187 0.178 0.046 0.014 0.317 0.015 0.020 0.060 0.052 0.052 0.057 63 A 0.191 0.139 0.032 0.012 0.358 0.019 0.038 0.085 0.047 0.038 0.042 64 Y 0.215 0.152 0.037 0.007 0.401 0.006 0.016 0.054 0.023 0.039 0.051 65 M 0.190 0.222 0.071 0.014 0.373 0.006 0.010 0.023 0.013 0.035 0.045 66 M 0.031 0.384 0.264 0.049 0.155 0.018 0.028 0.043 0.013 0.008 0.007 67 P 0.152 0.223 0.124 0.019 0.215 0.015 0.042 0.069 0.039 0.040 0.062 68 V 0.029 0.121 0.107 0.106 0.057 0.087 0.182 0.095 0.093 0.092 0.031 69 G 0.025 0.153 0.316 0.222 0.051 0.043 0.015 0.045 0.034 0.071 0.026 70 N 0.018 0.068 0.042 0.035 0.036 0.082 0.139 0.332 0.173 0.064 0.011 71 G 0.010 0.024 0.047 0.112 0.014 0.106 0.062 0.084 0.070 0.402 0.070 72 D 0.244 0.131 0.033 0.003 0.316 0.001 0.006 0.068 0.027 0.078 0.093 73 L 0.001 0.007 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.673 0.279 0.031 0.001 74 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.057 0.001 0.001 75 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.023 0.001 0.001 76 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.016 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.035 0.001 0.001 78 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.020 0.001 0.001 79 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.981 0.015 0.001 0.001 80 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.948 0.042 0.007 0.001 81 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.911 0.072 0.012 0.001 82 E 0.001 0.007 0.003 0.001 0.002 0.003 0.021 0.916 0.043 0.004 0.001 83 D 0.006 0.004 0.003 0.001 0.007 0.001 0.017 0.885 0.046 0.024 0.006 84 A 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.830 0.134 0.016 0.001 85 D 0.004 0.010 0.004 0.001 0.005 0.003 0.018 0.794 0.143 0.014 0.003 86 K 0.003 0.012 0.009 0.005 0.007 0.010 0.063 0.654 0.176 0.059 0.004 87 E 0.013 0.285 0.145 0.023 0.069 0.023 0.117 0.240 0.055 0.023 0.007 88 K 0.058 0.033 0.023 0.012 0.031 0.013 0.023 0.084 0.082 0.482 0.158 89 H 0.032 0.411 0.102 0.043 0.171 0.030 0.048 0.088 0.031 0.030 0.015 90 N 0.135 0.036 0.016 0.013 0.094 0.010 0.011 0.042 0.065 0.335 0.243 91 F 0.054 0.465 0.132 0.004 0.312 0.002 0.003 0.012 0.006 0.005 0.006 92 C 0.178 0.230 0.020 0.001 0.498 0.001 0.005 0.021 0.007 0.010 0.028 93 M 0.329 0.093 0.036 0.008 0.372 0.006 0.008 0.023 0.015 0.027 0.083 94 L 0.031 0.073 0.036 0.044 0.083 0.106 0.258 0.190 0.094 0.055 0.029 95 G 0.174 0.124 0.102 0.013 0.166 0.005 0.012 0.025 0.023 0.197 0.158 96 V 0.082 0.348 0.133 0.019 0.191 0.010 0.014 0.038 0.035 0.083 0.046 97 C 0.023 0.468 0.309 0.017 0.131 0.003 0.002 0.018 0.007 0.015 0.008 98 S 0.001 0.008 0.006 0.005 0.005 0.016 0.021 0.688 0.243 0.007 0.001 99 N 0.003 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.010 0.821 0.092 0.053 0.008 100 M 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.789 0.103 0.097 0.001 101 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.950 0.043 0.002 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.960 0.032 0.001 0.001 103 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.949 0.033 0.012 0.001 104 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.827 0.141 0.028 0.001 105 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.017 0.762 0.207 0.005 0.001 106 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.099 0.777 0.086 0.026 0.001 107 I 0.009 0.018 0.019 0.011 0.018 0.040 0.292 0.292 0.152 0.143 0.007 108 L 0.213 0.094 0.039 0.007 0.124 0.004 0.021 0.178 0.087 0.093 0.139 109 P 0.026 0.106 0.038 0.020 0.053 0.019 0.027 0.324 0.322 0.054 0.012 110 E 0.001 0.008 0.003 0.008 0.005 0.048 0.175 0.482 0.222 0.045 0.002 111 R 0.094 0.042 0.007 0.002 0.111 0.003 0.024 0.153 0.188 0.321 0.054 112 F 0.273 0.089 0.007 0.001 0.491 0.001 0.001 0.011 0.013 0.030 0.083 113 I 0.158 0.134 0.024 0.002 0.583 0.002 0.007 0.020 0.014 0.023 0.031 114 F 0.506 0.054 0.009 0.001 0.301 0.001 0.001 0.005 0.003 0.012 0.108 115 T 0.088 0.297 0.138 0.018 0.357 0.010 0.016 0.024 0.013 0.021 0.018 116 E 0.152 0.212 0.049 0.016 0.289 0.024 0.057 0.084 0.032 0.032 0.051 117 D 0.269 0.118 0.071 0.008 0.327 0.004 0.008 0.028 0.018 0.037 0.112 118 R 0.037 0.075 0.024 0.017 0.063 0.020 0.032 0.277 0.340 0.091 0.024 119 A 0.032 0.075 0.037 0.027 0.067 0.050 0.134 0.228 0.201 0.124 0.026 120 Y 0.099 0.085 0.035 0.017 0.121 0.013 0.047 0.114 0.107 0.280 0.082 121 A 0.084 0.163 0.089 0.032 0.140 0.031 0.046 0.101 0.095 0.144 0.076 122 D 0.191 0.143 0.070 0.016 0.292 0.014 0.028 0.070 0.040 0.050 0.084