# TARGET T0372 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.766 0.164 0.047 0.018 0.004 0.001 0.001 2 I 0.561 0.193 0.132 0.076 0.031 0.007 0.001 3 P 0.725 0.209 0.050 0.014 0.003 0.001 0.001 4 F 0.304 0.208 0.208 0.177 0.081 0.021 0.001 5 K 0.362 0.296 0.194 0.103 0.034 0.010 0.001 6 D 0.280 0.373 0.226 0.090 0.025 0.005 0.001 7 I 0.080 0.063 0.114 0.253 0.315 0.165 0.011 8 T 0.208 0.387 0.268 0.107 0.024 0.005 0.001 9 L 0.174 0.140 0.164 0.255 0.204 0.060 0.003 10 A 0.345 0.400 0.180 0.063 0.010 0.001 0.001 11 D 0.232 0.280 0.219 0.182 0.072 0.015 0.001 12 R 0.160 0.298 0.336 0.159 0.039 0.008 0.001 13 D 0.719 0.214 0.045 0.014 0.005 0.001 0.001 14 T 0.118 0.266 0.333 0.204 0.067 0.012 0.001 15 I 0.016 0.027 0.071 0.287 0.428 0.166 0.005 16 T 0.094 0.360 0.356 0.154 0.033 0.004 0.001 17 A 0.275 0.491 0.176 0.049 0.008 0.002 0.001 18 F 0.034 0.069 0.193 0.365 0.265 0.073 0.002 19 T 0.052 0.083 0.167 0.330 0.291 0.076 0.002 20 M 0.311 0.419 0.192 0.063 0.012 0.002 0.001 21 K 0.547 0.312 0.094 0.037 0.008 0.001 0.001 22 S 0.186 0.272 0.275 0.188 0.064 0.014 0.001 23 D 0.403 0.329 0.163 0.076 0.022 0.005 0.001 24 R 0.162 0.187 0.199 0.229 0.161 0.056 0.006 25 R 0.202 0.245 0.208 0.165 0.108 0.062 0.010 26 N 0.091 0.129 0.169 0.218 0.210 0.148 0.035 27 C 0.032 0.043 0.065 0.132 0.228 0.345 0.155 28 D 0.043 0.088 0.119 0.159 0.195 0.250 0.147 29 L 0.027 0.040 0.062 0.117 0.190 0.296 0.268 30 S 0.011 0.022 0.036 0.078 0.168 0.326 0.359 31 F 0.006 0.009 0.018 0.045 0.104 0.281 0.538 32 S 0.006 0.014 0.025 0.047 0.088 0.278 0.542 33 N 0.006 0.010 0.019 0.048 0.102 0.281 0.535 34 L 0.004 0.007 0.012 0.028 0.075 0.264 0.610 35 C 0.012 0.014 0.016 0.027 0.064 0.280 0.587 36 S 0.009 0.014 0.024 0.051 0.107 0.310 0.485 37 W 0.009 0.015 0.024 0.065 0.162 0.384 0.342 38 R 0.033 0.067 0.099 0.172 0.257 0.267 0.105 39 F 0.061 0.120 0.177 0.235 0.203 0.158 0.046 40 L 0.071 0.103 0.121 0.163 0.214 0.239 0.088 41 Y 0.125 0.146 0.176 0.214 0.181 0.127 0.030 42 D 0.220 0.269 0.217 0.152 0.086 0.044 0.012 43 T 0.053 0.073 0.104 0.184 0.263 0.262 0.061 44 Q 0.043 0.090 0.157 0.232 0.234 0.197 0.048 45 F 0.024 0.034 0.049 0.098 0.208 0.399 0.187 46 A 0.036 0.066 0.104 0.192 0.257 0.284 0.061 47 V 0.030 0.078 0.131 0.224 0.287 0.215 0.035 48 I 0.033 0.058 0.106 0.242 0.344 0.184 0.033 49 D 0.106 0.350 0.264 0.158 0.077 0.035 0.010 50 D 0.021 0.099 0.220 0.328 0.211 0.102 0.019 51 F 0.001 0.008 0.036 0.118 0.296 0.442 0.099 52 L 0.001 0.004 0.009 0.022 0.090 0.520 0.353 53 V 0.001 0.004 0.020 0.068 0.179 0.450 0.278 54 F 0.001 0.002 0.004 0.018 0.103 0.483 0.389 55 K 0.009 0.037 0.084 0.207 0.322 0.285 0.056 56 F 0.024 0.101 0.187 0.283 0.251 0.140 0.013 57 W 0.052 0.172 0.291 0.281 0.150 0.049 0.005 58 A 0.194 0.226 0.213 0.209 0.121 0.037 0.002 59 G 0.568 0.274 0.103 0.040 0.012 0.003 0.001 60 E 0.604 0.261 0.088 0.034 0.011 0.003 0.001 61 Q 0.225 0.281 0.229 0.151 