# TARGET T0372 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0372.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.028 0.710 0.007 0.016 0.016 0.001 0.001 0.003 0.102 0.047 0.015 0.051 2 I 0.001 0.025 0.679 0.008 0.012 0.009 0.001 0.001 0.003 0.170 0.039 0.035 0.017 3 P 0.001 0.015 0.607 0.007 0.022 0.009 0.001 0.001 0.004 0.152 0.148 0.011 0.025 4 F 0.002 0.015 0.517 0.014 0.051 0.009 0.001 0.001 0.004 0.148 0.198 0.005 0.037 5 K 0.001 0.008 0.208 0.004 0.029 0.006 0.001 0.001 0.010 0.515 0.135 0.073 0.009 6 D 0.003 0.019 0.526 0.011 0.017 0.004 0.002 0.001 0.011 0.096 0.157 0.004 0.151 7 I 0.006 0.027 0.767 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.034 0.003 0.132 0.013 8 T 0.003 0.021 0.615 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.008 0.001 0.010 0.323 9 L 0.002 0.003 0.062 0.002 0.448 0.331 0.001 0.001 0.003 0.010 0.122 0.007 0.009 10 A 0.006 0.007 0.081 0.009 0.374 0.183 0.002 0.001 0.009 0.088 0.202 0.023 0.013 11 D 0.001 0.004 0.093 0.001 0.418 0.280 0.001 0.001 0.009 0.059 0.088 0.005 0.041 12 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.045 0.939 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 13 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.037 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 14 T 0.001 0.001 0.003 0.001 0.039 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 15 I 0.001 0.001 0.012 0.001 0.029 0.945 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 16 T 0.001 0.001 0.009 0.001 0.065 0.905 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.001 0.001 17 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.058 0.893 0.001 0.001 0.001 0.003 0.041 0.001 0.001 18 F 0.001 0.001 0.005 0.001 0.041 0.882 0.001 0.001 0.001 0.005 0.065 0.001 0.001 19 T 0.001 0.006 0.040 0.001 0.024 0.787 0.001 0.001 0.002 0.026 0.110 0.001 0.003 20 M 0.001 0.011 0.096 0.001 0.038 0.606 0.001 0.001 0.002 0.045 0.194 0.004 0.002 21 K 0.001 0.004 0.207 0.001 0.039 0.389 0.001 0.001 0.002 0.097 0.255 0.001 0.004 22 S 0.001 0.007 0.372 0.001 0.042 0.158 0.001 0.001 0.001 0.243 0.171 0.002 0.003 23 D 0.001 0.007 0.475 0.002 0.045 0.102 0.001 0.001 0.002 0.154 0.208 0.002 0.003 24 R 0.001 0.019 0.440 0.002 0.071 0.139 0.001 0.001 0.006 0.180 0.124 0.006 0.011 25 R 0.002 0.026 0.306 0.004 0.066 0.157 0.001 0.002 0.013 0.182 0.204 0.017 0.019 26 N 0.004 0.036 0.278 0.010 0.066 0.150 0.003 0.004 0.021 0.143 0.229 0.013 0.043 27 C 0.006 0.020 0.382 0.016 0.055 0.115 0.002 0.003 0.021 0.187 0.132 0.031 0.029 28 D 0.015 0.019 0.287 0.022 0.062 0.169 0.005 0.005 0.019 0.170 0.139 0.024 0.065 29 L 0.032 0.027 0.252 0.006 0.028 0.209 0.007 0.010 0.031 0.174 0.073 0.104 0.048 30 S 0.041 0.024 0.297 0.004 0.013 0.245 0.014 0.016 0.037 0.076 0.058 0.024 0.151 31 F 0.033 0.012 0.099 0.004 0.015 0.645 0.009 0.008 0.016 0.046 0.052 0.039 0.021 32 S 0.024 0.007 0.130 0.004 0.014 0.659 0.004 0.003 0.011 0.046 0.042 0.012 0.044 33 N 0.025 0.003 0.043 0.005 0.016 0.796 0.003 0.001 0.004 0.034 0.036 0.016 0.017 34 L 0.010 0.001 0.022 0.001 0.012 0.912 0.001 0.001 0.001 0.009 0.020 0.002 0.009 35 C 0.014 0.003 0.012 0.001 0.009 0.921 0.002 0.002 0.002 0.004 0.017 0.007 0.007 36 S 0.016 0.002 0.015 0.001 0.014 0.899 0.002 0.001 0.001 0.005 0.029 0.005 0.010 37 W 0.025 0.003 0.051 0.005 0.035 0.781 0.001 0.001 0.001 0.021 0.051 0.008 0.018 38 R 0.011 0.002 0.024 0.004 0.071 0.656 0.001 0.001 0.001 0.018 0.187 0.013 0.011 39 F 