# TARGET T0372 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.044 0.013 0.007 0.004 0.103 0.829 2 I 0.157 0.016 0.013 0.006 0.123 0.685 3 P 0.156 0.015 0.015 0.005 0.150 0.659 4 F 0.162 0.025 0.035 0.008 0.192 0.578 5 K 0.198 0.010 0.009 0.003 0.149 0.631 6 D 0.366 0.008 0.008 0.005 0.085 0.527 7 I 0.463 0.045 0.004 0.005 0.066 0.416 8 T 0.394 0.039 0.005 0.005 0.111 0.446 9 L 0.061 0.006 0.445 0.103 0.259 0.126 10 A 0.028 0.005 0.301 0.121 0.381 0.165 11 D 0.014 0.006 0.176 0.181 0.443 0.179 12 R 0.002 0.001 0.074 0.814 0.072 0.037 13 D 0.003 0.001 0.046 0.894 0.040 0.016 14 T 0.003 0.001 0.033 0.930 0.027 0.007 15 I 0.012 0.003 0.014 0.925 0.025 0.021 16 T 0.013 0.002 0.015 0.925 0.025 0.019 17 A 0.009 0.001 0.016 0.938 0.023 0.013 18 F 0.011 0.002 0.012 0.930 0.025 0.021 19 T 0.013 0.003 0.013 0.897 0.046 0.028 20 M 0.013 0.003 0.016 0.793 0.091 0.083 21 K 0.014 0.005 0.017 0.574 0.196 0.195 22 S 0.015 0.006 0.014 0.329 0.316 0.320 23 D 0.023 0.006 0.016 0.160 0.312 0.483 24 R 0.069 0.020 0.044 0.261 0.302 0.304 25 R 0.166 0.025 0.055 0.349 0.165 0.240 26 N 0.160 0.021 0.072 0.392 0.164 0.190 27 C 0.161 0.012 0.054 0.340 0.183 0.251 28 D 0.131 0.007 0.050 0.468 0.171 0.174 29 L 0.154 0.010 0.027 0.627 0.110 0.072 30 S 0.132 0.009 0.018 0.674 0.088 0.079 31 F 0.120 0.007 0.023 0.770 0.060 0.021 32 S 0.047 0.003 0.017 0.861 0.051 0.019 33 N 0.026 0.002 0.019 0.872 0.053 0.029 34 L 0.062 0.005 0.016 0.834 0.053 0.030 35 C 0.088 0.006 0.022 0.803 0.040 0.041 36 S 0.110 0.009 0.041 0.722 0.067 0.051 37 W 0.107 0.007 0.115 0.569 0.147 0.054 38 R 0.153 0.006 0.145 0.360 0.229 0.107 39 F 0.158 0.007 0.208 0.228 0.235 0.165 40 L 0.263 0.032 0.169 0.090 0.346 0.101 41 Y 0.334 0.012 0.090 0.026 0.400 0.138 42 D 0.322 0.005 0.027 0.012 0.432 0.202 43 T 0.785 0.006 0.003 0.003 0.119 0.084 44 Q 0.929 0.001 0.001 0.001 0.021 0.047 45 F 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 46 A 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 47 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 48 I 0.933 0.001 0.001 0.001 0.063 0.002 49 D 0.273 0.002 0.001 0.001 0.714 0.010 50 D 0.093 0.001 0.001 0.001 0.894 0.011 51 F 0.844 0.004 0.001 0.001 0.129 0.022 52 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 53 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 F 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 55 K 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 56 F 0.936 0.001 0.001 0.001 0.012 0.051 57 W 0.776 0.013 0.001 0.002 0.094 0.114 58 A 0.265 0.011 0.005 0.006 0.610 0.104 59 G 0.037 0.002 0.012 0.005 0.866 0.078 60 E 0.058 0.005 0.012 0.004 0.828 0.093 