0.080 0.031 0.003 62 L 0.088 0.119 0.159 0.231 0.241 0.137 0.024 63 A 0.036 0.064 0.106 0.176 0.243 0.271 0.104 64 Y 0.006 0.013 0.031 0.077 0.178 0.393 0.302 65 M 0.005 0.012 0.023 0.054 0.137 0.373 0.397 66 M 0.004 0.012 0.026 0.063 0.145 0.359 0.392 67 P 0.003 0.009 0.022 0.059 0.150 0.412 0.345 68 V 0.004 0.007 0.017 0.056 0.181 0.466 0.269 69 G 0.017 0.036 0.079 0.207 0.346 0.285 0.029 70 N 0.043 0.221 0.311 0.277 0.121 0.026 0.002 71 G 0.153 0.318 0.246 0.168 0.082 0.026 0.006 72 D 0.150 0.342 0.232 0.156 0.079 0.036 0.005 73 L 0.008 0.030 0.118 0.321 0.355 0.156 0.012 74 K 0.110 0.348 0.329 0.149 0.050 0.012 0.001 75 A 0.043 0.268 0.337 0.233 0.096 0.022 0.002 76 V 0.001 0.004 0.014 0.075 0.330 0.519 0.057 77 L 0.001 0.007 0.026 0.095 0.304 0.505 0.062 78 R 0.024 0.233 0.375 0.237 0.093 0.035 0.003 79 K 0.002 0.029 0.176 0.418 0.292 0.079 0.005 80 L 0.001 0.001 0.001 0.015 0.186 0.672 0.126 81 I 0.001 0.031 0.184 0.396 0.301 0.084 0.002 82 E 0.100 0.479 0.283 0.107 0.027 0.005 0.001 83 D 0.014 0.116 0.339 0.375 0.134 0.023 0.001 84 A 0.022 0.060 0.167 0.368 0.308 0.073 0.002 85 D 0.302 0.483 0.164 0.042 0.007 0.001 0.001 86 K 0.701 0.232 0.050 0.014 0.002 0.001 0.001 87 E 0.418 0.317 0.167 0.079 0.017 0.002 0.001 88 K 0.746 0.193 0.044 0.014 0.003 0.001 0.001 89 H 0.344 0.360 0.203 0.079 0.012 0.001 0.001 90 N 0.222 0.403 0.246 0.096 0.028 0.004 0.001 91 F 0.006 0.027 0.093 0.271 0.395 0.201 0.008 92 C 0.003 0.014 0.074 0.212 0.354 0.305 0.038 93 M 0.002 0.007 0.013 0.031 0.122 0.565 0.260 94 L 0.009 0.038 0.089 0.197 0.270 0.301 0.097 95 G 0.006 0.032 0.087 0.174 0.276 0.327 0.098 96 V 0.004 0.009 0.023 0.098 0.300 0.467 0.099 97 C 0.029 0.138 0.228 0.287 0.211 0.098 0.010 98 S 0.247 0.353 0.209 0.115 0.054 0.018 0.003 99 N 0.209 0.405 0.235 0.110 0.032 0.008 0.001 100 M 0.027 0.068 0.143 0.289 0.302 0.161 0.010 101 R 0.062 0.176 0.305 0.292 0.133 0.030 0.001 102 A 0.332 0.488 0.142 0.031 0.006 0.001 0.001 103 D 0.029 0.122 0.315 0.357 0.149 0.027 0.001 104 L 0.008 0.012 0.027 0.145 0.467 0.328 0.013 105 E 0.068 0.335 0.353 0.188 0.048 0.008 0.001 106 A 0.273 0.400 0.193 0.098 0.028 0.008 0.001 107 I 0.028 0.112 0.248 0.335 0.203 0.071 0.003 108 L 0.039 0.112 0.228 0.339 0.216 0.063 0.003 109 P 0.231 0.286 0.216 0.166 0.080 0.020 0.001 110 E 0.513 0.339 0.104 0.035 0.007 0.001 0.001 111 R 0.194 0.380 0.280 0.118 0.024 0.003 0.001 112 F 0.035 0.046 0.104 0.274 0.369 0.166 0.006 113 I 0.186 0.365 0.279 0.130 0.033 0.007 0.001 114 F 0.075 0.088 0.151 0.278 0.284 0.118 0.006 115 T 0.208 0.356 0.230 0.143 0.050 0.012 0.001 116 E 0.159 0.216 0.236 0.229 0.121 0.036 0.003 117 D 0.318 0.290 0.195 0.128 0.051 0.017 0.002 118 R 0.226 0.200 0.207 0.213 0.114 0.037 0.002 119 A 0.393 0.238 0.185 0.118 0.048 0.018 0.001 120 Y 0.379 0.274 0.182 0.113 0.041 0.011 0.001 121 A 0.567 0.186 0.108 0.078 0.041 0.018 0.002 122 D 0.801 0.130 0.040 0.018 0.007 0.003 0.001