0.012 0.006 0.048 0.003 0.082 0.423 0.001 0.001 0.002 0.042 0.344 0.007 0.029 40 L 0.016 0.016 0.219 0.004 0.068 0.331 0.002 0.001 0.005 0.073 0.198 0.022 0.044 41 Y 0.009 0.019 0.165 0.041 0.062 0.117 0.002 0.001 0.005 0.213 0.294 0.043 0.031 42 D 0.013 0.005 0.188 0.052 0.047 0.038 0.003 0.001 0.008 0.193 0.367 0.027 0.058 43 T 0.110 0.007 0.274 0.017 0.025 0.022 0.017 0.005 0.042 0.090 0.056 0.102 0.232 44 Q 0.236 0.008 0.113 0.015 0.009 0.024 0.048 0.013 0.087 0.048 0.015 0.209 0.173 45 F 0.293 0.005 0.029 0.031 0.003 0.011 0.117 0.035 0.107 0.011 0.003 0.062 0.294 46 A 0.354 0.002 0.020 0.029 0.001 0.005 0.086 0.027 0.043 0.004 0.003 0.367 0.059 47 V 0.287 0.005 0.027 0.006 0.001 0.003 0.069 0.012 0.039 0.004 0.004 0.038 0.505 48 I 0.124 0.009 0.113 0.126 0.005 0.005 0.026 0.003 0.026 0.018 0.024 0.391 0.130 49 D 0.033 0.003 0.129 0.091 0.018 0.002 0.003 0.001 0.006 0.159 0.388 0.049 0.120 50 D 0.026 0.002 0.114 0.079 0.015 0.001 0.002 0.001 0.003 0.224 0.442 0.045 0.048 51 F 0.203 0.005 0.154 0.014 0.006 0.001 0.013 0.001 0.006 0.041 0.014 0.150 0.393 52 L 0.620 0.001 0.021 0.009 0.001 0.001 0.036 0.002 0.004 0.006 0.001 0.138 0.160 53 V 0.826 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.042 54 F 0.865 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.079 55 K 0.766 0.001 0.006 0.019 0.001 0.001 0.031 0.001 0.003 0.001 0.001 0.095 0.077 56 F 0.536 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.018 0.001 0.006 0.006 0.002 0.210 0.206 57 W 0.382 0.007 0.062 0.008 0.001 0.001 0.019 0.001 0.008 0.034 0.027 0.067 0.385 58 A 0.088 0.028 0.119 0.019 0.007 0.001 0.010 0.001 0.006 0.085 0.190 0.348 0.100 59 G 0.003 0.001 0.053 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.804 0.009 0.021 60 E 0.014 0.004 0.122 0.008 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.229 0.559 0.022 0.031 61 Q 0.099 0.039 0.176 0.002 0.005 0.001 0.012 0.001 0.005 0.088 0.016 0.408 0.149 62 L 0.150 0.018 0.183 0.015 0.006 0.001 0.027 0.003 0.012 0.044 0.009 0.086 0.446 63 A 0.328 0.015 0.075 0.069 0.007 0.002 0.083 0.006 0.010 0.013 0.009 0.211 0.172 64 Y 0.340 0.011 0.048 0.014 0.004 0.003 0.095 0.005 0.013 0.017 0.008 0.196 0.246 65 M 0.151 0.024 0.230 0.029 0.008 0.008 0.046 0.005 0.054 0.068 0.013 0.109 0.254 66 M 0.014 0.015 0.512 0.012 0.006 0.006 0.006 0.001 0.033 0.134 0.026 0.158 0.079 67 P 0.002 0.019 0.639 0.008 0.009 0.006 0.002 0.001 0.013 0.097 0.130 0.004 0.070 68 V 0.002 0.045 0.472 0.003 0.013 0.008 0.001 0.001 0.008 0.297 0.108 0.034 0.008 69 G 0.001 0.016 0.615 0.001 0.011 0.007 0.001 0.001 0.004 0.299 0.033 0.004 0.011 70 N 0.001 0.003 0.094 0.001 0.125 0.071 0.001 0.001 0.001 0.085 0.618 0.001 0.003 71 G 0.001 0.023 0.126 0.001 0.057 0.088 0.001 0.001 0.001 0.266 0.430 0.004 0.003 72 D 0.001 0.030 0.547 0.001 0.027 0.130 0.001 0.001 0.001 0.217 0.037 0.002 0.009 73 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.008 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 74 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 75 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 76 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 78 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 79 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 80 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 81 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 82 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 83 D 