61 Q 0.446 0.029 0.008 0.003 0.337 0.176 62 L 0.754 0.018 0.004 0.002 0.062 0.161 63 A 0.856 0.009 0.004 0.001 0.040 0.090 64 Y 0.917 0.006 0.003 0.001 0.021 0.053 65 M 0.872 0.008 0.004 0.001 0.042 0.073 66 M 0.646 0.008 0.006 0.001 0.102 0.236 67 P 0.452 0.009 0.007 0.002 0.161 0.369 68 V 0.249 0.045 0.009 0.001 0.181 0.515 69 G 0.104 0.028 0.009 0.002 0.509 0.348 70 N 0.058 0.023 0.014 0.007 0.541 0.357 71 G 0.017 0.017 0.008 0.008 0.533 0.416 72 D 0.014 0.019 0.003 0.026 0.295 0.644 73 L 0.001 0.001 0.013 0.962 0.012 0.012 74 K 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 75 A 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 76 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 78 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 79 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 80 L 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.004 81 I 0.001 0.001 0.006 0.983 0.006 0.004 82 E 0.001 0.001 0.007 0.977 0.009 0.005 83 D 0.001 0.001 0.009 0.947 0.019 0.024 84 A 0.001 0.001 0.029 0.877 0.043 0.048 85 D 0.002 0.003 0.070 0.704 0.125 0.097 86 K 0.002 0.002 0.078 0.599 0.205 0.114 87 E 0.004 0.003 0.065 0.420 0.244 0.264 88 K 0.009 0.007 0.041 0.248 0.263 0.432 89 H 0.030 0.007 0.029 0.100 0.366 0.468 90 N 0.063 0.008 0.025 0.085 0.299 0.521 91 F 0.394 0.027 0.032 0.076 0.194 0.277 92 C 0.628 0.031 0.023 0.078 0.082 0.157 93 M 0.621 0.022 0.066 0.104 0.110 0.077 94 L 0.408 0.012 0.074 0.164 0.194 0.148 95 G 0.154 0.008 0.083 0.121 0.331 0.303 96 V 0.124 0.042 0.027 0.125 0.313 0.369 97 C 0.078 0.023 0.023 0.152 0.246 0.478 98 S 0.010 0.003 0.066 0.687 0.159 0.076 99 N 0.004 0.002 0.074 0.760 0.110 0.049 100 M 0.003 0.003 0.041 0.903 0.033 0.017 101 R 0.005 0.002 0.014 0.935 0.020 0.023 102 A 0.003 0.001 0.013 0.954 0.019 0.011 103 D 0.004 0.001 0.016 0.949 0.020 0.010 104 L 0.003 0.001 0.022 0.946 0.020 0.009 105 E 0.004 0.001 0.047 0.910 0.024 0.014 106 A 0.004 0.001 0.034 0.908 0.023 0.030 107 I 0.010 0.005 0.035 0.730 0.049 0.170 108 L 0.019 0.017 0.011 0.054 0.439 0.461 109 P 0.005 0.002 0.058 0.026 0.826 0.083 110 E 0.008 0.001 0.062 0.012 0.862 0.056 111 R 0.089 0.005 0.078 0.016 0.764 0.048 112 F 0.653 0.014 0.014 0.014 0.160 0.145 113 I 0.901 0.013 0.003 0.006 0.019 0.059 114 F 0.882 0.011 0.002 0.007 0.024 0.074 115 T 0.762 0.006 0.004 0.009 0.068 0.152 116 E 0.478 0.012 0.011 0.020 0.164 0.314 117 D 0.142 0.022 0.060 0.058 0.323 0.394 118 R 0.068 0.027 0.233 0.116 0.357 0.199 119 A 0.044 0.014 0.223 0.092 0.430 0.196 120 Y 0.009 0.013 0.241 0.126 0.462 0.148 121 A 0.013 0.018 0.046 0.088 0.446 0.390 122 D 0.006 0.009 0.003 0.014 0.300 0.668