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 0.952 0.001 0.001 0.001 0.003 0.032 0.001 0.001 84 A 0.001 0.001 0.023 0.001 0.016 0.922 0.001 0.001 0.001 0.014 0.023 0.001 0.001 85 D 0.001 0.002 0.038 0.001 0.029 0.865 0.001 0.001 0.001 0.011 0.053 0.001 0.001 86 K 0.001 0.002 0.022 0.001 0.041 0.799 0.001 0.001 0.001 0.013 0.120 0.001 0.001 87 E 0.001 0.003 0.071 0.001 0.032 0.502 0.001 0.001 0.001 0.049 0.339 0.001 0.001 88 K 0.001 0.005 0.209 0.002 0.039 0.127 0.001 0.001 0.001 0.110 0.503 0.002 0.003 89 H 0.001 0.008 0.576 0.003 0.011 0.056 0.001 0.001 0.007 0.265 0.056 0.009 0.008 90 N 0.001 0.017 0.480 0.022 0.029 0.036 0.001 0.001 0.016 0.256 0.110 0.007 0.023 91 F 0.006 0.035 0.376 0.008 0.035 0.061 0.008 0.020 0.139 0.146 0.061 0.060 0.044 92 C 0.016 0.055 0.355 0.009 0.033 0.074 0.017 0.059 0.204 0.032 0.021 0.034 0.089 93 M 0.048 0.023 0.179 0.016 0.054 0.152 0.041 0.123 0.208 0.015 0.021 0.035 0.085 94 L 0.044 0.007 0.083 0.057 0.088 0.155 0.024 0.054 0.102 0.084 0.196 0.070 0.036 95 G 0.026 0.017 0.218 0.006 0.061 0.061 0.012 0.013 0.073 0.144 0.234 0.053 0.082 96 V 0.010 0.034 0.497 0.004 0.011 0.032 0.004 0.006 0.039 0.215 0.032 0.045 0.071 97 C 0.002 0.014 0.626 0.002 0.011 0.154 0.001 0.002 0.014 0.101 0.022 0.012 0.039 98 S 0.001 0.001 0.005 0.001 0.030 0.934 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.001 0.001 99 N 0.001 0.001 0.007 0.001 0.070 0.890 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.001 0.001 100 M 0.001 0.001 0.009 0.001 0.070 0.894 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 101 R 0.001 0.001 0.009 0.001 0.026 0.944 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.012 0.001 0.022 0.926 0.001 0.001 0.001 0.009 0.027 0.001 0.001 103 D 0.001 0.001 0.017 0.001 0.024 0.926 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.001 0.002 104 L 0.001 0.002 0.024 0.001 0.032 0.918 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.001 0.002 105 E 0.001 0.001 0.010 0.001 0.062 0.884 0.001 0.001 0.001 0.005 0.033 0.001 0.002 106 A 0.001 0.001 0.008 0.001 0.056 0.806 0.001 0.001 0.001 0.012 0.110 0.003 0.002 107 I 0.001 0.003 0.028 0.001 0.049 0.718 0.001 0.001 0.001 0.028 0.165 0.001 0.003 108 L 0.001 0.021 0.547 0.003 0.009 0.109 0.001 0.001 0.005 0.264 0.031 0.006 0.004 109 P 0.001 0.004 0.294 0.006 0.068 0.052 0.001 0.001 0.002 0.073 0.496 0.002 0.003 110 E 0.001 0.002 0.041 0.002 0.044 0.015 0.001 0.001 0.003 0.128 0.760 0.001 0.002 111 R 0.004 0.013 0.265 0.014 0.090 0.018 0.002 0.001 0.025 0.165 0.357 0.014 0.032 112 F 0.019 0.021 0.512 0.012 0.011 0.011 0.020 0.008 0.138 0.069 0.018 0.037 0.124 113 I 0.040 0.027 0.198 0.006 0.004 0.010 0.032 0.018 0.176 0.040 0.007 0.386 0.056 114 F 0.044 0.032 0.134 0.005 0.002 0.013 0.055 0.038 0.158 0.012 0.003 0.018 0.487 115 T 0.026 0.014 0.281 0.045 0.006 0.027 0.023 0.025 0.175 0.022 0.012 0.313 0.032 116 E 0.029 0.014 0.191 0.008 0.056 0.081 0.018 0.011 0.099 0.116 0.086 0.031 0.262 117 D 0.014 0.008 0.370 0.031 0.092 0.071 0.005 0.004 0.030 0.113 0.141 0.064 0.057 118 R 0.009 0.015 0.232 0.008 0.263 0.082 0.002 0.001 0.008 0.143 0.146 0.036 0.056 119 A 0.005 0.016 0.217 0.007 0.228 0.109 0.001 0.001 0.004 0.115 0.250 0.014 0.035 120 Y 0.005 0.018 0.187 0.004 0.246 0.131 0.001 0.001 0.003 0.102 0.264 0.019 0.019 121 A 0.005 0.032 0.318 0.004 0.094 0.138 0.001 0.001 0.003 0.159 0.202 0.010 0.033 122 D 0.001 0.011 0.564 0.002 0.057 0.100 0.001 0.001 0.001 0.148 0.092 0.010 0.012